BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190P16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 88,942,265 - 89,077,969
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933427D06Rik
Upstream geneLOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175
Downstream geneGm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839, 4930512J16Rik, Plxna1, Chchd6, Txnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190P16.bB6Ng01-190P16.g
ACCGA014597GA014598
length1,194227
definitionB6Ng01-190P16.b B6Ng01-190P16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,942,265 - 88,943,470)(89,077,749 - 89,077,969)
sequence
gaattctctcccaaagcttttgtcactggaagctgctcaagcccaccaga
gtgactcacttcccactcagtcaaggcccggaccttggctcctacctgct
atgtcctgccagcccactgcatcccacctactccagggcctcctgctgtg
tcctgctgcctgccattgacagcactgaccactgagctgcccagcagcct
gccttgctctggctccccctcagagagctgcaactctatggccgctccac
cagggccagagccctgcagatcccctacagacagtgcccagtgggaatac
tggcagtccccagttagtagttgtttcactggatgaagtatgccaccgtg
ggtttcactggatgaagtatgtcaccgtgggtttcactggatgaagtatg
ccaccgtgggtttcactggatgaagtgtgtcactgtgggtttcactggat
gaagtgtgccaccgtgggtttcactggatgaagtatgccaccgtgggttt
caaaagtcacatctcattctcagttcattgtcttgcaagcatgagggcct
gagtttgattccccaaacccatggttttttaaaaaacaaaacaaaacaaa
aaacaaaacaaaacaaaacaaaaaccaggcatacgagcacacttgtaatt
cacagaggaggtgcaggcggaaaaggtctttgttggccagaaagcctagc
ttacttgggcttaagttccgtgcaaatgagagaacttgactcagaaaata
agggctagaacactgactcagaggttaagagcactggctgctcttgtaga
ggacctgggttcgaatcctagctcccatgtggtggctcataaccaactat
aactccagttccagggggaatctaagacattcttttgatttctgtggggc
agaagacatgtatgtggttcatagacatacatgcagacaaacacattaaa
atgaatgaatgaatgaatgaatgaatcaatcaatcagtcaatcatagctg
aagatgtagtcagtgttgcatgcttacctagcatgcatgatgcttatttg
aaccctggcacttgggaaagagaaagagaaacattcgtcctactggctat
gtataggaaccatcacagtccacccagttgataatttattcttttctcac
tacgattccgaaaagttagccactgccttaagacacacagctgg
tttaacctgccgctcagcccataagaaacaatcccacaatcttccttttt
aaaagtctctctaattattcacaaggcaaatggagagtttcatgtgtgta
ctgctttctcaaagctgcactagcctcacggttttgcctgtgggttagga
gtttccctctccctctccctctccctctccctctccctctccctcttcct
ctccctctccccccccctcgccctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_88942265_88943470
seq2: B6Ng01-190P16.b_49_1242

seq1  GAATTCTCTCCCAAAGCTTTTGTCACTGGAAGCTGCTCAAGCCCACCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCCAAAGCTTTTGTCACTGGAAGCTGCTCAAGCCCACCAGA  50

seq1  GTGACTCACTTCCCACTCAGTCAAGGCCCGGACCTTGGCTCCTACCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCACTTCCCACTCAGTCAAGGCCCGGACCTTGGCTCCTACCTGCT  100

seq1  ATGTCCTGCCAGCCCACTGCATCCCACCTACTCCAGGGCCTCCTGCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTGCCAGCCCACTGCATCCCACCTACTCCAGGGCCTCCTGCTGTG  150

seq1  TCCTGCTGCCTGCCATTGACAGCACTGACCACTGAGCTGCCCAGCAGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGCCTGCCATTGACAGCACTGACCACTGAGCTGCCCAGCAGCCT  200

seq1  GCCTTGCTCTGGCTCCCCCTCAGAGAGCTGCAACTCTATGGCCGCTCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTCTGGCTCCCCCTCAGAGAGCTGCAACTCTATGGCCGCTCCAC  250

seq1  CAGGGCCAGAGCCCTGCAGATCCCCTACAGACAGTGCCCAGTGGGAATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAGAGCCCTGCAGATCCCCTACAGACAGTGCCCAGTGGGAATAC  300

seq1  TGGCAGTCCCCAGTTAGTAGTTGTTTCACTGGATGAAGTATGCCACCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTCCCCAGTTAGTAGTTGTTTCACTGGATGAAGTATGCCACCGTG  350

seq1  GGTTTCACTGGATGAAGTATGTCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCACTGGATGAAGTATGTCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTATG  400

seq1  CCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTGTGTCACTGTGGGTTTCACTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTGTGTCACTGTGGGTTTCACTGGAT  450

seq1  GAAGTGTGCCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTATGCCACCGTGGGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTGCCACCGTGGGTTTCACTGGATGAAGTATGCCACCGTGGGTTT  500

seq1  CAAAAGTCACATCTCATTCTCAGTTCATTGTCTTGCAAGCATGAGGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTCACATCTCATTCTCAGTTCATTGTCTTGCAAGCATGAGGGCCT  550

seq1  GAGTTTGATTCCCCAAACCCATGGTTTTTTAAAAAACAAAACAAAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGATTCCCCAAACCCATGGTTTTTTAAAAAACAAAACAAAACAAA  600

seq1  AAACAAAACAAAACAAAACAAAAACCAGGCATACGAGCACACTTGTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAACAAAACAAAAACCAGGCATACGAGCACACTTGTAATT  650

seq1  CACAGAGGAGGTGCAGGCGGAAAAGGTCTTTGTTGGCCAGAAAGCCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGAGGTGCAGGCGGAAAAGGTCTTTGTTGGCCAGAAAGCCTAGC  700

seq1  TTACTTGGGCTTAAGTTCCGTGCAAATGAGAGAACTTGACTCAGAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGGGCTTAAGTTCCGTGCAAATGAGAGAACTTGACTCAGAAAATA  750

seq1  AGGGCTAGAACACTGACTCAGAGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGAACACTGACTCAGAGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTGTAGA  800

seq1  GGACCTGGGTTCGAATCCTAGCTCCCATGTGGTGGCTCATAACCAACTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGGTTCGAATCCTAGCTCCCATGTGGTGGCTCATAACCAACTAT  850

seq1  AACTCCAGTTCCAGGGGGAATCTAAGACATTCTTTTGATTTCTGTGGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGTTCCAGGGGGAATCTAAGACATTCTTTTGATTTCTGTGGGGC  900

seq1  AGAAGACATGTATGTGGTTCATAGACATACATGCAGACAAAACACATTAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAAGACATGTATGTGGTTCATAGACATACATGCAGAC-AAACACATTAA  949

seq1  AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATCAATCAATCAGTCAATCAATAGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATGAATGAATGAATGAATGAATGAATCAATCAATCAGTCAATC-ATAGC  998

seq1  TGAAGATGTAGGTCAGTGTTGCATGCTTACCTAGCATGCATGATGCCTTA  1050
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAAGATGTA-GTCAGTGTTGCATGCTTACCTAGCATGCATGATG-CTTA  1046

seq1  TTTGAACCCCTGGCACTGGGGAAGGAAGAAAGAGAAAACATCGGTTCCTA  1100
      |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||   |||  |||||
seq2  TTTGAA-CCCTGGCACTTGGGAAAG-AGAAAGAGAAACATTCG--TCCTA  1092

seq1  CTGGCTATGATTAAGAA-CATCACAGCCCACCCAGGTTTGTAGATTATTC  1149
      |||||||||  || ||| |||||||| ||||||| |||  ||  ||||||
seq2  CTGGCTATGTATAGGAACCATCACAGTCCACCCA-GTTGATAATTTATTC  1141

seq1  TTTCCCTCCACTACGGTTCGGAGATGTTTAGCAATTTGCTTAAGGACACA  1199
      ||| |   ||||||| ||| || | | ||||| | |  ||||| ||||||
seq2  TTTTC--TCACTACGATTCCGAAAAG-TTAGCCACTGCCTTAA-GACACA  1187

seq1  CAGCTGG  1206
      |||||||
seq2  CAGCTGG  1194

seq1: chr6_89077749_89077969
seq2: B6Ng01-190P16.g_73_299 (reverse)

seq1  GAGAGGGAGA------GGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGA  44
      ||||||| ||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGCGAGGGGGGGGGAGAGGGAGAGGAAGAGGGAGAGGGAGAGGGA  50

seq1  GAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAAACTCCTAACCCACAGGCAAAACCGT  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGGAAACTCCTAACCCACAGGCAAAACCGT  100

seq1  GAGGCTAGTGCAGCTTTGAGAAAGCAGTACACACATGAAACTCTCCATTT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTAGTGCAGCTTTGAGAAAGCAGTACACACATGAAACTCTCCATTT  150

seq1  GCCTTGTGAATAATTAGAGAGACTTTTAAAAAGGAAGATTGTGGGATTGT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTGAATAATTAGAGAGACTTTTAAAAAGGAAGATTGTGGGATTGT  200

seq1  TTCTTATGGGCTGAGCGGCAGGTTAAA  221
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGGGCTGAGCGGCAGGTTAAA  227