BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195C04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,971,654 - 109,134,480
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2, Arl8b, Edem1, EG627371
Downstream geneLOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195C04.bB6Ng01-195C04.g
ACCGA017639GA017640
length8351,124
definitionB6Ng01-195C04.b B6Ng01-195C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,133,647 - 109,134,480)(108,971,654 - 108,972,772)
sequence
gaattccaaagttgttggctccactctaggcctagtgaatatcaatatag
gtttttaacaagttctccaggtaacatatacatagtctatatcaaagcag
agacatgaggctggaaccagaccttagctgtgatacttgtatacatcacc
aaaggttaaagtttattctataaaacatagtctctttacaaaacatagtc
tctttacatgtccattgggatagttactcttgcatcaaaataattttgaa
agtcaatgatgtgtcacaagtacaattgctaattatgtagtaacaaatag
gaatcaactaatcagtgatgatacattgtgacccattctgctttgaggat
gattatcgaggttcagtgctgcttcagggacgatatgctagggttgatgt
tgtttgggatgctatacagggatgatattactttggggagaggtttaatg
gcatgaaacatgttgtgacaatttgcaggtgagatccatttttaatgtaa
tgcacaagcaaagggtgtgatattttttctaccccaaagaaagtctaaca
tgaacaaaaggacaatgagaatagaaaggacaaggcaatgagatagggga
gtgtgtaaaagactgaaggaacgacataatgagaaggaaaacaatgaaag
acaaagaaacagatctggttgtgagatgtatatatatatatgaagagtac
atttataacaaggctgttgtggtggtttggatgagaaacttcacccatat
ttttaagcatttgaatacttgatccccagtttggtggtgctggttgagga
cctgtagcaagtagaccttactgaaggaagtacat

gaattctttgggtatatgcccaggagtgtaaagttgttaccatgtatttt
cttgcttgcttatttaacaaacacttaaatagcagttaacaggagcctgg
cagtgttcaaatcacttcatatgcattgactcatttaacatgttctataa
caatcataggagaccggtgttgctgctgttgtacaaaatggaagaggtac
ttatatcgcttttattttatagaagaatcaaagtcattcagagcttgaac
aagacaggtagtattgagatttgaaacaaaacaatgtgcatcctgagtca
ggattaaccattacacaacactgccactcacatactatcaggcacaaact
ctgataagtgagtccagtaaggagatgtcagcaaagtctgctacctagat
tgctgtagcctgcaaaggattgcaagtaaattgtgacaggtgatgaaagg
cttggtgtttttctttctgtctgatgcagccaccatctcctgcttcaaga
taagctcagctttagatttgaactgaagaatagaagcagcctgaggagaa
cttgtctgcaagcctcagaaaggggagataagactgaggccacttgccat
cagtttgcctttatatgtctttgaacttgagtagtttaaacattggtcct
gatgtaaggtctggtgctaagtcattcaaagacatgagggcattgtatct
gcagaaaaatcattggaagagagcactcataatcagaagtctgatggagc
accaaagaaggagtaaagagactaacctatatcccatagttgaaagtgga
tgaatcaggatttgaacttggtttctgtcattctgatgcatgtattcttg
accatgtgggcaaggattagggcacatacatcattccccagtgtacacta
tgttttctttagttgatcaggttagagaataggtgagaagacacatcgat
ccagaacatacttgataagaagatggcttttgtcttatccagacactgcc
tattgaatcagaagatttaagaaaacagttgtaatgccaatccctgtcat
taaggctttcttgaaaatattgactgccagaaggtatcatgacttggaaa
catcagccttatgttctctttcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_109133647_109134480
seq2: B6Ng01-195C04.b_45_879 (reverse)

seq1  ATGTACTTCCTTCAGTAAGGTCTACTTGCTACAGGTCCTCAAACAGCACC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTACTTCCTTCAGTAAGGTCTACTTGCTACAGGTCCTCAACCAGCACC  50

seq1  ACC-AACTGGGGATCAAGTATTCAAATGCTTAAAAATATGGGTGAAGTTT  99
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACTGGGGATCAAGTATTCAAATGCTTAAAAATATGGGTGAAGTTT  100

seq1  CTCATCCAAACCACCACAACAGCCTTGTTATAAATGTACTCTTCATATAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCAAACCACCACAACAGCCTTGTTATAAATGTACTCTTCATATAT  150

seq1  ATATATACATCTCACAACCAGATCTGTTTCTTTGTCTTTCATTGTTTTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACATCTCACAACCAGATCTGTTTCTTTGTCTTTCATTGTTTTCC  200

seq1  TTCTCATTATGTCGTTCCTTCAGTCTTTTACACACTCCCCTATCTCATTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATTATGTCGTTCCTTCAGTCTTTTACACACTCCCCTATCTCATTG  250

seq1  CCTTGTCCTTTCTATTCTCATTGTCCTTTTGTTCATGTTAGACTTTCTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCCTTTCTATTCTCATTGTCCTTTTGTTCATGTTAGACTTTCTTT  300

seq1  GGGGTAGAAAAAATATCACACCCTTTGCTTGTGCATTACATTAAAAATGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGAAAAAATATCACACCCTTTGCTTGTGCATTACATTAAAAATGG  350

seq1  ATCTCACCTGCAAATTGTCACAACATGTTTCATGCCATTAAACCTCTCCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACCTGCAAATTGTCACAACATGTTTCATGCCATTAAACCTCTCCC  400

seq1  CAAAGTAATATCATCCCTGTATAGCATCCCAAACAACATCAACCCTAGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAATATCATCCCTGTATAGCATCCCAAACAACATCAACCCTAGCA  450

seq1  TATCGTCCCTGAAGCAGCACTGAACCTCGATAATCATCCTCAAAGCAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTCCCTGAAGCAGCACTGAACCTCGATAATCATCCTCAAAGCAGAA  500

seq1  TGGGTCACAATGTATCATCACTGATTAGTTGATTCCTATTTGTTACTACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACAATGTATCATCACTGATTAGTTGATTCCTATTTGTTACTACA  550

seq1  TAATTAGCAATTGTACTTGTGACACATCATTGACTTTCAAAATTATTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGCAATTGTACTTGTGACACATCATTGACTTTCAAAATTATTTTG  600

seq1  ATGCAAGAGTAACTATCCCAATGGACATGTAAAGAGACTATGTTTTGTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAGTAACTATCCCAATGGACATGTAAAGAGACTATGTTTTGTAA  650

seq1  AGAGACTATGTTTTATAGAATAAACTTTAACCTTTGGTGATGTATACAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTATGTTTTATAGAATAAACTTTAACCTTTGGTGATGTATACAAG  700

seq1  TATCACAGCTAAGGTCTGGTTCCAGCCTCATGTCTCTGCTTTGATATAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGCTAAGGTCTGGTTCCAGCCTCATGTCTCTGCTTTGATATAGA  750

seq1  CTATGTATATGTTACCTGGAGAACTTGTTAAAAACCTATATTGATATTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTATATGTTACCTGGAGAACTTGTTAAAAACCTATATTGATATTCA  800

seq1  CTAGGCCTAGAGTGGAGCCAACAACTTTGGAATTC  834
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCTAGAGTGGAGCCAACAACTTTGGAATTC  835


seq1: chr6_108971654_108972772
seq2: B6Ng01-195C04.g_65_1188

seq1  GAATTCTTTGGGTATATGCCCAGGAGTGTAAAGTTGTTACCATGTATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGGTATATGCCCAGGAGTGTAAAGTTGTTACCATGTATTTT  50

seq1  CTTGCTTGCTTATTTAACAAACACTTAAATAGCAGTTAACAGGAGCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGCTTATTTAACAAACACTTAAATAGCAGTTAACAGGAGCCTGG  100

seq1  CAGTGTTCAAATCACTTCATATGCATTGACTCATTTAACATGTTCTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCAAATCACTTCATATGCATTGACTCATTTAACATGTTCTATAA  150

seq1  CAATCATAGGAGACCGGTGTTGCTGCTGTTGTACAAAATGGAAGAGGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAGGAGACCGGTGTTGCTGCTGTTGTACAAAATGGAAGAGGTAC  200

seq1  TTATATCGCTTTTATTTTATAGAAGAATCAAAGTCATTCAGAGCTTGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCGCTTTTATTTTATAGAAGAATCAAAGTCATTCAGAGCTTGAAC  250

seq1  AAGACAGGTAGTATTGAGATTTGAAACAAAACAATGTGCATCCTGAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGTAGTATTGAGATTTGAAACAAAACAATGTGCATCCTGAGTCA  300

seq1  GGATTAACCATTACACAACACTGCCACTCACATACTATCAGGCACAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAACCATTACACAACACTGCCACTCACATACTATCAGGCACAAACT  350

seq1  CTGATAAGTGAGTCCAGTAAGGAGATGTCAGCAAAGTCTGCTACCTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGTGAGTCCAGTAAGGAGATGTCAGCAAAGTCTGCTACCTAGAT  400

seq1  TGCTGTAGCCTGCAAAGGATTGCAAGTAAATTGTGACAGGTGATGAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAGCCTGCAAAGGATTGCAAGTAAATTGTGACAGGTGATGAAAGG  450

seq1  CTTGGTGTTTTTCTTTCTGTCTGATGCAGCCACCATCTCCTGCTTCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGTTTTTCTTTCTGTCTGATGCAGCCACCATCTCCTGCTTCAAGA  500

seq1  TAAGCTCAGCTTTAGATTTGAACTGAAGAATAGAAGCAGCCTGAGGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCAGCTTTAGATTTGAACTGAAGAATAGAAGCAGCCTGAGGAGAA  550

seq1  CTTGTCTGCAAGCCTCAGAAAGGGGAGATAAGACTGAGGCCACTTGCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGCAAGCCTCAGAAAGGGGAGATAAGACTGAGGCCACTTGCCAT  600

seq1  CAGTTTGCCTTTATATGTCTTTGAACTTGAGTAGTTTAAACATTGGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGCCTTTATATGTCTTTGAACTTGAGTAGTTTAAACATTGGTCCT  650

seq1  GATGTAAGGTCTGGTGCTAAGTCATTCAAAGACATGAGGGCATTGTATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAGGTCTGGTGCTAAGTCATTCAAAGACATGAGGGCATTGTATCT  700

seq1  GCAGAAAAATCATTGGAAGAGAGCACTCATAATCAGAAGTCTGATGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAAATCATTGGAAGAGAGCACTCATAATCAGAAGTCTGATGGAGC  750

seq1  ACCAAAGAAGGAGTAAAGAGACTAACCTATATCCCATAGTTGAAAGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGAAGGAGTAAAGAGACTAACCTATATCCCATAGTTGAAAGTGGA  800

seq1  TGAATCAGGATTTGAACTTGGTTTCTGTCATTCTGATGCATGTATTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAGGATTTGAACTTGGTTTCTGTCATTCTGATGCATGTATTCTTG  850

seq1  ACCATGTGGGCAAGGATTAGGGCACATACATCATTCCCCAGTGTACACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGGGCAAGGATTAGGGCACATACATCATTCCCCAGTGTACACTA  900

seq1  TGTTTTCTTTAGTTGATCAGGTTAGAGAATAAGTGAGAAGACACATCGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTTTAGTTGATCAGGTTAGAGAATAGGTGAGAAGACACATCGAT  950

seq1  CCAG-ACATACTTGATAAGAAGATGGC-TTTGTCTTATCCAGACACTGCC  998
      |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACATACTTGATAAGAAGATGGCTTTTGTCTTATCCAGACACTGCC  1000

seq1  TA-TGAATCAGAAAGGATTTAAGAAAACAGTTGT-ATGCCCATCCTGGTC  1046
      || ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||
seq2  TATTGAATCAGAA--GATTTAAGAAAACAGTTGTAATGCCAATCCCTGTC  1048

seq1  ATTAAGGC-TTCTGAAAAATAATGACTGCCCAGAGGTATCATGACTTGG-  1094
      |||||||| ||||  |||||| ||||||||   |||||||||||||||| 
seq2  ATTAAGGCTTTCTTGAAAATATTGACTGCCAGAAGGTATCATGACTTGGA  1098

seq1  AACATCAG-CTTAGTGTCTCTTTCAA  1119
      |||||||| ||||   ||||||||||
seq2  AACATCAGCCTTATGTTCTCTTTCAA  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |