BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168B19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,255,730 - 77,388,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneLOC668153, EG668155, LOC100042956, Lrrtm1
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d, Reg3a, Reg2, Reg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168B19.bB6Ng01-168B19.g
ACCDH959437DH959438
length1,056335
definitionDH959437|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168B19, 5' end.DH959438|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,387,058 - 77,388,133)(77,255,730 - 77,256,064)
sequence
gaattcttggagttggggcatctcattttaactaagctcctcctctagat
ggactttaatcacttgtatatctataagtgtgggtatgtttaacttcaaa
tcaataactctacatctttcataggttcctaaaactcatctcaaataatg
taaggcatttgagtgatctctcagtctgacaaagtagtatttacttaaaa
agtggataacagctggatgtctcacaggctcttgcaccagtgcacgttca
tagacatctgccaaaagcaatcatcaaagaaatgaatgaattaaaagaaa
agtaagtgtttacagaagcaatatctatatatacctacacatgtatgttg
cactacagagggacaaatataattccttcttcggccaataatatggctca
gcatatataactgcttactgccaagcagactgacttgagtgtgatcctca
gaatccatgtattagaagaagagaactgacttcaacaagttgtcctcaga
tatctgcacatgctttatagcacatgaatgtacacatatgtacatacata
catacacacacacacaaataaatataagaacagcatttaaattctctccc
tctataagaggaacctagttttgttgtaaactacaagaccccacagaaat
tgattcttctgtgctgaattgaagtatttaagaaagttatatgttcaact
gtcataacaaactaattagaaagtgaacagggagtcattatagaaccatg
tcaatttgaatcaaagttcttggtcagagacgtgagcatctaggcatctc
ccttgcaatatatagtgcttcctcggaaaacagctacaaaggcagagtaa
aatgagtctgaattaagatcaagcaactgggctttaatctaactccattt
gactgaggactctgacaggtctagccaattcctttaacaaagtcctagct
ttattctgagcaatatgaattcaaatggatatggaagtatttctcatgct
agacattcttgatgtgaatatagtatagtaatgagcgtcagtataactga
ctttaa
aagtgtgaacactttgcaaggctcagcagtgtggaaaatccttttgtgca
ctttataattttctgtttgttttagtccctgcacagtaaaaatgcctgct
ttgttgcaagctcgtaagctagattcaggggcaggagaagtgtcaaccac
ctgcatcccacctgcaggcatgccagcttctctatgtggctttcctcttc
tctctactgagatgtctgatgtactacaggaatgacaacaggactcaggt
atatctccataagcaaaatcccttctcaggatggttgattcttcatttgt
gtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77387058_77388133
seq2: B6Ng01-168B19.b_46_1101 (reverse)

seq1  TTAAAGTCAAGTTATTACCTGACGCTCATTTTACCTATACTATATTCACA  50
      |||||||| ||||||   ||||||||||||    ||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTC-AGTTAT--ACTGACGCTCATT---ACTATACTATATTCACA  44

seq1  TCAAGAAATTGTCTAGCCATGAGAAAATACTTTCCATATCCATTTTGAAT  100
      |||||||  ||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  TCAAGAA--TGTCTAG-CATGAG-AAATAC-TTCCATATCCA-TTTGAA-  87

seq1  TTCATATTTGCCTTCAAGAATTAAAGCTAGGGACTTTGTTAAAGGAATTG  150
      |||||| ||||  || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCATA-TTGC--TC-AGAA-TAAAGCTA-GGACTTTGTTAAAGGAATTG  131

seq1  GCTAGACCTGTTCAGAGTCCTCAGTCAAATGGAGTTAGATTAAAGCCCAG  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACCTG-TCAGAGTCCTCAGTCAAATGGAGTTAGATTAAAGCCCAG  180

seq1  TTGCTTGATCTTAATTCAGACTCATTTTACTCTGCCTTTGTAGCTGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGATCTTAATTCAGACTCATTTTACTCTGCCTTTGTAGCTGTTTT  230

seq1  CCGAGGAAGCACTATATATTGCAAGGGAGATGCCTAGATGCTCACGTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGAAGCACTATATATTGCAAGGGAGATGCCTAGATGCTCACGTCTC  280

seq1  TGACCAAGAACTTTGATTCAAATTGACATGGTTCTATAATGACTCCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGAACTTTGATTCAAATTGACATGGTTCTATAATGACTCCCTGT  330

seq1  TCACTTTCTAATTAGTTTGTTATGACAGTTGAACATATAACTTTCTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCTAATTAGTTTGTTATGACAGTTGAACATATAACTTTCTTAAA  380

seq1  TACTTCAATTCAGCACAGAAGAATCAATTTCTGTGGGGTCTTGTAGTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAATTCAGCACAGAAGAATCAATTTCTGTGGGGTCTTGTAGTTTA  430

seq1  CAACAAAACTAGGTTCCTCTTATAGAGGGAGAGAATTTAAATGCTGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAACTAGGTTCCTCTTATAGAGGGAGAGAATTTAAATGCTGTTCT  480

seq1  TATATTTATTTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTACATATGTGTACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATTTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTACATATGTGTACATT  530

seq1  CATGTGCTATAAAGCATGTGCAGATATCTGAGGACAACTTGTTGAAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTATAAAGCATGTGCAGATATCTGAGGACAACTTGTTGAAGTCA  580

seq1  GTTCTCTTCTTCTAATACATGGATTCTGAGGATCACACTCAAGTCAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTTCTTCTAATACATGGATTCTGAGGATCACACTCAAGTCAGTCT  630

seq1  GCTTGGCAGTAAGCAGTTATATATGCTGAGCCATATTATTGGCCGAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCAGTAAGCAGTTATATATGCTGAGCCATATTATTGGCCGAAGAA  680

seq1  GGAATTATATTTGTCCCTCTGTAGTGCAACATACATGTGTAGGTATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTATATTTGTCCCTCTGTAGTGCAACATACATGTGTAGGTATATAT  730

seq1  AGATATTGCTTCTGTAAACACTTACTTTTCTTTTAATTCATTCATTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTGCTTCTGTAAACACTTACTTTTCTTTTAATTCATTCATTTCTT  780

seq1  TGATGATTGCTTTTGGCAGATGTCTATGAACGTGCACTGGTGCAAGAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTGCTTTTGGCAGATGTCTATGAACGTGCACTGGTGCAAGAGCC  830

seq1  TGTGAGACATCCAGCTGTTATCCACTTTTTAAGTAAATACTACTTTGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGACATCCAGCTGTTATCCACTTTTTAAGTAAATACTACTTTGTCA  880

seq1  GACTGAGAGATCACTCAAATGCCTTACATTATTTGAGATGAGTTTTAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAGATCACTCAAATGCCTTACATTATTTGAGATGAGTTTTAGGA  930

seq1  ACCTATGAAAGATGTAGAGTTATTGATTTGAAGTTAAACATACCCACACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGAAAGATGTAGAGTTATTGATTTGAAGTTAAACATACCCACACT  980

seq1  TATAGATATACAAGTGATTAAAGTCCATCTAGAGGAGGAGCTTAGTTAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATACAAGTGATTAAAGTCCATCTAGAGGAGGAGCTTAGTTAAA  1030

seq1  ATGAGATGCCCCAACTCCAAGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGCCCCAACTCCAAGAATTC  1056

seq1: chr6_77255730_77256064
seq2: B6Ng01-168B19.g_74_408

seq1  AAGTGTGAACACTTTGCAAGGCTCAGCAGTGTGGAAAATCCTTTTGTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAACACTTTGCAAGGCTCAGCAGTGTGGAAAATCCTTTTGTGCA  50

seq1  CTTTATAATTTTCTGTTTGTTTTAGTCCCTGCACAGTAAAAATGCCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAATTTTCTGTTTGTTTTAGTCCCTGCACAGTAAAAATGCCTGCT  100

seq1  TTGTTGCAAGCTCGTAAGCTAGATTCAGGGGCAGGAGAAGTGTCAACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCAAGCTCGTAAGCTAGATTCAGGGGCAGGAGAAGTGTCAACCAC  150

seq1  CTGCATCCCACCTGCAGGCATGCCAGCTTCTCTATGTGGCTTTCCTCTTC  200
      |||||||||                    |||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCTATGTGGCTTTCCTCTTC  200

seq1  TCTCTACTGAGATGTCTGATGTACTACAGGAATGACAACAGGACTCAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTGAGATGTCTGATGTACTACAGGAATGACAACAGGACTCAGGT  250

seq1  ATATCTCCATAAGCAAAATCCCTTCTCAGGATGGTTGATTCTTCATTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCCATAAGCAAAATCCCTTCTCAGGATGGTTGATTCTTCATTTGT  300

seq1  GTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  335
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  335