BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180H24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 32,512,070 - 32,647,084
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna4
Upstream genePodxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik
Downstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401, Exoc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180H24.bB6Ng01-180H24.g
ACCGA006913GA006914
length1,1221,140
definitionB6Ng01-180H24.b B6Ng01-180H24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,645,984 - 32,647,084)(32,512,070 - 32,513,210)
sequence
gaattcatagagacaagatgcagagtagtggtttccagaggctggagaga
tggaaatgggaagctgggtctgggtacagagttagctgtgcatggtgcca
agagtctaaaagtagcaatgctagctatacaataccaagttgatacattt
tacattatgtacatttgctatagtagaaaaacaaggctttcatcttctag
tttgaatctgcagtgtgagtggcccaagctttgattaaacaggttgcgct
gtctgacttactatctctgtgcactaggctcccacttctcacccaaagag
aaaagtttagtgccgtgtgaagattcagactagaagaatttcattcaatg
gatagcaagcacaccctgaacactaagtacacagcattggcgtaactgag
taccaagcacttgggtgactaggtattcatctcggagtaaaaagacaaag
acaagcagggtttctgagttaatccagtgtgttggatttccacttcttag
aacattaagtgggtggccacatgaggaggacagggtgtgacctccagctg
tatttgcaaacacaagacagatggaaggcacacactgatgtggttcaggc
cgtgggacatcgaggtacatcttcacctaacccctgggataccctatgga
tatcatagcctggattgagctagctagggctagggctagggatgggattg
gggttggaactggggctatgagctgctcattcccagcttagccttttctt
cctgtctccatcctccactccttcccatattaaaggctcattttgtctcc
tgcacttccctgttcccttccgcaccccacttcagcccaagtgctataaa
ttaattcacagtgcacatctcgagcctgctgctcttcagtcactgatgcc
atccatattctgtcttgcattatttaacttctgggaaatgttctggcccc
aaaaataaagagggaagagactcattaagttctatggctcacataatatt
ttcttaggtctttttgaaaccttcagagagcttccacaacccatttagtc
caaaatttccttttcttttttagaccagtgggtccacgtgagtagagcat
cttggcttcccaatcccatacc
gaattcacctgccctgataacaccaagcagcccaagaacaaacagatcag
acctgtctagatcaacccagctagatcagacctgtctatagaagactgtc
taaccagatctgccccattttgtccttctcctggtttccctaactgagtc
atggagactaagatcacagaaggaaagtgaaatatgactctaggtgtcac
ctttcaaagggtgttactgattgtcagctaaagtgatttaagccctggaa
aaaccctcccgtgtccttttaacatccaaaacgaatcctcttcacaccaa
ccatcaatgttaaataaacagaagtcccccattaacctgcacctctgtgc
gtttactttgtaaaagcacacagtgtcactctcctttaaacgaacatact
aattagtgtattaataaatagctgaatggaatcaatgagacatgtaatca
aggtctgatcgggagatggggccaggctgaagaggctgaagggaagagat
gaaggaaaagaatcttattaacaggtttgctgagaggggacacgtaaaat
caatgtccggaatgcaatgaagacacagccaaaagttgacagtttggtgg
gaagctaagtgcttgccctgcctcctcccttcaacagagaagttactggt
gagagttaatgggaccagcagggagaacagaagttaattggtgttgggaa
agccattcagagatggtgtccaagatcgcagctggaagaattacccagga
cttcagtacaaaggcctaactcctagacctgtattcaaaatactaagacc
aagcttgagaaccgaatgaattctcaatgaacattcgctctccaaaagat
tctgtagtagagtcatttgtttgggggtttagtcttagtcaccccaaaag
tctgtgcttttttacccccaaggtgcctgggttgccgcgccctgaccaag
cagccttagaggctctaagacccctattcctcttcctcagctccacattt
ctgtgaaacacctctggagccagagcaggaagctctagaaattgtgaaag
aaggccttgtcaggtctggaatgactgggctttgatacccaactcgcctc
tcatttggagttcaggtggagctctgaaccgtgattactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_32645984_32647084
seq2: B6Ng01-180H24.b_43_1164 (reverse)

seq1  GGTAT-GGATTGGGAA-CCAAGATGCTCCTACTTCACGTGG-GCCACTGT  47
      ||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||  |||||| 
seq2  GGTATGGGATTGGGAAGCCAAGATGCT-CTAC-TCACGTGGACCCACTGG  48

seq1  TCTAAAAAA-AGAAAGAAATTTTGGAATAA--TGGTTGT-GAAGCTCTCT  93
      ||||||||| | || ||||||||||| |||   |||||| ||||||||||
seq2  TCTAAAAAAGAAAAGGAAATTTTGGACTAAATGGGTTGTGGAAGCTCTCT  98

seq1  GAA-GTTTC--AAAGACTTA--GAAATA-TATGTG-GCC-TAGA--CTAA  133
      ||| |||||  |||||| ||   ||||| |||||| ||| ||||   |||
seq2  GAAGGTTTCAAAAAGACCTAAGAAAATATTATGTGAGCCATAGAACTTAA  148

seq1  TGAGTCTC-TCCCTCTTTATTTTTGGGGCCAGAACATTTTCCAG-AGTTA  181
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TGAGTCTCTTCCCTCTTTATTTTTGGGGCCAGAACATTTCCCAGAAGTTA  198

seq1  AATAATGCAAGACAGAATATGGATGGCATCAGTGACTG-AGAGCAGCAGG  230
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATAATGCAAGACAGAATATGGATGGCATCAGTGACTGAAGAGCAGCAGG  248

seq1  CTCGAGATGTGCACTGTGAA-TAAATTATAGCACTTGGGCTG-AGTGGGG  278
      |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTCGAGATGTGCACTGTGAATTAATTTATAGCACTTGGGCTGAAGTGGGG  298

seq1  TGCGGAAGGGAACAGGGAAGTGCAGGAGAC-AAATGAGCCTTTAATATGG  327
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCGGAAGGGAACAGGGAAGTGCAGGAGACAAAATGAGCCTTTAATATGG  348

seq1  GAAGGAGTGGAGGATGGAGACAGGAAGAAAAGGCTAAGCTGGGAATGAGC  377
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGTGGAGGATGGAGACAGGAAGAAAAGGCTAAGCTGGGAATGAGC  398

seq1  AGCTCATAGCCCCAGTTCCAACCCCAATCCCATCCCTAGCCCTAGCCCTA  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATAGCCCCAGTTCCAACCCCAATCCCATCCCTAGCCCTAGCCCTA  448

seq1  GCTAGCTCAATCCAGGCTATGATATCCATAGGGTATCCCAGGGGTTAGGT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTCAATCCAGGCTATGATATCCATAGGGTATCCCAGGGGTTAGGT  498

seq1  GAAGATGTACCTCGATGTCCCACGGCCTGAACCACATCAGTGTGTGCCTT  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTACCTCGATGTCCCACGGCCTGAACCACATCAGTGTGTGCCTT  548

seq1  CCATCTGTCTTGTGTTTGCAAATACAGCTGGAGGTCACACCCTGTCCTCC  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTCTTGTGTTTGCAAATACAGCTGGAGGTCACACCCTGTCCTCC  598

seq1  TCATGTGGCCACCCACTTAATGTTCTAAGAAGTGGAAATCCAACACACTG  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGCCACCCACTTAATGTTCTAAGAAGTGGAAATCCAACACACTG  648

seq1  GATTAACTCAGAAACCCTGCTTGTCTTTGTCTTTTTACTCCGAGATGAAT  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACTCAGAAACCCTGCTTGTCTTTGTCTTTTTACTCCGAGATGAAT  698

seq1  ACCTAGTCACCCAAGTGCTTGGTACTCAGTTACGCCAATGCTGTGTACTT  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTCACCCAAGTGCTTGGTACTCAGTTACGCCAATGCTGTGTACTT  748

seq1  AGTGTTCAGGGTGTGCTTGCTATCCATTGAATGAAATTCTTCTAGTCTGA  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCAGGGTGTGCTTGCTATCCATTGAATGAAATTCTTCTAGTCTGA  798

seq1  ATCTTCACACGGCACTAAACTTTTCTCTTTGGGTGAGAAGTGGGAGCCTA  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCACACGGCACTAAACTTTTCTCTTTGGGTGAGAAGTGGGAGCCTA  848

seq1  GTGCACAGAGATAGTAAGTCAGACAGCGCAACCTGTTTAATCAAAGCTTG  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGAGATAGTAAGTCAGACAGCGCAACCTGTTTAATCAAAGCTTG  898

seq1  GGCCACTCACACTGCAGATTCAAACTAGAAGATGAAAGCCTTGTTTTTCT  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTCACACTGCAGATTCAAACTAGAAGATGAAAGCCTTGTTTTTCT  948

seq1  ACTATAGCAAATGTACATAATGTAAAATGTATCAACTTGGTATTGTATAG  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGCAAATGTACATAATGTAAAATGTATCAACTTGGTATTGTATAG  998

seq1  CTAGCATTGCTACTTTTAGACTCTTGGCACCATGCACAGCTAACTCTGTA  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATTGCTACTTTTAGACTCTTGGCACCATGCACAGCTAACTCTGTA  1048

seq1  CCCAGACCCAGCTTCCCATTTCCATCTCTCCAGCCTCTGGAAACCACTAC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACCCAGCTTCCCATTTCCATCTCTCCAGCCTCTGGAAACCACTAC  1098

seq1  TCTGCATCTTGTCTCTATGAATTC  1101
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTTGTCTCTATGAATTC  1122

seq1: chr6_32512070_32513210
seq2: B6Ng01-180H24.g_68_1207

seq1  GAATTCACCTGCCCTGATAACACCAAGCAGCCCAAGAACAAACAGATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGCCCTGATAACACCAAGCAGCCCAAGAACAAACAGATCAG  50

seq1  ACCTGTCTAGATCAACCCAGCTAGATCAGACCTGTCTATAGAAGACTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCTAGATCAACCCAGCTAGATCAGACCTGTCTATAGAAGACTGTC  100

seq1  TAACCAGATCTGCCCCATTTTGTCCTTCTCCTGGTTTCCCTAACTGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGATCTGCCCCATTTTGTCCTTCTCCTGGTTTCCCTAACTGAGTC  150

seq1  ATGGAGACTAAGATCACAGAAGGAAAGTGAAATATGACTCTAGGTGTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACTAAGATCACAGAAGGAAAGTGAAATATGACTCTAGGTGTCAC  200

seq1  CTTTCAAAGGGTGTTACTGATTGTCAGCTAAAGTGATTTAAGCCCTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAAGGGTGTTACTGATTGTCAGCTAAAGTGATTTAAGCCCTGGAA  250

seq1  AAACCCTCCCGTGTCCTTTTAACATCCAAAACGAATCCTCTTCACACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTCCCGTGTCCTTTTAACATCCAAAACGAATCCTCTTCACACCAA  300

seq1  CCATCAATGTTAAATAAACAGAAGTCCCCCATTAACCTGCACCTCTGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATGTTAAATAAACAGAAGTCCCCCATTAACCTGCACCTCTGTGC  350

seq1  GTTTACTTTGTAAAAGCACACAGTGTCACTCTCCTTTAAACGAACATACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTTGTAAAAGCACACAGTGTCACTCTCCTTTAAACGAACATACT  400

seq1  AATTAGTGTATTAATAAATAGCTGAATGGAATCAATGAGACATGTAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGTATTAATAAATAGCTGAATGGAATCAATGAGACATGTAATCA  450

seq1  AGGTCTGATCGGGAGATGGGGCCAGGCTGAAGAGGCTGAAGGGAAGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGATCGGGAGATGGGGCCAGGCTGAAGAGGCTGAAGGGAAGAGAT  500

seq1  GAAGGAAAAGAATCTTATTAACAGGTTTGCTGAGAGGGGACACGTAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAAGAATCTTATTAACAGGTTTGCTGAGAGGGGACACGTAAAAT  550

seq1  CAATGTCCGGAATGCAATGAAGACACAGCCAAAAGTTGACAGTTTGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCCGGAATGCAATGAAGACACAGCCAAAAGTTGACAGTTTGGTGG  600

seq1  GAAGCTAAGTGCTTGCCCTGCCTCCTCCCTTCAACAGAGAAGTTACTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAAGTGCTTGCCCTGCCTCCTCCCTTCAACAGAGAAGTTACTGGT  650

seq1  GAGAGTTAATGGGACCAGCAGGGAGAACAGAAGTTAATTGGTGTTGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTAATGGGACCAGCAGGGAGAACAGAAGTTAATTGGTGTTGGGAA  700

seq1  AGCCATTCAGAGATGGTGTCCAAGATCGCAGCTGGAAGAATTACCCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTCAGAGATGGTGTCCAAGATCGCAGCTGGAAGAATTACCCAGGA  750

seq1  CTTCAGTACAAAGGCCTAACTCCTAGACCTGTATTCAAAATACTAAGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTACAAAGGCCTAACTCCTAGACCTGTATTCAAAATACTAAGACC  800

seq1  AAGCTTGAGAACCGAATGAATTCTCAATGAACATTCGCTCTCCAAAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGAGAACCGAATGAATTCTCAATGAACATTCGCTCTCCAAAAGAT  850

seq1  TCTGTAGTAGAGTCATTTGTTTGGGGGTTTAGTCTTAGTCACCCCAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGTAGAGTCATTTGTTTGGGGGTTTAGTCTTAGTCACCCCAAAAG  900

seq1  TCTGTGC-TTTTTACCCCCAAGGTGCCT-GGTTGGAG-GGCCTGACCAAA  947
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||  | | ||||||| ||
seq2  TCTGTGCTTTTTTACCCCCAAGGTGCCTGGGTTGCCGCGCCCTGACC-AA  949

seq1  GCAGCCTTAGAGGCTCTAAGACCCCTATTCCTCTTCCTCAGCTCCACATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTTAGAGGCTCTAAGACCCCTATTCCTCTTCCTCAGCTCCACATT  999

seq1  TCTTGTGACACACCTCT-GAG-CAGAGCAGGAAGGCTCTAGAAATTGTTG  1045
      || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TC-TGTGAAACACCTCTGGAGCCAGAGCAGGAA-GCTCTAGAAATTG-TG  1046

seq1  AGAGGAAAGGCTTTG-CAAGTCTGAGATGAACTGGGCTCTGATTACCCAC  1094
      | ||  ||||| ||| || |||||  ||| |||||||| ||||  || ||
seq2  AAAG--AAGGCCTTGTCAGGTCTGGAATG-ACTGGGCTTTGATACCCAAC  1093

seq1  TCGCCTCTCTATTGGAGTTCAGGT-GAGCTCTGAAACGTGATTTACTC  1141
      |||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||
seq2  TCGCCTCTCATTTGGAGTTCAGGTGGAGCTCTGAACCGTGA-TTACTC  1140