BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188B15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,361,992 - 107,491,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrn1
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1
Downstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188B15.bB6Ng01-188B15.g
ACCGA012497GA012498
length1,1851,080
definitionB6Ng01-188B15.b B6Ng01-188B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,490,107 - 107,491,295)(107,361,992 - 107,363,074)
sequence
gaattcctgttcttctcgatttattgacacatgctcggcatgtcgggttt
ttcttttttctcccccgttcccacatctacaatacctaactttcagtgtt
gctgcaggatcctctctacacgcttagaaaatcctactcatcagccttca
gaggtagacaagtaaccatccgtgaacaagaccaagagctaagagtgtgt
ataattttaccaatgaccaggaaattcacccactgtcaaacagacgacct
gtttatgagataaacaagacaatgtatgtgcggctctttgtaagtgatcc
ttgtttccatgaccttagacacacacagaattcaaagacgatatttcaga
cttcccccattcaggtgccaatgaagatctgctagctgtaactggagagg
ctgtgaagttaaccagactccagtgaaatgactgctctgaagcaagctca
cttccctgccccacttgtctgacgtccttgtttacttataacagtgtcca
cggagggttttcctgcatcttataacacaatgggtggaccacggtgtagt
aaatgaccccactgtgctatgtggactttccagtcagcagagtcagcaga
gtcatcagccaaatcagctttattaaatatactgcccaggatattttgtt
atagctacaggaaatggactagcacaagatatgatctgaaattaataaca
acaaaggattgaatgtatgcatctacttgacagttcttaaatgtaaagtt
cccttatgctcaacaacaaaaagtgccaaccttgtaagctagtgacttta
cagaacacctattctgaaacttcttgtcccttaaattattgtctcagaat
tagcatcctaagaatgcagacatatagaaagcagaaaggtcagttgtggc
ataatccctcttctatgcactgctactatgtactaaagaccatttactgt
gcactaagagaagggctttgtatgcatattggtggtacaggcaggtttta
ccattacatcccgattttgcagatggggatacccaggctcaagaagtacc
tccagctcatagatgtttaagctttttttttttctattctaaaatgtatt
gcacctaccctactgaccttggctgtacatcctgaaacacttcaggtact
ggacctggccatgctcttctggaagtgtgtcacta

gaattctaggtcttagctatgtgcaagttgcaggaaccttctagatgatc
tccttcaaaattaggtcttgtatttttccagctgtacaagctctggtaac
tgacagcacagcaccttcagactgtgtgaaagagacagtctgcaaccctc
ctctgggagcttcccacatctgtctgtggtagcacagagatctgttttct
gtgtcactcacacaatgtattttctaataaactcaatccacacaaatcct
cacctcagaatccatttccaaagacgaatcttctcaagagacccagaaaa
acaaaatttgcagtatgagtgtacctaaacatacatacatacattcacac
atatacacacacacacacacacacacacacatacacacacatatatatat
gtatatatatgtatatatatatgtatactcatatatacatgtatatatac
actcatatgtatatatgtacatgtatatatatgtatactcatatatacat
gtatatatactcatatgtatatatatatgcatgtatatatacacatatat
gcatatatatatacacacaacacatgtgtgtgtgtgcgcacataaatata
cacatgtatgtgtgtgcatataaatcttcacaaataaataataactttta
ttataagatagttgatattcctattctgacctatttaatttttctaaaat
gctggctgggatccaatatgctgatctcacaatatgttaataagttgtgg
tccagaagctaaaaagcattttattcatatttacagccaaattatgttag
tattagttatatatttttaatgtatctaactagaattttttatcttttta
ctcaatcgtataggctaatttgggttgaaagacttaaataacattaaaaa
aacaaataacagaacctcaaatgaagaaaactcttaaagaaatggaccta
attatcttcaatcatacactatacatctaagctaccacactgttacccat
gcaaaattaatacatttaaaaatgcattatcacatcagtagagttagctg
ctacactactgtgatgctttaaagagttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107490107_107491295
seq2: B6Ng01-188B15.b_47_1231 (reverse)

seq1  TAGTGACACA---TCAGAAGAGCAT-GCCAG--TCAGTA-CTGGAGTGTT  43
      ||||||||||    ||||||||||| |||||   ||||| ||| ||||||
seq2  TAGTGACACACTTCCAGAAGAGCATGGCCAGGTCCAGTACCTGAAGTGTT  50

seq1  TCAGGATGTACAGCCCAAAGTCAGTAGGGTAGGTGCAATAACAATTTTTA  93
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||  |||||
seq2  TCAGGATGTACAG-CCAAGGTCAGTAGGGTAGGTGCAAT-ACA--TTTTA  96

seq1  GAATTAGGAAAAAAAAAAGCTTAAAACAATCTATGAGGCTTGGAGGTACT  143
      ||| ||| |||||||||||||||||   |||||||||   ||||||||||
seq2  GAA-TAGAAAAAAAAAAAGCTTAAA--CATCTATGAG--CTGGAGGTACT  141

seq1  TCTTGAGCCTGGGTATCCCCATCTGCAAAATCGGGATTGTAATGGTAAAA  193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTGAGCCTGGGTATCCCCATCTGCAAAATCGGGA-TGTAATGGTAAAA  190

seq1  CCTGCCTTGTACCACCAATATGCATACAAAGCCCTTCTCTTAGTGCACAG  243
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCC-TGTACCACCAATATGCATACAAAGCCCTTCTCTTAGTGCACAG  239

seq1  TAAATGGTCTTTAGTACATAGTAGCAGTGCATAGAAGAGGGATTATGCCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTCTTTAGTACATAGTAGCAGTGCATAGAAGAGGGATTATGCCA  289

seq1  CAACTGACCTTTCTGCTTTCTATATGTCTGCATTCTTAGGATGCTAATTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGACCTTTCTGCTTTCTATATGTCTGCATTCTTAGGATGCTAATTC  339

seq1  TGAGACAATAATTTAAGGGACAAGAAGTTTCAGAATAGGTGTTCTGTAAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAATAATTTAAGGGACAAGAAGTTTCAGAATAGGTGTTCTGTAAA  389

seq1  GTCACTAGCTTACAAGGTTGGCACTTTTTGTTGTTGAGCATAAGGGAACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAGCTTACAAGGTTGGCACTTTTTGTTGTTGAGCATAAGGGAACT  439

seq1  TTACATTTAAGAACTGTCAAGTAGATGCATACATTCAATCCTTTGTTGTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTAAGAACTGTCAAGTAGATGCATACATTCAATCCTTTGTTGTT  489

seq1  ATTAATTTCAGATCATATCTTGTGCTAGTCCATTTCCTGTAGCTATAACA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTCAGATCATATCTTGTGCTAGTCCATTTCCTGTAGCTATAACA  539

seq1  AAATATCCTGGGCAGTATATTTAATAAAGCTGATTTGGCTGATGACTCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCTGGGCAGTATATTTAATAAAGCTGATTTGGCTGATGACTCTG  589

seq1  CTGACTCTGCTGACTGGAAAGTCCACATAGCACAGTGGGGTCATTTACTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTGCTGACTGGAAAGTCCACATAGCACAGTGGGGTCATTTACTA  639

seq1  CACCGTGGTCCACCCATTGTGTTATAAGATGCAGGAAAACCCTCCGTGGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGGTCCACCCATTGTGTTATAAGATGCAGGAAAACCCTCCGTGGA  689

seq1  CACTGTTATAAGTAAACAAGGACGTCAGACAAGTGGGGCAGGGAAGTGAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTATAAGTAAACAAGGACGTCAGACAAGTGGGGCAGGGAAGTGAG  739

seq1  CTTGCTTCAGAGCAGTCATTTCACTGGAGTCTGGTTAACTTCACAGCCTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCAGAGCAGTCATTTCACTGGAGTCTGGTTAACTTCACAGCCTC  789

seq1  TCCAGTTACAGCTAGCAGATCTTCATTGGCACCTGAATGGGGGAAGTCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTACAGCTAGCAGATCTTCATTGGCACCTGAATGGGGGAAGTCTG  839

seq1  AAATATCGTCTTTGAATTCTGTGTGTGTCTAAGGTCATGGAAACAAGGAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCGTCTTTGAATTCTGTGTGTGTCTAAGGTCATGGAAACAAGGAT  889

seq1  CACTTACAAAGAGCCGCACATACATTGTCTTGTTTATCTCATAAACAGGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACAAAGAGCCGCACATACATTGTCTTGTTTATCTCATAAACAGGT  939

seq1  CGTCTGTTTGACAGTGGGTGAATTTCCTGGTCATTGGTAAAATTATACAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGTTTGACAGTGGGTGAATTTCCTGGTCATTGGTAAAATTATACAC  989

seq1  ACTCTTAGCTCTTGGTCTTGTTCACGGATGGTTACTTGTCTACCTCTGAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAGCTCTTGGTCTTGTTCACGGATGGTTACTTGTCTACCTCTGAA  1039

seq1  GGCTGATGAGTAGGATTTTCTAAGCGTGTAGAGAGGATCCTGCAGCAACA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGATGAGTAGGATTTTCTAAGCGTGTAGAGAGGATCCTGCAGCAACA  1089

seq1  CTGAAAGTTAGGTATTGTAGATGTGGGAACGGGGGAGAAAAAAGAAAAAC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTTAGGTATTGTAGATGTGGGAACGGGGGAGAAAAAAGAAAAAC  1139

seq1  CCGACATGCCGAGCATGTGTCAATAAATCGAGAAGAACAGGAATTC  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACATGCCGAGCATGTGTCAATAAATCGAGAAGAACAGGAATTC  1185


seq1: chr6_107361992_107363074
seq2: B6Ng01-188B15.g_62_1141

seq1  GAATTCTAGGTCTTAGCTATGTGCAAGTTGCAGGAACCTTCTAGATGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTCTTAGCTATGTGCAAGTTGCAGGAACCTTCTAGATGATC  50

seq1  TCCTTCAAAATTAGGTCTTGTATTTTTCCAGCTGTACAAGCTCTGGTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAAAATTAGGTCTTGTATTTTTCCAGCTGTACAAGCTCTGGTAAC  100

seq1  TGACAGCACAGCACCTTCAGACTGTGTGAAAGAGACAGTCTGCAACCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCACAGCACCTTCAGACTGTGTGAAAGAGACAGTCTGCAACCCTC  150

seq1  CTCTGGGAGCTTCCCACATCTGTCTGTGGTAGCACAGAGATCTGTTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAGCTTCCCACATCTGTCTGTGGTAGCACAGAGATCTGTTTTCT  200

seq1  GTGTCACTCACACAATGTATTTTCTAATAAACTCAATCCACACAAATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTCACACAATGTATTTTCTAATAAACTCAATCCACACAAATCCT  250

seq1  CACCTCAGAATCCATTTCCAAAGACGAATCTTCTCAAGAGACCCAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCAGAATCCATTTCCAAAGACGAATCTTCTCAAGAGACCCAGAAAA  300

seq1  ACAAAATTTGCAGTATGAGTGTACCTAAACATACATACATACATTCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTTGCAGTATGAGTGTACCTAAACATACATACATACATTCACAC  350

seq1  ATATACACACACACACACACACACACACACATACACACACATATATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACACACACACACACACACACACATACACACACATATATATAT  400

seq1  GTATATATATGTATATATATATGTATACTCATATATACATGTATATATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATATGTATATATATATGTATACTCATATATACATGTATATATAC  450

seq1  ACTCATATGTATATATGTACATGTATATATATGTATACTCATATATACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATGTATATATGTACATGTATATATATGTATACTCATATATACAT  500

seq1  GTATATATACTCATATGTATATATATATGCATGTATATATACACATATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATACTCATATGTATATATATATGCATGTATATATACACATATAT  550

seq1  GCATATATATATACACACAACACATGTGTGTGTGTGCGCACATAAATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATATATACACACAACACATGTGTGTGTGTGCGCACATAAATATA  600

seq1  CACATGTATGTGTGTGCATATAAATCTTCACAAATAAATAATAACTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTATGTGTGTGCATATAAATCTTCACAAATAAATAATAACTTTTA  650

seq1  TTATAAGATAGTTGATATTCCTATTCTGACCTATTTAATTTTTCTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGATAGTTGATATTCCTATTCTGACCTATTTAATTTTTCTAAAAT  700

seq1  GCTGGCTGGGATCCAATATGCTGATCTCACAATATGTTAATAAGTTGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTGGGATCCAATATGCTGATCTCACAATATGTTAATAAGTTGTGG  750

seq1  TCCAGAAGCTAAAAAGCATTTTATTCATATTTACAGCCAAATTATGTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGCTAAAAAGCATTTTATTCATATTTACAGCCAAATTATGTTAG  800

seq1  TATTAGTTATATA-TTTTAATGTATCTAACTAGAATTTTTTATC-TTTTA  848
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATTAGTTATATATTTTTAATGTATCTAACTAGAATTTTTTATCTTTTTA  850

seq1  CTCAATCGTATAGGCTAATTTGGGTTGAAAGACTTAAATAACATTAAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCGTATAGGCTAATTTGGGTTGAAAGACTTAAATAACATTAAAAA  900

seq1  AACAAATAACAGAACCTCAAATGAAGAAAACTCTTAAAGAAATGGACCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATAACAGAACCTCAAATGAAGAAAACTCTTAAAGAAATGGACCTA  950

seq1  ATTATCTCCAATCATACACTATACATCTAAGGCTACCACACTGTTACCCA  998
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTCAATCATACACTATACATCTAA-GCTACCACACTGTTACCCA  999

seq1  TGCCAAAATTAATACATTTAAAAATGCCATTATCACATCAGTAGGAGTTA  1048
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  TG-CAAAATTAATACATTTAAAAATG-CATTATCACATCAGTA-GAGTTA  1046

seq1  GCTGGCTACCACTACTGTGATGC-TTAAAGAGTTAA  1083
      ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCT-GCTA-CACTACTGTGATGCTTTAAAGAGTTAA  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |