BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174B09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 30,797,463 - 30,892,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCopg2, Tsga13
Upstream gene4631427C17Rik, D330017J20Rik, 1700023L04Rik, 1700080G18Rik, Nrf1, Ube2h, Zc3hc1, 2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2
Downstream geneKlf14, LOC100038973, AB041803, Mkln1, Podxl, EG619959, LOC620104
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174B09.bB6Ng01-174B09.g
ACCGA002262GA002263
length1,010996
definitionB6Ng01-174B09.b B6Ng01-174B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,891,463 - 30,892,470)(30,797,463 - 30,798,457)
sequence
gaattcttctccctagaattccatgctgcagtgtatgggcctgggacatg
cttctggacttggaggtaccacctgtcacacctatccccagggtacaagt
ggtagctatgaagaaagaaaaaccaagtatcttagacctgtgctgacatt
ccatcttgaaaccccaggcaaatgtgacttgggtactgggggtagaaggc
agtcttatttgctctcagttgggaaaccaagtctggttattcctgcaagt
cagcatgtcagacttgggacttctgccttcttaaatgggacaatgcagtc
tacccttcagctcccaccagcatctaaggtgtatcccttgaaaatatcag
atagctgatttagggttttgatctttggaaaaggacaagtttcgatttcc
ctatcgacttccctattcaatgtacttatctatacagctgtaaaggaaag
cagaatcatgaaatttgcagataagtggatggatctagaaaagattgtac
tgagtggggtaaccagaccagaagcaatgctacacattctctctcatcct
gtggttcctagatctgtatctttagatctttagatctacggagcatgaag
catccaaagaagccaggtaaatataaacagactgtgacgggggcagaggg
cggggacaggggtgttgagagagaaatagcaggatataggcaatatgaag
ttggaaatggaagacaagaagagggttttcaactgggcaatgggaggtcc
acaccaaagggggattctaagactctacacattttggacactggattcag
atcatttctagctggatcgatctgataacatcttatctgtgagctagctt
ctgtagtaccagaaaggactgtgcaagctgccaaggaagtgctatggtgc
atggtcccctactgaagcctctggggaacacagacacccagcggtattct
atttagtggtcccagtaggaaacgtgatacattcaatttggtcaatatga
ccctcaacaa
gaattcctatagctgggcaatagtggtgtacatctttacatggaatatga
ctgaagcagctattttggaaaactagagtctggtgtaatctataaaatgc
agaggtatatatggtaaccctatacttctatatatactgtaaagaagtat
atgcttaaatattaaaaatagggatggagactgctgtggtttgaatgtgt
tcctcagaagtgcatgcatcaaaaacttgaccctcaaatccatatgctaa
tgctatttatagagaagcctttgggggctaattcggattagatggcatca
tgggggttgggccacttaacaacatgaggaacgctataagagaagacacc
tcaagtaacacccttgctgtctcaccaggtgagacaaccaggttttccag
atgctgagcaaatgccagaagcatgctcttgccttcccaacctctaaaat
tgagccaaatccaacatttcttagaaaaagtttcttggttttagataaag
atggtacttacaatgtgatatgttctaataaacccattttttgaatttaa
ttttatttgtaattcactttttacactccatatttcattccctgcccctc
cccattcaccctcagactgctccacatcccacacctcctccccactcacc
ccttatccacgtggatcctcccacgcacccccaccccaccagacctctaa
actccctggggcttctagtctcttgagggttaggggcatcatctctgaat
gaacacagacctggaagtcctgtactgtatgtgtattaggggcctcatat
cagctggttgtatgctgtctgtttggtggtccagtgtttgaaagatctcg
aggtccagattgagactttctggccctccgacagattcttctccttctcc
tcagattctttcaatgaaaacaatataactcaaaactgctttttatgcta
tctaccaacatttcttgttcatatcagcgtatcatacctgagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_30891463_30892470
seq2: B6Ng01-174B09.b_45_1054 (reverse)

seq1  TTGTTGA-GGTC-TATTGACCAATTTGAATGTATCACGTTTCCTACTGGG  48
      ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGGGTCATATTGACCAAATTGAATGTATCACGTTTCCTACTGGG  50

seq1  ACCACT-AATAGAATACCGCTGGGTGTCTTGTGTTCCCCAGAGGCTTCAG  97
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAAATAGAATACCGCTGGGTGTC-TGTGTTCCCCAGAGGCTTCAG  99

seq1  TAGGGGACCATGCACCATAGCACTTCCTTGGCAGCTTGCACAGTCCTTTC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGACCATGCACCATAGCACTTCCTTGGCAGCTTGCACAGTCCTTTC  149

seq1  TGGTACTACAGAAGCTAGCTCACAGATAAGATGTTATCAGATCGATCCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTACAGAAGCTAGCTCACAGATAAGATGTTATCAGATCGATCCAG  199

seq1  CTAG-AATGATCTGAATCCAGTGTCCAAAATGTGTAGAGTCTTAGAATCC  246
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATGATCTGAATCCAGTGTCCAAAATGTGTAGAGTCTTAGAATCC  249

seq1  CCCTTTGGTGTGGACCTCCCATTGCCCAGTTGAAAACCCTCTTTCTTGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCTTTGGTGTGGACCTCCCATTGCCCAGTTGAAAACCCTC-TTCTTGTC  298

seq1  TTCCATTTCCAACTTCATATTGCCTATATCCTGCTATTTCTCTCTCAACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTCCAACTTCATATTGCCTATATCCTGCTATTTCTCTCTCAACA  348

seq1  CCCCTGTCCCCGCCCTCTGCCCCCGTCACAGTCTGTTTATATTTACCTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTCCCCGCCCTCTGCCCCCGTCACAGTCTGTTTATATTTACCTGG  398

seq1  CTTCTTTGGATGCTTCATGCTCCGTAGATCTAAAGATCTAAAGATACAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGGATGCTTCATGCTCCGTAGATCTAAAGATCTAAAGATACAGA  448

seq1  TCTAGGAACCACAGGATGAGAGAGAATGTGTAGCATTGCTTCTGGTCTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAACCACAGGATGAGAGAGAATGTGTAGCATTGCTTCTGGTCTGG  498

seq1  TTACCCCACTCAGTACAATCTTTTCTAGATCCATCCACTTATCTGCAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCACTCAGTACAATCTTTTCTAGATCCATCCACTTATCTGCAAAT  548

seq1  TTCATGATTCTGCTTTCCTTTACAGCTGTATAGATAAGTACATTGAATAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATTCTGCTTTCCTTTACAGCTGTATAGATAAGTACATTGAATAG  598

seq1  GGAAGTCGATAGGGAAATCGAAACTTGTCCTTTTCCAAAGATCAAAACCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCGATAGGGAAATCGAAACTTGTCCTTTTCCAAAGATCAAAACCC  648

seq1  TAAATCAGCTATCTGATATTTTCAAGGGATACACCTTAGATGCTGGTGGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAGCTATCTGATATTTTCAAGGGATACACCTTAGATGCTGGTGGG  698

seq1  AGCTGAAGGGTAGACTGCATTGTCCCATTTAAGAAGGCAGAAGTCCCAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGGTAGACTGCATTGTCCCATTTAAGAAGGCAGAAGTCCCAAG  748

seq1  TCTGACATGCTGACTTGCAGGAATAACCAGACTTGGTTTCCCAACTGAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACATGCTGACTTGCAGGAATAACCAGACTTGGTTTCCCAACTGAGA  798

seq1  GCAAATAAGACTGCCTTCTACCCCCAGTACCCAAGTCACATTTGCCTGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAAGACTGCCTTCTACCCCCAGTACCCAAGTCACATTTGCCTGGG  848

seq1  GTTTCAAGATGGAATGTCAGCACAGGTCTAAGATACTTGGTTTTTCTTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAGATGGAATGTCAGCACAGGTCTAAGATACTTGGTTTTTCTTTC  898

seq1  TTCATAGCTACCACTTGTACCCTGGGGATAGGTGTGACAGGTGGTACCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGCTACCACTTGTACCCTGGGGATAGGTGTGACAGGTGGTACCTC  948

seq1  CAAGTCCAGAAGCATGTCCCAGGCCCATACACTGCAGCATGGAATTCTAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCAGAAGCATGTCCCAGGCCCATACACTGCAGCATGGAATTCTAG  998

seq1  GGAGAAGAATTC  1008
      ||||||||||||
seq2  GGAGAAGAATTC  1010

seq1: chr6_30797463_30798457
seq2: B6Ng01-174B09.g_68_1063

seq1  GAATTCCTATAGCTGGGCAATAGTGGTGTACATCTTTACATGGAATATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATAGCTGGGCAATAGTGGTGTACATCTTTACATGGAATATGA  50

seq1  CTGAAGCAGCTATTTTGGAAAACTAGAGTCTGGTGTAATCTATAAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCAGCTATTTTGGAAAACTAGAGTCTGGTGTAATCTATAAAATGC  100

seq1  AGAGGTATATATGGTAACCCTATACTTCTATATATACTGTAAAGAAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTATATATGGTAACCCTATACTTCTATATATACTGTAAAGAAGTAT  150

seq1  ATGCTTAAATATTAAAAATAGGGATGGAGACTGCTGTGGTTTGAATGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAAATATTAAAAATAGGGATGGAGACTGCTGTGGTTTGAATGTGT  200

seq1  TCCTCAGAAGTGCATGCATCAAAAACTTGACCCTCAAATCCATATGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAAGTGCATGCATCAAAAACTTGACCCTCAAATCCATATGCTAA  250

seq1  TGCTATTTATAGAGAAGCCTTTGGGGGCTAATTCGGATTAGATGGCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTATAGAGAAGCCTTTGGGGGCTAATTCGGATTAGATGGCATCA  300

seq1  TGGGGGTTGGGCCACTTAACAACATGAGGAACGCTATAAGAGAAGACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTTGGGCCACTTAACAACATGAGGAACGCTATAAGAGAAGACACC  350

seq1  TCAAGTAACACCCTTGCTGTCTCACCAGGTGAGACAACCAGGTTTTCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAACACCCTTGCTGTCTCACCAGGTGAGACAACCAGGTTTTCCAG  400

seq1  ATGCTGAGCAAATGCCAGAAGCATGCTCTTGCCTTCCCAACCTCTAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAGCAAATGCCAGAAGCATGCTCTTGCCTTCCCAACCTCTAAAAT  450

seq1  TGAGCCAAATCCAACATTTCTTAGAAAAAGTTTCTTGGTTTTAGATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAAATCCAACATTTCTTAGAAAAAGTTTCTTGGTTTTAGATAAAG  500

seq1  ATGGTACTTACAATGTGATATGTTCTAATAAACCCATTTTTTGAATTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTACTTACAATGTGATATGTTCTAATAAACCCATTTTTTGAATTTAA  550

seq1  TTTTATTTGTAATTCACTTTTTACACTCCATATTTCATTCCCTGCCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTGTAATTCACTTTTTACACTCCATATTTCATTCCCTGCCCCTC  600

seq1  CCCATTCACCCTCAGACTGCTCCACATCCCACACCTCCTCCCCACTCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCACCCTCAGACTGCTCCACATCCCACACCTCCTCCCCACTCACC  650

seq1  CCTTATCCACGTGGATCCTCCCACGCACCCCCACCCCACCAGACCTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCCACGTGGATCCTCCCACGCACCCCCACCCCACCAGACCTCTAA  700

seq1  ACTCCCTGGGGCTTCTAGTCTCTTGAGGGTTAGGGGCATCATCTCTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGGGGCTTCTAGTCTCTTGAGGGTTAGGGGCATCATCTCTGAAT  750

seq1  GAACACAGACCTGGAAGTCCTGTACTGTATGTGTATTAGGGGCCTCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGACCTGGAAGTCCTGTACTGTATGTGTATTAGGGGCCTCATAT  800

seq1  CAGCTGG-TGTATGCTGTCTGTTTGGTGGTCCAGTGTTTGAAAGATCTCG  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGTTGTATGCTGTCTGTTTGGTGGTCCAGTGTTTGAAAGATCTCG  850

seq1  AGGTCCAGATTGAGAC-TTCTGGCCCTCCGACAGATTCTTCTCCTTCTCC  898
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAGATTGAGACTTTCTGGCCCTCCGACAGATTCTTCTCCTTCTCC  900

seq1  TCAGATTCTTTCAATGAAAACAATATAACTCAAAACTGC-TTTTATGCCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TCAGATTCTTTCAATGAAAACAATATAACTCAAAACTGCTTTTTATG-CT  949

seq1  ATCTACCAAACATTCTCGTTCATAGCAGCGTATCATACCTGGAGTGTG  995
      |||||||||   |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  ATCTACCAACATTTCTTGTTCATATCAGCGTATCATACCT-GAGTGTG  996