BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-167I22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 45,025,360 - 45,145,353
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2
Upstream geneLOC100040210
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167I22.bB6Ng01-167I22.g
ACCDH959018DH959019
length1,1381,036
definitionDH959018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167I22, 5' end.DH959019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,025,360 - 45,026,494)(45,144,314 - 45,145,353)
sequence
gaattctagaagcatgcggaaatcagaaataatacatgtgaaagtttcat
gagcacatgaatttatccactagctgtgagatatgtttgacatctactct
atggtatacacaactgtttattatcgtaaaagtttgatcaccataaatgg
gtgaatttttttgtagtgttcacttctaatgaagatgttcctatatcatt
atgtcttaacactccaaggactctcctgaaaattgtaattatagtcgatg
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gaaataaaattagaccattgttttatgatcaaaaaatagaccatgaaaac
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gtccagagagtaattagtaattaattcaaataattaataaacatcagatt
aaattgttataaaaacatgagaaattactaaaacatactaaattatcaaa
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ggcttggacatctgtgatttaattaggatttctgaccttctgactcttat
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tgtgtatacctgtgtcaaatatatatgcatatatatgtaaacatcttctt
tctgtatcttgaaaagtaaaaacattaacattttgttaagtacgtttcta
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agaagactccaaatgttctctttaatctattttccttacttgtataatta
ttgtttcaattttttttacaaattcctttccaaaaattctagaaaaaaat
atgtctctgtgttccagaattcaatttcaatatgactcatggtaatatgt
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tgggaagcagaaatgattggtgcactatcaagttttaaaagatgtgacta
ggacttcttagctgtgttacagaaggaaattttcatcatataacttgtag
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tcttcataaaaatggcttgagtaaattataagtctgctacaattactcct
gaatataggattctgcagaaaactatgagaacaaagagctaaatgacagc
aaaagactgatgggcaagagttattcaagatttaaaaggaatatctcaga
taaaattgtgctttttagcatcaaaatgttgtcagtgaattgttagcttt
agttttaagactatgttgaaatagtgaattaatatgtttttgcagttttc
tacatgtttgtatatgacataatagtttgctcagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_45025360_45026494
seq2: B6Ng01-167I22.b_50_1187

seq1  GAATTCTAGAAGCATGCGGAAATCAGAAATAATACATGTGAAAGTTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAGCATGCGGAAATCAGAAATAATACATGTGAAAGTTTCAT  50

seq1  GAGCACATGAATTTATCCACTAGCTGTGAGATATGTTTGACATCTACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATGAATTTATCCACTAGCTGTGAGATATGTTTGACATCTACTCT  100

seq1  ATGGTATACACAACTGTTTATTATCGTAAAAGTTTGATCACCATAAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATACACAACTGTTTATTATCGTAAAAGTTTGATCACCATAAATGG  150

seq1  GTGAATTTTTTTGTAGTGTTCACTTCTAATGAAGATGTTCCTATATCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTTTTTTGTAGTGTTCACTTCTAATGAAGATGTTCCTATATCATT  200

seq1  ATGTCTTAACACTCCAAGGACTCTCCTGAAAATTGTAATTATAGTCGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAACACTCCAAGGACTCTCCTGAAAATTGTAATTATAGTCGATG  250

seq1  ACCTGTTGAAGTGTATTGACATTAAAATTGTCAAAGAGTTCGTGGTAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTGAAGTGTATTGACATTAAAATTGTCAAAGAGTTCGTGGTAGAT  300

seq1  GAGAGGAAGCTGCATATCATTTGGCTGAGCATCTTACAAAGATTTTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAGCTGCATATCATTTGGCTGAGCATCTTACAAAGATTTTTAGA  350

seq1  ACAGACTTTGAGGTACAGAAAACTAGACTTTAGTGTTGGCCCTTAACCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTTGAGGTACAGAAAACTAGACTTTAGTGTTGGCCCTTAACCAG  400

seq1  GTTTATAAGTAATGAATTCTCACATTATTGAAAACTAGGATTCTAATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAAGTAATGAATTCTCACATTATTGAAAACTAGGATTCTAATTAG  450

seq1  TGATATGACAAATAATACTTCCCTCCCAAAATGAAAGGCTGACTCTAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGACAAATAATACTTCCCTCCCAAAATGAAAGGCTGACTCTAAGA  500

seq1  ATTAAACACACAATGATACACACCAGTAGATTATGATGGCTTTGTTGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACACACAATGATACACACCAGTAGATTATGATGGCTTTGTTGTTG  550

seq1  TTAAGCGCATTTGGTATTTATACATTTTTATGGTCACAATACTAGTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCGCATTTGGTATTTATACATTTTTATGGTCACAATACTAGTGTGT  600

seq1  AGTCGATAAATCTCGCTAAAGCATTGTAAATTGCCTTTGACATTTATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGATAAATCTCGCTAAAGCATTGTAAATTGCCTTTGACATTTATGTA  650

seq1  ACAATTTATTTATTTGGGAAGTAAAGGCCTATAGATAGAATAATTTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTATTTATTTGGGAAGTAAAGGCCTATAGATAGAATAATTTGTCA  700

seq1  GAAATAAAATTAGACCATTGTTTTATGATCAAAAAATAGACCATGAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAATTAGACCATTGTTTTATGATCAAAAAATAGACCATGAAAAC  750

seq1  AGTCCAAAAGTAAAAGAACAATGAGGTCCCATGAAGACCATAAAGATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAAAAGTAAAAGAACAATGAGGTCCCATGAAGACCATAAAGATGAT  800

seq1  GAGTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  850

seq1  CGTGCACACACATACACATATACACACAAATTAATATATCCATACTATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCACACACATACACATATACACACAAATTAATATATCCATACTATCT  900

seq1  AAATTCATGATTTAAATGGGTTATAATAATGCATAAATTTGTTAAACATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCATGATTTAAATGGGTTATAATAATGCATAAATTTGTTAAACATT  950

seq1  GTCCAGAGAGTAATTAGTAATTAATTCAAATAATTAATAAACATCAGATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAGAGTAATTAGTAATTAATTCAAATAATTAATAAACATCAGATT  1000

seq1  AAATTGTTAT-AAAACATGAGAAAATTACTAAAACATACTAAATTATCAA  1049
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTATAAAAACATGAG-AAATTACTAAAACATACTAAATTATCAA  1049

seq1  ATCAAACAGTAAAGCCTATTTTCAGGGAAAAGTTATCAGTTACCTTC--A  1097
      ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||   
seq2  ATC-AACAGTAAAGCCTA-TTTCAGGGAAAAGTTATCAGTTACCCTCCAG  1097

seq1  GGTG-TTTTTCAAAG-AGCAATTTGCAAA-TTGGAGAACTC  1135
      |||| |||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||
seq2  GGTGTTTTTTCAAAGAAGCCAATTGCAAATTTGGAGAACTC  1138

seq1: chr6_45144314_45145353
seq2: B6Ng01-167I22.g_67_1102 (reverse)

seq1  TTCTGAGCAAACTATTATGTCATTATACAAACATGTAGGAAAACTGCAAA  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCTGAGCAAACTATTATGTCA-TATACAAACATGTA-GAAAACTGCAAA  48

seq1  AACATATTAATTCACTATTTCAACATAGTTCTTAAAAACTATAGCTAACA  100
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||
seq2  AACATATTAATTCACTATTTCAACATAG-TCTT-AAAACTAAAGCTAACA  96

seq1  ATTCACTGACAACATTTTGATGCTAAAAAGCACAATTTTATCTGAGATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGACAACATTTTGATGCTAAAAAGCACAATTTTATCTGAGATAT  146

seq1  TCCTTTTAAATCTTGAATAACTCTTG-CCATCAGTCTTTTGCTGTCATTT  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAATCTTGAATAACTCTTGCCCATCAGTCTTTTGCTGTCATTT  196

seq1  AAGCTCTTTGTTCTCATAGTTTTCTGCAGAATCCTATATTCAGGAGTAAT  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AGCTCTTTGTTCTCATAGTTTTCTGCAGAATCCTATATTCAGGAGTAAT  245

seq1  TGTAGCAGACTTATAATTTACTCAAGCCATTTTTATGAAGATTGGGAGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGACTTATAATTTACTCAAGCCATTTTTATGAAGATTGGGAGAG  295

seq1  ATTACATAATAAAATAAGTGAACAATTGCTCTAAAATCCCCCTACAAGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATAATAAAATAAGTGAACAATTGCTCTAAAATCCCCCTACAAGTT  345

seq1  ATATGATGAAAATTTCCTTCTGTAACACAGCTAAGAAGTCCTAGTCACAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGAAAATTTCCTTCTGTAACACAGCTAAGAAGTCCTAGTCACAT  395

seq1  CTTTTAAAACTTGATAGTGCACCAATCATTTCTGCTTCCCAACGCAGAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAACTTGATAGTGCACCAATCATTTCTGCTTCCCAACGCAGAAT  445

seq1  TGCAAGGTTTTGATTAGTCTCATTTTGTACCATGCATAACTTCTAGTACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGTTTTGATTAGTCTCATTTTGTACCATGCATAACTTCTAGTACA  495

seq1  GTTCTCAGATATAGAAATGGAGTTTATATCTCAATAATATTTCCTGTAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAGATATAGAAATGGAGTTTATATCTCAATAATATTTCCTGTAGG  545

seq1  TAAAATGTGAGGGAAATGAAGACAGTGTCTAGATATAAAATACATATTAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTGAGGGAAATGAAGACAGTGTCTAGATATAAAATACATATTAC  595

seq1  CATGAGTCATATTGAAATTGAATTCTGGAACACAGAGACATATTTTTTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGTCATATTGAAATTGAATTCTGGAACACAGAGACATATTTTTTTC  645

seq1  TAGAATTTTTGGAAAGGAATTTGTAAAAAAAATTGAAACAATAATTATAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTTTGGAAAGGAATTTGTAAAAAAAATTGAAACAATAATTATAC  695

seq1  AAGTAAGGAAAATAGATTAAAGAGAACATTTGGAGTCTTCTCACTCCTGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGGAAAATAGATTAAAGAGAACATTTGGAGTCTTCTCACTCCTGA  745

seq1  CTGCTCTGAAAAAAAAAAAAGAAGGACATTAACAGGACTTATAGAAACGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTGAAAAAAAAAAAAGAAGGACATTAACAGGACTTATAGAAACGT  795

seq1  ACTTAACAAAATGTTAATGTTTTTACTTTTCAAGATACAGAAAGAAGATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAACAAAATGTTAATGTTTTTACTTTTCAAGATACAGAAAGAAGATG  845

seq1  TTTACATATATATGCATATATATTTGACACAGGTATACACACACACACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATATATATGCATATATATTTGACACAGGTATACACACACACACAC  895

seq1  ACACACACTCACCTATATAGTTTTAAATTTATAATGTATTGATAAGAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCACCTATATAGTTTTAAATTTATAATGTATTGATAAGAGTC  945

seq1  AGAAGGTCAGAAATCCTAATTAAATCACAGATGTCCAAGCCAAGCACTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTCAGAAATCCTAATTAAATCACAGATGTCCAAGCCAAGCACTGT  995

seq1  AACACAGCATCAGTAATTTTACTAACCAATATATAGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCATCAGTAATTTTACTAACCAATATATAGAATTC  1036