BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178D17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 103,889,694 - 104,052,191
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043345
Upstream geneChl1, LOC666141
Downstream geneCntn6, LOC384470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178D17.bB6Ng01-178D17.g
ACCGA005281GA005282
length1,1691,117
definitionB6Ng01-178D17.b B6Ng01-178D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,889,694 - 103,890,866)(104,051,071 - 104,052,191)
sequence
gaattcaatatgttgttgagggaataagagctgtaacactattttgctta
aaattaggaacagttattagtaataaaataaaatctacagactactttag
ctttctgccctctttccaaatattcaggtgaatcaggaggctattttaaa
tgtttttattttttccttaacttatttgtatttctggggtatctatatga
taagcgctacaagtatacatcgtatattttattgtgttaccaaaagccaa
attttggtatgcagcactaaaagtactctttgatttattataccaaatat
tcaggactatgacatataaaacaaaagactagacatagtggttgtaatcc
tagaatgtaacagaattgcgttatgaaagttatgggttaggaaaaattaa
gcttgtcaagccatttcatgaaagaacgcaccaagggagaactggatggg
aggccacttagatgacgttaacattaactggggcatctagcaaggcagac
ctaatgaatgtatttgttcttatgagagtatttcacaggagatgctgagg
aggtcaggggagtactcccaagtagacttaccttgggtttccacagtact
tttaactacagcagtgataatgaatggtcacaaatctaggcataaatcta
acacgtgggatgtttacatctgctggtaagagtgacttcctataaataag
gattggctgcccttgaacacttttagagtatgcttgattctggtgttaaa
actagcaaaattcattgcctgtttcccttcgtgagtggaaaaatttacag
tatgtctcttgggcctcttgagctatgtggagacacacaaatctcagtgt
tagtgagagcgatgcaccaactttattagtcttacgggagccagagtcag
ctgcatggcctggggcgatttgctcattttagaaaagtacatggactttt
gtatttagaatactctatattatcttaattgtgactctcttacatactat
agcttaatatacaggcattcctgcacagtttttattaccttgctctggtt
gcttggacttggaaggatgcagtaatttagaacagttttgagtgactctc
aaggttaactgagaaacagcagcagctcatgaaaaattgtgaattctaat
ggccagtgacttctcttga

gaattcactattgtctacagaattattttgttggcttagattttgttatt
aaatcttcctcagcttccatcattcaaatttatgtggaaagttagggtaa
tttttgtgtgaacactgatttttatggacaaacccattttcatctatttt
cctgtatttttatgccttgatttgaaataatcatctctattttctaactt
agcatatcaacacagtgatatgttttcctttaataagtaaaattgtcttc
ataatattttttttatgaattaccagtttttcttgtctattttaatctca
ctcttaattggctgtgtttgttgttccgcacaatttggagataacagata
tttttaaatgtttctttattgtaaatgaaatgactccctgtatgtaagtt
tctcaatcttacttattacagtcattcgtttgagaaattttcatttgttt
gctttgacaataatgtttgtgtatcatcgcaacaaatattctacttcatt
gcaagggaacaaaatgtaatcagatatcttcctcgatcaaaactatttct
acttaattagatctatttgaagtttcttcaattaacaatttctcagaact
cattatgctattatcttcctcattttcctttataatttgatcaaaatatt
agtcacacctgcaactttggttgctcatttctaacaatatgtaataagta
ggtatctttctaattaaaacagcatatctctgtaaagtgttctttttata
gtaaattcctgttgctgctactacaaactcatacatatttagtagtttaa
gatgacttccatgcatcactttacatttatgggaatgtaatgtccaaaat
gagttaaattgtactaaaaccaatgtgatatcagcattatgctctttctg
tagagcataatttttatctttcggaatgtaggctgcctgctttcttcact
cagtaacttttacccagttgtgtctttacagcaagaaagtgactaaccaa
tctcacacatcatcattgatactgaccattctctctttcccttcacaata
taaaggtgctggtgatagaattagcaccaatctgaatgttcagttgtctt
ctaatttaatgaccacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_103889694_103890866
seq2: B6Ng01-178D17.b_47_1215

seq1  GAATTCAATATGTTGTTGAGGGAATAAGAGCTGTAACACTATTTTGCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATGTTGTTGAGGGAATAAGAGCTGTAACACTATTTTGCTTA  50

seq1  AAATTAGGAACAGTTATTAGTAATAAAATAAAATCTACAGACTACTTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGGAACAGTTATTAGTAATAAAATAAAATCTACAGACTACTTTAG  100

seq1  CTTTCTGCCCTCTTTCCAAATATTCAGGTGAATCAGGAGGCTATTTTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCCCTCTTTCCAAATATTCAGGTGAATCAGGAGGCTATTTTAAA  150

seq1  TGTTTTTATTTTTTCCTTAACTTATTTGTATTTCTGGGGTATCTATATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATTTTTTCCTTAACTTATTTGTATTTCTGGGGTATCTATATGA  200

seq1  TAAGCGCTACAAGTATACATCGTATATTTTATTGTGTTACCAAAAGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGCTACAAGTATACATCGTATATTTTATTGTGTTACCAAAAGCCAA  250

seq1  ATTTTGGTATGCAGCACTAAAAGTACTCTTTGATTTATTATACCAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTATGCAGCACTAAAAGTACTCTTTGATTTATTATACCAAATAT  300

seq1  TCAGGACTATGACATATAAAACAAAAGACTAGACATAGTGGTTGTAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACTATGACATATAAAACAAAAGACTAGACATAGTGGTTGTAATCC  350

seq1  TAGAATGTAACAGAATTGCGTTATGAAAGTTATGGGTTAGGAAAAATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTAACAGAATTGCGTTATGAAAGTTATGGGTTAGGAAAAATTAA  400

seq1  GCTTGTCAAGCCATTTCATGAAAGAACGCACCAAGGGAGAACTGGATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCAAGCCATTTCATGAAAGAACGCACCAAGGGAGAACTGGATGGG  450

seq1  AGGCCACTTAGATGACGTTAACATTAACTGGGGCATCTAGCAAGGCAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACTTAGATGACGTTAACATTAACTGGGGCATCTAGCAAGGCAGAC  500

seq1  CTAATGAATGTATTTGTTCTTATGAGAGTATTTCACAGGAGATGCTGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAATGTATTTGTTCTTATGAGAGTATTTCACAGGAGATGCTGAGG  550

seq1  AGGTCAGGGGAGTACTCCCAAGTAGACTTACCTTGGGTTTCCACAGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGGGGAGTACTCCCAAGTAGACTTACCTTGGGTTTCCACAGTACT  600

seq1  TTTAACTACAGCAGTGATAATGAATGGTCACAAATCTAGGCATAAATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTACAGCAGTGATAATGAATGGTCACAAATCTAGGCATAAATCTA  650

seq1  ACACGTGGGATGTTTACATCTGCTGGTAAGAGTGACTTCCTATAAATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGGGATGTTTACATCTGCTGGTAAGAGTGACTTCCTATAAATAAG  700

seq1  GATTGGCTGCCCTTGAACACTTTTAGAGTATGCTTGATTCTGGTGTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCTGCCCTTGAACACTTTTAGAGTATGCTTGATTCTGGTGTTAAA  750

seq1  ACTAGCAAAATTCATTGCCTGTTTCCCTTCGTGAGTGGAAAAATTTACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAAAATTCATTGCCTGTTTCCCTTCGTGAGTGGAAAAATTTACAG  800

seq1  TATGTCTCTTGGGCCTCTTGAGCTATGTGGAGACACACAAATCTCAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTCTTGGGCCTCTTGAGCTATGTGGAGACACACAAATCTCAGTGT  850

seq1  TAGTGAGAGCGATGCACCAACTTTATTAGTCTTACGGGAGCCAGAGTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGAGCGATGCACCAACTTTATTAGTCTTACGGGAGCCAGAGTCAG  900

seq1  CTGCATGGCCT-GGGCGATTTGCTCATTTTAGAAAAGTACATGGACTTTT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGGCCTGGGGCGATTTGCTCATTTTAGAAAAGTACATGGACTTTT  950

seq1  GTATTTAGAATACTCTATATTATCTTAATTGTGACTCTCTTAACATACTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  GTATTTAGAATACTCTATATTATCTTAATTGTGACTCTCTT-ACATAC-T  998

seq1  ATAGCTTAATATACAGGCATTCCTGCACAGTTTTTATTACCTTTGCTCT-  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  ATAGCTTAATATACAGGCATTCCTGCACAGTTTTTATTACC-TTGCTCTG  1047

seq1  GTTGCTTGGACTT-GAAGGATGCAGTAA-TTAGAACAAGTTTTGAGTGAC  1096
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GTTGCTTGGACTTGGAAGGATGCAGTAATTTAGAAC-AGTTTTGAGTGAC  1096

seq1  CTTCTTCAGGGTCAACTTGAGAAACCAGCAGCAGCTCATGAAATA-TGTG  1145
        || ||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||
seq2  --TC-TCAAGGTTAAC-TGAGAAA-CAGCAGCAGCTCATGAAAAATTGTG  1141

seq1  AATTCCTTTATGG-CAGTGACTT-TCTTGA  1173
      |||||  | |||| ||||||||| ||||||
seq2  AATTC--TAATGGCCAGTGACTTCTCTTGA  1169


seq1: chr6_104051071_104052191
seq2: B6Ng01-178D17.g_65_1181 (reverse)

seq1  GGTGGTCATAAATTAAGAAGACAACCTGAAACTATTCAGA-TGGTGCTAA  49
      ||||||||| || | ||||||||| |||||   ||||||| |||||||||
seq2  GGTGGTCATTAAATTAGAAGACAA-CTGAA--CATTCAGATTGGTGCTAA  47

seq1  TTCTATCACCAGCACCCTTTATA-TGTGAAAGGGAAAGAGAGAATGGTCA  98
      |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCACCAGCA-CCTTTATATTGTG-AAGGGAAAGAGAGAATGGTCA  95

seq1  GTATCAATGATGATGTGTGAGATTGGTTAGTCACTTTCTTGCTGTAAAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAATGATGATGTGTGAGATTGGTTAGTCACTTTCTTGCTGTAAAGA  145

seq1  CACAACTGGGTAAAAGTTACTGAGTGAAGAAAGCAGGCAGCCTACATTCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTGGGTAAAAGTTACTGAGTGAAGAAAGCAGGCAGCCTACATTCC  195

seq1  GAAAGATAAAAATTATGCTCTACAGAAAAGAGCATAATGCTGATATCACA  248
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATAAAAATTATGCTCTACAG-AAAGAGCATAATGCTGATATCACA  244

seq1  TTGGTTTTAGTACAATTTAACTCATTTTGGACATTACATTCCCATAAATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTAGTACAATTTAACTCATTTTGGACATTACATTCCCATAAATG  294

seq1  TAAAGTGATGCATGGAAGTCATCTTAAACTACTAAATATGTATGAGTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGATGCATGGAAGTCATCTTAAACTACTAAATATGTATGAGTTTG  344

seq1  TAGTAGCAGCAACAGGAATTTACTATAAAAAGAACACTTTACAGAGATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCAGCAACAGGAATTTACTATAAAAAGAACACTTTACAGAGATAT  394

seq1  GCTGTTTTAATTAGAAAGATACCTACTTATTACATATTGTTAGAAATGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTAATTAGAAAGATACCTACTTATTACATATTGTTAGAAATGAG  444

seq1  CAACCAAAGTTGCAGGTGTGACTAATATTTTGATCAAATTATAAAGGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAAGTTGCAGGTGTGACTAATATTTTGATCAAATTATAAAGGAAA  494

seq1  ATGAGGAAGATAATAGCATAATGAGTTCTGAGAAATTGTTAATTGAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAGATAATAGCATAATGAGTTCTGAGAAATTGTTAATTGAAGAA  544

seq1  ACTTCAAATAGATCTAATTAAGTAGAAATAGTTTTGATCGAGGAAGATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAATAGATCTAATTAAGTAGAAATAGTTTTGATCGAGGAAGATAT  594

seq1  CTGATTACATTTTGTTCCCTTGCAATGAAGTAGAATATTTGTTGCGATGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTACATTTTGTTCCCTTGCAATGAAGTAGAATATTTGTTGCGATGA  644

seq1  TACACAAACATTATTGTCAAAGCAAACAAATGAAAATTTCTCAAACGAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAACATTATTGTCAAAGCAAACAAATGAAAATTTCTCAAACGAAT  694

seq1  GACTGTAATAAGTAAGATTGAGAAACTTACATACAGGGAGTCATTTCATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTAATAAGTAAGATTGAGAAACTTACATACAGGGAGTCATTTCATT  744

seq1  TACAATAAAGAAACATTTAAAAATATCTGTTATCTCCAAATTGTGCGGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAAGAAACATTTAAAAATATCTGTTATCTCCAAATTGTGCGGAA  794

seq1  CAACAAACACAGCCAATTAAGAGTGAGATTAAAATAGACAAGAAAAACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAACACAGCCAATTAAGAGTGAGATTAAAATAGACAAGAAAAACTG  844

seq1  GTAATTCATAAAAAAAATATTATGAAGACAATTTTACTTATTAAAGGAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCATAAAAAAAATATTATGAAGACAATTTTACTTATTAAAGGAAA  894

seq1  ACATATCACTGTGTTGATATGCTAAGTTAGAAAATAGAGATGATTATTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCACTGTGTTGATATGCTAAGTTAGAAAATAGAGATGATTATTTC  944

seq1  AAATCAAGGCATAAAAATACAGGAAAATAGATGAAAATGGGTTTGTCCAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGGCATAAAAATACAGGAAAATAGATGAAAATGGGTTTGTCCAT  994

seq1  AAAAATCAGTGTTCACACAAAAATTACCCTAACTTTCCACATAAATTTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCAGTGTTCACACAAAAATTACCCTAACTTTCCACATAAATTTGA  1044

seq1  ATGATGGAAGCTGAGGAAGATTTAATAACAAAATCTAAGCCAACAAAATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAAGCTGAGGAAGATTTAATAACAAAATCTAAGCCAACAAAATA  1094

seq1  ATTCTGTAGACAATAGTGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTAGACAATAGTGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |