BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177B15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 128,611,063 - 128,773,689
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC677440, Clec2h, LOC100043863, LOC100043861, Klrb1c, LOC100043862, Klrb1d
Upstream genePrmt8, Tspan11, Tspan9, LOC100043853, LOC667560, Tead4, LOC652986, Tulp3, 5930416I19Rik, Foxm1, Nrip2, Itfg2, Fkbp4, EG667598, Pzp, LOC384494, EG667610, BC048546, Klrb1a, EG545878
Downstream geneLOC667706, Clec2i, Clec2g, LOC667715, BC064078, Clec2f, Klrb1f, Clec2e, Klrb1-ps1, Clec2d, Cd69, 4922502D21Rik, Clec12a, 4933425B16Rik, Clec1b, Clec9a, Clec1a, Clec7a, Olr1, D630042F21Rik, Gabarapl1, Klre1, Klrd1, Klrk1, Klrc3, Klrc2, Klrc1, LOC640755, Klri1, Klri2, Gm156
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177B15.bB6Ng01-177B15.g
ACCGA004465GA004466
length1,0861,037
definitionB6Ng01-177B15.b B6Ng01-177B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,611,063 - 128,612,169)(128,772,660 - 128,773,689)
sequence
gaattctttgtatcccagttatgctgggtgttgggaaagatattgtggcc
ctggctgtgatcttgagtatgtcagagctccagtgctcctgagtgtgtct
gatctgggaattgagcttcccctgtgatcctgtgatcctgggcatttcag
tgtacctgggaatgggaccccctctgggtatttgaacaataggtgcagag
ccaacaacctaggtctgctccagatgcaggttcagactggaaggaatctg
tgccactggctgggcaggagtccctgtgtccctggatcttgttggaccca
gttactctggcttttggagcagatgttgtggcctcctcacctctgatctt
gtgtgtgttagaacatctgggagttgagctttcggtgttgtggaactggg
tacagagtcaaatggctaaagtcctacatgatacatatggtggatatact
ggactttgctctcaattactgttgctcattatactagggaactattatac
aataaatttctttactacatggatatattttactttaagaacatgtagtg
aatgctccttcctctcttatctgttgtacttagttctttgataaaaatct
attgcattgctgacatagctgctgtatgtttcgaatttacttactgtaaa
tatctctctcaaatgttcctgtgtctgcacattttgtgttgtacccacta
ggatggagctgctgctcctgggacaggttcctggacaggtcatggctctg
taattgtgtattcgccttcatctgcatttcagcagtgccctcattttcta
atctacatcataattattcatgatcagaagaatggccaaatctagagatt
ctgtgtgtaaaaatgttccaaaattaaataatatgggcctgagtgtgttg
acttgcatttttaaggctaacacttatgagcagaggcaagctgttttcca
agaattgagtccgtcctgatctacaagtgagactggagctagccagagta
cagtgagaccccattcaataaatagtctcattataacagcatctttcatc
agcatattttctcaagaacgtgatagttagatattt
gaattccatgggtgcagatgttgagggggaagccattggaatgcctagaa
cagtggagatgacttagcattgcatgaatatcaaagaagagctccatgca
ggctctgccacataaccagtgctcacatagctccttcggtatataagttc
aatagtaaaacaagatagtacagggaacccaactctgagaagtagagttc
tttaaattttgtcatggatgggttaaaaaaaaattaagtcactcaagtta
ctttttacctataattaaaacaaaacaaaaacccttgctttttagaaaaa
ataagaaaatgatatttgttagcagttactgaaggccagatgctatgctc
aggaatttagaattattgcatacagtcctctctagaacattctatagcag
atattgcccacatcttataaataagaacattcatgggttataaaactatt
atgggccttggggctttggagtctcttctggtgtccttccaaccaggaca
cagaagcactggtgacccactggccacaccctcaaacccaacacagtggc
tgcttccatccatgactgtcccatatcacctctcactgtgatacaacagt
tctcactatccacaaaagattgcttccaacctgcacatatgctggtctct
tacatataatgtagcacttacaagtaacctgcttgcatgtgactgtgtgc
ttcagataatctgtagattactttcagcccatttcaaagccataggaaca
gctggcgtggtgttttttgtttagagaacaacgatggaagaagggtgtgt
ggtgttcaaccacaaatgcagcttttcaacatgtaatttatctacagtct
gtactttgttggtctacattatggctacaagcatagttaagactgttttt
tgtcctcttccaggaacatttttttttctcccttggccaaccttcctctt
atcctttctcttaaagaaatatttgaaggactacttgcttcagtgtggat
gttcattcccaattctggatctaagagactagagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_128611063_128612169
seq2: B6Ng01-177B15.b_41_1126

seq1  GAATTCTTTGTATCCCAGTTATGCTGGGTGTTGGGAAAGATATTGTGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTATCCCAGTTATGCTGGGTGTTGGGAAAGATATTGTGGCC  50

seq1  CTGGCTGTGATCTTGAGTATGTCAGAGCTCCAGTGCTCCTGAGTGTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTGATCTTGAGTATGTCAGAGCTCCAGTGCTCCTGAGTGTGTCT  100

seq1  GATCTGGGAATTGAGCTTCCCCTGTGATCCTGTGATCCTGGGCATTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGGAATTGAGCTTCCCCTGTGATCCTGTGATCCTGGGCATTTCAG  150

seq1  TGTACCTGGGAATGGGACCCCCTCTGGGTATTTGAACAATAGGTGCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTGGGAATGGGACCCCCTCTGGGTATTTGAACAATAGGTGCAGAG  200

seq1  CCAACAACCTAGGTCTGCTCCAGATGCAGGTTCAGACTGGAAGGAATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAACCTAGGTCTGCTCCAGATGCAGGTTCAGACTGGAAGGAATCTG  250

seq1  TGCCACTGGCTGGGCAGGAGTCCCTGTGTCCCTGGATCTTGTTGGACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGGCTGGGCAGGAGTCCCTGTGTCCCTGGATCTTGTTGGACCCA  300

seq1  GTTACTCTGGCTTTTGGAGCAGATGTTGTGGCCTCCTCACCTCTGATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCTGGCTTTTGGAGCAGATGTTGTGGCCTCCTCACCTCTGATCTT  350

seq1  GTGTGTGTTAGAACATCTGGGAGTTGAGCTTTCGGTGTTGTGGAACTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTAGAACATCTGGGAGTTGAGCTTTCGGTGTTGTGGAACTGGG  400

seq1  TACAGAGTCAAATGGCTAAAGTCCTACATGATACATATGGTGGATATACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTCAAATGGCTAAAGTCCTACATGATACATATGGTGGATATACT  450

seq1  GGACTTTGCTCTCAATTACTGTTGCTCATTATACTAGGGAACTATTATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTGCTCTCAATTACTGTTGCTCATTATACTAGGGAACTATTATAC  500

seq1  AATAAATTTCTTTACTACATGGATATATTTTACTTTAAGAACATGTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTCTTTACTACATGGATATATTTTACTTTAAGAACATGTAGTG  550

seq1  AATGCTCCTTCCTCTCTTATCTGTTGTACTTAGTTCTTTGATAAAAATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCCTTCCTCTCTTATCTGTTGTACTTAGTTCTTTGATAAAAATCT  600

seq1  ATTGCATTGCTGACATAGCTGCTGTATGTTTCGAATTTACTTACTGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATTGCTGACATAGCTGCTGTATGTTTCGAATTTACTTACTGTAAA  650

seq1  TATCTCTCTCAAATGTTCCTGTGTCTGCACATTTTGTGTTGTACCCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTCTCAAATGTTCCTGTGTCTGCACATTTTGTGTTGTACCCACTA  700

seq1  GGATGGAGCTGCTGCTCCTGGGACAGGTTCCTGGACAGGTCATGGCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGCTGCTGCTCCTGGGACAGGTTCCTGGACAGGTCATGGCTCTG  750

seq1  TAATTGTGTATTCGCCTTCATCTGCATTTCAGCAGTGCCCTCATTTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGTATTCGCCTTCATCTGCATTTCAGCAGTGCCCTCATTTTCTA  800

seq1  ATCTACATCATAATTATTCATGATCAGAAGAATGGCCAAATCTAGAGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATCATAATTATTCATGATCAGAAGAATGGCCAAATCTAGAGATT  850

seq1  CTGTGTGTAAAAATGTTCCAAAATTAAAATATATGGG-CTGAGTGTGGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||
seq2  CTGTGTGTAAAAATGTTCCAAAATTAAATAATATGGGCCTGAGTGTGTTG  900

seq1  ACTTGCATTTTTAAGGCTAACACTTATGAGCAGAGGCAAGCTGTTTTCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCATTTTTAAGGCTAACACTTATGAGCAGAGGCAAGCTGTTTTCCA  950

seq1  AGAATTTGAGTCCGTCCTGATCTACAAAGTGAGACTGGAGCTAGCCAGAA  999
      |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  AGAA-TTGAGTCCGTCCTGATCTAC-AAGTGAGACTGGAGCTAGCCAG-A  997

seq1  GTACAAGTGAGACCCCATTTCAAAATAAATAGTTCCTCCAATTAATAACA  1049
      |||| ||||||||||||||    ||||||||||  |||  ||| ||||||
seq2  GTAC-AGTGAGACCCCATT---CAATAAATAGT--CTC--ATT-ATAACA  1038

seq1  GCATCTTTCATCAAAGCATTATTTTTCTCAAAGAACCGGTGATAAGTAAG  1099
      ||||||||||||  |||||   ||||||| ||||||  ||||||  ||  
seq2  GCATCTTTCATC--AGCAT--ATTTTCTC-AAGAAC--GTGATAGTTA--  1079

seq1  GGATATTT  1107
       |||||||
seq2  -GATATTT  1086

seq1: chr6_128772660_128773689
seq2: B6Ng01-177B15.g_65_1101 (reverse)

seq1  TGTCTCTAGTCTC-TAGAT-CAGAATTGAGATATG-ACATC--CACTGAA  45
      ||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||
seq2  TGTCTCTAGTCTCTTAGATCCAGAATTGGGA-ATGAACATCCACACTGAA  49

seq1  GCAAGTTAGTTCCTTTTAAAATATTCCTTT-AGAGAAAGGATAAGAGGAA  94
      ||||| |||| |   || ||||||| |||| ||||||||||||||||| |
seq2  GCAAG-TAGTCC---TTCAAATATTTCTTTAAGAGAAAGGATAAGAGG-A  94

seq1  AGGTTGG-CAAGGGAG-AAAAAAAATG-TCCTGGAAGA-GACAAAAGACA  140
      ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| |||
seq2  AGGTTGGCCAAGGGAGAAAAAAAAATGTTCCTGGAAGAGGACAAAAAACA  144

seq1  GTCTAACTTATGCTTGTAGCCATAATTGTAGACCCAACAAAGTACAGACT  190
      |||| |  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  GTCTTAACTATGCTTGTAGCCATAA-TGTAGA-CCAACAAAGTACAGACT  192

seq1  GTAGAT-AATTACATG-TGAAAAGCTGCATTTGT-GTTGAACA-CACACA  236
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GTAGATAAATTACATGTTGAAAAGCTGCATTTGTGGTTGAACACCACACA  242

seq1  CCCTTTCTCCATCGTTGTTCTCTAAAC-AAAAACACCACGCCAGCTGTTC  285
      |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTCCATCGTTGTTCTCTAAACAAAAAACACCACGCCAGCTGTTC  292

seq1  CTATGGCTTTGAAATGGGCTGAAAGTAATCTACAGATTATCTGAAGCACA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCTTTGAAATGGGCTGAAAGTAATCTACAGATTATCTGAAGCACA  342

seq1  CAGTCACATGCAAGCAGGTTACTTGTAAGTGCTACATTATATGTAAGAGA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACATGCAAGCAGGTTACTTGTAAGTGCTACATTATATGTAAGAGA  392

seq1  CCAGCATATGTGCAGGTTGGAAGCAATCTTTTGTGGATAGTGAGAACTGT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATATGTGCAGGTTGGAAGCAATCTTTTGTGGATAGTGAGAACTGT  442

seq1  TGTATCACAGTGAGAGGTGATATGGGACAGTCATGGATGGAAGCAGCCAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCACAGTGAGAGGTGATATGGGACAGTCATGGATGGAAGCAGCCAC  492

seq1  TGTGTTGGGTTTGAGGGTGTGGCCAGTGGGTCACCAGTGCTTCTGTGTCC  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGGTTTGAGGGTGTGGCCAGTGGGTCACCAGTGCTTCTGTGTCC  542

seq1  TGGTTGGAAGGACACCAGAAGAGACTCCAAAGCCCCAAGGCCCATAATAG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGAAGGACACCAGAAGAGACTCCAAAGCCCCAAGGCCCATAATAG  592

seq1  TTTTATAACCCATGAATGTTCTTATTTATAAGATGTGGGCAATATCTGCT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAACCCATGAATGTTCTTATTTATAAGATGTGGGCAATATCTGCT  642

seq1  ATAGAATGTTCTAGAGAGGACTGTATGCAATAATTCTAAATTCCTGAGCA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATGTTCTAGAGAGGACTGTATGCAATAATTCTAAATTCCTGAGCA  692

seq1  TAGCATCTGGCCTTCAGTAACTGCTAACAAATATCATTTTCTTATTTTTT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTGGCCTTCAGTAACTGCTAACAAATATCATTTTCTTATTTTTT  742

seq1  CTAAAAAGCAAGGGTTTTTGTTTTGTTTTAATTATAGGTAAAAAGTAACT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAGCAAGGGTTTTTGTTTTGTTTTAATTATAGGTAAAAAGTAACT  792

seq1  TGAGTGACTTAATTTTTTTTTAACCCATCCATGACAAAATTTAAAGAACT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGACTTAATTTTTTTTTAACCCATCCATGACAAAATTTAAAGAACT  842

seq1  CTACTTCTCAGAGTTGGGTTCCCTGTACTATCTTGTTTTACTATTGAACT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTCAGAGTTGGGTTCCCTGTACTATCTTGTTTTACTATTGAACT  892

seq1  TATATACCGAAGGAGCTATGTGAGCACTGGTTATGTGGCAGAGCCTGCAT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACCGAAGGAGCTATGTGAGCACTGGTTATGTGGCAGAGCCTGCAT  942

seq1  GGAGCTCTTCTTTGATATTCATGCAATGCTAAGTCATCTCCACTGTTCTA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCTTCTTTGATATTCATGCAATGCTAAGTCATCTCCACTGTTCTA  992

seq1  GGCATTCCAATGGCTTCCCCCTCAACATCTGCACCCATGGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTCCAATGGCTTCCCCCTCAACATCTGCACCCATGGAATTC  1037