BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180F17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 121,034,402 - 121,235,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMinpp1-ps, Pex26, Tuba8, Usp18
Upstream geneNinj2, B4galnt3, Ccdc77, Jarid1a, Il17ra, Cecr6, Cecr5, 1700072O05Rik, Cecr2, Slc25a18, Atp6v1e1, Bcl2l13, Bid, Mical3, LOC100043793
Downstream geneSlc6a13, Slc6a12, Iqsec3, LOC100043486, A2m, EG640530, Mug1, Mug4, Mug2, Mug-ps1, Klrg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180F17.bB6Ng01-180F17.g
ACCGA006814GA006815
length976851
definitionB6Ng01-180F17.b B6Ng01-180F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,234,506 - 121,235,481)(121,034,402 - 121,035,251)
sequence
gaattctttctataaaggagaaagatttgcagaatatcaattgcacctcc
accaagctatccagaaagagcagcatggatgcttgcgatctgcaggggca
acggcaggtttggctgtgggttttaaaacctctccaggtgattctactgt
gttgtcgggactgagacccaccaattcagttatctgaagccactttacat
agtgacttgcttgctaccagaacatagtagggaaagatgctccaaagatc
taacataacctaaggctaacccccaggttatctgtcactaaccctatcct
gtttactttatgtgattctagggttctcatctagattaccaaacatttta
atttatagagcaatcttcttctcaagcaggttccccagtacatagagcca
ccccaatgcttctaaggtgtatttttttttccactgtcacataggctcca
aaagtaaagatgcagaaaactcatatctaatctcatacctaattagtgaa
tctttaccatataaaatgttaattaaatgcttaattcctacctctaatta
aaactatttttttcctaagaaatacaacttaaagaagaaacaggatcacc
cagacaatccaacaattataggcacttgtcacagaaacccagcaaaattc
aatatccacaggccaagatggaggagagggctcactccggaaaattgacc
tcagatctccacacacacactgtggcacacctgttcgcgtgcatggatgt
acacacactaataataatcaataaaattaactttttaaagaaggaagcat
aggtgataagtcttttaaaaattcagaattactttaaagtttaatcatat
ggaattatatatggctttttaaagtttggctgtagaagagtaccttggta
ggtccggggtatgaatgccaccaaaatccacaccacagaacaaaaatcac
acaaggatttatttgtgggggtaggg
gaattcaacatttccccctgggccccttgtctgtggctcacagcctgtcc
acacacagaggagagcaggacgcatatgtttaggacgccgttcactgaag
ctggaacgcatgatgacctggcccgtggacccccaggcctatcccctgca
cacaacacaagcattctaagcagccacagcatgaggagccctggatggac
acctcttgacaacagtttcagacacacagggcgctagcaagatggctcca
tgggtaaaggtgcttgttgccaaacctgactgagtttgatcgctaggacc
tgtgtgtgaattgaaaaaaatacagttctcatggggcatggtggcacatg
cctttaatcccagcactagggaggcagaggcagggggatctctgtgagtc
tcatgccagcagcctggtctacaaagcaagtccaggaatagctaaggctt
gttcaaaaccctatattgaaaaaccaaaagaatacagttctccgggacca
ggcaggggaaaccaggaggcactgtagacttgtggaggctccagactgtt
gcatctccctccccaggtcagacaaccctacacttccttgcggtgaagca
gagggaggcggaatgtcatctgcggtagagtatctccatagtaaacacca
ggcccaggtgccattcccccagcacacaagaccagcaaatggtgtgagtt
tactaacagcaaataagacggtctgacactgtaatagacacacttccgac
cacagagaccccccaaggaccttcagcctgtgggagctggggaaatggag
aagacaccccaggttgactccacaactggttaagggcttgtttgaacaat
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_121234506_121235481
seq2: B6Ng01-180F17.b_48_1023 (reverse)

seq1  CCCT-CCCCCACAAATAAATCCTTGTGTGATTTTTGTTCTGTGGTGT-GA  48
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCTACCCCCACAAATAAATCCTTGTGTGATTTTTGTTCTGTGGTGTGGA  50

seq1  TTTTTGTGGCATTCCTTACCCCGGACCTACCAAGGTACTCTTCTACAGCC  98
      |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTGGCATT-CATACCCCGGACCTACCAAGGTACTCTTCTACAGCC  99

seq1  AAAACCTTAAAAAGCCATATATAATTCCATATGATTAAACTTTAAAGTAA  148
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAACTTTAAAAAGCCATATATAATTCCATATGATTAAACTTTAAAGTAA  148

seq1  TTCTGAATTTTTAAAAGACTTATCACCTATGCTTCCTTCTTTAAAAAGTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAATTTTTAAAAGACTTATCACCTATGCTTCCTTCTTTAAAAAGTT  198

seq1  AATTTTATTGATTATTATTAGTGTGTGTACATCCATGCACGCGAACAGGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTGATTATTATTAGTGTGTGTACATCCATGCACGCGAACAGGT  248

seq1  GTGCCACAGTGTGTGTGTGGAGATCTGAGGTCAATTTTCCGGAGTGAGCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACAGTGTGTGTGTGGAGATCTGAGGTCAATTTTCCGGAGTGAGCC  298

seq1  CTCTCCTCCATCTTGGCCTGTGGATATTGAATTTTGCTGGGTTTCTGTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCCATCTTGGCCTGTGGATATTGAATTTTGCTGGGTTTCTGTGA  348

seq1  CAAGTGCCTATAATTGTTGGATTGTCTGGGTGATCCTGTTTCTTCTTTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCCTATAATTGTTGGATTGTCTGGGTGATCCTGTTTCTTCTTTAA  398

seq1  GTTGTATTTCTTAGGAAAAAAATAGTTTTAATTAGAGGTAGGAATTAAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTTCTTAGGAAAAAAATAGTTTTAATTAGAGGTAGGAATTAAGC  448

seq1  ATTTAATTAACATTTTATATGGTAAAGATTCACTAATTAGGTATGAGATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTAACATTTTATATGGTAAAGATTCACTAATTAGGTATGAGATT  498

seq1  AGATATGAGTTTTCTGCATCTTTACTTTTGGAGCCTATGTGACAGTGGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGAGTTTTCTGCATCTTTACTTTTGGAGCCTATGTGACAGTGGAA  548

seq1  AAAAAAATACACCTTAGAAGCATTGGGGTGGCTCTATGTACTGGGGAACC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATACACCTTAGAAGCATTGGGGTGGCTCTATGTACTGGGGAACC  598

seq1  TGCTTGAGAAGAAGATTGCTCTATAAATTAAAATGTTTGGTAATCTAGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGAAGAAGATTGCTCTATAAATTAAAATGTTTGGTAATCTAGAT  648

seq1  GAGAACCCTAGAATCACATAAAGTAAACAGGATAGGGTTAGTGACAGATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCCTAGAATCACATAAAGTAAACAGGATAGGGTTAGTGACAGATA  698

seq1  ACCTGGGGGTTAGCCTTAGGTTATGTTAGATCTTTGGAGCATCTTTCCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGGGTTAGCCTTAGGTTATGTTAGATCTTTGGAGCATCTTTCCCT  748

seq1  ACTATGTTCTGGTAGCAAGCAAGTCACTATGTAAAGTGGCTTCAGATAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTTCTGGTAGCAAGCAAGTCACTATGTAAAGTGGCTTCAGATAAC  798

seq1  TGAATTGGTGGGTCTCAGTCCCGACAACACAGTAGAATCACCTGGAGAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGGTGGGTCTCAGTCCCGACAACACAGTAGAATCACCTGGAGAGG  848

seq1  TTTTAAAACCCACAGCCAAACCTGCCGTTGCCCCTGCAGATCGCAAGCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAACCCACAGCCAAACCTGCCGTTGCCCCTGCAGATCGCAAGCAT  898

seq1  CCATGCTGCTCTTTCTGGATAGCTTGGTGGAGGTGTAATTGGTATTCTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CCATGCTGCTCTTTCTGGATAGCTTGGTGGAGGTGCAATTGATATTCTGC  948

seq1  AAATCTTTCTCCTTTATAGAAAGAATTC  976
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTTCTCCTTTATAGAAAGAATTC  976

seq1: chr6_121034402_121035251
seq2: B6Ng01-180F17.g_73_923

seq1  GAATTCAACATTTCCCCCTGGGCCCCTTGTCTGTGGCTCACAGCCTGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATTTCCCCCTGGGCCCCTTGTCTGTGGCTCACAGCCTGTCC  50

seq1  ACACACAGAGGAGAGCAGGACGCATATGTTTAGGACGCCGTTCACTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAGGAGAGCAGGACGCATATGTTTAGGACGCCGTTCACTGAAG  100

seq1  CTGGAACGCATGATGACCTGGCCCGTGGACCCCCAGGCCTATCCCCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACGCATGATGACCTGGCCCGTGGACCCCCAGGCCTATCCCCTGCA  150

seq1  CACAACACAAGCATTCTAAGCAGCCACAGCATGAGGAGCCCTGGATGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACAAGCATTCTAAGCAGCCACAGCATGAGGAGCCCTGGATGGAC  200

seq1  ACCTCTTGACAACAGTTTCAGACACACAGGGCGCTAGCAAGATGGCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTGACAACAGTTTCAGACACACAGGGCGCTAGCAAGATGGCTCCA  250

seq1  TGGGTAAAGGTGCTTGTTGCCAAACCTGACTGAGTTTGATCGCTAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAAGGTGCTTGTTGCCAAACCTGACTGAGTTTGATCGCTAGGACC  300

seq1  TGTGTGTGAATTGAAAAAAATACAGTTCTCATGGGGCATGGTGGCACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGAATTGAAAAAAATACAGTTCTCATGGGGCATGGTGGCACATG  350

seq1  CCTTTAATCCCAGCACTAGGGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGTGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATCCCAGCACTAGGGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGTGAGTC  400

seq1  TCATGCCAGCAGCCTGGTCTACAAAGCAAGTCCAGGAATAGCTAAGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCAGCAGCCTGGTCTACAAAGCAAGTCCAGGAATAGCTAAGGCTT  450

seq1  GTTCAAAACCCTATATTGAAAAACCAAAAGAATACAGTTCTCCGGGACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAACCCTATATTGAAAAACCAAAAGAATACAGTTCTCCGGGACCA  500

seq1  GGCAGGGGAAACCAGGAGGCACTGTAGACTTGTGGAGGCTCCAGACTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGAAACCAGGAGGCACTGTAGACTTGTGGAGGCTCCAGACTGTT  550

seq1  GCATCTCCCTCCCCAGGTCAGACAACCCTACACTTCCTTGCGGTGAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCCCTCCCCAGGTCAGACAACCCTACACTTCCTTGCGGTGAAGCA  600

seq1  GAGGGAGGCGGAATGTCATCTGCGGTAGAGTATCTCCATAGTAAACACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGCGGAATGTCATCTGCGGTAGAGTATCTCCATAGTAAACACCA  650

seq1  GGCCCAGGTGCCATTCCCCCAGCACACAAGACCAGCAAATGGTGTGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGGTGCCATTCCCCCAGCACACAAGACCAGCAAATGGTGTGAGTT  700

seq1  TACTAACAGCAAATAAGACGGTCTGACACTGTAATAGACACACTTCCGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACAGCAAATAAGACGGTCTGACACTGTAATAGACACACTTCCGAC  750

seq1  CACAGAGACCCCCCAAAGGACCTCCAGCCTGTGGGAGCTGGGG-AATGGA  799
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACAGAGACCCCCC-AAGGACCTTCAGCCTGTGGGAGCTGGGGAAATGGA  799

seq1  GAAGACACCCCAGGTTGACTCCACAACTGGTGAAGGGCTTG-TTGAACAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GAAGACACCCCAGGTTGACTCCACAACTGGTTAAGGGCTTGTTTGAACAA  849

seq1  TG  850
      ||
seq2  TG  851