BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172A23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 87,280,151 - 87,439,928
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAntxr1, Gkn1, Gkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25
Upstream geneLOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e
Downstream geneProkr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172A23.bB6Ng01-172A23.g
ACCGA000779GA000780
length1,185928
definitionB6Ng01-172A23.b B6Ng01-172A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,280,151 - 87,281,330)(87,439,002 - 87,439,928)
sequence
gaattcactggatctcactggctgcacctggaacccactggatctcactg
gctgcacctggaacccactggatctcactggctgcactgttgtgtgcttc
ctattacagcccaatggtgctgggtagagatgagcagaagggaccaggct
gggagtcgcgagcaggaaagtcctgctctgttgctctgccaggatctagt
tgtgattctgggcagttctaactcagggggatagtgaacaaaacttccta
ccatctacagactagggatcaacctgtctaccactccagacagtgctcct
ctgtcccttgtgaaagcatgtgggtctgagaagctcactgaacttcatac
tctcaaaatttcctgtgtaagttagctgttagaaatccaggtctcttcca
ggaaaacaatgctctacctagtgaagttccagtgtaggatgacaagcatc
actctgcatccattactcatgtgtccatgtccctggggtgccacactccc
tcacagccctgcagatgagtaccaccttggaatgcccaatggacgcttga
gaaagcgagcttcctttgtttgggggaaaagagatagagacactggctga
acaaaaagtaagtcttgccctgtagcccccacccttcaccccgtggtctc
tctcagtgttctgctgttgaagtcttcatggcacatgtatcatggccagc
acttccctgagaccggagttggaaaattctccatctccttctatataaag
aaaattaatacgtggcatgaaaaggaccctgccaggaaagaacagtgtat
ccatgtccatggtgggtcctgggagattcacagtagactcaagagagact
ccgctgttcttctctagatggggccttccaaggctgacttttcaaatccc
tgattgaattcccagcaaactactcttcccaactctaaccagaaaagcat
gtttatataaacatgaaattccatcagtgtagagccctgtgcgcccagtt
gccagagctctttatacgccctattgggttactgtggcgttctaggtatc
aatatacgtctttgcctcctggttgagaaacatgaacggtctcagttaac
ttaatattaatcctggctcctctccagccaagaaatacacttctggctta
gctgaattgagtcgagctttaaaagtgctccctgt
gaattccaagtggacccgtgtggtcaggtgccttgattgcagaagtggga
aggtggtttgagaggcacctcttagcaattataagaaattgagcttctct
gctagaaggacagaaagccactgggaaggtctaggtagagtggcatgata
cggctcatgtttaaaattcatgtgagttgagaataaaatgtaaattatag
ggccaaggacagagcagggtaccagtgaagaagttcctgcagtgagacac
cagaggcagtgacttaaggaagcatttcctaaggaccttcaggaactggt
aaaccaagaagatgtcttttgacagtgcatgtttgtagcaaagaggagca
ccagagatttggcccaggaggacttccgcagggaggaagagagccttgct
tggtgtttggctaggcctcattgggtagagtcctggcagttctggggttc
agtcttagtaactcttaagtgggtaacagcacaacttctcaccccatttc
aaaggtaccctgtggttactcaggtagcttttggttctctcctgagcatc
ttttctttccaattctaccccctggagatacccacaggaaaggcttttct
ggataagagacaatggcaagctgggttagaatcagttcatctcaaacggt
gagagacacttggcatgctgataccaagctaggtggaggtgaccagaagc
aaagggattggaaagctggtttcagcaggaaattccatggctgggcccct
aggacagctggagtgggctttcttgtgatgagctggggttgtaggaagag
caagcttcaatagcctcctataactgagaggatttctgtgggcttgccct
ttctaactcctttaccaccaacaccttcaccaactaaaaaaagaaatctg
tatctgcagattttccgtctgtaggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_87280151_87281330
seq2: B6Ng01-172A23.b_45_1229

seq1  GAATTCACTGGATCTCACTGGCTGCACCTGGAACCCACTGGATCTCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGATCTCACTGGCTGCACCTGGAACCCACTGGATCTCACTG  50

seq1  GCTGCACCTGGAACCCACTGGATCTCACTGGCTGCACTGTTGTGTGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACCTGGAACCCACTGGATCTCACTGGCTGCACTGTTGTGTGCTTC  100

seq1  CTATTACAGCCCAATGGTGCTGGGTAGAGATGAGCAGAAGGGACCAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACAGCCCAATGGTGCTGGGTAGAGATGAGCAGAAGGGACCAGGCT  150

seq1  GGGAGTCGCGAGCAGGAAAGTCCTGCTCTGTTGCTCTGCCAGGATCTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCGCGAGCAGGAAAGTCCTGCTCTGTTGCTCTGCCAGGATCTAGT  200

seq1  TGTGATTCTGGGCAGTTCTAACTCAGGGGGATAGTGAACAAAACTTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTCTGGGCAGTTCTAACTCAGGGGGATAGTGAACAAAACTTCCTA  250

seq1  CCATCTACAGACTAGGGATCAACCTGTCTACCACTCCAGACAGTGCTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTACAGACTAGGGATCAACCTGTCTACCACTCCAGACAGTGCTCCT  300

seq1  CTGTCCCTTGTGAAAGCATGTGGGTCTGAGAAGCTCACTGAACTTCATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTTGTGAAAGCATGTGGGTCTGAGAAGCTCACTGAACTTCATAC  350

seq1  TCTCAAAATTTCCTGTGTAAGTTAGCTGTTAGAAATCCAGGTCTCTTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAATTTCCTGTGTAAGTTAGCTGTTAGAAATCCAGGTCTCTTCCA  400

seq1  GGAAAACAATGCTCTACCTAGTGAAGTTCCAGTGTAGGATGACAAGCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAATGCTCTACCTAGTGAAGTTCCAGTGTAGGATGACAAGCATC  450

seq1  ACTCTGCATCCATTACTCATGTGTCCATGTCCCTGGGGTGCCACACTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCATCCATTACTCATGTGTCCATGTCCCTGGGGTGCCACACTCCC  500

seq1  TCACAGCCCTGCAGATGAGTACCACCTTGGAATGCCCAATGGACGCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCCCTGCAGATGAGTACCACCTTGGAATGCCCAATGGACGCTTGA  550

seq1  GAAAGCGAGCTTCCTTTGTTTGGGGGAAAAGAGATAGAGACACTGGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCGAGCTTCCTTTGTTTGGGGGAAAAGAGATAGAGACACTGGCTGA  600

seq1  ACAAAAAGTAAGTCTTGCCCTGTAGCCCCCACCCTTCACCCCGTGGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAGTAAGTCTTGCCCTGTAGCCCCCACCCTTCACCCCGTGGTCTC  650

seq1  TCTCAGTGTTCTGCTGTTGAAGTCTTCATGGCACATGTATCATGGCCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGTTCTGCTGTTGAAGTCTTCATGGCACATGTATCATGGCCAGC  700

seq1  ACTTCCCTGAGACCGGAGTTGGAAAATTCTCCATCTCCTTCTATATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCTGAGACCGGAGTTGGAAAATTCTCCATCTCCTTCTATATAAAG  750

seq1  AAAATTAATACGTGGCATGAAAAGGACCCTGCCAGGAAAGAACAGTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATACGTGGCATGAAAAGGACCCTGCCAGGAAAGAACAGTGTAT  800

seq1  CCATGTCCATGGTGGGTCCT-GGAGATTCACAGTAGACTCAAGAGAGACT  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCCATGGTGGGTCCTGGGAGATTCACAGTAGACTCAAGAGAGACT  850

seq1  CCGCTGTTCTTCTCTAGATGGGGCCTTCCAAGGCTGACTTTTCAAATCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGTTCTTCTCTAGATGGGGCCTTCCAAGGCTGACTTTTCAAATCCC  900

seq1  TGATTGAATTCCCAGCAAACTACTCTTCCCAACTCTAACCAGAAAAGCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAATTCCCAGCAAACTACTCTTCCCAACTCTAACCAGAAAAGCAT  950

seq1  GTTTATATAAACATGAAATTCCATCAGTGTAGAGCCCTGTGCGGCCCAGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTTATATAAACATGAAATTCCATCAGTGTAGAGCCCTGTGC-GCCCAGT  999

seq1  TGCCAGAGCTCTTAATAACGCCCTATTGTGTTACTGTGGCGTTCTAGGTT  1049
      ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  TGCCAGAGCTCTTTAT-ACGCCCTATTGGGTTACTGTGGCGTTCTAGG-T  1047

seq1  ATCATTATACGGTCTTTG-CTCCTGGTTGAGAAAACATG-ACGTTC-CA-  1095
      |||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| || || 
seq2  ATCAATATAC-GTCTTTGCCTCCTGGTTGAG-AAACATGAACGGTCTCAG  1095

seq1  TTAACT--ATA-TAATCTGGGCT-CTCTCCAGGCCAGAGATACA--TCCT  1139
      ||||||  ||| |||||  |||| |||||||| | ||| |||||  ||  
seq2  TTAACTTAATATTAATCCTGGCTCCTCTCCAGCCAAGAAATACACTTCTG  1145

seq1  GCTTAGAGCTGAAATGAGCCGAGCTTTAAAAGTGC-CCCTGT  1180
      ||||  ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  GCTT--AGCTGAATTGAGTCGAGCTTTAAAAGTGCTCCCTGT  1185

seq1: chr6_87439002_87439928
seq2: B6Ng01-172A23.g_63_990 (reverse)

seq1  CTTCCTACAGACGG-AAATCTGCAGATACAGATTTCTTTTTTTAGTTGGT  49
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTACAGACGGAAAATCTGCAGATACAGATTTCTTTTTTTAGTTGGT  50

seq1  GAAGGTGTTGGTGGTAAAGGAGTTAGAAGGGGCAAGCCCACAGAAATCCT  99
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTTGGTGGTAAAGGAGTTAGAAAGGGCAAGCCCACAGAAATCCT  100

seq1  CTCAGTTATAGGAGGCTATTGAAGCCTGCTCTTCCTACAACCCCAGCTCA  149
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTATAGGAGGCTATTGAAGCTTGCTCTTCCTACAACCCCAGCTCA  150

seq1  TCACAAGAAAGCCCACTCCAGCTGTCCTAGGGGCCCAGCCATGGAATTTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGAAAGCCCACTCCAGCTGTCCTAGGGGCCCAGCCATGGAATTTC  200

seq1  CTGCTGAAACCAGCTTTCCAATCCCTTTGCTTCTGGTCACCTCCACCTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAAACCAGCTTTCCAATCCCTTTGCTTCTGGTCACCTCCACCTAG  250

seq1  CTTGGTATCAGCATGCCAAGTGTCTCTCACCGTTTGAGATGAACTGATTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTATCAGCATGCCAAGTGTCTCTCACCGTTTGAGATGAACTGATTC  300

seq1  TAACCCAGCTTGCCATTGTCTCTTATCCAGAAAAGCCTTTCCTGTGGGTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCAGCTTGCCATTGTCTCTTATCCAGAAAAGCCTTTCCTGTGGGTA  350

seq1  TCTCCAGGGGGTAGAATTGGAAAGAAAAGATGCTCAGGAGAGAACCAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGGGGGTAGAATTGGAAAGAAAAGATGCTCAGGAGAGAACCAAAA  400

seq1  GCTACCTGAGTAACCACAGGGTACCTTTGAAATGGGGTGAGAAGTTGTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTGAGTAACCACAGGGTACCTTTGAAATGGGGTGAGAAGTTGTGC  450

seq1  TGTTACCCACTTAAGAGTTACTAAGACTGAACCCCAGAACTGCCAGGACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCCACTTAAGAGTTACTAAGACTGAACCCCAGAACTGCCAGGACT  500

seq1  CTACCCAATGAGGCCTAGCCAAACACCAAGCAAGGCTCTCTTCCTCCCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCAATGAGGCCTAGCCAAACACCAAGCAAGGCTCTCTTCCTCCCTG  550

seq1  CGGAAGTCCTCCTGGGCCAAATCTCTGGTGCTCCTCTTTGCTACAAACAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGTCCTCCTGGGCCAAATCTCTGGTGCTCCTCTTTGCTACAAACAT  600

seq1  GCACTGTCAAAAGACATCTTCTTGGTTTACCAGTTCCTGAAGGTCCTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTCAAAAGACATCTTCTTGGTTTACCAGTTCCTGAAGGTCCTTAG  650

seq1  GAAATGCTTCCTTAAGTCACTGCCTCTGGTGTCTCACTGCAGGAACTTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTTCCTTAAGTCACTGCCTCTGGTGTCTCACTGCAGGAACTTCT  700

seq1  TCACTGGTACCCTGCTCTGTCCTTGGCCCTATAATTTACATTTTATTCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGTACCCTGCTCTGTCCTTGGCCCTATAATTTACATTTTATTCTC  750

seq1  AACTCACATGAATTTTAAACATGAGCCGTATCATGCCACTCTACCTAGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACATGAATTTTAAACATGAGCCGTATCATGCCACTCTACCTAGAC  800

seq1  CTTCCCAGTGGCTTTCTGTCCTTCTAGCAGAGAAGCTCAATTTCTTATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAGTGGCTTTCTGTCCTTCTAGCAGAGAAGCTCAATTTCTTATAA  850

seq1  TTGCTAAGAGGTGCCTCTCAAACCACCTTCCCACTTCTGCAATCAAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAGAGGTGCCTCTCAAACCACCTTCCCACTTCTGCAATCAAGGCA  900

seq1  CCTGACCACACGGGTCCACTTGGAATTC  927
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCACACGGGTCCACTTGGAATTC  928