BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194I19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,673,088 - 72,812,927
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf3, Kcmf1
Upstream geneReep1, Mrpl35, Immt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890
Downstream geneTmsb10, Dnahc6, Suclg1, Olfr210-ps1, 4931417E11Rik, LOC100043338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194I19.bB6Ng01-194I19.g
ACCGA017212GA017213
length1,1081,123
definitionB6Ng01-194I19.b B6Ng01-194I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,673,088 - 72,674,200)(72,811,804 - 72,812,927)
sequence
gaattcatagtttaataggtcccggcctttaaaaggtggtagaacatttt
gtttcaggccagaacctttaaaattgtaatagagaaagggtctggggata
cagctcaattggtaggacgattgcctagcgtgaagcatgaagcaagtccc
caggtccaaatctcctgcactacctaaactaggcatggtggtacttgctg
taagcccaaccctccagccctcggagcagtgggagtgaggggcagaagtt
caaggttatccttgagtacaaagcagtttggaggtcagtcttgagaaggc
gagactcacctcatggtaagtatttgttagatattgtttgaaacagttta
cctacttttactcatttgagtctttcaatcctttgttcccatctctcccc
ctttcccctccccctactctcactctcctcctgagatggcatgaacccag
ggcctcacacaaactaggtgatttttctctgcccctgagctacatcacca
gccccatagtcatctggctcttgacggaattcggtaggtaggactagatg
gcctacagaaggtcacctaggagccaagtggctcagttgaggggtccagc
ctaagccctactaccttcccacggaatagccactcctgtttccctgtcat
gcacataaaacacgatgagaagatgcacacacgtctgtgctgggatgcca
ccctgagccaagcccattgagagcacacacaagcatctggctgacaccgt
gagaggagccccgtgtgctcagctacaagctccctaaccaatgccacatt
tacaagatattccactagagacagagtggcgggcagggatacatactgtg
tgtgcctccctggcagtgccgggtttgagcaccgggtggtccctggaatg
ctgaccatctcatgaatactcatcgtgtgggttttatttttgttcccatt
tgtaaatgtcagataagatttaaaaaaaaaataacccattccaatgttca
gaattcccccaagcaccagacccacagcagtgccgatgagcaacggaggg
cagctcagaactgctgctagttctgcctgaccgcctcaacccgctgggcc
agtgccag
gaattcactatgtagagtaggctgacctacacagtgccccctcatttatt
ctttgtttaaacatactaagaattgttgtgccgggcgtggtggcacacac
ctttaatcccagcactcgggaggcagaggcaggcggatttctgagttcga
ggtcagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctatacaga
gaaaccctgtctctaaaaaaccaaaaacaaacaaacaaacaaacaaagaa
ttgttgtacacctttaatccctgcactctagaagcgtaggcaagtggatc
ccagtgagttcaaggtcaaccaaagtctagctgcacagtcagaccctgtc
ccccactctttgttatttaggagttcagaaaaattgttgcacacctgtaa
acatgtaatcccagcaccttggaggttgaggccggaggatcatgaattca
aggtcattttgggcttcctactgagacattatgtaaaacaaaaactgaag
aagaattggtatttaagtgtttgctgtttgtttctgatatgaacttacag
tctgattgtggtttctttgtgtgtattatagtttaaacgtatgtagttct
taggattttatacctgccagataattggtggcattttgagccatatagac
tgtgaacctatagaaaaaaagcatgtaactacaccttttctgagatcaca
aggcactttttaacaagggcttttacacttcttgaaatatttggagacac
cttaccccagtagcatcttatcatctggtggcctaaaactccctaaattt
tgcccctcccgccacccgtcttgaggtcctctttcattaggattgacctt
tctgagtaaggagttttccacactgctcagattactgtgttttttactgt
gttgttgctggttgtttttgaaaagctctctgggcccaatgagccctgaa
acatttccacactgacccttcccagccgctgattgaaaggtgcttcttct
gttttatagtgtcagctgtgatgcatgtttaaaagaactttcgagtccgc
acagaatataagtgttatttgcctacgattacgatctttgtcatcttggt
atgaaagccgggcaacgacaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_72673088_72674200
seq2: B6Ng01-194I19.b_44_1151

seq1  GAATTCATAGTTTAATAGGTCCCGGCCTTTAAAAGGTGGTAGAACATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTTTAATAGGTCCCGGCCTTTAAAAGGTGGTAGAACATTTT  50

seq1  GTTTCAGGCCAGAACCTTTAAAATTGTAATAGAGAAAGGGTCTGGGGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGCCAGAACCTTTAAAATTGTAATAGAGAAAGGGTCTGGGGATA  100

seq1  CAGCTCAATTGGTAGGACGATTGCCTAGCGTGAAGCATGAAGCAAGTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAATTGGTAGGACGATTGCCTAGCGTGAAGCATGAAGCAAGTCCC  150

seq1  CAGGTCCAAATCTCCTGCACTACCTAAACTAGGCATGGTGGTACTTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCAAATCTCCTGCACTACCTAAACTAGGCATGGTGGTACTTGCTG  200

seq1  TAAGCCCAACCCTCCAGCCCTCGGAGCAGTGGGAGTGAGGGGCAGAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCAACCCTCCAGCCCTCGGAGCAGTGGGAGTGAGGGGCAGAAGTT  250

seq1  CAAGGTTATCCTTGAGTACAAAGCAGTTTGGAGGTCAGTCTTGAGAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTATCCTTGAGTACAAAGCAGTTTGGAGGTCAGTCTTGAGAAGGC  300

seq1  GAGACTCACCTCATGGTAAGTATTTGTTAGATATTGTTTGAAACAGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCACCTCATGGTAAGTATTTGTTAGATATTGTTTGAAACAGTTTA  350

seq1  CCTACTTTTACTCATTTGAGTCTTTCAATCCTTTGTTCCCATCTCTCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTTTACTCATTTGAGTCTTTCAATCCTTTGTTCCCATCTCTCCCC  400

seq1  CTTTCCCCTCCCCCTACTCTCACTCTCCTCCTGAGATGGCATGAACCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCTCCCCCTACTCTCACTCTCCTCCTGAGATGGCATGAACCCAG  450

seq1  GGCCTCACACAAACTAGGTGATTTTTCTCTGCCCCTGAGCTACATCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCACACAAACTAGGTGATTTTTCTCTGCCCCTGAGCTACATCACCA  500

seq1  GCCCCATAGTCATCTGGCTCTTGACGGAATTCGGTAGGTAGGACTAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATAGTCATCTGGCTCTTGACGGAATTCGGTAGGTAGGACTAGATG  550

seq1  GCCTACAGAAGGTCACCTAGGAGCCAAGTGGCTCAGTTGAGGGGTCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACAGAAGGTCACCTAGGAGCCAAGTGGCTCAGTTGAGGGGTCCAGC  600

seq1  CTAAGCCCTACTACCTTCCCACGGAATAGCCACTCCTGTTTCCCTGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCCCTACTACCTTCCCACGGAATAGCCACTCCTGTTTCCCTGTCAT  650

seq1  GCACATAAAACACGATGAGAAGATGCACACACGTCTGTGCTGGGATGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAAAACACGATGAGAAGATGCACACACGTCTGTGCTGGGATGCCA  700

seq1  CCCTGAGCCAAGCCCATTGAGAGCACACACAAGCATCTGGCTGACACCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGCCAAGCCCATTGAGAGCACACACAAGCATCTGGCTGACACCGT  750

seq1  GAGAGGAGCCCCGTGTGCTCAGCTACAAGCTCCCTAACCAATGCCACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGCCCCGTGTGCTCAGCTACAAGCTCCCTAACCAATGCCACATT  800

seq1  TACAAGATATTCCACTAGAGACAGAGTGGCGGGCAGGGATACATACTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGATATTCCACTAGAGACAGAGTGGCGGGCAGGGATACATACTGTG  850

seq1  TGTGCCTCCCTGGCAGTGCCGGGTTTGAGCACC-GGTGGTCTCTGGAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGTGCCTCCCTGGCAGTGCCGGGTTTGAGCACCGGGTGGTCCCTGGAATG  900

seq1  CTGA-CATCTCATGAATACTTCATCGTGTGGGTTTTATTTTTGTTTCCCA  948
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGACCATCTCATGAATAC-TCATCGTGTGGGTTTTATTTTTG-TTCCCA  948

seq1  TTTGTAAATGTCAAGAATAGGATTTAAAAAAAAAATAACCCATTCCAATG  998
      |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAATGTCA--GATAAGATTTAAAAAAAAAATAACCCATTCCAATG  996

seq1  TTCAAGAATTCCCCCCAAGCACCAGACCCACAGCAGTGCCGATGAAGCAC  1048
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TTC-AGAATT-CCCCCAAGCACCAGACCCACAGCAGTGCCGATG-AGCAA  1043

seq1  CGGAGGGCAGCTCAGAACTGCTGCAAG-TCTGCCTGACCGCGCTCACACC  1097
      |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||
seq2  CGGAGGGCAGCTCAGAACTGCTGCTAGTTCTGCCTGACCGC-CTCAACCC  1092

seq1  GCTGGGCCAGTGCCAG  1113
      ||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCCAGTGCCAG  1108

seq1: chr6_72811804_72812927
seq2: B6Ng01-194I19.g_64_1186 (reverse)

seq1  TGTTGTCGTTGCCCCGCTTTCATAACAAGATGCACAAAGATCGTAATCGT  50
      |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCGTTGCCCGGCTTTCATACCAAGATG-ACAAAGATCGTAATCGT  49

seq1  A-GCAAATTAAACACTTATA---TCTGCGACCTCGAAAATTTCCTTTTAA  96
      | ||||||  ||||||||||   | ||||  ||||||| ||  |||||||
seq2  AGGCAAAT--AACACTTATATTCTGTGCGGACTCGAAAGTT--CTTTTAA  95

seq1  ACATGCATCACAGCTGACACCTATAAAACAAGAAGAAGCACC-TTCAATC  145
      ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  ACATGCATCACAGCTGACA-CTATAAAAC-AGAAGAAGCACCTTTCAATC  143

seq1  AGCGGCTGGGAAGGGTCAGTGTGGAAATGTTTCAGGGCTCATTTGGCCCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCGGCTGGGAAGGGTCAGTGTGGAAATGTTTCAGGGCTCATTGGGCCCA  193

seq1  GAGAGCCTTTCAAAAACAACCAGCAACAACACAGTAAAAAACACAGTAAT  245
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTTTCAAAAACAACCAGCAACAACACAGTAAAAAACACAGTAAT  243

seq1  CTGAGCAGTGTGGAAAACTCCTTACTCAGAAAGGTCAATCCTAATG-AAG  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTGAGCAGTGTGGAAAACTCCTTACTCAGAAAGGTCAATCCTAATGAAAG  293

seq1  AGGACCTCAAGACGGGTGGCGGGAGGGGCAAAATTTAGGGAGTTTTAGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTCAAGACGGGTGGCGGGAGGGGCAAAATTTAGGGAGTTTTAGGC  343

seq1  CACCAGATGATAAGATGCTACTGGGGTAAGGTGTCTCCAAATATTTCAAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGATGATAAGATGCTACTGGGGTAAGGTGTCTCCAAATATTTCAAG  393

seq1  AAGTGTAAAAGCCCTTGTTAAAAAGTGCCTTGTGATCTCAGAAAAGGTGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAAAAGCCCTTGTTAAAAAGTGCCTTGTGATCTCAGAAAAGGTGT  443

seq1  AGTTACATGCTTTTTTTCTATAGGTTCACAGTCTATATGGCTCAAAATGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACATGCTTTTTTTCTATAGGTTCACAGTCTATATGGCTCAAAATGC  493

seq1  CACCAATTATCTGGCAGGTATAAAATCCTAAGAACTACATACGTTTAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAATTATCTGGCAGGTATAAAATCCTAAGAACTACATACGTTTAAAC  543

seq1  TATAATACACACAAAGAAACCACAATCAGACTGTAAGTTCATATCAGAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACACACAAAGAAACCACAATCAGACTGTAAGTTCATATCAGAAA  593

seq1  CAAACAGCAAACACTTAAATACCAATTCTTCTTCAGTTTTTGTTTTACAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCAAACACTTAAATACCAATTCTTCTTCAGTTTTTGTTTTACAT  643

seq1  AATGTCTCAGTAGGAAGCCCAAAATGACCTTGAATTCATGATCCTCCGGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCAGTAGGAAGCCCAAAATGACCTTGAATTCATGATCCTCCGGC  693

seq1  CTCAACCTCCAAGGTGCTGGGATTACATGTTTACAGGTGTGCAACAATTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTCCAAGGTGCTGGGATTACATGTTTACAGGTGTGCAACAATTT  743

seq1  TTCTGAACTCCTAAATAACAAAGAGTGGGGGACAGGGTCTGACTGTGCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAACTCCTAAATAACAAAGAGTGGGGGACAGGGTCTGACTGTGCAG  793

seq1  CTAGACTTTGGTTGACCTTGAACTCACTGGGATCCACTTGCCTACGCTTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTTTGGTTGACCTTGAACTCACTGGGATCCACTTGCCTACGCTTC  843

seq1  TAGAGTGCAGGGATTAAAGGTGTACAACAATTCTTTGTTTGTTTGTTTGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGCAGGGATTAAAGGTGTACAACAATTCTTTGTTTGTTTGTTTGT  893

seq1  TTGTTTTTGGTTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTGGTTTTTTAGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTC  943

seq1  CTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCAGAAATCCGCCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGACCTCGAACTCAGAAATCCGCCT  993

seq1  GCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACGCCCGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACGCCCGG  1043

seq1  CACAACAATTCTTAGTATGTTTAAACAAAGAATAAATGAGGGGGCACTGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAATTCTTAGTATGTTTAAACAAAGAATAAATGAGGGGGCACTGT  1093

seq1  GTAGGTCAGCCTACTCTACATAGTGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCAGCCTACTCTACATAGTGAATTC  1123