BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176N10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 146,363,628 - 146,570,895
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3
Upstream geneIfltd1, LOC100042879, Tuba3b, Rassf8, Bhlhb3, Sspn
Downstream geneSurb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh, EG622129, Ccdc91
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176N10.bB6Ng01-176N10.g
ACCGA004269GA004270
length1,170891
definitionB6Ng01-176N10.b B6Ng01-176N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,363,628 - 146,364,800)(146,570,008 - 146,570,895)
sequence
gaattcttttcccacttgatctgcttctttctgggtatattatcaaaaca
acaagaaaaataacaaaactaccaacccagaattatcataggcaaaaact
gagttatataaactggccctgacatgacaatgacttttgcagaaaggggt
ttccttattcattatttcagaaagagagaaagagagagactaacagcaca
gtgtccaggcctcacctctgcagctaagtagttcccagtggcaagatgct
taaacctgaacaggctgttccactgtcccgcacctccgcggcatggatcg
tggtgaaccacctaaagagaaggagagtctagtgaccaaatggtatctac
atgtcagtcagcaagagtcaacatccagagtaccctgctgtgtggctgaa
gccatcatatataacaatgtagaagaaacataaactttccatcagagagc
aagaaacataccacgcctcacttgtgggtgcccatgcctcacacctgtaa
atgctgtcttaatacaatgttctgtcaggggatagtggctcacaagtgaa
atcccagtgcttgggatgatgagagacaggactgcccaaatgttcaaggt
caccttgtgctgcacagtgagtcccaggccagcctgggctacaaaatgag
actctgcctaatgcataccatcactaggccacagaattggaaaagtctga
gcaaaacaccagcatcaaagccaggcgggcacaggctgcatgaaaccctt
tccaggagttgtatatggaccttacttccttgcctgttccgtgtctgatt
ttcctgttactctctactttaatgacaattattttcttatacttttgtca
agagcaacttagctcactctgttactggctcccttactcccgaccttgca
ggtctcatgcctaccttggcactctcttttgcctgtacttgagcagcaca
ccctctgacaccttgtgctagtcctctctgagacaggtgcaaacaagttt
gctaaaaaaaatgctaaaatgaatgctatgctatcctagctttttactgt
caactgacacaacctagattacctgggaaggaggacctcaatttcagacc
tgcttacatccgaaatggccaacagaccgtgtggggacttcctggaatgc
tctttgacattaaaaggcag
gaattccagaaaagtccaaagacgtgaccagtggtgtctgaatgaaagag
cagtggtgagccaggggtgtccattagcatctggtccaggcagcactggg
aaagagtcagctcacagtgatggctaagcgaaggtgtgtgagggaagtga
ggctgcaggagcttgggtggggctgggtagtgaatagctcagtggtgaag
tgcatatggcgtgaaagagacggtttgaagggaaagggcatgagggaact
gtacccttctgacctcagtcaccggacagcagaagtgctggcattctgtg
ctgatatggctgtgtaggactgtttcctggaacatgaaaaggactcttgt
gttactaatctcaccattttccatgcagatcccattcctggaggctgcaa
tttggagtttgatttagatattgaccccaacctctatttggactataatt
tttttgagacaactatcaagttcgcaccagcaaacataggctatgcaagg
taggctggcaaccccaccctgccaaagctgctcttaggtgactgtagagc
gggaccagctaactggctcacagccatcgcttctatagcaatgtggaatt
gtttcttatttgggggtcagcataatttaaacctcggtgccaatattctt
tatactgaataatctccttagtgcttacggattcatcatttgaagagaca
ggtgtggtgtaagcctgctgtgagcttagaagtgcatcttagttttctgc
tttaaagatttatttttattatttttaagtgtatatttatgtctgtgtga
gtacctgtaaaggctagagatgcggatgcctcggagctgagctgacaggt
gggttgcgagctgcccgggggaggggatgagtcttggtctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_146363628_146364800
seq2: B6Ng01-176N10.b_45_1213

seq1  GAATTCTTTTCCCACTTGATCTGCTTCTTTCTGGGTATATTATCAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCCACTTGATCTGCTTCTTTCTGGGTATATTATCAAAACA  50

seq1  ACAAGAAAAATAACAAAACTACCAACCCAGAATTATCATAGGCAAAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAAATAACAAAACTACCAACCCAGAATTATCATAGGCAAAAACT  100

seq1  GAGTTATATAAACTGGCCCTGACATGACAATGACTTTTGCAGAAAGGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATATAAACTGGCCCTGACATGACAATGACTTTTGCAGAAAGGGGT  150

seq1  TTCCTTATTCATTATTTCAGAAAGAGAGAAAGAGAGAGACTAACAGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATTCATTATTTCAGAAAGAGAGAAAGAGAGAGACTAACAGCACA  200

seq1  GTGTCCAGGCCTCACCTCTGCAGCTAAGTAGTTCCCAGTGGCAAGATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAGGCCTCACCTCTGCAGCTAAGTAGTTCCCAGTGGCAAGATGCT  250

seq1  TAAACCTGAACAGGCTGTTCCACTGTCCCGCACCTCCGCGGCATGGATCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGAACAGGCTGTTCCACTGTCCCGCACCTCCGCGGCATGGATCG  300

seq1  TGGTGAACCACCTAAAGAGAAGGAGAGTCTAGTGACCAAATGGTATCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAACCACCTAAAGAGAAGGAGAGTCTAGTGACCAAATGGTATCTAC  350

seq1  ATGTCAGTCAGCAAGAGTCAACATCCAGAGTACCCTGCTGTGTGGCTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTCAGCAAGAGTCAACATCCAGAGTACCCTGCTGTGTGGCTGAA  400

seq1  GCCATCATATATAACAATGTAGAAGAAACATAAACTTTCCATCAGAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCATATATAACAATGTAGAAGAAACATAAACTTTCCATCAGAGAGC  450

seq1  AAGAAACATACCACGCCTCACTTGTGGGTGCCCATGCCTCACACCTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACATACCACGCCTCACTTGTGGGTGCCCATGCCTCACACCTGTAA  500

seq1  ATGCTGTCTTAATACAATGTTCTGTCAGGGGATAGTGGCTCACAAGTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTCTTAATACAATGTTCTGTCAGGGGATAGTGGCTCACAAGTGAA  550

seq1  ATCCCAGTGCTTGGGATGATGAGAGACAGGACTGCCCAAATGTTCAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGTGCTTGGGATGATGAGAGACAGGACTGCCCAAATGTTCAAGGT  600

seq1  CACCTTGTGCTGCACAGTGAGTCCCAGGCCAGCCTGGGCTACAAAATGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGTGCTGCACAGTGAGTCCCAGGCCAGCCTGGGCTACAAAATGAG  650

seq1  ACTCTGCCTAATGCATACCATCACTAGGCCACAGAATTGGAAAAGTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCTAATGCATACCATCACTAGGCCACAGAATTGGAAAAGTCTGA  700

seq1  GCAAAACACCAGCATCAAAGCCAGGCGGGCACAGGCTGCATGAAACCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACACCAGCATCAAAGCCAGGCGGGCACAGGCTGCATGAAACCCTT  750

seq1  TCCAGGAGTTGTATATGGACCTTACTTCCTTGCCTGTTCCGTGTCTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAGTTGTATATGGACCTTACTTCCTTGCCTGTTCCGTGTCTGATT  800

seq1  TTCCTGTTACTCTCTACTTTAATGACAATTATTTTCTTATACTTTTGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTACTCTCTACTTTAATGACAATTATTTTCTTATACTTTTGTCA  850

seq1  AGAGCAACTTAGCTCACTCTGTTACTGGCTCCCTTACTCCCGACCTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAACTTAGCTCACTCTGTTACTGGCTCCCTTACTCCCGACCTTGCA  900

seq1  GGTCTCATGCCTACCTTGGCACTCTCTTTTGCCTGTACTTGAGCAGCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCATGCCTACCTTGGCACTCTCTTTTGCCTGTACTTGAGCAGCACA  950

seq1  CCCTCTGACCACCTTGTGCTAGTCCTCTCTGAGACAGGGTGCAAACAAGT  1000
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTCTGA-CACCTTGTGCTAGTCCTCTCTGAGACA-GGTGCAAACAAGT  998

seq1  TTGCTAAAAAAAATGCTAAAAATGAATGCTATGCTA-CCTAGC-TTTTAC  1048
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TTGCTAAAAAAAATGCT-AAAATGAATGCTATGCTATCCTAGCTTTTTAC  1047

seq1  TGTCAACTTGACACAACCTAGATTCACCTGGGAAGAGGGCCCTCAATTCA  1098
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||  
seq2  TGTCAAC-TGACACAACCTAGATT-ACCTGGGAAGGAGGACCTCAATTTC  1095

seq1  GGAACTGCCTACATCAG-ATTGGCCAACAGACACGTTGTGGGGATCTCCT  1147
       || |||| |||||| | | |||||||||||| || ||||||||  ||||
seq2  AGACCTGCTTACATCCGAAATGGCCAACAGAC-CG-TGTGGGGACTTCCT  1143

seq1  GGATTGCTCATTGACATAAGAAGGCA  1173
      ||| ||||| ||||||| | ||||||
seq2  GGAATGCTCTTTGACATTAAAAGGCA  1169

seq1: chr6_146570008_146570895
seq2: B6Ng01-176N10.g_67_957 (reverse)

seq1  AAGACCAAG-CTCATCCCC-ACCCCGGGCAGCTCGCAA-CCACCTGTCAG  47
      ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGACCAAGACTCATCCCCTCCCCCGGGCAGCTCGCAACCCACCTGTCAG  50

seq1  CTCAGCTCCGAGGCATCCGCATCTCTAGCCTTTACAGGTACTCACACAGA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCCGAGGCATCCGCATCTCTAGCCTTTACAGGTACTCACACAGA  100

seq1  CATAAATATACACTTAAAAATAATAAAAATAAATCTTTAAAGCAGAAAAC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATATACACTTAAAAATAATAAAAATAAATCTTTAAAGCAGAAAAC  150

seq1  TAAGATGCACTTCTAAGCTCACAGCAGGCTTACACCACACCTGTCTCTTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGCACTTCTAAGCTCACAGCAGGCTTACACCACACCTGTCTCTTC  200

seq1  AAATGATGAATCCGTAAGCACTAAGGAGATTATTCAGTATAAAGAATATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGAATCCGTAAGCACTAAGGAGATTATTCAGTATAAAGAATATT  250

seq1  GGCACCGAGGTTTAAATTATGCTGACCCCCAAATAAGAAACAATTCCACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCGAGGTTTAAATTATGCTGACCCCCAAATAAGAAACAATTCCACA  300

seq1  TTGCTATAGAAGCGATGGCTGTGAGCCAGTTAGCTGGTCCCGCTCTACAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATAGAAGCGATGGCTGTGAGCCAGTTAGCTGGTCCCGCTCTACAG  350

seq1  TCACCTAAGAGCAGCTTTGGCAGGGTGGGGTTGCCAGCCTACCTTGCATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAAGAGCAGCTTTGGCAGGGTGGGGTTGCCAGCCTACCTTGCATA  400

seq1  GCCTATGTTTGCTGGTGCGAACTTGATAGTTGTCTCAAAAAAATTATAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTTTGCTGGTGCGAACTTGATAGTTGTCTCAAAAAAATTATAGT  450

seq1  CCAAATAGAGGTTGGGGTCAATATCTAAATCAAACTCCAAATTGCAGCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATAGAGGTTGGGGTCAATATCTAAATCAAACTCCAAATTGCAGCCT  500

seq1  CCAGGAATGGGATCTGCATGGAAAATGGTGAGATTAGTAACACAAGAGTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATGGGATCTGCATGGAAAATGGTGAGATTAGTAACACAAGAGTC  550

seq1  CTTTTCATGTTCCAGGAAACAGTCCTACACAGCCATATCAGCACAGAATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATGTTCCAGGAAACAGTCCTACACAGCCATATCAGCACAGAATG  600

seq1  CCAGCACTTCTGCTGTCCGGTGACTGAGGTCAGAAGGGTACAGTTCCCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTTCTGCTGTCCGGTGACTGAGGTCAGAAGGGTACAGTTCCCTC  650

seq1  ATGCCCTTTCCCTTCAAACCGTCTCTTTCACGCCATATGCACTTCACCAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTTTCCCTTCAAACCGTCTCTTTCACGCCATATGCACTTCACCAC  700

seq1  TGAGCTATTCACTACCCAGCCCCACCCAAGCTCCTGCAGCCTCACTTCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATTCACTACCCAGCCCCACCCAAGCTCCTGCAGCCTCACTTCCC  750

seq1  TCACACACCTTCGCTTAGCCATCACTGTGAGCTGACTCTTTCCCAGTGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACCTTCGCTTAGCCATCACTGTGAGCTGACTCTTTCCCAGTGCT  800

seq1  GCCTGGACCAGATGCTAATGGACACCCCTGGCTCACCACTGCTCTTTCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACCAGATGCTAATGGACACCCCTGGCTCACCACTGCTCTTTCAT  850

seq1  TCAGACACCACTGGTCACGTCTTTGGACTTTTCTGGAATTC  888
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACCACTGGTCACGTCTTTGGACTTTTCTGGAATTC  891