BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186C17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 125,635,111 - 125,734,988
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVwf, Tmem16b
Upstream geneMboat5, Emg1, Phb2, Ptpn6, Grcc10, Atn1, Eno2, Lrrc23, Spsb2, Tpi1, Usp5, Cdca3, Gnb3, Leprel2, Gpr162, Cd4, Lag3, Ptms, Mlf2, EG667343, Cops7a, C530028O21Rik, Zfp384, Ing4, Acrbp, Gpr92, Chd4, Nol1, A930037G23Rik, Gapdh, Ncapd2, Mrpl51, Vamp1, Tapbpl, Cd27, 4930417O13Rik, Tuba3a, Ltbr, Scnn1a, Tnfrsf1a, Plekhg6, Cd9
Downstream geneNtf3, LOC100043565, LOC667427, LOC100043567, Kcna5, Kcna1, Kcna6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186C17.bB6Ng01-186C17.g
ACCGA011085GA011086
length1,1061,098
definitionB6Ng01-186C17.b B6Ng01-186C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,635,111 - 125,636,219)(125,733,900 - 125,734,988)
sequence
gaattcttttgaagttgggaggcaggctagcatgtctatagggctggcct
agatttggagccatgccaggatggaaaaccatcatgactcagggcagagt
ggttagttggtgttagaccttagacttggcattgagtcaagtcaagcaga
gcttcagctcttaaggccactgtagacaaggatgctctcatgcttgtgac
atagaagtagcaactctcaatatgacagttgcacaaaggttcttaggacc
ttcctgagcctctacagaggaaatgaatatgaatgtgaccatgacatttg
ccttcttagccaaatatagtcatgagctgatattaattctatttagtggc
tacttcattgtccattagttatagttatagtctgacatgactactctgtc
catgaaatttaaaattgtataaaagcaactgtcatctgtctatatgacaa
aaacacagtgagccttggttccttctgcaattaaaattgtactgtccagt
gagctaatcccagtagcaatgacatctctgcatttgaggaaccaggaaca
gctgagttgagcttgaagaacttagttccctttcctgcaactgatcttgg
ttagttgttgatgggaagaggagcagttccaacttagtgcagaagctgga
tgtggaaagtgttctctagaaccccagctaaccagccctccaattccacc
tcttgcctgatctacaggtgaggagcctgattgcaaagacatcacagcca
aggtgcagtacatcaaagtgggagattgtaagtcccaagaggaagtggac
attcattactgccaggtaaaaagctgcgtgacttcaagaagacctgggtg
ggaaaagctaagtctctttagttgtcatctagaaggatctggaaaagtta
taaggaagagagatacaagggactgtaagcattgtttttaaagtgagtgt
ttcatttagtgagtagaactgtttgagcccagagaaagatgagatcagat
ctataagaactgggtgtcatttgtggaagatggggattcagatcaatcag
tgtgtgtggaaattattgccagagggggtttgggtatgtgttaatatttg
gagaaa
gaattctcaccacataaaagtcatcagggccagaggacatctgtagtcac
taccacattagcagaacatctggggcatactgattttcagaaattttcat
cagatgggtagaggatgaaggatggaggatgaatagaggcatggaggatg
gaccagagcaaagagaaaaagttgaagaaaaccaaacatccaacatggca
gagcacagacactggaacaagtgcttttggaaaggtttgtcccatagatg
aaggagggagccactctgtgttctaaaaacgcctctctcaaggagattgt
gtaggccccatagagaggccttgttagaagtgagcagtccaagtaggcag
gagcactcagaagaggaccagatataccatcatggttagggatttagcag
atggaggtataggtcagacatctaggctaagttactacaactcacctcag
agagacagtagagaggcactcataggagaactggacccagaagaatgtga
acaactcaaagaaaatctgtctccaggactcttcactaagcaacaagaat
aaaaacctgtatatacacatagacatatatacatgtacatatacatatat
ggtgtacatatatgtatacacacatagagatagagaaatagagctagaga
aaggtaggttggtagatggatagatagatggacagacagacagacagatg
gattcaacagatgatagattcacaaatcaccatctgctttacacatagga
cacagaaattttaaagtgaaacagaatttcaggctctgtcttccttactt
tacaggtgaaagtaagtcactcacagaacagtcctcagcaatggaatgat
tataacctgcgtgcctcccacctgggaaccacagcatcttagatgaatgt
ctttaaatacctctacacacatggcttgcagcactcttaagcttcacagg
aaagaatgtagattacattaaatctatattttctcttagaagccttcctc
tatcagctttaattgccagatataaaattcaattgatgccttcttgtaac
atgttaaggattcatggtctccttaaattaattcaagagtattgctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_125635111_125636219
seq2: B6Ng01-186C17.b_44_1149

seq1  GAATTCTTTTGAAGTTGGGAGGCAGGCTAGCATGTCTATAGGGCTGGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGAAGTTGGGAGGCAGGCTAGCATGTCTATAGGGCTGGCCT  50

seq1  AGATTTGGAGCCATGCCAGGATGGAAAACCATCATGACTCAGGGCAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGGAGCCATGCCAGGATGGAAAACCATCATGACTCAGGGCAGAGT  100

seq1  GGTTAGTTGGTGTTAGACCTTAGACTTGGCATTGAGTCAAGTCAAGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTTGGTGTTAGACCTTAGACTTGGCATTGAGTCAAGTCAAGCAGA  150

seq1  GCTTCAGCTCTTAAGGCCACTGTAGACAAGGATGCTCTCATGCTTGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGCTCTTAAGGCCACTGTAGACAAGGATGCTCTCATGCTTGTGAC  200

seq1  ATAGAAGTAGCAACTCTCAATATGACAGTTGCACAAAGGTTCTTAGGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTAGCAACTCTCAATATGACAGTTGCACAAAGGTTCTTAGGACC  250

seq1  TTCCTGAGCCTCTACAGAGGAAATGAATATGAATGTGACCATGACATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGCCTCTACAGAGGAAATGAATATGAATGTGACCATGACATTTG  300

seq1  CCTTCTTAGCCAAATATAGTCATGAGCTGATATTAATTCTATTTAGTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTAGCCAAATATAGTCATGAGCTGATATTAATTCTATTTAGTGGC  350

seq1  TACTTCATTGTCCATTAGTTATAGTTATAGTCTGACATGACTACTCTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATTGTCCATTAGTTATAGTTATAGTCTGACATGACTACTCTGTC  400

seq1  CATGAAATTTAAAATTGTATAAAAGCAACTGTCATCTGTCTATATGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATTTAAAATTGTATAAAAGCAACTGTCATCTGTCTATATGACAA  450

seq1  AAACACAGTGAGCCTTGGTTCCTTCTGCAATTAAAATTGTACTGTCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGTGAGCCTTGGTTCCTTCTGCAATTAAAATTGTACTGTCCAGT  500

seq1  GAGCTAATCCCAGTAGCAATGACATCTCTGCATTTGAGGAACCAGGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAATCCCAGTAGCAATGACATCTCTGCATTTGAGGAACCAGGAACA  550

seq1  GCTGAGTTGAGCTTGAAGAACTTAGTTCCCTTTCCTGCAACTGATCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTGAGCTTGAAGAACTTAGTTCCCTTTCCTGCAACTGATCTTGG  600

seq1  TTAGTTGTTGATGGGAAGAGGAGCAGTTCCAACTTAGTGCAGAAGCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGTTGATGGGAAGAGGAGCAGTTCCAACTTAGTGCAGAAGCTGGA  650

seq1  TGTGGAAAGTGTTCTCTAGAACCCCAGCTAACCAGCCCTCCAATTCCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAGTGTTCTCTAGAACCCCAGCTAACCAGCCCTCCAATTCCACC  700

seq1  TCTTGCCTGATCTACAGGTGAGGAGCCTGATTGCAAAGACATCACAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTGATCTACAGGTGAGGAGCCTGATTGCAAAGACATCACAGCCA  750

seq1  AGGTGCAGTACATCAAAGTGGGAGATTGTAAGTCCCAAGAGGAAGTGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCAGTACATCAAAGTGGGAGATTGTAAGTCCCAAGAGGAAGTGGAC  800

seq1  ATTCATTACTGCCAGGTAAAAAGCTGCGTGACTTCAAGAAGACCTGGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTACTGCCAGGTAAAAAGCTGCGTGACTTCAAGAAGACCTGGGTG  850

seq1  GGAAAAGCTAAGTCTCTTTAGTTGTCATCTAGAAGGATCTGGAAAAGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGCTAAGTCTCTTTAGTTGTCATCTAGAAGGATCTGGAAAAGTTA  900

seq1  TAAGGAAGAGAGATACAAGGGACTGTAAGCATTGTTTTTAAAGTGAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAGAGAGATACAAGGGACTGTAAGCATTGTTTTTAAAGTGAGTGT  950

seq1  TTCATTTAGTGAGTAGAACTGTTTGAGCCCAGAAGAAAGATGAGAACAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TTCATTTAGTGAGTAGAACTGTTTGAGCCCAG-AGAAAGATGAGATCAGA  999

seq1  TCTATAAAGAAACTGGGGTGTCATTTGTGGAAGATGGGGATTCAGGATCA  1050
      |||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTATAA--GAACT-GGGTGTCATTTGTGGAAGATGGGGATTCA-GATCA  1045

seq1  ATCAGTGTGTGTGGAAATTATGGCCAGA-GGGGTTTGGGTATGTG-TAAT  1098
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  ATCAGTGTGTGTGGAAATTATTGCCAGAGGGGGTTTGGGTATGTGTTAAT  1095

seq1  AATTGGAGAAA  1109
      | |||||||||
seq2  ATTTGGAGAAA  1106

seq1: chr6_125733900_125734988
seq2: B6Ng01-186C17.g_67_1164 (reverse)

seq1  AGAGCAATACTCTTGAATT-ATATAAGGAGA-CATG-ATC--TAACATGT  45
      ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||  ||||||||
seq2  AGAGCAATACTCTTGAATTAATTTAAGGAGACCATGAATCCTTAACATGT  50

seq1  T-CAAGAA-GCATC-ATTGAATTT--TATCTGGCTAATTAAAGCGTGTAG  90
      | |||||| ||||| |||||||||  |||||||| |||||||||   |||
seq2  TACAAGAAGGCATCAATTGAATTTTATATCTGGC-AATTAAAGCTGATAG  99

seq1  AGGAAGCCTTCTAGAGAG-AAATATGGTTTTATTGTAATCTACATTCTTT  139
      |||||| |||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCTTCTA-AGAGAAAATATAGATTTAATGTAATCTACATTCTTT  148

seq1  CCTGTGGAAGCCTGAGAGTGCCCTG-AAGCAATGTTGTGTAGAGGTATTT  188
      ||||| ||||| | ||||||  ||| |||| ||| |||||||||||||||
seq2  CCTGT-GAAGCTTAAGAGTG--CTGCAAGCCATG-TGTGTAGAGGTATTT  194

seq1  AAAGACATTCATCTAAGATGCTGTGG-TCCCAGGTGGGAGGCACGCAGGT  237
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACATTCATCTAAGATGCTGTGGTTCCCAGGTGGGAGGCACGCAGGT  244

seq1  TATAATCATTCCATTGCTGAGGACTGTTCTGTGAGTGACTTACTTTCACC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCATTCCATTGCTGAGGACTGTTCTGTGAGTGACTTACTTTCACC  294

seq1  TGTAAAGTAAGGAAGACAGAGCCTG-AATTCTGTTTCACTTTAAAA-TTC  335
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTAAAGTAAGGAAGACAGAGCCTGAAATTCTGTTTCACTTTAAAATTTC  344

seq1  TGTGTCCTATGTGTAAAGCAGATGGTGATTTGTGAATCTATCATCTGTTG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTATGTGTAAAGCAGATGGTGATTTGTGAATCTATCATCTGTTG  394

seq1  AATCCATCTGTCTGTCTGTCTGTCCATCTATCTATCCATCTACCAACCTA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATCTGTCTGTCTGTCTGTCCATCTATCTATCCATCTACCAACCTA  444

seq1  CCTTTCTCTAGCTCTATTTCTCTATCTCTATGTGTGTATACATATATGTA  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTAGCTCTATTTCTCTATCTCTATGTGTGTATACATATATGTA  494

seq1  CACCATATATGTATATGTACATGTATATATGTCTATGTGTATATACAGGT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATATATGTATATGTACATGTATATATGTCTATGTGTATATACAGGT  544

seq1  TTTTATTCTTGTTGCTTAGTGAAGAGTCCTGGAGACAGATTTTCTTTGAG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCTTGTTGCTTAGTGAAGAGTCCTGGAGACAGATTTTCTTTGAG  594

seq1  TTGTTCACATTCTTCTGGGTCCAGTTCTCCTATGAGTGCCTCTCTACTGT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCACATTCTTCTGGGTCCAGTTCTCCTATGAGTGCCTCTCTACTGT  644

seq1  CTCTCTGAGGTGAGTTGTAGTAACTTAGCCTAGATGTCTGACCTATACCT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGAGGTGAGTTGTAGTAACTTAGCCTAGATGTCTGACCTATACCT  694

seq1  CCATCTGCTAAATCCCTAACCATGATGGTATATCTGGTCCTCTTCTGAGT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGCTAAATCCCTAACCATGATGGTATATCTGGTCCTCTTCTGAGT  744

seq1  GCTCCTGCCTACTTGGACTGCTCACTTCTAACAAGGCCTCTCTATGGGGC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCCTACTTGGACTGCTCACTTCTAACAAGGCCTCTCTATGGGGC  794

seq1  CTACACAATCTCCTTGAGAGAGGCGTTTTTAGAACACAGAGTGGCTCCCT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAATCTCCTTGAGAGAGGCGTTTTTAGAACACAGAGTGGCTCCCT  844

seq1  CCTTCATCTATGGGACAAACCTTTCCAAAAGCACTTGTTCCAGTGTCTGT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATCTATGGGACAAACCTTTCCAAAAGCACTTGTTCCAGTGTCTGT  894

seq1  GCTCTGCCATGTTGGATGTTTGGTTTTCTTCAACTTTTTCTCTTTGCTCT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCATGTTGGATGTTTGGTTTTCTTCAACTTTTTCTCTTTGCTCT  944

seq1  GGTCCATCCTCCATGCCTCTATTCATCCTCCATCCTTCATCCTCTACCCA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATCCTCCATGCCTCTATTCATCCTCCATCCTTCATCCTCTACCCA  994

seq1  TCTGATGAAAATTTCTGAAAATCAGTATGCCCCAGATGTTCTGCTAATGT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGAAAATTTCTGAAAATCAGTATGCCCCAGATGTTCTGCTAATGT  1044

seq1  GGTAGTGACTACAGATGTCCTCTGGCCCTGATGACTTTTATGTGGTGAGA  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGACTACAGATGTCCTCTGGCCCTGATGACTTTTATGTGGTGAGA  1094

seq1  ATTC  1089
      ||||
seq2  ATTC  1098