BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181K09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 60,621,771 - 60,757,657
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnca, ENSMUSG00000064018
Upstream geneEG634166, EG627108, EG434019, LOC671300, EG627178, LOC100041706, LOC100041717, A530053G22Rik, LOC667066, LOC100041726
Downstream geneMmrn1, LOC100041756, LOC100041764, C130092O11Rik, LOC100042694
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181K09.bB6Ng01-181K09.g
ACCGA007755GA007756
length1,1141,107
definitionB6Ng01-181K09.b B6Ng01-181K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,621,771 - 60,622,647)(60,756,555 - 60,757,657)
sequence
gaattctttgttgagctctgtaccccatttttaatggggttatttgaatt
tctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggttattagtcccc
tatctgatttaggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggtcat
tttttcttattgacagtgtcttttgccttacagaagcttagcaattttat
gaggtctcatttgtcaaatcttgatcttatagcacaggccattgctgttc
tctttaggaattattcccctgtgcctgtatctttgaggcttttccccact
ttctcctctataaatttcagtgtctctagttttatgtggagttccttgat
ccacttagatttgaccttagtacaaggaaataggaatggaaaaattctca
ttcttctacatgataacccccagttgtgccagcaccatttgttgaaaatg
ctgtctttttttcactggatggttttagctcccttgtcaaagatcaagtg
accataggtgtgtgggttcatttctgggtcttcaattctattccattgat
ctacctgtctgtcactgtcccagtatcatgcagttctttctgaggccctg
agttcaattcctgagcaatcatatggtagctcacaacaatctctactaca
atctgatgcccttttcttgcatgatgtcatacattcagatagagtgctca
taaacataaaataaatatattttaacagagaataataattttataggaag
aacatgtatcttaaggacacataaatctacaaaggtgataggattgtagg
tttgaaagcacctaactctactcatccattgaagaatctcacgtacaaag
ttcatgtgtccattcagttcattttaaaaagctatgtggttctgcctttg
agtggcatgcaaagagccatgggtctgatctctagcaaacaaaccaaata
aaattgttctttagattacatttgctaaaacttaactcaaaaatttcaaa
gcgatttcaggcaaagaaaaaaagaaccacttagttaacatgctatttgt
tatagcacatgtacttcccggtgaagattgtacattgtacttttctacag
aaacatatacagag

gaattctgtaattgtaaggaaaaatagccttactggacttttgtttgttg
taattccaaagcactgagtcatttgctaatatgtgattggtatccagatg
gatcagcaagaaatgcatgaatcatgaatgcatgttccctgtgttatgta
tgtagaccactgagggcaacagacattatccctagtgaaaaacagtgagt
atagtatgtatattccctaagcttatatctattatagaaagagttaagtg
gcttttgttagaaatgaaagagaatttgtattattcgaaataaatactaa
ctctgatgagtgttaacctgggtttttgtgaatagcaaatgaagtagctt
cagacaaataataaccataatatttcacctgcttgacacaagaacacaaa
ctttttccactcaagttctatgttcagtggtttataatctgtcagcatga
aaccttcagcaacatagacatgaataaaaatgtttaaaggccagactatg
gatgatgctctttacaaaagaaattgtaaggccagcatggtagtatgact
ttaagcataccagtggacaaatacaagctatactatgcaaatctgtttat
tttctcacaagtgctggcagaggttaatattctaacaagtgctaatacag
tttcatgaattgatttttaaattttttattggttattttatttatttaca
tttcacatgttatcccccttcctggtttccctgcataaaacctctactcc
atttcctttccccattacttatatgagggtgtccccccccccactcccac
cttactccactatcattctcctacactggggcattgatccttctcaggac
caagggcctcccctaccattgatgccagacatggccatcctctgctacat
atgaagctggagccaagggtccctccatgtgtactcttggattggttgtt
taatccttggaaactctggggatctgggttggtggaattgttgtctaatt
gtcttagttgtataacatgttgaacatttattgctaactgtctttcacat
aaaccatttgtataatatttttaatcggcttcatttggagctgctaccta
ttatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_60621771_60622647
seq2: B6Ng01-181K09.b_280_1158

seq1  AGGCCATTGCTGTTCTCTTTAGGAATTATTCCCCTGTGCCTGTATCTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATTGCTGTTCTCTTTAGGAATTATTCCCCTGTGCCTGTATCTTTG  50

seq1  AGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAATTTCAGTGTCTCTAGTTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAATTTCAGTGTCTCTAGTTTTAT  100

seq1  GTGGAGTTCCTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAAATAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTCCTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAAATAGGA  150

seq1  ATGGAAAAATTCTCATTCTTCTACATGATAACCCCCAGTTGTGCCAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAATTCTCATTCTTCTACATGATAACCCCCAGTTGTGCCAGCAC  200

seq1  CATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTTCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTTCACTGGATGGTTTTAGCTCCCTT  250

seq1  GTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAA  300

seq1  TTCTATTCCATTGATCTACCTGTCTGTCACTGTCCCAGTATCATGCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCCATTGATCTACCTGTCTGTCACTGTCCCAGTATCATGCAGTT  350

seq1  CTTTCTGAGGCCCTGAGTTCAATTCCTGAGCAATCATATGGTAGCTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGGCCCTGAGTTCAATTCCTGAGCAATCATATGGTAGCTCACA  400

seq1  ACAATCTCTACTACAATCTGATGCCCTTTTCTTGCATGATGTCATACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCTACTACAATCTGATGCCCTTTTCTTGCATGATGTCATACATT  450

seq1  CAGATAGAGTGCTCATAAACATAAAATAAATATATTTTAACAGAGAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGAGTGCTCATAAACATAAAATAAATATATTTTAACAGAGAATAA  500

seq1  TAATTTTATAGGAAGAACATGTATCTTAAGGACACATAAATCTACAAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATAGGAAGAACATGTATCTTAAGGACACATAAATCTACAAAGG  550

seq1  TGATAGGATTGTAGGTTTGAAAGCACCTAACTCTACTCATCCATTGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGATTGTAGGTTTGAAAGCACCTAACTCTACTCATCCATTGAAGA  600

seq1  ATCTCAGGTACAAAGTTCATGTGTCCATTCAGTTCATTTTAAAAAGCTAT  650
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACGTACAAAGTTCATGTGTCCATTCAGTTCATTTTAAAAAGCTAT  650

seq1  GTGGTTCTGCCTTTGAGTGGCATGCAAAGAGCCATGGGTCTGATCTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCTGCCTTTGAGTGGCATGCAAAGAGCCATGGGTCTGATCTCTAG  700

seq1  CAAAACAAACCAAATAAAA-TGTTCTTTAGATTACATTTGCTAAAACTTA  749
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAACAAACCAAATAAAATTGTTCTTTAGATTACATTTGCTAAAACTTA  749

seq1  ACTCAAAAATTTCAAAGCGAATTCAGCCAAAG-AAAAAAGAA-CACTAAG  797
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||| ||
seq2  ACTCAAAAATTTCAAAGCGATTTCAGGCAAAGAAAAAAAGAACCACTTAG  799

seq1  TTAACATGCTATTTG-TATAGCACATGTACCTTCCCGTGGAAAGAATGTA  846
      ||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||  |||| ||||
seq2  TTAACATGCTATTTGTTATAGCACATGTACTTCCCGGTG--AAGATTGTA  847

seq1  CATTGTACCTTTCTAACAGAAAC--ATACAGAG  877
      |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||
seq2  CATTGTACTTTTCT-ACAGAAACATATACAGAG  879


seq1: chr6_60756555_60757657
seq2: B6Ng01-181K09.g_65_1171 (reverse)

seq1  AACATAATA-GTAGCAGCT-CAAATGAAACC-CTATAAAATATTATACAA  47
      ||||||||| ||||||||| |||||||| ||  |  ||||||||||||||
seq2  AACATAATAGGTAGCAGCTCCAAATGAAGCCGATTAAAAATATTATACAA  50

seq1  TGGTTTTATGTGAAAGGACAG-TAGCAATAAATGTTC-ACATG-TATACA  94
        | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ATGGTTTATGTGAAA-GACAGTTAGCAATAAATGTTCAACATGTTATACA  99

seq1  ACTAAGACCAATTAGAACAACAAATCCACCAA-CCAGATCCCCCAGAGTT  143
      ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||
seq2  ACTAAGA-CAATTAG-ACAACAATTCCACCAACCCAGAT-CCCCAGAGTT  146

seq1  TCCAAGGATTAAACAACCAATCCAAGAGTACACATGGAGGGACCCTTGGC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGATTAAACAACCAATCCAAGAGTACACATGGAGGGACCCTTGGC  196

seq1  TCCAGCTTCATATGTAGCAGAGGATGGCCATGTCTGGCATCAATGGTAGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTTCATATGTAGCAGAGGATGGCCATGTCTGGCATCAATGGTAGG  246

seq1  GGAGGCCCTTGGTCCTGAGAAGGATCAATGCCCCAGTGTAGGAGAATGAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCCTTGGTCCTGAGAAGGATCAATGCCCCAGTGTAGGAGAATGAT  296

seq1  AGTGGAGTAAGGTGGGAGT-GGGGGGGGGACACCCTCATATAAGTAATGG  342
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGTAAGGTGGGAGTGGGGGGGGGGACACCCTCATATAAGTAATGG  346

seq1  GGAAAGGAAATGGAGTAGAGGTTTTATGCAGGGAAACCAGGAAGGGGGAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAAATGGAGTAGAGGTTTTATGCAGGGAAACCAGGAAGGGGGAT  396

seq1  AACATGTGAAATGTAAATAAATAAAATAACCAATAAAAAATTTAAAAATC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGAAATGTAAATAAATAAAATAACCAATAAAAAATTTAAAAATC  446

seq1  AATTCATGAAACTGTATTAGCACTTGTTAGAATATTAACCTCTGCCAGCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGAAACTGTATTAGCACTTGTTAGAATATTAACCTCTGCCAGCA  496

seq1  CTTGTGAGAAAATAAACAGATTTGCATAGTATAGCTTGTATTTGTCCACT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAGAAAATAAACAGATTTGCATAGTATAGCTTGTATTTGTCCACT  546

seq1  GGTATGCTTAAAGTCATACTACCATGCTGGCCTTACAATTTCTTTTGTAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTTAAAGTCATACTACCATGCTGGCCTTACAATTTCTTTTGTAA  596

seq1  AGAGCATCATCCATAGTCTGGCCTTTAAACATTTTTATTCATGTCTATGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCATCCATAGTCTGGCCTTTAAACATTTTTATTCATGTCTATGT  646

seq1  TGCTGAAGGTTTCATGCTGACAGATTATAAACCACTGAACATAGAACTTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGGTTTCATGCTGACAGATTATAAACCACTGAACATAGAACTTG  696

seq1  AGTGGAAAAAGTTTGTGTTCTTGTGTCAAGCAGGTGAAATATTATGGTTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAAAAGTTTGTGTTCTTGTGTCAAGCAGGTGAAATATTATGGTTA  746

seq1  TTATTTGTCTGAAGCTACTTCATTTGCTATTCACAAAAACCCAGGTTAAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTCTGAAGCTACTTCATTTGCTATTCACAAAAACCCAGGTTAAC  796

seq1  ACTCATCAGAGTTAGTATTTATTTCGAATAATACAAATTCTCTTTCATTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCAGAGTTAGTATTTATTTCGAATAATACAAATTCTCTTTCATTT  846

seq1  CTAACAAAAGCCACTTAACTCTTTCTATAATAGATATAAGCTTAGGGAAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAAGCCACTTAACTCTTTCTATAATAGATATAAGCTTAGGGAAT  896

seq1  ATACATACTATACTCACTGTTTTTCACTAGGGATAATGTCTGTTGCCCTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACTATACTCACTGTTTTTCACTAGGGATAATGTCTGTTGCCCTC  946

seq1  AGTGGTCTACATACATAACACAGGGAACATGCATTCATGATTCATGCATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCTACATACATAACACAGGGAACATGCATTCATGATTCATGCATT  996

seq1  TCTTGCTGATCCATCTGGATACCAATCACATATTAGCAAATGACTCAGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTGATCCATCTGGATACCAATCACATATTAGCAAATGACTCAGTG  1046

seq1  CTTTGGAATTACAACAAACAAAAGTCCAGTAAGGCTATTTTTCCTTACAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAATTACAACAAACAAAAGTCCAGTAAGGCTATTTTTCCTTACAA  1096

seq1  TTACAGAATTC  1103
      |||||||||||
seq2  TTACAGAATTC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |