BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172E11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 27,625,617 - 27,774,376
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm8
Upstream geneLOC100041247
Downstream gene6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350, Snd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172E11.bB6Ng01-172E11.g
ACCGA000938GA000939
length1,1311,144
definitionB6Ng01-172E11.b B6Ng01-172E11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,773,242 - 27,774,376)(27,625,617 - 27,626,760)
sequence
gaattccgtggaaatgacgttgcattcttctctgagcatcacttaatagg
ggtcaggatgtcaatatgtgtcattactgctggtactgaccagggtcatt
gggttatctggtttctgcttcattttacattactattgtgtacctcattg
cttgaaacatattttgggaggaatgttttgagattattcaaatcatattt
gtcctcaacctttcatccaatgactttttccgacaacagattattcagcc
gggaagcatggcccttctgtttgtctagataaactctctgtgtccttcag
caggttcacatcagtattgatttgtttctatggagaattggttactcttc
tcttgctgtgataaaatgccctgaaacccttgggaggacgggtttatttg
gatgtgcagttccaaagtggacacagtccaacatgataggaaaggcagcc
catcacacttcattcccacataggaaacaaagatgatgccagttgaaccc
agctacagaacctccaactccgaccaccggagtggacttgcttcctttag
gttctgcagcctccaaaaatggtgtcaggaagtgggaaggaaccaagcac
tcaaaccttagtctatggggaccgtttctcattcaaagcactgcatacag
gaccatcccatcttgtcactgtcattagtgtgctgcttgggttatgttag
tgctggacattaagtacttcatcctcgcttctcttctggggtaaaggcac
atcttttttctgagaacttccttccctgacttcttcatactctaataaag
gatcatttgtactttacccattctgttttgatagggactagctttccatg
ttttcattggttagaaaatggtgttcaggatcctggatgtatatttaaag
ccactgtagcctcaggattaatttttggcattctttatttgtaacttatt
tgttcaatagtggaaatttaattttggtatacataatacattcacttact
taattctaataacatatatatgagtctaggattgttaaattttaccatga
cgaggacatatttactattctaataatcacataggaattatttaactgta
cttataggtaatatccaataaactaacactt

gaattcacatcatcaggcctaggtggcaagttctttacttgctgagcttt
ctcatcaaccatttatttatttgtttgtttgtttgttttaatgtaaccat
actgctataactgatttcacagtcctgtagttttcctataaggaaagttt
aggatacaatacattattgctacatttgatctatcattcaatctgatata
ttttgaacataaattcagtaatacaactggctgttaaattgatgtacact
aagcaagtatttgctgtgtaataattgaaaagtcctagagataaaataat
gaggtaactggtagttggctttcttattttctctccttgtcacctggtat
tgtcactccgtttgaattcctatccatcacttactgcaatgccatccaac
aacaaatatggagaccacattttagtttttagcaaccatataagttaaat
tagatcaaacaagtaaatttaattttagaaatatattttagcttcataaa
tataaaatattatcatttctcaatgtaattagtataaattgagcaagatc
atatatgttgctttccattgtaagtctttgacaccaattcatggtgtaca
ctgatcacatgtcatatgaaagtcacattccaaggctctgaaatcttcta
tagccagtggctactgtcctgtatagtacatattagaaatgaggctttcc
agacagaggatcctgacaacggtatcatgagtggaacttacaccacaacc
ttcacctcatttgcagcgaaaaaaaaattcttgtatttgcagtctctata
ataggggctatactgttaacccagtgaacacaagaatggtgtaggaataa
gctggcatgctgagtttgcatccgcacctatctacatttttggcaagagc
ctcttctttcccttcatctcaaacagtgtgtggaggaactaaaataaata
agctggtgatctagtacatgccactggaaacttccatttttgtgtgccaa
tccattaactgtagtattcagtacagttaatcactagttaacaagcaatc
tcttttatgtcttttatgttcatgttcatagtctacgtattgtccctgtt
aatgtgataaggatcaagctctatgtcccctgaagaatccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_27773242_27774376
seq2: B6Ng01-172E11.b_40_1170 (reverse)

seq1  AAGTGTTAGTTTTATTGAATATTA-CTAT-AGTACAGTTAAAATAATT-C  47
      ||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||| |
seq2  AAGTGTTAG-TTTATTGGATATTACCTATAAGTACAGTT-AAATAATTCC  48

seq1  TATGTGATAATTTAGATAGTAAATATGTTCCTCGTCATGGTAAAATTTAA  97
      |||||||| |||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATTATTAGAATAGTAAATATG-TCCTCGTCATGGTAAAATTTAA  97

seq1  CAATCCTAGACTCATTATATATGTATATTAGAATTAAGTAAGTGAATGTA  147
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTAGACTCA-TATATATGT-TATTAGAATTAAGTAAGTGAATGTA  145

seq1  TTATGTTATACCAAAATTAAATTTCCCACTATTGAACAAATAAGTTACAA  197
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATG-TATACCAAAATTAAATTT-CCACTATTGAACAAATAAGTTACAA  193

seq1  ATAAAGAATGCCAAAAATTAATCCTGAGGCTACAGTGGCTTTAAATATAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAATGCCAAAAATTAATCCTGAGGCTACAGTGGCTTTAAATATAC  243

seq1  ATCCAGGATCCTGAACACCATTTTCTAACCAATGAAAACATGGAAAGCTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGATCCTGAACACCATTTTCTAACCAATGAAAACATGGAAAGCTA  293

seq1  GTCCCTATCAAAACAGAATGGGTAAAGTACAAATGATCCTTTATTAGAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTATCAAAACAGAATGGGTAAAGTACAAATGATCCTTTATTAGAGT  343

seq1  ATGAAGAAGTCAGGGAAGGAAGTTCTCAGAAAAAAGATGTGCCTTTACCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGTCAGGGAAGGAAGTTCTCAGAAAAAAGATGTGCCTTTACCC  393

seq1  CAGAAGAGAAGCGAGGATGAAGTACTTAATGTCCAGCACTAACATAACCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGAAGCGAGGATGAAGTACTTAATGTCCAGCACTAACATAACCC  443

seq1  AAGCAGCACACTAATGACAGTGACAAGATGGGATGGTCCTGTATGCAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCACACTAATGACAGTGACAAGATGGGATGGTCCTGTATGCAGTG  493

seq1  CTTTGAATGAGAAACGGTCCCCATAGACTAAGGTTTGAGTGCTTGGTTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAATGAGAAACGGTCCCCATAGACTAAGGTTTGAGTGCTTGGTTCC  543

seq1  TTCCCACTTCCTGACACCATTTTTGGAGGCTGCAGAACCTAAAGGAAGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTTCCTGACACCATTTTTGGAGGCTGCAGAACCTAAAGGAAGCA  593

seq1  AGTCCACTCCGGTGGTCGGAGTTGGAGGTTCTGTAGCTGGGTTCAACTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACTCCGGTGGTCGGAGTTGGAGGTTCTGTAGCTGGGTTCAACTGG  643

seq1  CATCATCTTTGTTTCCTATGTGGGAATGAAGTGTGATGGGCTGCCTTTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCTTTGTTTCCTATGTGGGAATGAAGTGTGATGGGCTGCCTTTCC  693

seq1  TATCATGTTGGACTGTGTCCACTTTGGAACTGCACATCCAAATAAACCCG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGTTGGACTGTGTCCACTTTGGAACTGCACATCCAAATAAACCCG  743

seq1  TCCTCCCAAGGGTTTCAGGGCATTTTATCACAGCAAGAGAAGAGTAACCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAAGGGTTTCAGGGCATTTTATCACAGCAAGAGAAGAGTAACCA  793

seq1  ATTCTCCATAGAAACAAATCAATACTGATGTGAACCTGCTGAAGGACACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCATAGAAACAAATCAATACTGATGTGAACCTGCTGAAGGACACA  843

seq1  GAGAGTTTATCTAGACAAACAGAAGGGCCATGCTTCCCGGCTGAATAATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTTATCTAGACAAACAGAAGGGCCATGCTTCCCGGCTGAATAATC  893

seq1  TGTTGTCGGAAAAAGTCATTGGATGAAAGGTTGAGGACAAATATGATTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCGGAAAAAGTCATTGGATGAAAGGTTGAGGACAAATATGATTTG  943

seq1  AATAATCTCAAAACATTCCTCCCAAAATATGTTTCAAGCAATGAGGTACA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCTCAAAACATTCCTCCCAAAATATGTTTCAAGCAATGAGGTACA  993

seq1  CAATAGTAATGTAAAATGAAGCAGAAACCAGATAACCCAATGACCCTGGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTAATGTAAAATGAAGCAGAAACCAGATAACCCAATGACCCTGGT  1043

seq1  CAGTACCAGCAGTAATGACACATATTGACATCCTGACCCCTATTAAGTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACCAGCAGTAATGACACATATTGACATCCTGACCCCTATTAAGTGA  1093

seq1  TGCTCAGAGAAGAATGCAACGTCATTTCCACGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAGAAGAATGCAACGTCATTTCCACGGAATTC  1131


seq1: chr6_27625617_27626760
seq2: B6Ng01-172E11.g_65_1208

seq1  GAATTCACATCATCAGGCCTAGGTGGCAAGTTCTTTACTTGCTGAGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCATCAGGCCTAGGTGGCAAGTTCTTTACTTGCTGAGCTTT  50

seq1  CTCATCAACCATTTATTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATGTAACCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAACCATTTATTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATGTAACCAT  100

seq1  ACTGCTATAACTGATTTCACAGTCCTGTAGTTTTCCTATAAGGAAAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTATAACTGATTTCACAGTCCTGTAGTTTTCCTATAAGGAAAGTTT  150

seq1  AGGATACAATACATTATTGCTACATTTGATCTATCATTCAATCTGATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAATACATTATTGCTACATTTGATCTATCATTCAATCTGATATA  200

seq1  TTTTGAACATAAATTCAGTAATACAACTGGCTGTTAAATTGATGTACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACATAAATTCAGTAATACAACTGGCTGTTAAATTGATGTACACT  250

seq1  AAGCAAGTATTTGCTGTGTAATAATTGAAAAGTCCTAGAGATAAAATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTATTTGCTGTGTAATAATTGAAAAGTCCTAGAGATAAAATAAT  300

seq1  GAGGTAACTGGTAGTTGGCTTTCTTATTTTCTCTCCTTGTCACCTGGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAACTGGTAGTTGGCTTTCTTATTTTCTCTCCTTGTCACCTGGTAT  350

seq1  TGTCACTCCGTTTGAATTCCTATCCATCACTTACTGCAATGCCATCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTCCGTTTGAATTCCTATCCATCACTTACTGCAATGCCATCCAAC  400

seq1  AACAAATATGGAGACCACATTTTAGTTTTTAGCAACCATATAAGTTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATATGGAGACCACATTTTAGTTTTTAGCAACCATATAAGTTAAAT  450

seq1  TAGATCAAACAAGTAAATTTAATTTTAGAAATATATTTTAGCTTCATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAAACAAGTAAATTTAATTTTAGAAATATATTTTAGCTTCATAAA  500

seq1  TATAAAATATTATCATTTCTCAATGTAATTAGTATAAATTGAGCAAGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATATTATCATTTCTCAATGTAATTAGTATAAATTGAGCAAGATC  550

seq1  ATATATGTTGCTTTCCATTGTAAGTCTTTGACACCAATTCATGGTGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTGCTTTCCATTGTAAGTCTTTGACACCAATTCATGGTGTACA  600

seq1  CTGATCACATGTCATATGAAAGTCACATTCCAAGGCTCTGAAATCTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCACATGTCATATGAAAGTCACATTCCAAGGCTCTGAAATCTTCTA  650

seq1  TAGCCAGTGGCTACTGTCCTGTATAGTACATATTAGAAATGAGGCTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTGGCTACTGTCCTGTATAGTACATATTAGAAATGAGGCTTTCC  700

seq1  AGACAGAGGATCCTGACAACGGTATCATGAGTGGAACTTACACCACAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGGATCCTGACAACGGTATCATGAGTGGAACTTACACCACAACC  750

seq1  TTCACCTCATTTGCAGCGAAAAAAAAATTCTTGTATTTGCAGTCTCTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTCATTTGCAGCGAAAAAAAAATTCTTGTATTTGCAGTCTCTATA  800

seq1  ATAGGGGCTATACTGTTAACCCAGTGAACACAAGAATGGTGTAGGAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGCTATACTGTTAACCCAGTGAACACAAGAATGGTGTAGGAATAA  850

seq1  GCTGGCATGCTGAGTTTGCATCCGCACCTATCTACATTTTTGGCAAGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCATGCTGAGTTTGCATCCGCACCTATCTACATTTTTGGCAAGAGC  900

seq1  CTCTTCTTTCCCTTCATCTCAAACAGTGTGTGGAGGAACT-AAATAAATA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCTTCTTTCCCTTCATCTCAAACAGTGTGTGGAGGAACTAAAATAAATA  950

seq1  AGCTGGTGATCTAGTACATGCCACTGGAAACTTCCATTTTTGTGTGCCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTGATCTAGTACATGCCACTGGAAACTTCCATTTTTGTGTGCCAA  1000

seq1  TCCATTAACTGTAGTATTCAGGTACAGTTAATCAACTAGTTACAAGGCAA  1049
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||
seq2  TCCATTAACTGTAGTATTCA-GTACAGTTAATC-ACTAGTTAACAAGCAA  1048

seq1  TCTTCTTTTATGTC-TTTATGTTCATG-TCATAGTTCTACGTATTGT-CC  1096
      || ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||
seq2  TC-TCTTTTATGTCTTTTATGTTCATGTTCATAG-TCTACGTATTGTCCC  1096

seq1  TGTT-ATGTGGTTAAGGGATCAAAAGCTCATTGT-CCCTGAAGA--CCTT  1142
      |||| ||||| |  | |||||  ||||||  ||| |||||||||  ||||
seq2  TGTTAATGTGAT--AAGGATC--AAGCTCTATGTCCCCTGAAGAATCCTT  1142

seq1  CC  1144
      ||
seq2  CC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |