BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178G13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 140,852,792 - 141,039,967
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePik3c2g, Plcz1, Capza3, LOC100042680, LOC100039020, LOC269810, Plekha5, Aebp2, EG664868
Downstream geneLOC664875, Pde3a, Slco1c1, Slco1b2, EG435927, Slco1a4, LOC100042750, EG664913, Slco1a1, EG625716, Slco1a6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178G13.bB6Ng01-178G13.g
ACCGA005406GA005407
length1,2511,175
definitionB6Ng01-178G13.b B6Ng01-178G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,038,727 - 141,039,967)(140,852,792 - 140,853,970)
sequence
gaattcataacatacacatccacttcccttgaaagcacaggggctgagat
tcttgtttccagagaatacagggtaagtttatttttaaggagaattaatg
aaataggaatgggattactacacgattctccagccactgtttatccagag
agctgcttgctgacgtctgtctttttcctcaggggcctgctccaattaaa
atgggtctatctccaatcaggttttatctggccactgcatacttgataag
gaacccaccacctggtttctcctgactcacactttgagaacaaattccta
cattttggcttatgttaaatgttggctttgtcaggtagagatgggtaaaa
cagagccttgttttgctttgggccttttttttttttccttccttgtctgt
tatggttccacagtaaaagggcaacaaaatatttaagaatgagatttttc
caatttcttgttgttcttggcaaatctctgtgttttctccatcagcatgt
cttcatctaaggacatgtgtcatatttatagtttcaggctgtacaacaag
ttaaaaatatttttaaaccatagatcaagactgtggggatagcacagttt
ttaaagtacttgccttgcaagcacgaggacttcagtactaaccacagaac
ccaggtatttaaaaaagaaaacccagatgtggtgactcacacttgtcacc
cagcactggggggggatggagacaggtgcatccctgaagtccaagctagt
gagcctagtctacttggtgaatcctggatcagtgtgagagagaggccctt
gctcagaaataaaaaggtggacaactcagagatgccctgatccccacatg
caccttcatatgcagacatattaacatgtacatggggcatgagtatgttc
tcacacacatgcacacacacacacacatacatacatatatatatatacac
acaaagcacacacatgcaaatagaggccacaaaacacatatgcacaccat
acacagacatgtatataaaacatgcacacatgcaacatatattacaaacc
cattatgcataccacattgtaataccaccatgcccacacacgcccacaac
cccgttaccacagttgcccgacttgccattttctggaaaaatgacttgaa
tttattagactaattttatgtgggacacatctactaacatataaagaaat
ctaaacctatagtggacaaagctaattaataggctttctgagagaagaca
c
gaattccatcactgagctgcacacagttccagatccttgttagtcctccc
tggtctactttcacaaggactccatttctctctcagtttcctcttcaatc
aaatatttttatggattgatatttctacagcatggttacaactgcactag
ttctatgctcagttgtgccctgtcttagttagggttttactgctgtgaac
agtcaccatgaccaaggcaaatcttataaaagacatcatttatttggggt
tggcttacaggttcagaggttcagtccattatcatcaagttggaaacatg
gcagtggtcaggcaggcatggtgcaggaggagctgagagttctacatctt
catttgaaggctccgagtggaagactctcctccaggcaactaggttgaga
gtatttaagcccatctccaccgtgacacacctactccaacaaggccacac
ctcttaatagtgccacttcctgggttgagcatatgcaaaccatcacatgc
cccttgggttacacaggccctaagaggctcacaaagactttccaagagat
ttttaggcacagagagtttttgggcttctgttttcagaatacccctttca
agttgctctgccttttggagtgcttttctccctcacaatcctgcgacatc
accctcacacctgataaaagaaagggctatgtccctcaacatgattctta
tttattggtccaggctacaagataactggcatttaaaaataaagcagatt
aggatactgctgatagtgggaatttaataatagtcttcttattgataaga
tcacatttcaattctgccctttaatgagttaaggtgtacctaattgtatt
gttaagcagtagttgaaaacaatttttgatgacaaatctttgattttgac
atggagtccaggaccttttcaataaattgggtggtatttcctctcttgag
atttagtttgtcttcagtgacgtatatgtgtatgtttgtgtggtgtttag
gccattcttccacctgttcaccagtctggcctgacttgaatggtgctata
ataccaggaaggggagactgagtatgctttctagactgaggcttacaagt
tctggccgcctcctgcctggttcaccatcctaagctcctatgtagaaagc
tcagcctactcaaggtccacatcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_141038727_141039967
seq2: B6Ng01-178G13.b_47_1297 (reverse)

seq1  GTGTC-ACTCTCAGAAACCCTTATTAATTAGCTATTTGTCACACTATAAG  49
      |||||  |||||||||| || |||||||||||  |||||| ||||||| |
seq2  GTGTCTTCTCTCAGAAAGCC-TATTAATTAGC--TTTGTC-CACTATAGG  46

seq1  TTCACTATCTCTATTAATATTAGTAGAT-TGTCCCAACAT-AAATATGTC  97
      || |  || ||| |  || ||||||||| |||||| |||| ||||  |||
seq2  TTTA-GATTTCTTTATATGTTAGTAGATGTGTCCC-ACATAAAATTAGTC  94

seq1  TAAATAAATCAAGATCA-TCTTCAGGAAAATGGCAAGTACGGCAACTGTG  146
      |||  || ||||| ||| | |||  |||||||||||||  ||||||||||
seq2  TAATAAATTCAAG-TCATTTTTCCAGAAAATGGCAAGTCGGGCAACTGTG  143

seq1  GT-ACGTGTGTGTGTGCGTGTGT--GCATGTGTGTA-TAC-ATGT-GTAT  190
      || ||| |  |||| ||||||||  |||||   ||| ||| |||| ||||
seq2  GTAACGGGGTTGTGGGCGTGTGTGGGCATGGTGGTATTACAATGTGGTAT  193

seq1  GCAT-ATGTGTTTGT-ATATATG-TGCATGTGTGCATG-TGTATATACAT  236
      |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||||
seq2  GCATAATGGGTTTGTAATATATGTTGCATGTGTGCATGTTTTATATACAT  243

seq1  GTCTGTGTAT-GTGTGCATATGTG-TGTGTGGCCTCTATGTGCATGTGTG  284
      |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
seq2  GTCTGTGTATGGTGTGCATATGTGTTTTGTGGCCTCTATTTGCATGTGTG  293

seq1  TGCTTTGTGTGTATATATATATATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGCAT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTGTGTATATATATATATGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGCAT  343

seq1  GTGTGTGAGAACATACTCATG-CCCATGTACATGTTAATATGTCTGCATA  383
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGAACATACTCATGCCCCATGTACATGTTAATATGTCTGCATA  393

seq1  TGAAGGTGCATGTGGGGATCAGGGCATCTCTGAGTTGTCCACCTTTTTTA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAAGGTGCATGTGGGGATCAGGGCATCTCTGAGTTGTCCACC-TTTTTA  442

seq1  TTTCTGAGCAAGGGCCTCTCTCTCACACTGATCCAGGATTCACCAAGTAG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGCAAGGGCCTCTCTCTCACACTGATCCAGGATTCACCAAGTAG  492

seq1  ACTAGGCTCACTAGCTTGGACTTCAGGGATGCACCTGTCTCCAT-CCCCC  532
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTAGGCTCACTAGCTTGGACTTCAGGGATGCACCTGTCTCCATCCCCCC  542

seq1  CCAGTGCTGGGTGACAAGTGTGAGTCACCACATCTGGGTTTTCTTTTTTA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTGGGTGACAAGTGTGAGTCACCACATCTGGGTTTTCTTTTTTA  592

seq1  AATACCTGGGTTCTGTGGTTAGTACTGAAGTCCTCGTGCTTGCAAGGCAA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTGGGTTCTGTGGTTAGTACTGAAGTCCTCGTGCTTGCAAGGCAA  642

seq1  GTACTTTAAAAACTGTGCTATCCCCACAGTCTTGATCTATGGTTTAAAAA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTAAAAACTGTGCTATCCCCACAGTCTTGATCTATGGTTTAAAAA  692

seq1  TATTTTTAACTTGTTGTACAGCCTGAAACTATAAATATGACACATGTCCT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAACTTGTTGTACAGCCTGAAACTATAAATATGACACATGTCCT  742

seq1  TAGATGAAGACATGCTGATGGAGAAAACACAGAGATTTGCCAAGAACAAC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAAGACATGCTGATGGAGAAAACACAGAGATTTGCCAAGAACAAC  792

seq1  AAGAAATTGGAAAAATCTCATTCTTAAATATTTTGTTGCCCTTTTACTGT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTGGAAAAATCTCATTCTTAAATATTTTGTTGCCCTTTTACTGT  842

seq1  GGAACCATAACAGACAAGGAAGGAAAAAAAAAAAAGGCCCAAAGCAAAAC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCATAACAGACAAGGAAGGAAAAAAAAAAAAGGCCCAAAGCAAAAC  892

seq1  AAGGCTCTGTTTTACCCATCTCTACCTGACAAAGCCAACATTTAACATAA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCTGTTTTACCCATCTCTACCTGACAAAGCCAACATTTAACATAA  942

seq1  GCCAAAATGTAGGAATTTGTTCTCAAAGTGTGAGTCAGGAGAAACCAGGT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATGTAGGAATTTGTTCTCAAAGTGTGAGTCAGGAGAAACCAGGT  992

seq1  GGTGGGTTCCTTATCAAGTATGCAGTGGCCAGATAAAACCTGATTGGAGA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTTCCTTATCAAGTATGCAGTGGCCAGATAAAACCTGATTGGAGA  1042

seq1  TAGACCCATTTTAATTGGAGCAGGCCCCTGAGGAAAAAGACAGACGTCAG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCCATTTTAATTGGAGCAGGCCCCTGAGGAAAAAGACAGACGTCAG  1092

seq1  CAAGCAGCTCTCTGGATAAACAGTGGCTGGAGAATCGTGTAGTAATCCCA  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGCTCTCTGGATAAACAGTGGCTGGAGAATCGTGTAGTAATCCCA  1142

seq1  TTCCTATTTCATTAATTCTCCTTAAAAATAAACTTACCCTGTATTCTCTG  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATTTCATTAATTCTCCTTAAAAATAAACTTACCCTGTATTCTCTG  1192

seq1  GAAACAAGAATCTCAGCCCCTGTGCTTTCAAGGGAAGTGGATGTGTATGT  1232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAGAATCTCAGCCCCTGTGCTTTCAAGGGAAGTGGATGTGTATGT  1242

seq1  TATGAATTC  1241
      |||||||||
seq2  TATGAATTC  1251

seq1: chr6_140852792_140853970
seq2: B6Ng01-178G13.g_68_1242

seq1  GAATTCCATCACTGAGCTGCACACAGTTCCAGATCCTTGTTAGTCCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCACTGAGCTGCACACAGTTCCAGATCCTTGTTAGTCCTCCC  50

seq1  TGGTCTACTTTCACAAGGACTCCATTTCTCTCTCAGTTTCCTCTTCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTACTTTCACAAGGACTCCATTTCTCTCTCAGTTTCCTCTTCAATC  100

seq1  AAATATTTTTATGGATTGATATTTCTACAGCATGGTTACAACTGCACTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTTATGGATTGATATTTCTACAGCATGGTTACAACTGCACTAG  150

seq1  TTCTATGCTCAGTTGTGCCCTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGCTCAGTTGTGCCCTGTCTTAGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAAC  200

seq1  AGTCACCATGACCAAGGCAAATCTTATAAAAGACATCATTTATTTGGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCATGACCAAGGCAAATCTTATAAAAGACATCATTTATTTGGGGT  250

seq1  TGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGTTGGAAACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGTTGGAAACATG  300

seq1  GCAGTGGTCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGTCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTT  350

seq1  CATTTGAAGGCTCCGAGTGGAAGACTCTCCTCCAGGCAACTAGGTTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAGGCTCCGAGTGGAAGACTCTCCTCCAGGCAACTAGGTTGAGA  400

seq1  GTATTTAAGCCCATCTCCACCGTGACACACCTACTCCAACAAGGCCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAGCCCATCTCCACCGTGACACACCTACTCCAACAAGGCCACAC  450

seq1  CTCTTAATAGTGCCACTTCCTGGGTTGAGCATATGCAAACCATCACATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATAGTGCCACTTCCTGGGTTGAGCATATGCAAACCATCACATGC  500

seq1  CCCTTGGGTTACACAGGCCCTAAGAGGCTCACAAAGACTTTCCAAGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGGTTACACAGGCCCTAAGAGGCTCACAAAGACTTTCCAAGAGAT  550

seq1  TTTTAGGCACAGAGAGTTTTTGGGCTTCTGTTTTCAGAATACCCCTTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGCACAGAGAGTTTTTGGGCTTCTGTTTTCAGAATACCCCTTTCA  600

seq1  AGTTGCTCTGCCTTTTGGAGTGCTTTTCTCCCTCACAATCCTGCGACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTCTGCCTTTTGGAGTGCTTTTCTCCCTCACAATCCTGCGACATC  650

seq1  ACCCTCACACCTGATAAAAGAAAGGGCTATGTCCCTCAACATGATTCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCACACCTGATAAAAGAAAGGGCTATGTCCCTCAACATGATTCTTA  700

seq1  TTTATTGGTCCAGGCTACAAGATAACTGGCATTTAAAAATAAAGCAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGTCCAGGCTACAAGATAACTGGCATTTAAAAATAAAGCAGATT  750

seq1  AGGATACTGCTGATAGTGGGAATTTAATAATAGTCTTCTTATTGATAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACTGCTGATAGTGGGAATTTAATAATAGTCTTCTTATTGATAAGA  800

seq1  TCACATTTCAATTCTGCCCTTTAATGAGTTAAGGTGTACCTAATTGTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTCAATTCTGCCCTTTAATGAGTTAAGGTGTACCTAATTGTATT  850

seq1  GTTAAGCAGTAGTTGAAAACAATTTTTGATGACAAATCTTTGATTTTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCAGTAGTTGAAAACAATTTTTGATGACAAATCTTTGATTTTGAC  900

seq1  ATGGAGTCCAGGACCTTTTCAATAAATTGGGTGGTATTTCTTCTCTTGAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGAGTCCAGGACCTTTTCAATAAATTGGGTGGTATTTCCTCTCTTGAG  950

seq1  ATTTAGTTTGTCTTCAGTGACGTATATGTGTATGTTTGTGT-GTGTTTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTAGTTTGTCTTCAGTGACGTATATGTGTATGTTTGTGTGGTGTTTAG  1000

seq1  GCCATTTCTTCCA-CTGTTCACCAGTCTTGGCTGACTTTGTATTGTGCTA  1048
      |||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||| || ||||||
seq2  GCCA-TTCTTCCACCTGTTCACCAGTCTGGCCTGAC-TTGAATGGTGCTA  1048

seq1  TAATTACCAGGAAGGGGAGAACTGGAGGTATGCTTTCTAGACTGAGGCCT  1098
      ||| ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||| |
seq2  TAA-TACCAGGAAGGGGAG-ACTG--AGTATGCTTTCTAGACTGAGGCTT  1094

seq1  ACAAAGTTCTGG-CGGCTTCTG-CTGTGTCACCAAATCCCCAAGCTCTCA  1146
      || ||||||||| || || ||| |||  ||||||    || ||||||  |
seq2  AC-AAGTTCTGGCCGCCTCCTGCCTGGTTCACCA---TCCTAAGCTCCTA  1140

seq1  TGTAAGAAAGCTCAG-CTACTCAAGG--CCCATCCT  1179
      ||| ||||||||||| ||||||||||  | ||||||
seq2  TGT-AGAAAGCTCAGCCTACTCAAGGTCCACATCCT  1175