BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177B20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 126,544,201 - 126,740,808
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcna1, Kcna6
Upstream geneVwf, Tmem16b, Ntf3, LOC100043565, LOC667427, LOC100043567, Kcna5
Downstream geneLOC667463, Ndufa9, Akap3, Dyrk4, Rad51ap1, D6Wsu163e, LOC667473, LOC624256, Fgf6, Fgf23, 9630033F20Rik, Ccnd2, Tpi-rs11, EG243642, LOC100043578, EG640703, LOC100043848, Parp11, Efcab4b, Prmt8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177B20.bB6Ng01-177B20.g
ACCGA004475GA004476
length838743
definitionB6Ng01-177B20.b B6Ng01-177B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,739,975 - 126,740,808)(126,544,201 - 126,544,934)
sequence
gaattcttcaaagctaagctccagctgtcatctgtgcaagtggggattct
tttagatggtgtttaatcagctattcattgctgcagcagaacatctgtga
ccaacaacttaggaccaaaagctttatttcagctcaaggtttcaattcat
ggatgcatgtctccattgttgtgggattacggtgaggcagagcatcatag
caaagttgctagctggggtgcaagccacaggagggatggggaagagacca
gggacaagatgcaacccctaataagatgtccctggtggccttctccaccc
agcccccaccaaaaatattatcaaattatgaatccaccatggagatgaat
ctactgggtttgcacactcaggacccaaccaactcagtgactgaattcac
caatggctaccaaccatccaacctacgagcctttggggagacatgctatt
tccaagccaccttagagcacttgtagtaggagggtggggccgtgtccctt
cttgtacctggccttcttgttagaatgtgctagtgctggtgagaaagggg
gtgagacccgtgacccagatgtttatgctcttctgatgcctaggccaccc
acccttaggtcttcccgaatccctgagtttctatggcagtgaatcaggag
aaaactaccatcttggaactggcagtgaaagctgggtctctcgaacagag
aagggtgattttctatgccaagccaagggccgcacagtgagaccccttct
taaagaataaagaaagctttcccctttgaccagaacagggagaagatgac
ttgatggaagtcctgtgacaatccataatgtgaaggac
gaattcatatgacatgaataaccaaactccagagagatcacatgacaaga
agagaatgtaaagataatcctctcctacccatggcctctgtacttctgga
gtcctatctgctaatttaaatttaggcacgagttgaaatgctgagaaaga
aagtgtctcctctgtactgaatacacagggattaattcctctgtcattct
cccatatgttataactcggtgatgtttttcatgccagttccattgcatcg
tggtttataagtaatctagggatggctttaggcacagggacagctgttca
cacagtatgtgcaaacggagccccacgtcactttatgggaaggacctgag
catcaggagattgggggatttgaggaggactcctggatccagtcccactc
agtcactaagggatagctgaatagctcccttttggctcttccttgtacag
ttgggaagcaagaaaagtcctcgccaggcttgcgaaagggtgttaggaaa
tgccacgcactgcctatggctcacaacactttcacaatggatgttttaga
tctggaaacagtccaccctcgtcccaatcaagaaagtatataaactgatc
gcattgagggttgcttttgatccagccttattatggtttatgctgtaccc
tcccccacccctgcacccccccccctcaaaaaaaatcaggattctttgag
acggttcattccaaaaacaaaattagttggccctgtcacttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_126739975_126740808
seq2: B6Ng01-177B20.b_34_871 (reverse)

seq1  GTCC-TCACATTATGGAATTGTCACAGGACTTCCATCAAGTCATCTTCTC  49
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCACATTATGG-ATTGTCACAGGACTTCCATCAAGTCATCTTCTC  49

seq1  CCTGTTCTGGTCAAAGGGG-AAGCTTTCTTTGTTCTTTAAGAAGGGGTCT  98
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTGGTCAAAGGGGAAAGCTTTCTTTATTCTTTAAGAAGGGGTCT  99

seq1  CACTGTGCGGCCCTTGGC-TGGCATAG-AAATCACCCTTCTCTGTTCGAG  146
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCGGCCCTTGGCTTGGCATAGAAAATCACCCTTCTCTGTTCGAG  149

seq1  AGACCCAGCTTTCACTGCCAGTTCCAAGATGGTAGTTTTCTCCTGATTCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGCTTTCACTGCCAGTTCCAAGATGGTAGTTTTCTCCTGATTCA  199

seq1  CTGCCATAGAAACTCAGGGATTCGGGAAGACCTAAGGGT-GGTGGCCTAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGCCATAGAAACTCAGGGATTCGGGAAGACCTAAGGGTGGGTGGCCTAG  249

seq1  GCATCAGAAGAGCATAAACATCTGGGTCACGGGTCTCACCCCCTTTCTCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGAAGAGCATAAACATCTGGGTCACGGGTCTCACCCCCTTTCTCA  299

seq1  CCAGCACTAGCACATTCTAACAAGAAGGCCAGGTACAAGAAGGGACACGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTAGCACATTCTAACAAGAAGGCCAGGTACAAGAAGGGACACGG  349

seq1  CCCCACCCTCCTACTACAAGTGCTCTAAGGTGGCTTGGAAATAGCATGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCTCCTACTACAAGTGCTCTAAGGTGGCTTGGAAATAGCATGTC  399

seq1  TCCCCAAAGGCTCGTAGGTTGGATGGTTGGTAGCCATTGGTGAATTCAGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAAGGCTCGTAGGTTGGATGGTTGGTAGCCATTGGTGAATTCAGT  449

seq1  CACTGAGTTGGTTGGGTCCTGAGTGTGCAAACCCAGTAGATTCATCTCCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGTTGGTTGGGTCCTGAGTGTGCAAACCCAGTAGATTCATCTCCA  499

seq1  TGGTGGATTCATAATTTGATAATATTTTTGGTGGGGGCTGGGTGGAGAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGATTCATAATTTGATAATATTTTTGGTGGGGGCTGGGTGGAGAAG  549

seq1  GCCACCAGGGACATCTTATTAGGGGTTGCATCTTGTCCCTGGTCTCTTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAGGGACATCTTATTAGGGGTTGCATCTTGTCCCTGGTCTCTTCC  599

seq1  CCATCCCTCCTGTGGCTTGCACCCCAGCTAGCAACTTTGCTATGATGCTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCTCCTGTGGCTTGCACCCCAGCTAGCAACTTTGCTATGATGCTC  649

seq1  TGCCTCACCGTAATCCCACAACAATGGAGACATGCATCCATGAATTGAAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCACCGTAATCCCACAACAATGGAGACATGCATCCATGAATTGAAA  699

seq1  CCTTGAGCTGAAATAAAGCTTTTGGTCCTAAGTTGTTGGTCACAGATGTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGCTGAAATAAAGCTTTTGGTCCTAAGTTGTTGGTCACAGATGTT  749

seq1  CTGCTGCAGCAATGAATAGCTGATTAAACACCATCTAAAAGAATCCCCAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCAGCAATGAATAGCTGATTAAACACCATCTAAAAGAATCCCCAC  799

seq1  TTGCACAGATGACAGCTGGAGCTTAGCTTTGAAGAATTC  834
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACAGATGACAGCTGGAGCTTAGCTTTGAAGAATTC  838

seq1: chr6_126544201_126544934
seq2: B6Ng01-177B20.g_66_808

seq1  GAATTCATATGACATGAATAACCAAACTCCAGAGAGATCACATGACAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGACATGAATAACCAAACTCCAGAGAGATCACATGACAAGA  50

seq1  AGAGAATGTAAAGATAATCCTCTCCTACCCATGGCCTCTGTACTTCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGTAAAGATAATCCTCTCCTACCCATGGCCTCTGTACTTCTGGA  100

seq1  GTCCTATCTGCTAATTTAAATTTAGGCACGAGTTGAAATGCTGAGAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATCTGCTAATTTAAATTTAGGCACGAGTTGAAATGCTGAGAAAGA  150

seq1  AAGTGTCTCCTCTGTACTGAATACACAGGGATTAATTCCTCTGTCATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTCCTCTGTACTGAATACACAGGGATTAATTCCTCTGTCATTCT  200

seq1  CCCATATGTTATAACTCGGTGATGTTTTTCATGCCAGTTCCATTGCATCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATGTTATAACTCGGTGATGTTTTTCATGCCAGTTCCATTGCATCG  250

seq1  TGGTTTATAAGTAATCTAGGGATGGCTTTAGGCACAGGGACAGCTGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTATAAGTAATCTAGGGATGGCTTTAGGCACAGGGACAGCTGTTCA  300

seq1  CACAGTATGTGCAAACGGAGCCCCACGTCACTTTATGGGAAGGACCTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATGTGCAAACGGAGCCCCACGTCACTTTATGGGAAGGACCTGAG  350

seq1  CATCAGGAGATTGGGGGATTTGAGGAGGACTCCTGGATCCAGTCCCACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGAGATTGGGGGATTTGAGGAGGACTCCTGGATCCAGTCCCACTC  400

seq1  AGTCACTAAGGGATAGCTGAATAGCTCCCTTTTGGCTCTTCCTTGTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTAAGGGATAGCTGAATAGCTCCCTTTTGGCTCTTCCTTGTACAG  450

seq1  TTGGGAAGCAAGAAAAGTCCTCGCCAGGCTTGCGAAAGGGTGTTAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGCAAGAAAAGTCCTCGCCAGGCTTGCGAAAGGGTGTTAGGAAA  500

seq1  TGCCACGCACTGCCTATGGCTCACAACACTTTCACAATGGATGTTTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACGCACTGCCTATGGCTCACAACACTTTCACAATGGATGTTTTAGA  550

seq1  TCTGGAAACAGTCCACCCTCGT-CCAATCAAGAAAGTATATAAACTGATC  599
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAACAGTCCACCCTCGTCCCAATCAAGAAAGTATATAAACTGATC  600

seq1  GCATTGAGGGTTGC-TTTGATCCAG-CTTATTATGGTTTATGCTGTACCC  647
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAGGGTTGCTTTTGATCCAGCCTTATTATGGTTTATGCTGTACCC  650

seq1  TCCCCCA-CCCTGCACCCCCCCCC--CAAAAAAAATCAGGATTCTTTGAG  694
      ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCACCCCTGCACCCCCCCCCCTCAAAAAAAATCAGGATTCTTTGAG  700

seq1  ACGGTTCATTCCAAAAAC-AAATTAGT--GGCCTGTCACTCCT  734
      |||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||
seq2  ACGGTTCATTCCAAAAACAAAATTAGTTGGCCCTGTCACTTCT  743