BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167B10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,986,391 - 144,102,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox5
Upstream gene5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167B10.bB6Ng01-167B10.g
ACCDH958680DH958681
length9891,186
definitionDH958680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167B10, 5' end.DH958681|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167B10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,986,391 - 143,987,383)(144,101,165 - 144,102,348)
sequence
gaattccatgctggctgaaatgtcgtgggcctcatgggtagccagctgga
atgtccccatccccactcaccaccaggctacaaagggcatctgtcacctt
gctcagcactgctgctcagaactttggctgcagatgacatagaaggtctc
tgagagatcccagtgatgcaacgtgtctgaggagaagggaaaaagccatt
tcctcaggcaactccttggagtgaagcataaacggactgactcttgtggg
caaagctagtttgtggagaccaagtgtttctcccaaactagatcctgcga
gccctgtgtgtgtccaggagatggtgacttctactctgtctttaaaacct
gaatgtgtcacatctcccaagtgccagagaataaagcagtacaataccag
gcaaaaggtcttgatgtttttgtcttcgtttttgttttaaagtgaacgtt
aagagccagtgacatgctttttggctaatggcacttgctgccaagcctga
gggccgagtctacctagcacctgagccctagcgcctacctgatggaagca
gagaacagacttgtcggaattcacccactgacctacacataagcacatat
atatatatatatatgtatatgcatacatatatatatatatatacatatat
atatatgcagatgcatatatatatatatatatatatatcctcaagtgcat
gacaaataaatttaagagacaagtgactttatgctctcagaggcagcaac
ttctgctaacattgtttcttggggaagagagagtgagctagaactgaaac
acaattattcatgtacagccagtgtccatcaaacctattttttttcctac
ttgaagaaaaagtttgcttgtttgttcttttttgagtattaacaggaaga
gcactttcataaggctgacacttactaatttgttgatgcctgaaggtaat
accttaaagctaaaacaccaagaacagagttagccactg
gaattctgtttatgagagtgcagcacaggctactgagatggctcagcatg
gaagaaagccagataaacaagcttgacaaaggtagctccgtccacagaac
tcattctggaaggaaaaaaccagctctcgaaagttgtcttctgactccca
gatgcgcccatgtttacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacactaaaaaatttaaaaacttaaaacagtagatctg
agtagtgctatgatttccagtgaattcctcagtacatctgtgacccaaag
tgctggagaccgcactgtggaataagttactgggatataagcaaatgacc
cattccacattaatgaggtcaacatttggactttcttgtaccacttgagt
gttttctgagtttgtttctacctcagaggtgccctgcttcaccggccttt
ctcctctcgagtggacacttgaatgtgtcatggccctaatttctaagccc
tgtgctacatcatccccagacttccataggacttgtttatgtgagaaagg
actagattgtctccctcacggttgagtgtgcatgccacgctgcttctagg
gtttagcgcagagtcctcacctgctcagcaggtcctctccaaaacatcac
acacagttatgaacacagctgagcagtctacatctcctccgtggtctatt
tttctgattcttaaatttcatgtttatggaaaaatgtgcttttcccattg
gagtaggtaaaagatcaccgcagtttagatgggtccacttaaatcttgga
ctgtggagagcacattgtcccttcacctgtgccaccaacttttctcaggc
tccccattgtgacctgtgtatttggatgtttgtctttacaaagtgtatga
tatttcttgtacacacacacacacacacatacacacacacatttttgaac
tagagcttccatgaatattcagtttctgatgacttgataaacatgtgggc
ttgatatggctcagtaaatactaagtatttgggaggtaaagttgccaaac
ctgtcaattcctggtgactttcttctagaatcttcggagctctagggatg
cctacttagtgtaagtctggaagaaggcgggattgtagtaaggttcttcc
atagagcctattataaacacgatcaagatggctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143986391_143987383
seq2: B6Ng01-167B10.b_46_1034

seq1  GAATTCCATGCTGGCTGAAATGTCGTGGGCCTCATGGGTAGCCAGCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTGGCTGAAATGTCGTGGGCCTCATGGGTAGCCAGCTGGA  50

seq1  ATGTCCCCATCCCCACTCACCACCAGGCTACAAAGGGCATCTGTCACCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCCATCCCCACTCACCACCAGGCTACAAAGGGCATCTGTCACCTT  100

seq1  GCTCAGCACTGCTGCTCAGAACTTTGGCTGCAGATGACATAGAAGGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCACTGCTGCTCAGAACTTTGGCTGCAGATGACATAGAAGGTCTC  150

seq1  TGAGAGATCCCAGTGATGCAACGTGTCTGAGGAGAAGGGAAAAAGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGATCCCAGTGATGCAACGTGTCTGAGGAGAAGGGAAAAAGCCATT  200

seq1  TCCTCAGGCAACTCCTTGGAGTGAAGCATAAACGGACTGACTCTTGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGCAACTCCTTGGAGTGAAGCATAAACGGACTGACTCTTGTGGG  250

seq1  CAAAGCTAGTTTGTGGAGACCAAGTGTTTCTCCCAAACTAGATCCTGCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTAGTTTGTGGAGACCAAGTGTTTCTCCCAAACTAGATCCTGCGA  300

seq1  GCCCTGTGTGTGTCCAGGAGATGGTGACTTCTACTCTGTCTTTAAAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGTGTGTCCAGGAGATGGTGACTTCTACTCTGTCTTTAAAACCT  350

seq1  GAATGTGTCACATCTCCCAAGTGCCAGAGAATAAAGCAGTACAATACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTCACATCTCCCAAGTGCCAGAGAATAAAGCAGTACAATACCAG  400

seq1  GCAAAAGGTCTTGATGTTTTTGTCTTCGTTTTTGTTTTAAAGTGAACGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGTCTTGATGTTTTTGTCTTCGTTTTTGTTTTAAAGTGAACGTT  450

seq1  AAGAGCCAGTGACATGCTTTTTGGCTAATGGCACTTGCTGCCAAGCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCAGTGACATGCTTTTTGGCTAATGGCACTTGCTGCCAAGCCTGA  500

seq1  GGGCCGAGTCTACCTAGCACCTGAGCCCTAGCGCCTACCTGATGGAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGAGTCTACCTAGCACCTGAGCCCTAGCGCCTACCTGATGGAAGCA  550

seq1  GAGAACAGACTTGTCGGAATTCACCCACTGACCTACACATAAGCACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAGACTTGTCGGAATTCACCCACTGACCTACACATAAGCACATAT  600

seq1  ATATATATATATATGTATATGCATACATATATATATATATATACATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATGTATATGCATACATATATATATATATATACATATAT  650

seq1  ATATATGCAGATGCATATATATATATATATATATATATCCTCAAGTGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCAGATGCATATATATATATATATATATATATCCTCAAGTGCAT  700

seq1  GACAAATAAATTTAAGAGACAAGTGACTTTATGCTCTCAGAGGCAGCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATAAATTTAAGAGACAAGTGACTTTATGCTCTCAGAGGCAGCAAC  750

seq1  TTCTGCTAACATTGTTTCTT-GGGAAGAGAGAGTGAGCTAGAACTGAAAC  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTAACATTGTTTCTTGGGGAAGAGAGAGTGAGCTAGAACTGAAAC  800

seq1  ACAATTATTCATGTACAGCCAGTGTCCATCAAACCTATGTATTCTTCCTA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
seq2  ACAATTATTCATGTACAGCCAGTGTCCATCAAACCTAT-TTTTTTTCCTA  849

seq1  CTTGAAG-AAAAGTTTGC-TGTTTGTTC-TTTTTGAGTATTAACAGGGAG  896
      ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGAAGAAAAAGTTTGCTTGTTTGTTCTTTTTTGAGTATTAACAGGAAG  899

seq1  AAGCACTTTCATAAAGTCTGACAC-TACTAATTTGTTTGAATGCCTTGAA  945
       ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||   ||||||   |
seq2  -AGCACTTTCAT-AAGGCTGACACTTACTAATTTGTT--GATGCCT--GA  943

seq1  AGTTAATACCTTAAAGCTAAAACACCAAAGAACAGAGTTTAGCCACTG  993
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  AGGTAATACCTTAAAGCTAAAACACC-AAGAACAGAG-TTAGCCACTG  989

seq1: chr6_144101165_144102348
seq2: B6Ng01-167B10.g_69_1254 (reverse)

seq1  TTCAGCCACTTTGATACGTGTTTATAATAGGTCTTATTGTAAGAA-CTTA  49
      ||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||   || ||||| ||||
seq2  TTCAGCCATCTTGAT-CGTGTTTATAATAGG-CTCTATGGAAGAACCTTA  48

seq1  CTAC-ATCCCGAC-TCTTCCAGACTGTACACT-AGTAGGCATCCCTAGAG  96
      |||| |||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  CTACAATCCCGCCTTCTTCCAGACT-TACACTAAGTAGGCATCCCTAGAG  97

seq1  CTCTGAGATTTCTAGAAGATAGTCACCAGGAATTGACAGGTTTGGCAACT  146
      ||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGAAGATTCTAGAAGAAAGTCACCAGGAATTGACAGGTTTGGCAACT  147

seq1  TTACCT-CCAAATACTTAGTATTTACTGAGCCATATCAAG-CCACATGTT  194
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTACCTCCCAAATACTTAGTATTTACTGAGCCATATCAAGCCCACATGTT  197

seq1  TATCAAGTCATCAGAAACTGAATA-TCATGGAATGCTCTAGTTCAAAAAT  243
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TATCAAGTCATCAGAAACTGAATATTCATGGAA-GCTCTAGTTCAAAAA-  245

seq1  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAAGAAATATCATACACT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAAGAAATATCATACACT  295

seq1  TTGTAAAGACAAACATCCAAATACACAGGTCACAATGGGGAGCCTGAGAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGACAAACATCCAAATACACAGGTCACAATGGGGAGCCTGAGAA  345

seq1  AAGTTGGTGGCACAGGTGAAGGGACAATGTGCTCTCCACAGTCCAAGATT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGTGGCACAGGTGAAGGGACAATGTGCTCTCCACAGTCCAAGATT  395

seq1  TAAGTGGACCCATCTAAACTGCGGTGATCTTTTACCTACTCCAATGGGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGACCCATCTAAACTGCGGTGATCTTTTACCTACTCCAATGGGAA  445

seq1  AAGCACATTTTTCCATAAACATGAAATTTAAGAATCAGAAAAATAGACCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACATTTTTCCATAAACATGAAATTTAAGAATCAGAAAAATAGACCA  495

seq1  CGGAGGAGATGTAGACTGCTCAGCTGTGTTCATAACTGTGTGTGATGTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGAGATGTAGACTGCTCAGCTGTGTTCATAACTGTGTGTGATGTTT  545

seq1  TGGAGAGGACCTGCTGAGCAGGTGAGGACTCTGCGCTAAACCCTAGAAGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGACCTGCTGAGCAGGTGAGGACTCTGCGCTAAACCCTAGAAGC  595

seq1  AGCGTGGCATGCACACTCAACCGTGAGGGAGACAATCTAGTCCTTTCTCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGGCATGCACACTCAACCGTGAGGGAGACAATCTAGTCCTTTCTCA  645

seq1  CATAAACAAGTCCTATGGAAGTCTGGGGATGATGTAGCACAGGGCTTAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACAAGTCCTATGGAAGTCTGGGGATGATGTAGCACAGGGCTTAGA  695

seq1  AATTAGGGCCATGACACATTCAAGTGTCCACTCGAGAGGAGAAAGGCCGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGGCCATGACACATTCAAGTGTCCACTCGAGAGGAGAAAGGCCGG  745

seq1  TGAAGCAGGGCACCTCTGAGGTAGAAACAAACTCAGAAAACACTCAAGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGGGCACCTCTGAGGTAGAAACAAACTCAGAAAACACTCAAGTG  795

seq1  GTACAAGAAAGTCCAAATGTTGACCTCATTAATGTGGAATGGGTCATTTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGAAAGTCCAAATGTTGACCTCATTAATGTGGAATGGGTCATTTG  845

seq1  CTTATATCCCAGTAACTTATTCCACAGTGCGGTCTCCAGCACTTTGGGTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATCCCAGTAACTTATTCCACAGTGCGGTCTCCAGCACTTTGGGTC  895

seq1  ACAGATGTACTGAGGAATTCACTGGAAATCATAGCACTACTCAGATCTAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTACTGAGGAATTCACTGGAAATCATAGCACTACTCAGATCTAC  945

seq1  TGTTTTAAGTTTTTAAATTTTTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAAGTTTTTAAATTTTTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  995

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAACATGGGCGCATCTGGGAGTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAACATGGGCGCATCTGGGAGTCA  1045

seq1  GAAGACAACTTTCGAGAGCTGGTTTTTTCCTTCCAGAATGAGTTCTGTGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAACTTTCGAGAGCTGGTTTTTTCCTTCCAGAATGAGTTCTGTGG  1095

seq1  ACGGAGCTACCTTTGTCAAGCTTGTTTATCTGGCTTTCTTCCATGCTGAG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGCTACCTTTGTCAAGCTTGTTTATCTGGCTTTCTTCCATGCTGAG  1145

seq1  CCATCTCAGTAGCCTGTGCTGCACTCTCATAAACAGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCAGTAGCCTGTGCTGCACTCTCATAAACAGAATTC  1186