BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176H09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 30,959,135 - 31,069,029
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700080G18Rik, Nrf1, Ube2h, Zc3hc1, 2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2, Copg2, Tsga13, Klf14
Downstream geneLOC100038973, AB041803, Mkln1, Podxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176H09.bB6Ng01-176H09.g
ACCGA003989GA003990
length1,028453
definitionB6Ng01-176H09.b B6Ng01-176H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,959,135 - 30,960,162)(31,068,571 - 31,069,029)
sequence
gaattctgtttctttccctcgtctttacagggaacagtctcttgactatg
cctcccaagaaaagtgtaatgaagtcaatgtgaggtaataagatgtggtg
atttgaataagaatggtccccataggcgcatatagttgaatgcttagtgt
gatggtttgtatatcctcggaccagggagtggcaccatctgaaggtgtgg
ccttgttggaataagtgtgacctggttggaatgtgtgtgtcactgtgggt
gtgggtataagatcctcaccctagttgcctggaagtcagtcttccactag
cagcctttggatgaagacatagaactctcagctctgcctgcaccatgcct
gcctggatactgccatgctcccaccttgatgatgttggactgaacctctg
aacctgtaagccagccccaattaaatgttgtctttttataagacttgcct
tggtcatggtgtctgttcacagcagtaaaaccctaactaagacacttagt
caccagggagcgacactatttgaaaggattagaaggattagggagggtga
ccttatttgaggaagtgtgtcactatgtatgagtaggctttgaggtttca
aaaatccatgctaggactcaaatctctttgccttcaggacagaatgtagc
tcttggattcttcttcagccccatgtctgcttgcatgctgccatgctctc
tgccatgatgataatggattaacatggaaactgtaagccaggccccagtt
aaatgctttccactgatagagtcatggtgtcttttcacagcaatggaata
ctgactaagacataggagaaagttacccatattaaatgaactattcttca
tattaccccttctacaaaatataagtacattagacattcacattatacaa
tatcaaacaatctgaggaataaccacacagagacgctgcaggttttaatg
ccacttcggtgatatacgtgtgatagagaggtggggcagagttagcagat
ggagcttgctcatgacagaacgtggggg
agatccccagcccccacataaaggccagggtctgagggtcacgtctgtag
tcacagctacactgggaggtagggggtaggggtggcctaggggtacaaag
actaggggacccctatctaaccagttggtctggttgggatggtagtttcc
aggttctggggttaaaaaaaaaaagacctatctcaaaaaatattaggtgg
attgatagaggaagactgaaatcttgacttccagcttggatgtgcacatg
catgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgttatagctaattgtaaaatacgtttt
aaatttttactttcttggccaccattcagtgcactaatcagagatactaa
acacattgacacacattacagtcacttccttctttcttcagaattctctc
catcaaaacacactgtgtgtttttcctaaacaactagctgcatccaccgg
ggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_30959135_30960162
seq2: B6Ng01-176H09.b_45_1072

seq1  GAATTCTGTTTCTTTCCCTCGTCTTTACAGGGAACAGTCTCTTGACTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTCTTTCCCTCGTCTTTACAGGGAACAGTCTCTTGACTATG  50

seq1  CCTCCCAAGAAAAGTGTAATGAAGTCAATGTGAGGTAATAAGATGTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAAGAAAAGTGTAATGAAGTCAATGTGAGGTAATAAGATGTGGTG  100

seq1  ATTTGAATAAGAATGGTCCCCATAGGCGCATATAGTTGAATGCTTAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATAAGAATGGTCCCCATAGGCGCATATAGTTGAATGCTTAGTGT  150

seq1  GATGGTTTGTATATCCTCGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTGTATATCCTCGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTGTGG  200

seq1  CCTTGTTGGAATAAGTGTGACCTGGTTGGAATGTGTGTGTCACTGTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGGAATAAGTGTGACCTGGTTGGAATGTGTGTGTCACTGTGGGT  250

seq1  GTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAG  300

seq1  CAGCCTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCATGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCATGCCT  350

seq1  GCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATGTTGGACTGAACCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATGTTGGACTGAACCTCTG  400

seq1  AACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCTTTTTATAAGACTTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCTTTTTATAAGACTTGCCT  450

seq1  TGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACACTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACACTTAGT  500

seq1  CACCAGGGAGCGACACTATTTGAAAGGATTAGAAGGATTAGGGAGGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGGAGCGACACTATTTGAAAGGATTAGAAGGATTAGGGAGGGTGA  550

seq1  CCTTATTTGAGGAAGTGTGTCACTATGTATGAGTAGGCTTTGAGGTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTGAGGAAGTGTGTCACTATGTATGAGTAGGCTTTGAGGTTTCA  600

seq1  AAAATCCATGCTAGGACTCAAATCTCTTTGCCTTCAGGACAGAATGTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCATGCTAGGACTCAAATCTCTTTGCCTTCAGGACAGAATGTAGC  650

seq1  TCTTGGATTCTTCTTCAGCCCCATGTCTGCTTGCATGCTGCCATGCTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATTCTTCTTCAGCCCCATGTCTGCTTGCATGCTGCCATGCTCTC  700

seq1  TGCCATGATGATAATGGATTAACATGGAAACTGTAAGCCAGGCCCCAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGATGATAATGGATTAACATGGAAACTGTAAGCCAGGCCCCAGTT  750

seq1  AAATGC-TTCCACTGATAGAGTCATGGTGTCTTTTCACAGCAATGGAATA  799
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTCCACTGATAGAGTCATGGTGTCTTTTCACAGCAATGGAATA  800

seq1  CTGACTAAGACATAGGAGAAAGTTACCCATAATAAATGAACTATTCTTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAAGACATAGGAGAAAGTTACCCATATTAAATGAACTATTCTTCA  850

seq1  TATTACCCCTTCTACAAAATATAAGTACATTAGACATTCACAATATACAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTACCCCTTCTACAAAATATAAGTACATTAGACATTCACATTATACAA  900

seq1  TATCAAAACAATCTGAGGAATAACCACAACAGAGACGCTGCAGGTTTTAA  949
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATC-AAACAATCTGAGGAATAACCAC-ACAGAGACGCTGCAGGTTTTAA  948

seq1  TGCCACTTCGGTGAATATACGTGTGATAGAGAGGTGGGGCAGAGTTAGCA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTTCGGTG-ATATACGTGTGATAGAGAGGTGGGGCAGAGTTAGCA  997

seq1  GATGGAGC-TGCTCATGACAG-ACGTGGGGG  1028
      |||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  GATGGAGCTTGCTCATGACAGAACGTGGGGG  1028

seq1: chr6_31068571_31069029
seq2: B6Ng01-176H09.g_68_526 (reverse)

seq1  CCCCCGGTGGATGCAGCTAGTTGTTTAGGAAAAACACACAGTGTGTTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGGTGGATGCAGCTAGTTGTTTAGGAAAAACACACAGTGTGTTTTG  50

seq1  ATGGAGAGAATTCTGAAGAAAGAAGGAAGTGACTGTAATGTGTGTCAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAGAATTCTGAAGAAAGAAGGAAGTGACTGTAATGTGTGTCAATG  100

seq1  TGTTTAGTATCTCTGATTAGTGCACTGAATGGTGGCCAAGAAAGTAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGTATCTCTGATTAGTGCACTGAATGGTGGCCAAGAAAGTAAAAA  150

seq1  TTTAAAACGTATTTTACAATTAGCTATAACACACACACACACACACACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACGTATTTTACAATTAGCTATAACACACACACACACACACACCC  200

seq1  ATGCATGTGCACATCCAAGCTGGAAGTCAAGATTTCAGTCTTCCTCTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTGCACATCCAAGCTGGAAGTCAAGATTTCAGTCTTCCTCTATC  250

seq1  AATCCACCTAATATTTTTTGAGATAGGTCTTTTTTTTTTTAACCCCAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACCTAATATTTTTTGAGATAGGTCTTTTTTTTTTTAACCCCAGAA  300

seq1  CCTGGAAACTACCATCCCAACCAGACCAACTGGTTAGATAGGGGTCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAACTACCATCCCAACCAGACCAACTGGTTAGATAGGGGTCCCCT  350

seq1  AGTCTTTGTACCCCTAGGCCACCCCTACCCCCTACCTCCCAGTGTAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTGTACCCCTAGGCCACCCCTACCCCCTACCTCCCAGTGTAGCTG  400

seq1  TGACTACAGACGTGACCCTCAGACCCTGGCCTTTATGTGGGGGCTGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACAGACGTGACCCTCAGACCCTGGCCTTTATGTGGGGGCTGGGGA  450

seq1  TCTGAATTC  459
      |||||||||
seq2  TCTGAATTC  459