BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188G05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,350,716 - 48,494,028
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKrba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2
Upstream geneA930035D04Rik, Cul1, Ezh2, Rn4.5s, EG384379, Pdia4, LOC100041154, Zfp786, Zfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746, LOC665990
Downstream geneLrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188G05.bB6Ng01-188G05.g
ACCGA012700GA012701
length1,080820
definitionB6Ng01-188G05.b B6Ng01-188G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,350,716 - 48,351,793)(48,493,209 - 48,494,028)
sequence
gaattctcaccacaagcctgtgttgacctctaactggttaggtagaaacc
cttttgagatgcacatttccaggtgactgcctggggccacctggtgctag
atattttgaagggcagtagtgccgttgcctaccctgttggctctttatta
cagaacctaagattgtccacattttgtgtgctaggaggccaacaagaaat
gcaaaatggctccctgctagaggtttgtggaatacctgatatgttcctga
gggatagtggccatagtgggccagagccacaagttaagcctgggtagaga
gtctgctgggttgcccagcaggccatagagatggttgggaatgcacagtg
agccaagaggcaaagtacactgcctctgatcccttctgggcttccagatg
tcggcagtcagtggagatgctgtccctggccagatgtgtgactggagcct
aactacttcaaaacgtcaggactctgggtgcgtgagtccatgtatgcaca
ttgatggctgtcagctgtcaggaatggcaggcagagagatgtcggggagt
ggatgacaatgctgccagtttgtagcagagatagtttttaaaatcagtga
cacaaatgcatgaaataggcagtagagtctcctctgccttattagaagcg
tcgccattttctttacgattccttcctgcaaagcatgctttgtttctaac
ctagatggcttctttccttaattttacattctgtttgtgttatttgcatg
gttaatttctgccatcattgaagctcgtgcctatcagatgttggtcattg
tctgagttttcatggctgttttaatgatcacttttaaagtaagagctttt
gcttttatcttacaaagccgcaggaagcagtgagcatagtcgctaaaggt
gtggagtgtagatgtaaagtgttcctgaaggccctgggattctggctcct
tctgagcaggaggtccctaatgaccaccactacaatgctatttcgatgct
aagtggcaatagtgggagggctggggtagggagcatggtgaaggtgtatc
tgttcgaactgcggcactagggggctttgt
gaattcctgtaagaatagttggtggaaggaaacagtatttaattagaggc
agatggtgggcccctcctatgtacaggggaccctataagttaagaacaac
tgcgggacctttaccttatacaggggcctatgaggagaatggagatggat
gggtaaatattaatggagagagaattttatactatacattaaattttatg
gagtgacttgccagagcaaggcctccttggtgtgtgatgacaaagagaag
tcagagagcaatcataagacaaatatatagcttttggagaaattataaga
gcctgttctctaaagagagttttgtagaagcagtcacaaaatttccaaat
tggccagaaggcccataggattgtgaagttggtataagttaaagttaaac
ttctgactgtattttgtaagccttggctggcagaatgctaagcctaagct
gaccactgtctgggtaccaagagggttctcaagagctgcttcctgtttta
ttcttctggtttcagggtaactcgttagtgcttatctttggagtatgaga
tgttccatgtaatgcctgtagccaaaaattgtattcctgattagagtgta
cataacctcagctgaaggtaaagcaaacagcagtagcttcaaacctctct
tgtgtttgtgtctggcactgcgccgaatccttacctacctgagtaccgag
accctgattctcccatggaaggagagcccgcactgggtggtccatggcat
ctgtgtgtgtgtttgtgtacatgcacatgcatgtatctctctgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48350716_48351793
seq2: B6Ng01-188G05.b_47_1126

seq1  GAATTCTCACCACAAGCCTGTGTTGACCTCTAACTGGTTAGGTAGAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCACAAGCCTGTGTTGACCTCTAACTGGTTAGGTAGAAACC  50

seq1  CTTTTGAGATGCACATTTCCAGGTGACTGCCTGGGGCCACCTGGTGCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGATGCACATTTCCAGGTGACTGCCTGGGGCCACCTGGTGCTAG  100

seq1  ATATTTTGAAGGGCAGTAGTGCCGTTGCCTACCCTGTTGGCTCTTTATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGAAGGGCAGTAGTGCCGTTGCCTACCCTGTTGGCTCTTTATTA  150

seq1  CAGAACCTAAGATTGTCCACATTTTGTGTGCTAGGAGGCCAACAAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCTAAGATTGTCCACATTTTGTGTGCTAGGAGGCCAACAAGAAAT  200

seq1  GCAAAATGGCTCCCTGCTAGAGGTTTGTGGAATACCTGATATGTTCCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATGGCTCCCTGCTAGAGGTTTGTGGAATACCTGATATGTTCCTGA  250

seq1  GGGATAGTGGCCATAGTGGGCCAGAGCCACAAGTTAAGCCTGGGTAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGTGGCCATAGTGGGCCAGAGCCACAAGTTAAGCCTGGGTAGAGA  300

seq1  GTCTGCTGGGTTGCCCAGCAGGCCATAGAGATGGTTGGGAATGCACAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTGGGTTGCCCAGCAGGCCATAGAGATGGTTGGGAATGCACAGTG  350

seq1  AGCCAAGAGGCAAAGTACACTGCCTCTGATCCCTTCTGGGCTTCCAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGAGGCAAAGTACACTGCCTCTGATCCCTTCTGGGCTTCCAGATG  400

seq1  TCGGCAGTCAGTGGAGATGCTGTCCCTGGCCAGATGTGTGACTGGAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCAGTCAGTGGAGATGCTGTCCCTGGCCAGATGTGTGACTGGAGCCT  450

seq1  AACTACTTCAAAACGTCAGGACTCTGGGTGCGTGAGTCCATGTATGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTTCAAAACGTCAGGACTCTGGGTGCGTGAGTCCATGTATGCACA  500

seq1  TTGATGGCTGTCAGCTGTCAGGAATGGCAGGCAGAGAGATGTCGGGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGCTGTCAGCTGTCAGGAATGGCAGGCAGAGAGATGTCGGGGAGT  550

seq1  GGATGACAATGCTGCCAGTTTGTAGCAGAGATAGTTTTTAAAATCAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACAATGCTGCCAGTTTGTAGCAGAGATAGTTTTTAAAATCAGTGA  600

seq1  CACAAATGCATGAAATAGGCAGTAGAGTCTCCTCTGCCTTATTAGAAGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGCATGAAATAGGCAGTAGAGTCTCCTCTGCCTTATTAGAAGCG  650

seq1  TCGCCATTTTCTTTACGATTCCTTCCTGCAAAGCATGC-TTGTTTCTAAC  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCGCCATTTTCTTTACGATTCCTTCCTGCAAAGCATGCTTTGTTTCTAAC  700

seq1  CTAGATGGCTTCTTTCCTTAATTTTACATTCTGTTTGTGTTATTTGCATG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGGCTTCTTTCCTTAATTTTACATTCTGTTTGTGTTATTTGCATG  750

seq1  GTTAATTTCTGCCATCATTGAAGCTCGTGCCTATCAGATGTTGGTCATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTCTGCCATCATTGAAGCTCGTGCCTATCAGATGTTGGTCATTG  800

seq1  TCTGAGTTTTCATGGCTGTTTTAATGATCACTTTTAAAGTAAGAGCTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTTCATGGCTGTTTTAATGATCACTTTTAAAGTAAGAGCTTTT  850

seq1  GCTTTTATCTTACAAAGCCGCAGGAAGCAGGTGAGCATAGTCGCTAAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATCTTACAAAGCCGCAGGAAGCA-GTGAGCATAGTCGCTAAAGG  899

seq1  TGTGGAGTGTAGATGTAAAGTGTTTCCTGAAGGCCCTGGGATTCTGGGCT  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGGAGTGTAGATGTAAAGTG-TTCCTGAAGGCCCTGGGATTCT-GGCT  947

seq1  CCTTCTGAGCAGGAGGTCCCTAATGACCA-CACTACAATGCTATTTCGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGAGCAGGAGGTCCCTAATGACCACCACTACAATGCTATTTCGAT  997

seq1  GCTAAGTGGCAATAGTGGGAGGGCTGGGGTAGGGAGCATGGTG-AGGTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  GCTAAGTGGCAATAGTGGGAGGGCTGGGGTAGGGAGCATGGTGAAGGTGT  1047

seq1  ATCTG-TCAGACTGCGGC-CTAGGGGGCTTTGT  1078
      ||||| ||  |||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCTGTTCGAACTGCGGCACTAGGGGGCTTTGT  1080

seq1: chr6_48493209_48494028
seq2: B6Ng01-188G05.g_66_885 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGATACATGCATGTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGATACATGCATGTGCAT  50

seq1  GTACACAAACACACACACAGATGCCATGGACCACCCAGTGCGGGCTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAAACACACACACAGATGCCATGGACCACCCAGTGCGGGCTCTCC  100

seq1  TTCCATGGGAGAATCAGGGTCTCGGTACTCAGGTAGGTAAGGATTCGGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGGGAGAATCAGGGTCTCGGTACTCAGGTAGGTAAGGATTCGGCG  150

seq1  CAGTGCCAGACACAAACACAAGAGAGGTTTGAAGCTACTGCTGTTTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCAGACACAAACACAAGAGAGGTTTGAAGCTACTGCTGTTTGCTT  200

seq1  TACCTTCAGCTGAGGTTATGTACACTCTAATCAGGAATACAATTTTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCAGCTGAGGTTATGTACACTCTAATCAGGAATACAATTTTTGGC  250

seq1  TACAGGCATTACATGGAACATCTCATACTCCAAAGATAAGCACTAACGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCATTACATGGAACATCTCATACTCCAAAGATAAGCACTAACGAG  300

seq1  TTACCCTGAAACCAGAAGAATAAAACAGGAAGCAGCTCTTGAGAACCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTGAAACCAGAAGAATAAAACAGGAAGCAGCTCTTGAGAACCCTC  350

seq1  TTGGTACCCAGACAGTGGTCAGCTTAGGCTTAGCATTCTGCCAGCCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACCCAGACAGTGGTCAGCTTAGGCTTAGCATTCTGCCAGCCAAGG  400

seq1  CTTACAAAATACAGTCAGAAGTTTAACTTTAACTTATACCAACTTCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAAATACAGTCAGAAGTTTAACTTTAACTTATACCAACTTCACAA  450

seq1  TCCTATGGGCCTTCTGGCCAATTTGGAAATTTTGTGACTGCTTCTACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGGGCCTTCTGGCCAATTTGGAAATTTTGTGACTGCTTCTACAAA  500

seq1  ACTCTCTTTAGAGAACAGGCTCTTATAATTTCTCCAAAAGCTATATATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTTAGAGAACAGGCTCTTATAATTTCTCCAAAAGCTATATATTT  550

seq1  GTCTTATGATTGCTCTCTGACTTCTCTTTGTCATCACACACCAAGGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGATTGCTCTCTGACTTCTCTTTGTCATCACACACCAAGGAGGC  600

seq1  CTTGCTCTGGCAAGTCACTCCATAAAATTTAATGTATAGTATAAAATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCTGGCAAGTCACTCCATAAAATTTAATGTATAGTATAAAATTCT  650

seq1  CTCTCCATTAATATTTACCCATCCATCTCCATTCTCCTCATAGGCCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATTAATATTTACCCATCCATCTCCATTCTCCTCATAGGCCCCTG  700

seq1  TATAAGGTAAAGGTCCCGCAGTTGTTCTTAACTTATAGGGTCCCCTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTAAAGGTCCCGCAGTTGTTCTTAACTTATAGGGTCCCCTGTAC  750

seq1  ATAGGAGGGGCCCACCATCTGCCTCTAATTAAATACTGTTTCCTTCCACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGGGGCCCACCATCTGCCTCTAATTAAATACTGTTTCCTTCCACC  800

seq1  AACTATTCTTACAGGAATTC  820
      ||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTCTTACAGGAATTC  820