BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175I15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,217,687 - 80,354,485
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC621815, LOC100043392, Lrrtm4
Downstream geneLOC100043390, LOC100042991
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175I15.bB6Ng01-175I15.g
ACCGA003315GA003316
length1,2191,197
definitionB6Ng01-175I15.b B6Ng01-175I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,217,687 - 80,218,905)(80,353,292 - 80,354,485)
sequence
gaattctgaatacccacatatctaaaattgatatacaaatcaatgtgcat
ttttacaatgtgttcatactattcagacatgtagaaaatacttttgtggt
tacatgtcttactctatagttaaacataacatgaaagattattgaatggg
tactaacatttgctgtcttataaatgatcagagttcagttcctagtaccc
atgttggttgggacagaagtacctgtaactccatcatcagaatatctgac
gcctaattctggtctctgaaggcacatgcatacagaagaacacaaacaca
cacactgtcttagtcagggtttctattcatgcacaaacatcatgaccaag
aagcaagttggggaggaaagggtttattcggcttacacttccatactgct
gttcatcaccaaggaagtcaggactggaactcaagcaggtcaggaagcag
gagctgatgcagaggccatggagggatgttctttactggcttgcctcccc
tggcttgctcagcctgctctcttataaaacccaagactaccagcccagag
atggtcccacccacaaggggcctttcccccttgatcactaattgagaaaa
tgccttacagttggatctcatgaaggcatttcctcaactgaagctccttt
ctctgtgataactccagctgtgtcaagttgacacaaaactagccagtaca
cacacgcacacacacacacacacacatacacacacacaaataattatttt
taacataagcagcaaaatagagataattgatccaacttatgttccaaagt
ataataaattattttgtttctttattccctagaataagaatttgtataag
aatttgttgcaataaattttactggtacactatccagctttaacatatgt
agtttattattttaatgtgaaatataatgatcctaattatatcattcatc
cacaaaatagattatttgggaatatgttaccatttagcacatttttttca
cacacatgtacaaaaaaaaacctcataacctttttggtagtacatcctga
aaatcatcttgcctaactgttagtagcataacaagcgaagtggttttaga
gcttaatattgtagcacatggcaattcaatgaaaagttaaacatggcttg
gcttaggacatatgcatgtgactagtgggtctaagacattcatgtggtag
aaatggttaatataaacct
gaattcactttggtgttggcatcttatccccctaaactgctcatcaatat
gttcatcacttcctaacataaagttctatggagaaatatttgggacgaag
gatgcaatttgaaaacatgaatgccaaagtgtatagatagaacagtggtt
aagaatatgtctccatggccattctgcagcccagagccatgttgatgccc
atggcctctgtgatgacagagggccttctagatgtacatggcctatactg
ccatctgaaaccatatggatgtccttagcctgtattgccaccagggtcac
gatgctgtctgtggctcatgctgtatcagaggcctatgttgaaggccata
gtctatgctgctactggagaccatgctggcttctgtagtaaatgctcatc
ctggaaactatgtggaagtccatgacccaggctcctgctgttggtaaagg
gcaaggaagctgcttttgcaatgggatcaatgtctgcagattcacagttg
agaataagggacaaagaatgcctgtagaaaaaccccttctccaaatccaa
cctagccctccaaaacagtaacaacctagacagaagtccatcaaagagaa
tcttaaaaattgtgatcaggatgttgaaatgtagcatataatggggaagg
cctcagttttctttacgggactggccacagggagttggaccatgctccag
tgagcatatgagcaacacaaattgacttttttttcttgttcttctccttc
tttgtgggtgggaaaaggaatgtaataagggtgaagcatggatctggaag
gactgggaagtgaatgagatcaggattcatggtgtgaaatttccaaataa
taaaaatatgatgaaaagaaaaaagaaaggatatttgctactctttaagc
tcccacattcacatctagaggctcaataactactgcaactccaattttag
agatctgatactctcagttctccaaaagtacttatacccacaagcacaaa
ccaacacacgcacacacacacctttcataaatatatacacacacaattac
ataaaattaaataatcaattgtaaaaaaataactcatgaacattccactg
tgaaatgtctttagatgatatcaggtgaaaattcacacaataaacagcct
ataatcctgcatttcctctgaaggtggtgataatcaaggtgacatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80217687_80218905
seq2: B6Ng01-175I15.b_42_1260

seq1  GAATTCTGAATACCCACATATCTAAAATTGATATACAAATCAATGTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAATACCCACATATCTAAAATTGATATACAAATCAATGTGCAT  50

seq1  TTTTACAATGTGTTCATACTATTCAGACATGTAGAAAATACTTTTGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAATGTGTTCATACTATTCAGACATGTAGAAAATACTTTTGTGGT  100

seq1  TACATGTCTTACTCTATAGTTAAACATAACATGAAAGATTATTGAATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTCTTACTCTATAGTTAAACATAACATGAAAGATTATTGAATGGG  150

seq1  TACTAACATTTGCTGTCTTATAAATGATCAGAGTTCAGTTCCTAGTACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACATTTGCTGTCTTATAAATGATCAGAGTTCAGTTCCTAGTACCC  200

seq1  ATGTTGGTTGGGACAGAAGTACCTGTAACTCCATCATCAGAATATCTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGTTGGGACAGAAGTACCTGTAACTCCATCATCAGAATATCTGAC  250

seq1  GCCTAATTCTGGTCTCTGAAGGCACATGCATACAGAAGAACACAAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATTCTGGTCTCTGAAGGCACATGCATACAGAAGAACACAAACACA  300

seq1  CACACTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCATGCACAAACATCATGACCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCATGCACAAACATCATGACCAAG  350

seq1  AAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCGGCTTACACTTCCATACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCGGCTTACACTTCCATACTGCT  400

seq1  GTTCATCACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAG  450

seq1  GAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCCTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCCTCCCC  500

seq1  TGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAAAACCCAAGACTACCAGCCCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAAAACCCAAGACTACCAGCCCAGAG  550

seq1  ATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAA  600

seq1  TGCCTTACAGTTGGATCTCATGAAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTACAGTTGGATCTCATGAAGGCATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTT  650

seq1  CTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCAGTACA  700

seq1  CACACGCACACACACACACACACACATACACACACACAAATAATTATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGCACACACACACACACACACATACACACACACAAATAATTATTTT  750

seq1  TAACATAAGCAGCAAAATAGAGATAATTGATCCAACTTATGTTCCAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAAGCAGCAAAATAGAGATAATTGATCCAACTTATGTTCCAAAGT  800

seq1  ATAATAAATTATTTTGTTTCTTTATTCCCTAGAATAAGAATTTGTATAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAATTATTTTGTTTCTTTATTCCCTAGAATAAGAATTTGTATAAG  850

seq1  AATTTGTTGCAATAAATTTTACTGGTACACTATCCAGCTTTAACATATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTGCAATAAATTTTACTGGTACACTATCCAGCTTTAACATATGT  900

seq1  AGTTTTATTATTTTAATGTGAAATATAATGATCCTAATTATATCATTCAT  950
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTTATTATTTTAATGTGAAATATAATGATCCTAATTATATCATTCAT  949

seq1  CCACAAAATAGATTATTT-GGAATATGTTACCATTTAGCACA-TTTTTTC  998
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCACAAAATAGATTATTTGGGAATATGTTACCATTTAGCACATTTTTTTC  999

seq1  ACACACATGTACAAAAAACA--CTCATAA-CTTTTTGGTAAGTAACAT-C  1044
      |||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||| ||| |||| |
seq2  ACACACATGTACAAAAAAAAACCTCATAACCTTTTTGGT-AGT-ACATCC  1047

seq1  TGAAAATCATCTTG-CTAACTGTTAGTAGCATAACAAAGCGATGT-GTTT  1092
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||
seq2  TGAAAATCATCTTGCCTAACTGTTAGTAGCATAAC-AAGCGAAGTGGTTT  1096

seq1  TAGAGCTT-ATA-TGTAGCACATGGGCATTCAATGAAAAATGTAAAACAT  1140
      |||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||  || ||||||
seq2  TAGAGCTTAATATTGTAGCACATGGCAATTCAATGAAAA--GTTAAACAT  1144

seq1  GCTTTGCCTTTAGGAC-TATGCATGGTGAGTATTATGTTGGTGCCTAAAG  1189
      |  ||| | ||||||| ||||||| |||| ||    || |||  ||||  
seq2  GGCTTGGC-TTAGGACATATGCAT-GTGACTA----GTGGGT--CTAAGA  1186

seq1  CATTTCATGTGGTAGAA----TGTATATAAACCT  1219
      || ||||||||||||||    |  ||||||||||
seq2  CA-TTCATGTGGTAGAAATGGTTAATATAAACCT  1219

seq1: chr6_80353292_80354485
seq2: B6Ng01-175I15.g_65_1261 (reverse)

seq1  AGATGT--ACTTGATTATAAACA-CTTTAGAGGAATTGAAAGAATTATAG  47
      ||||||   ||||||||| | || ||| ||||||| ||  || |||||||
seq2  AGATGTCACCTTGATTATCACCACCTTCAGAGGAAATG-CAGGATTATAG  49

seq1  ACTGTTTTGTGTGTGAA-TTTCA-CTTATATCATCCAAAAGACATTTTCA  95
       ||||||  |||||||| ||||| || ||||||| | ||||||| |||||
seq2  GCTGTTTATTGTGTGAATTTTCACCTGATATCAT-CTAAAGACA-TTTCA  97

seq1  CAGT-GAATG-TCATGAGTTA-TTTTTTACAAATGATTTATTTTATTTTA  142
      |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||
seq2  CAGTGGAATGTTCATGAGTTATTTTTTTACAATTGA-TTATTTAATTTTA  146

seq1  TTGTTAATTGTGTGTGTATATATTTATG-AAGGTGTGTGTGTGCGTGTGT  191
      |   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  T--GTAATTGTGTGTGTATATATTTATGAAAGGTGTGTGTGTGCGTGTGT  194

seq1  TGGTTTGTGCTTGTGGGTATAAGTACTTTTGGAGAACTGAGAGTATCAGA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTGCTTGTGGGTATAAGTACTTTTGGAGAACTGAGAGTATCAGA  244

seq1  TCTCTAAAATTGGAGTTGCAGTAGTTATTGAGCCTCTAGATGTGAATGTG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAAATTGGAGTTGCAGTAGTTATTGAGCCTCTAGATGTGAATGTG  294

seq1  GGAGCTTAAAGAGTAGCAAATATCCTTTCTTTTTTCTTTTCATCATATTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTAAAGAGTAGCAAATATCCTTTCTTTTTTCTTTTCATCATATTT  344

seq1  TTATTATTTGGAAATTTCACACCATGAATCCTGATCTCATTCACTTCCCA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTGGAAATTTCACACCATGAATCCTGATCTCATTCACTTCCCA  394

seq1  GTCCTTCCAGATCCATGCTTCACCCTTATTACATTCCTTTTCCCACCCAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCCAGATCCATGCTTCACCCTTATTACATTCCTTTTCCCACCCAC  444

seq1  AAAGAAGGAGAAGAACAAGAAAAAAAAGTCAATTTGTGTTGCTCATATGC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGAGAAGAACAAGAAAAAAAAGTCAATTTGTGTTGCTCATATGC  494

seq1  TCACTGGAGCATGGTCCAACTCCCTGTGGCCAGTCCCGTAAAGAAAACTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAGCATGGTCCAACTCCCTGTGGCCAGTCCCGTAAAGAAAACTG  544

seq1  AGGCCTTCCCCATTATATGCTACATTTCAACATCCTGATCACAATTTTTA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTCCCCATTATATGCTACATTTCAACATCCTGATCACAATTTTTA  594

seq1  AGATTCTCTTTGATGGACTTCTGTCTAGGTTGTTACTGTTTTGGAGGGCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTCTTTGATGGACTTCTGTCTAGGTTGTTACTGTTTTGGAGGGCT  644

seq1  AGGTTGGATTTGGAGAAGGGGTTTTTCTACAGGCATTCTTTGTCCCTTAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGATTTGGAGAAGGGGTTTTTCTACAGGCATTCTTTGTCCCTTAT  694

seq1  TCTCAACTGTGAATCTGCAGACATTGATCCCATTGCAAAAGCAGCTTCCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACTGTGAATCTGCAGACATTGATCCCATTGCAAAAGCAGCTTCCT  744

seq1  TGCCCTTTACCAACAGCAGGAGCCTGGGTCATGGACTTCCACATAGTTTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTACCAACAGCAGGAGCCTGGGTCATGGACTTCCACATAGTTTC  794

seq1  CAGGATGAGCATTTACTACAGAAGCCAGCATGGTCTCCAGTAGCAGCATA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGAGCATTTACTACAGAAGCCAGCATGGTCTCCAGTAGCAGCATA  844

seq1  GACTATGGCCTTCAACATAGGCCTCTGATACAGCATGAGCCACAGACAGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGGCCTTCAACATAGGCCTCTGATACAGCATGAGCCACAGACAGC  894

seq1  ATCGTGACCCTGGTGGCAATACAGGCTAAGGACATCCATATGGTTTCAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGACCCTGGTGGCAATACAGGCTAAGGACATCCATATGGTTTCAGA  944

seq1  TGGCAGTATAGGCCATGTACATCTAGAAGGCCCTCTGTCATCACAGAGGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTATAGGCCATGTACATCTAGAAGGCCCTCTGTCATCACAGAGGC  994

seq1  CATGGGCATCAACATGGCTCTGGGCTGCAGAATGGCCATGGAGACATATT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCATCAACATGGCTCTGGGCTGCAGAATGGCCATGGAGACATATT  1044

seq1  CTTAACCACTGTTCTATCTATACACTTTGGCATTCATGTTTTCAAATTGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCACTGTTCTATCTATACACTTTGGCATTCATGTTTTCAAATTGC  1094

seq1  ATCCTTCGTCCCAAATATTTCTCCATAGAACTTTATGTTAGGAAGTGATG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCGTCCCAAATATTTCTCCATAGAACTTTATGTTAGGAAGTGATG  1144

seq1  AACATATTGATGAGCAGTTTAGGGGGATAAGATGCCAACACCAAAGTGAA  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTGATGAGCAGTTTAGGGGGATAAGATGCCAACACCAAAGTGAA  1194

seq1  TTC  1194
      |||
seq2  TTC  1197