BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-186L08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,641,605 - 105,809,822
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043350, Cntn4
Upstream geneCntn6, LOC384470, LOC100043716
Downstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186L08.bB6Ng01-186L08.g
ACCGA011479GA011480
length1,0771,121
definitionB6Ng01-186L08.b B6Ng01-186L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,808,748 - 105,809,822)(105,641,605 - 105,642,727)
sequence
gaattcagcacctcattttatgtcttaatagaatttgaaattttgaacat
ttcatatatgcagggtcagattatttaatttagtattttttaagtttcag
acaaatgacagtgtgtatcataatgttatattttcttctggttgtctaat
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tcttacctaaaaactgagggaagaacatagcctaaaaggatacgagtatc
agtactcaggtaatgtaatcacactggcagttagccttgtcattcagtgg
ggagcattgttttacataact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_105808748_105809822
seq2: B6Ng01-186L08.b_41_1117 (reverse)

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      ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||
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      ||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |
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      |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
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      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTTTCTTTGAAAAATTTGTTATCTCTACCTATGTTTGAGTTTGT  198

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAAAGATGCCTGCCATTTGTTCATATGCCTGTTCATTTGGTTATAG  398

seq1  TTCTATTTATATACAAATATTTTCTTTAAGATAAGTATTTGTATGATAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTATATACAAATATTTTCTTTAAGATAAGTATTTGTATGATAAC  448

seq1  CACCATGGTACATAAAATATATTTCATTTTTCATTTGTCTTTCGGTAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGGTACATAAAATATATTTCATTTTTCATTTGTCTTTCGGTAAAA  498

seq1  GCAAGCAAATCATTTTGCAGTCACAGTTAGCTGATATGTTTCATAATGTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAAATCATTTTGCAGTCACAGTTAGCTGATATGTTTCATAATGTA  548

seq1  CACTCTGTTTTATTGTTGCATCCTCCATTATGTGTTGGCATACAAGTTTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTTTTATTGTTGCATCCTCCATTATGTGTTGGCATACAAGTTTA  598

seq1  TGGTATCTTTCTGTCACTTCCCCCTTTGTTGTAAGAATATTATGGTAATG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTTTCTGTCACTTCCCCCTTTGTTGTAAGAATATTATGGTAATG  648

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGCCAATGATGAGTAAATGATATGAGGAAACTAAGTGAAATGAT  698

seq1  TCCAGCATTTACAAAAGTGCTTATGAAATGTAGTTTTCTGAAATGTGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATTTACAAAAGTGCTTATGAAATGTAGTTTTCTGAAATGTGTGT  748

seq1  GTTGATGCTGTCAAGAAGATGTTTGTTTGCAACAGAATTAAAATAAATAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGCTGTCAAGAAGATGTTTGTTTGCAACAGAATTAAAATAAATAT  798

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAAAACCATTTTACACAAGTATTTATTCACAGCAGCATTGTGTAT  848

seq1  GATAGCCAGAAAGTAGAAGGAACCAATAATTCCACTGGTTGGGTGGATTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCAGAAAGTAGAAGGAACCAATAATTCCACTGGTTGGGTGGATTA  898

seq1  ACAAGATATGACACAGGCCTAAATGTATTATTAGACAACCAGAAGAAAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATATGACACAGGCCTAAATGTATTATTAGACAACCAGAAGAAAAT  948

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATTATGATACACACTGTCATTTGTCTGAAACTTAAAAAATACTAA  998

seq1  ATTAAATAATCTGACCCTGCATATATGAAATGTTCAAAATTTCAAATTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAATCTGACCCTGCATATATGAAATGTTCAAAATTTCAAATTCT  1048

seq1  ATTAAGACATAAAATGAGGTGCTGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGACATAAAATGAGGTGCTGAATTC  1077


seq1: chr6_105641605_105642727
seq2: B6Ng01-186L08.g_63_1183

seq1  GAATTCAAGGATATGTTTATTACCAATTGTTTATAGTTCATAATTTAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGATATGTTTATTACCAATTGTTTATAGTTCATAATTTAACC  50

seq1  ACCTCTCTTGGTTGTCTTAATTACTGTTATATATTTCTTTTTTCAAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTTGGTTGTCTTAATTACTGTTATATATTTCTTTTTTCAAGGCA  100

seq1  TACGATGAGAATTTATTTACCATTTTCCATTCTCTCTTAAATATTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATGAGAATTTATTTACCATTTTCCATTCTCTCTTAAATATTTTCTT  150

seq1  TTGGTATGTGCCATATTATCTCACTCTGGAATATCCATATATTACTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATGTGCCATATTATCTCACTCTGGAATATCCATATATTACTATTT  200

seq1  CAACATTTCCATATATTACTATTTCTATATCTTAGCACTTAGAATGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTTCCATATATTACTATTTCTATATCTTAGCACTTAGAATGTCCC  250

seq1  AAAGTATACCCATTCAATGGAACAGAAGTTAAAAATCCACCTAACTATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATACCCATTCAATGGAACAGAAGTTAAAAATCCACCTAACTATGC  300

seq1  TTCTGTAGTAATTGAGATTTTAATAACTTCTCTTTGGACAATTTACCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGTAATTGAGATTTTAATAACTTCTCTTTGGACAATTTACCAGG  350

seq1  TATGAATTTTTATCCCCCCAATTGTTGTGAATTATGAGGTTAACTAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTTTTATCCCCCCAATTGTTGTGAATTATGAGGTTAACTAATTA  400

seq1  AAACAGGTGAAAGAAATATAATGAATTGCCCAACAATAGTGGCAGTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGTGAAAGAAATATAATGAATTGCCCAACAATAGTGGCAGTTTGA  450

seq1  GCTTGCTGTTGGTCATTCATGCTACATACTCTATATCTTATTGATAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTGTTGGTCATTCATGCTACATACTCTATATCTTATTGATAAAGA  500

seq1  ACACGAATTTACAGTGACAGTAAACTGTATAATTTAGAAGAGACGCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAATTTACAGTGACAGTAAACTGTATAATTTAGAAGAGACGCTTAT  550

seq1  TTACATACGATATTTGTCTGTCATCTAGGTGGCATTGTGGTCCATAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATACGATATTTGTCTGTCATCTAGGTGGCATTGTGGTCCATAAATG  600

seq1  GGTGTTTACTCAAAGTTTGTTCTTCACTCTAGATCTGTTGTGTTAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTACTCAAAGTTTGTTCTTCACTCTAGATCTGTTGTGTTAAAAAT  650

seq1  CTTCATTTTATCATGAGATCTGGATAAAGAATAAAGAATGTATAGGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTATCATGAGATCTGGATAAAGAATAAAGAATGTATAGGCAGG  700

seq1  GATATATATCACATTATTAACTGACCAGCTTCCTGCTACTAGGATTAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATATCACATTATTAACTGACCAGCTTCCTGCTACTAGGATTAAAT  750

seq1  GATGTCAAGTACATATTCATATAATTAATTGTATAGTAAACCCAAAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAGTACATATTCATATAATTAATTGTATAGTAAACCCAAAGTTA  800

seq1  TATAATTGAAAATAAATATCATAGAGGTTAACCAAAGGATAATCAGAGAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATAATTGAAAATAAATATCATAGAGGTTAACCAAAGGATAATCAGAG-A  849

seq1  TAAGCACTTTTAGATGTGTGTGTGTGTGTGCACATTTGTGTGTAATTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACTTTTAGATGTGTGTGTGTGTGTGCACATTTGTGTGTAATTTTC  899

seq1  AAATATATGCCCACAGAGTGGCATATGCCTTTTGAAAGAGAGGCTGAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGCCCACAGAGTGGCATATGCCTTTTGAAAGAGAGGCTGAAGC  949

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      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AATGAAAATTCCACCACTAGTTTGGGCTACAGAGTGAGA-CCTGTCTC-A  997

seq1  CACTCCTACCTAAAAACTGAGGGAAGAACATAGCATAAAAGGGATAACGA  1049
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||
seq2  CACTCTTACCTAAAAACTGAGGGAAGAACATAGCCTAAAA-GGAT-ACGA  1045

seq1  GTAACCAGTACTCAGGAAATGTAATCACACTGGAAAGTAGCTTTGTCATT  1099
      || | ||||||||||| |||||||||||||||| |  |||| ||||||||
seq2  GT-ATCAGTACTCAGGTAATGTAATCACACTGGCAGTTAGCCTTGTCATT  1094

seq1  CAGT-GGGAGCA-TGTTTT-CATAACT  1123
      |||| ||||||| |||||| |||||||
seq2  CAGTGGGGAGCATTGTTTTACATAACT  1121


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