BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174G13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 46,903,042 - 47,075,498
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2, LOC622745
Upstream geneRbpsuh-rs3
Downstream geneLOC100041064, LOC100041078, A930035D04Rik, Cul1, Ezh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174G13.bB6Ng01-174G13.g
ACCGA002498GA002499
length1,179655
definitionB6Ng01-174G13.b B6Ng01-174G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,903,042 - 46,904,237)(47,074,844 - 47,075,498)
sequence
gaattcagaatttgaaattgacagtattggtaccttttgactttgcttcc
tcattctgaagatgtgcccttagttctagtctgccatgatttatttattt
atttataccgttttcctttacatgctactgtgtcttcttttccctctgag
ggtgactcagccagggttttaccatagacatcattgtggcttccttcatg
ccctggcttgatttggtttgatatcctggtctttgttgttcttcagattt
gtagaggctcattgagctcaccaaaactggtgcacttaggagccatcaag
aaagttcagcaagggaaggtgcttgtctggtgaatatttgactatatttt
taaaggacttttttaacctctgaattctctgacactctaagggattttta
tcctgaaactcctatattcacttactgagagaagtaatgtttattagata
gaaactatagattcttcttacaccccaccaatgctaggcaaataaattag
aaattatttgaattcagagatgttaagcaatcctcacatagtcccaatat
gataaaatcaatgcattttaaaacacaaaccactttttctttatcctatc
ttccttcctccctccctccctcattcctcctttgcttgctcccatccttt
ttaaaaattatacctactgtgattaaatataacttggccttctctatttc
caaatcaaaggacttcctaatgccattaatgacaagtgtctcatacatca
agtgtagaactccttcccctcaatattcatggctcttaaacctatcccac
catataagaccaagaacaaagagctctgtgccatgcgacacaggaaaact
cctgcttttatttagaatgtggctgaaatatctaatgccataggcatggg
tgttgggaaggcaacatcttgaggaaagtgggaaggagtaaaaccctcta
aaacagcaaccccatcaggcagcttctgaggcgatgcctccattgatggc
tctcccacaagcagagaatctcttacatccacatctgaggtgcaattgaa
aattgtgattcttttctctgaatcttacctgtgaagctccccatgatctc
actatccaataggtcttaatagatctggcacatactttattgcccaactg
ccttggctcgtaaagaagaaacctggaga
gaattcctcactcaccaggaggagagggcttggaaataagccatatatat
ataatatttatatggtccaggacttgagcccccagcctaggacaggaagg
acagtgctgttgcaaacccaacatttgaccatcactgataccttgttcag
ggaaggagacagagcatccctggcactgagtctgatcttccctggggact
tcagtccctggcagtagcaatctttgcatgtacactcagagagctgccac
aatatgcgacaaacatcaatgtcagcattacaggaagcaccatcacagca
ccttcccctctcattctgtacttagacacaggttttcactttgtatgtgt
gttgtatgtgtgcttatgtgtgtgttcatgtctgcaggtccacatccatg
tgtgtgaaagtgcacgaggaggatatggaatgctgccacatatcttgcta
taaatatacacatagttacaggagccaggataatttatgttcaggcctct
gctacctcatacagtagcctgttgctatggttaaaggctgtggtgttggt
gtgagggagctcagagatgggctgggatttggaaggaactgcaggtttgt
tgggctgtatgttgggaaaaatatatacaatctctgtgatgaagtcctgc
ctaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_46903042_46904237
seq2: B6Ng01-174G13.b_42_1220

seq1  GAATTCAGAATTTGAAATTGACAGTATTGGTACCTTTTGACTTTGCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATTTGAAATTGACAGTATTGGTACCTTTTGACTTTGCTTCC  50

seq1  TCATTCTGAAGATGTGCCCTTAGTTCTAGTCTGCCATGATTTATTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTGAAGATGTGCCCTTAGTTCTAGTCTGCCATGATTTATTTATTT  100

seq1  ATTTATACCGTTTTCCTTTACATGCTACTGTGTCTTCTTTTCCCTCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATACCGTTTTCCTTTACATGCTACTGTGTCTTCTTTTCCCTCTGAG  150

seq1  GGTGACTCAGCCAGGGTTTTACCATAGACATCATTGTGGCTTCCTTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTCAGCCAGGGTTTTACCATAGACATCATTGTGGCTTCCTTCATG  200

seq1  CCCTGGCTTGATTTGGTTTGATATCCTGGTCTTTGTTGTTCTTCAGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTTGATTTGGTTTGATATCCTGGTCTTTGTTGTTCTTCAGATTT  250

seq1  GTAGAGGCTCATTGAGCTCACCAAAACTGGTGCACTTAGGAGCCATCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGCTCATTGAGCTCACCAAAACTGGTGCACTTAGGAGCCATCAAG  300

seq1  AAAGTTCAGCAAGGGAAGGTGCTTGTCTGGTGAATATTTGACTATATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCAGCAAGGGAAGGTGCTTGTCTGGTGAATATTTGACTATATTTT  350

seq1  TAAAGGACTTTTTTAACCTCTGAATTCTCTGACACTCTAAGGGATTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGACTTTTTTAACCTCTGAATTCTCTGACACTCTAAGGGATTTTTA  400

seq1  TCCTGAAACTCCTATATTCACTTACTGAGAGAAGTAATGTTTATTAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAACTCCTATATTCACTTACTGAGAGAAGTAATGTTTATTAGATA  450

seq1  GAAACTATAGATTCTTCTTACACCCCACCAATGCTAGGCAAATAAATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTATAGATTCTTCTTACACCCCACCAATGCTAGGCAAATAAATTAG  500

seq1  AAATTATTTGAATTCAGAGATGTTAAGCAATCCTCACATAGTCCCAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTGAATTCAGAGATGTTAAGCAATCCTCACATAGTCCCAATAT  550

seq1  GATAAAATCAATGCATTTTAAAACACAAACCACTTTTTCTTTATCCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATCAATGCATTTTAAAACACAAACCACTTTTTCTTTATCCTATC  600

seq1  TTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCATTCCTCCTTTGCTTGCTCCCATCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCATTCCTCCTTTGCTTGCTCCCATCCTTT  650

seq1  TTAAAAATTATACCTACTGTGATTAAATATAACTTGGCCTTCTCTATTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTATACCTACTGTGATTAAATATAACTTGGCCTTCTCTATTTC  700

seq1  CAAATCAAAGGACTTCCTAATGCCATTAATGACAAGTGTCTCATACATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAAGGACTTCCTAATGCCATTAATGACAAGTGTCTCATACATCA  750

seq1  AGTGTAGAACTCCTTCCCCTCAATATTCATGGCTCTTAAACCTATCCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGAACTCCTTCCCCTCAATATTCATGGCTCTTAAACCTATCCCAC  800

seq1  CATATAAGACCAAGAACAAAGAGCTCTGTGCCATGCGACACAGGAAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAGACCAAGAACAAAGAGCTCTGTGCCATGCGACACAGGAAAACT  850

seq1  CCTGCTTTTATTTAGAATGTGGCTGAAATATCTAATGCCATAGGCATGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTTATTTAGAATGTGGCTGAAATATCTAATGCCATAGGCATGGG  900

seq1  TGTTTGGAAGGCAACATCTTGAGGAAAGTGGGAAGGAGTAAAACCCTCTA  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGAAGGCAACATCTTGAGGAAAGTGGGAAGGAGTAAAACCCTCTA  950

seq1  AAACAGCAACCCCCATCAGGGCAGCTTCTGAGGCGATGCCTCCATTGATG  1000
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAA-CCCCATCA-GGCAGCTTCTGAGGCGATGCCTCCATTGATG  998

seq1  GCTCTCCCACAAGCAGAGAAATCTTCTTACAT-CACATCTGAAGGTGCAA  1049
      |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||| |
seq2  GCTCTCCCACAAGCAGAG-AATC-TCTTACATCCACATCTG-AGGTGC-A  1044

seq1  ATTGAAAATGTTGATTCTTTTCTCTGAATTCTTACCTTGTGAAGCTCCCC  1099
      |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  ATTGAAAATTGTGATTCTTTTCTCTGAA-TCTTACC-TGTGAAGCT-CCC  1091

seq1  CATGATCTCCACTAT-CAATAAGTCTT-ATAGATTCTGCACATAACTCTT  1147
      |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||   |||||||   |||
seq2  CATGATCT-CACTATCCAATAGGTCTTAATAGATCTGGCACATA---CTT  1137

seq1  TAATTTGCCACAACCTGCTTGGGGCTCGTTTAAAAGAAGAAA-CTGGAGA  1196
      ||  ||||| ||||   |||  |||||||   |||||||||| |||||||
seq2  TA--TTGCC-CAACTGCCTT--GGCTCGT---AAAGAAGAAACCTGGAGA  1179

seq1: chr6_47074844_47075498
seq2: B6Ng01-174G13.g_70_724 (reverse)

seq1  TTTAGGCAGGACTTCATCACAGAGATTGTATATATTTTTCCCAACATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCAGGACTTCATCACAGAGATTGTATATATTTTTCCCAACATACA  50

seq1  GCCCAACAAACCTGCAGTTCCTTCCAAATCCCAGCCCATCTCTGAGCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACAAACCTGCAGTTCCTTCCAAATCCCAGCCCATCTCTGAGCTCC  100

seq1  CTCACACCAACACCACAGCCTTTAACCATAGCAACAGGCTACTGTATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCAACACCACAGCCTTTAACCATAGCAACAGGCTACTGTATGAG  150

seq1  GTAGCAGAGGCCTGAACATAAATTATCCTGGCTCCTGTAACTATGTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAGGCCTGAACATAAATTATCCTGGCTCCTGTAACTATGTGTAT  200

seq1  ATTTATAGCAAGATATGTGGCAGCATTCCATATCCTCCTCGTGCACTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAGCAAGATATGTGGCAGCATTCCATATCCTCCTCGTGCACTTTC  250

seq1  ACACACATGGATGTGGACCTGCAGACATGAACACACACATAAGCACACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGGATGTGGACCTGCAGACATGAACACACACATAAGCACACAT  300

seq1  ACAACACACATACAAAGTGAAAACCTGTGTCTAAGTACAGAATGAGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACACATACAAAGTGAAAACCTGTGTCTAAGTACAGAATGAGAGGG  350

seq1  GAAGGTGCTGTGATGGTGCTTCCTGTAATGCTGACATTGATGTTTGTCGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGCTGTGATGGTGCTTCCTGTAATGCTGACATTGATGTTTGTCGC  400

seq1  ATATTGTGGCAGCTCTCTGAGTGTACATGCAAAGATTGCTACTGCCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTGGCAGCTCTCTGAGTGTACATGCAAAGATTGCTACTGCCAGGG  450

seq1  ACTGAAGTCCCCAGGGAAGATCAGACTCAGTGCCAGGGATGCTCTGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTCCCCAGGGAAGATCAGACTCAGTGCCAGGGATGCTCTGTCTC  500

seq1  CTTCCCTGAACAAGGTATCAGTGATGGTCAAATGTTGGGTTTGCAACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTGAACAAGGTATCAGTGATGGTCAAATGTTGGGTTTGCAACAGC  550

seq1  ACTGTCCTTCCTGTCCTAGGCTGGGGGCTCAAGTCCTGGACCATATAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTTCCTGTCCTAGGCTGGGGGCTCAAGTCCTGGACCATATAAAT  600

seq1  ATTATATATATATGGCTTATTTCCAAGCCCTCTCCTCCTGGTGAGTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATATATGGCTTATTTCCAAGCCCTCTCCTCCTGGTGAGTGAGG  650

seq1  AATTC  655
      |||||
seq2  AATTC  655