BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196B13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,152,234 - 77,316,090
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2, Lrrtm1
Upstream geneLOC100042952, LOC668153, EG668155, LOC100042956
Downstream geneLOC668169, EG434050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196B13.bB6Ng01-196B13.g
ACCGA018330GA018331
length1,0261,148
definitionB6Ng01-196B13.b B6Ng01-196B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,152,234 - 77,153,249)(77,314,944 - 77,316,090)
sequence
gaattcattctctggattgctcatgatagaaggaggatttctgcacgttc
tgctctcacctccacatgcgtgctagggtacacaggcaagggtatgcaca
cattgaacacatagatagataaatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagatagatagatagatagatagagataaaattatgtcagg
ttttaaaatatctctatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatg
tatgtaaaatatctctatgtattagacaaaacaaaacaactagctatgaa
cactgtagtaggtcttaccagaaagacaacttagaatgccattttaaatg
agcttcaactgaaattctgcactcaagtcccctctaatacaaagggacaa
ctgtttctcctttctctgcttctgaaagatcatgatcagcattgaatttt
agtctcttttctacatttaattttgtgattgcagtaaatttgtttgagcc
tgtgttctttgagcccattttgcaagtcaagataatgtagaaattggtgg
cttacatgcagtacccttatgatctttacaaagaacattctggaagaatt
caattcaaaactggaggttaataatgtcataaaatcatgttttgttttat
ttgcttaatcctgcccttcttctctctctgattctctcttttcctcctct
tccacgtcttcctccttctctccctcctccttcccctttcccttctcctt
cccctcctcttctccttcttcttcctgctagggtgtcatgtagtcaagct
ggtctcaaactctctacattgttaaagatgacttagaaattctaatcttc
ctgcctctacctcctatgtgctggactaaaggtatgcattatcattgcca
aatataaagaactagagatcaaaccctgggcaccgtgcatataataaagg
atcctaccatctaaacttacttctcccaggagtaattctaactcgatgaa
ggatattttttaaacttatcttatgt
gaattcttcactggcatctgccttacttatgagataaagagaaaatgttc
aggcatacttttcaaaatcttgctcccctctacctctcaagccttcacta
gctttccatagccatctctgcatcagctacatcaactgtatagttcagag
cttatcctgctcattcaggattcaggtatcttctcagatactcttctgaa
atgttttttgactctagtccacctattccttgattccttgattattttca
caagctgagaggctcacagattagccctgtttagagttaatatatttgtt
gatttaattatcttattaatatctaacaatttttagtaagacatccttga
gcaagatacatcatagtattttctgaatacattaacctcagtctttatcc
agatacctttcttgtacgcaaaaattagaaatctaactgtttgagctcat
gtgctaaaatttcttgttcagattaacttactgacccaacccttcagtat
ggatttattgaagcttttgcatgtgtttactgctatatttgaaaccattc
tttcaaaaccgaatggaacagaccaagcttctactcaccatgatatattt
gttaccataaaaataatataggggaaaaacttacaaacatatatcataaa
agttgctggttgatataagtttaattatgttaatcaaaacactagggtgt
aagaaaatgtacttttatcatcacacgctattgtaagagacatggtcaca
ctatgtagctgaagctgatcctgatttcttgatgctccagccttagcatc
ccaagtgttatcatcctgtgccattacactcagtactgggaaggtgcttc
tgaatgggacttcactgataaatgaactggctgcctaagtattataccag
agggattcaggtagaagaattgacacgtaaaatagtctaagggaatgttc
tttgctggagaaaatgagaaaaaaatcacatgtagaatttctagggttaa
aaaaaataagtctttgactaaagtcttacatctagatcactgaacataat
acttactggaggggtgactcaggaaactatgataaatataatacacattt
acatacatatatgaatatttatattttaatacccatatttatacatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77152234_77153249
seq2: B6Ng01-196B13.b_44_1069

seq1  GAATTCATTCTCTGGATTGCTCATGATAGAAGGAGGATTTCTGCACGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTCTGGATTGCTCATGATAGAAGGAGGATTTCTGCACGTTC  50

seq1  TGCTCTCACCTCCACATGCGTGCTAGGGTACACAGGCAAGGGTATGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCACCTCCACATGCGTGCTAGGGTACACAGGCAAGGGTATGCACA  100

seq1  CATTGAACACATAGATAGATAA----ATAGATAGATAGATAGATAGATAG  146
      ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACACATAGATAGATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  150

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGATAAAATTATGTCAGG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGATAAAATTATGTCAGG  200

seq1  TTTTAAAATATCTCTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATATCTCTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG  250

seq1  TATGTAAAATATCTCTATGTATTAGACAAAACAAAACAACTAGCTATGAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAATATCTCTATGTATTAGACAAAACAAAACAACTAGCTATGAA  300

seq1  CACTGTAGTAGGTCTTACCAGAAAGACAACTTAGAATGCCATTTTAAATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAGTAGGTCTTACCAGAAAGACAACTTAGAATGCCATTTTAAATG  350

seq1  AGCTTCAACTGAAATTCTGCACTCAAGTCCCCTCTAATACAAAGGGACAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAACTGAAATTCTGCACTCAAGTCCCCTCTAATACAAAGGGACAA  400

seq1  CTGTTTCTCCTTTCTCTGCTTCTGAAAGATCATGATCAGCATTGAATTTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTCCTTTCTCTGCTTCTGAAAGATCATGATCAGCATTGAATTTT  450

seq1  AGTCTCTTTTCTACATTTAATTTTGTGATTGCAGTAAATTTGTTTGAGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTTTCTACATTTAATTTTGTGATTGCAGTAAATTTGTTTGAGCC  500

seq1  TGTGTTCTTTGAGCCCATTTTGCAAGTCAAGATAATGTAGAAATTGGTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTTTGAGCCCATTTTGCAAGTCAAGATAATGTAGAAATTGGTGG  550

seq1  CTTACATGCAGTACCCTTATGATCTTTACAAAGAACATTCTGGAAGAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATGCAGTACCCTTATGATCTTTACAAAGAACATTCTGGAAGAATT  600

seq1  CAATTCAAAACTGGAGGTTAATAATGTCATAAAATCATGTTTTGTTTTAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCAAAACTGGAGGTTAATAATGTCATAAAATCATGTTTTGTTTTAT  650

seq1  TTGCTTAATCCTGCCCTTCTTCTCTCTCTGATTCTCTC-TTTCCTCCTCT  695
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGCTTAATCCTGCCCTTCTTCTCTCTCTGATTCTCTCTTTTCCTCCTCT  700

seq1  TCCACGTCTTCCTCCTTCTCTCCCTCCTCCTTCCCCTTTCCCTTCTCCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGTCTTCCTCCTTCTCTCCCTCCTCCTTCCCCTTTCCCTTCTCCTT  750

seq1  CCCCTCCTCTTCTCCTTCTTCTTCCTGCTAGGGTGTCATGTAGTCAAGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTCTTCTCCTTCTTCTTCCTGCTAGGGTGTCATGTAGTCAAGCT  800

seq1  GGTCTCAAACTCTCTACATTGTCAAAGATGACTTAGAAATTCTAATCTTC  845
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAAACTCTCTACATTGTTAAAGATGACTTAGAAATTCTAATCTTC  850

seq1  CTGCCTCTACCTCCTATGTGCTGGAACTAAAGGTATGCATTATCA-TGCC  894
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGCCTCTACCTCCTATGTGCTGG-ACTAAAGGTATGCATTATCATTGCC  899

seq1  AATTATAAAGAACTAGAGATTAAACCCTGGGCACCGTGCATATTAATTAA  944
      || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  AAATATAAAGAACTAGAGATCAAACCCTGGGCACCGTGCATA-TAATAAA  948

seq1  GGATCCTACCATCTAAAC-TACTTC-CCCAGGAGTAAT--CAACACGATG  990
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||   ||| |||||
seq2  GGATCCTACCATCTAAACTTACTTCTCCCAGGAGTAATTCTAACTCGATG  998

seq1  AAGGA-AAGTTTTAAACTTA-GTTATGT  1016
      ||||| |  |||||||||||  ||||||
seq2  AAGGATATTTTTTAAACTTATCTTATGT  1026

seq1: chr6_77314944_77316090
seq2: B6Ng01-196B13.g_64_1211 (reverse)

seq1  ATATGTAT-AATATGTGTAT---AATAT--ATATTTATATATGTATTGTA  44
      |||||||| |||||| ||||   |||||  ||||| ||||||||| ||||
seq2  ATATGTATAAATATGGGTATTAAAATATAAATATTCATATATGTA-TGTA  49

seq1  AATGTGTA-TATATTTATCATAGTTTTTCCCTGAGTCA-CCCTCCAGTAA  92
      |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||
seq2  AATGTGTATTATATTTATCATAGTTT---CCTGAGTCACCCCTCCAGTAA  96

seq1  GTATTATGTTCAGTGATTCTTAGATGTAAGACTTTAGTTCAAAGACTTAT  142
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTATTATGTTCAGTGAT--CTAGATGTAAGACTTTAG-TCAAAGACTTAT  143

seq1  TTTTTTTAACCCTAGAAATTCTAACATGTTGATTTTTTTCTCATTTTCTC  192
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAACCCTAGAAATTCT-ACATG-TGATTTTTTTCTCATTTTCTC  191

seq1  CAGCAAAGAACATT-CCTTAGACTATTTTACGTGTCAATTCTTCTACCTG  241
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAGAACATTCCCTTAGACTATTTTACGTGTCAATTCTTCTACCTG  241

seq1  AATCCCTCTGGTATAATACTTAGGCAGCCAGTTCATTTATCAGTGAAGTC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTCTGGTATAATACTTAGGCAGCCAGTTCATTTATCAGTGAAGTC  291

seq1  CCATTCAGAAGCACCTTCCCAGTACTGAGTGTAATGGCACAGGATGATAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCAGAAGCACCTTCCCAGTACTGAGTGTAATGGCACAGGATGATAA  341

seq1  CACTTGGGATGCTAAGGCTGGAGCATCAAGAAATCAGGATCAGCTTCAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGGATGCTAAGGCTGGAGCATCAAGAAATCAGGATCAGCTTCAGC  391

seq1  TACATAGTGTGACCATGTCTCTTACAATAGCGTGTGATGATAAAAGTACA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGTGTGACCATGTCTCTTACAATAGCGTGTGATGATAAAAGTACA  441

seq1  TTTTCTTACACCCTAGTGTTTTGATTAACATAATTAAACTTATATCAACC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTACACCCTAGTGTTTTGATTAACATAATTAAACTTATATCAACC  491

seq1  AGCAACTTTTATGATATATGTTTGTAAGTTTTTCCCCTATATTATTTTTA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTTTTATGATATATGTTTGTAAGTTTTTCCCCTATATTATTTTTA  541

seq1  TGGTAACAAATATATCATGGTGAGTAGAAGCTTGGTCTGTTCCATTCGGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACAAATATATCATGGTGAGTAGAAGCTTGGTCTGTTCCATTCGGT  591

seq1  TTTGAAAGAATGGTTTCAAATATAGCAGTAAACACATGCAAAAGCTTCAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAGAATGGTTTCAAATATAGCAGTAAACACATGCAAAAGCTTCAA  641

seq1  TAAATCCATACTGAAGGGTTGGGTCAGTAAGTTAATCTGAACAAGAAATT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCATACTGAAGGGTTGGGTCAGTAAGTTAATCTGAACAAGAAATT  691

seq1  TTAGCACATGAGCTCAAACAGTTAGATTTCTAATTTTTGCGTACAAGAAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACATGAGCTCAAACAGTTAGATTTCTAATTTTTGCGTACAAGAAA  741

seq1  GGTATCTGGATAAAGACTGAGGTTAATGTATTCAGAAAATACTATGATGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTGGATAAAGACTGAGGTTAATGTATTCAGAAAATACTATGATGT  791

seq1  ATCTTGCTCAAGGATGTCTTACTAAAAATTGTTAGATATTAATAAGATAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTCAAGGATGTCTTACTAAAAATTGTTAGATATTAATAAGATAA  841

seq1  TTAAATCAACAAATATATTAACTCTAAACAGGGCTAATCTGTGAGCCTCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCAACAAATATATTAACTCTAAACAGGGCTAATCTGTGAGCCTCT  891

seq1  CAGCTTGTGAAAATAATCAAGGAATCAAGGAATAGGTGGACTAGAGTCAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTGAAAATAATCAAGGAATCAAGGAATAGGTGGACTAGAGTCAA  941

seq1  AAAACATTTCAGAAGAGTATCTGAGAAGATACCTGAATCCTGAATGAGCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTCAGAAGAGTATCTGAGAAGATACCTGAATCCTGAATGAGCA  991

seq1  GGATAAGCTCTGAACTATACAGTTGATGTAGCTGATGCAGAGATGGCTAT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGCTCTGAACTATACAGTTGATGTAGCTGATGCAGAGATGGCTAT  1041

seq1  GGAAAGCTAGTGAAGGCTTGAGAGGTAGAGGGGAGCAAGATTTTGAAAAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTAGTGAAGGCTTGAGAGGTAGAGGGGAGCAAGATTTTGAAAAG  1091

seq1  TATGCCTGAACATTTTCTCTTTATCTCATAAGTAAGGCAGAT-CCAGTGA  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATGCCTGAACATTTTCTCTTTATCTCATAAGTAAGGCAGATGCCAGTGA  1141

seq1  AGAATTC  1147
      |||||||
seq2  AGAATTC  1148