BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201A03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 101,488,361 - 101,635,008
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneShq1, LOC625221, BC049816, Ppp4r2, EG545870, LOC100043321, Pdzrn3
Downstream geneEG666084, Cntn3, EG666123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201A03.bB6Ng01-201A03.g
ACCGA021903GA021904
length1,142859
definitionB6Ng01-201A03.b B6Ng01-201A03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,488,361 - 101,489,518)(101,634,151 - 101,635,008)
sequence
gaattcactttggcagggatgaagggtattgcaggcctttctgttttaat
ttcaagatttttacaatcagacccaagaagacaattgtaaccaatgaaaa
ccatccactaggaatagagactaagatacaaatacatgcacaatggcagc
catggacagaaaatagaagccttgctttcagcttttgccaaagattgttt
agacttgagattgaaagcaaggttaaatctgcatccactacttttgctag
ccttgagccagaatgagctaaaaaaaagatgctagtctatcactataata
gcactgtatctgtaggcctccgaagataagctagtaagttgtcacaaatg
tttgaacaactttctttatattacctatgattccacttgtaaggaatagc
tgctggttacgcttgtcctaaggaatgggagaattttctggtggaatgtt
ctgttcaaggctcacagactcagtgggaatatgggcaggcagatttagat
catgggtcagaatctggtgaggtgcagaaagtttggcctcaagggccata
gatcaaccttatatttcattcctcaaggtacttgtctttgagacaggatt
ctcattggcctggaacttaccaacggacagaaggctatgctgtctgtcca
gtagacacaaggagctgcctgactttgtcttcccaggactgtgaatgggt
gctgaggatccaagctcaggtccgcaaacacaattggcaagcactttatc
gactgagctatttcaccaatgtctttccttgattcttctagctgcagagc
tgaagatgtgctgactcctgaccttgcttcaacattgtttgtcatctctt
ttcgtggattcaatgatttgctcaagattcttccagtaatggaacattct
tttactttcaacctgaatactctatcatgaccctaaagatgggagatgga
atccaatttattttgtgctacagatgagggacaaataccttaaggctttc
catcacactagagacatatgcagtcccgaagagactttctatgactgatt
ctgtctccatcaatccccatttactgcttgagtccacagacagacctgga
agaattgaattactgggcattggtgtgctatcctgaaagata

gaattcatgaaacccatgaatatccaagatcatgttcatttaaaaggctt
attaatcctgaatgaataatttagatacccccaaaagccatcttacaacc
tgagatgtcacactgatctcataaatgaatgttaaaaaaaaagactggta
gagttatgaaaaaaaattaaataaagacatacaaaagcagaaacttattt
gtaaaagccaaaaacaaaaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaacatttt
tctggtcatctctaaacttggtcccaagagctcctcctcttagcttatac
atacagattctgttctcttcttaataaactagccaatgtgcgggctggag
agatagctgagtgctatgctatagttcccagtgctacatagaagctcaca
accacccatgaggccagttctggggtatctggcaccctctgctggactct
gagggtactgcacatttatggtatacttaaatgcaaggaagtatacttac
atactcataaaaaaaaatctaaaaaacattttaaacaagctacctatacg
tttctaagttccatattattattaatgagtttttctgctaaaattgttca
tgatagtcttctgtttattttttaaaaagcaacttttataatctagagaa
ttaaacaatttaaaaaagtaaccttagtaatttatttataaagatgcttt
attgtgaatcactggatattatagtatatggcttagaaacatataataat
aaaatgatggttggttttgcaaggggagcttggcattctagtgatgtcaa
aaagcatgcacaatctgatcttcaccttattcacctgtgtggggtttttg
gggggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_101488361_101489518
seq2: B6Ng01-201A03.b_48_1189

seq1  GAATTCACTTTGGCAGGGATGAAGGGTATTGCAGGCCTTTCTGTTTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGGCAGGGATGAAGGGTATTGCAGGCCTTTCTGTTTTAAT  50

seq1  TTCAAGATTTTTACAATCAGACCCAAGAAGACAATTGTAACCAATGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGATTTTTACAATCAGACCCAAGAAGACAATTGTAACCAATGAAAA  100

seq1  CCATCCACTAGGAATAGAGACTAAGATACAAATACATGCACAATGGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACTAGGAATAGAGACTAAGATACAAATACATGCACAATGGCAGC  150

seq1  CATGGACAGAAAATAGAAGCCTTGCTTTCAGCTTTTGCCAAAGATTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGACAGAAAATAGAAGCCTTGCTTTCAGCTTTTGCCAAAGATTGTTT  200

seq1  AGACTTGAGATTGAAAGCAAGGTTAAATCTGCATCCACTACTTTTGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGAGATTGAAAGCAAGGTTAAATCTGCATCCACTACTTTTGCTAG  250

seq1  CCTTGAGCCAGAATGAGCTAAAAAAAAGATGCTAGTCTATCACTATAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGCCAGAATGAGCTAAAAAAAAGATGCTAGTCTATCACTATAATA  300

seq1  GCACTGTATCTGTAGGCCTCCGAAGATAAGCTAGTAAGTTGTCACAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTATCTGTAGGCCTCCGAAGATAAGCTAGTAAGTTGTCACAAATG  350

seq1  TTTGAACAACTTTCTTTATATTACCTATGATTCCACTTGTAAGGAATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAACTTTCTTTATATTACCTATGATTCCACTTGTAAGGAATAGC  400

seq1  TGCTGGTTACGCTTGTCCTAAGGAATGGGAGAATTTTCTGGTGGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTTACGCTTGTCCTAAGGAATGGGAGAATTTTCTGGTGGAATGTT  450

seq1  CTGTTCAAGGCTCACAGACTCAGTGGGAATATGGGCAGGCAGATTTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAAGGCTCACAGACTCAGTGGGAATATGGGCAGGCAGATTTAGAT  500

seq1  CATGGGTCAGAATCTGGTGAGGTGCAGAAAGTTTGGCCTCAAGGGCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTCAGAATCTGGTGAGGTGCAGAAAGTTTGGCCTCAAGGGCCATA  550

seq1  GATCAACCTTATATTTCATTCCTCAAGGTACTTGTCTTTGAGACAGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAACCTTATATTTCATTCCTCAAGGTACTTGTCTTTGAGACAGGATT  600

seq1  CTCATTGGCCTGGAACTTACCAACGGACAGAAGGCTATGCTGTCTGTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGCCTGGAACTTACCAACGGACAGAAGGCTATGCTGTCTGTCCA  650

seq1  GTAGACACAAGGAGCTGCCTGACTTTGTCTTCCCAGGACTGTGAATGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACACAAGGAGCTGCCTGACTTTGTCTTCCCAGGACTGTGAATGGGT  700

seq1  GCTGAGGATCCAAGCTCAGGTCCGCAAACACAATTGGCAAGCACTTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGATCCAAGCTCAGGTCCGCAAACACAATTGGCAAGCACTTTATC  750

seq1  GACTGAGCTATTTCACCAATGTCTTTCCTTGATTCTTCTAGCTGCAGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCTATTTCACCAATGTCTTTCCTTGATTCTTCTAGCTGCAGAGC  800

seq1  TGAAGATGTGCTGACTCCTGACCTTGCTTCAACATTGTTTGTCATCTC-T  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAAGATGTGCTGACTCCTGACCTTGCTTCAACATTGTTTGTCATCTCTT  850

seq1  TTCGTGGATTCAATGATTTGCTCAAGATTCTTCCAGTAATGGAACATTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGATTCAATGATTTGCTCAAGATTCTTCCAGTAATGGAACATTCT  900

seq1  TTTACTTTCAACCTGAATACTCTAATCATGACCCTAAAGATGGGAGATGG  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTCAACCTGAATACTCT-ATCATGACCCTAAAGATGGGAGATGG  949

seq1  AATCCAATTTATTTTGTGCTACAAGAATGAGGGACAAAATACCTTAAGGC  999
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATCCAATTTATTTTGTGCTACA--GATGAGGGAC-AAATACCTTAAGGC  996

seq1  TTTCCATCACACTAGGAGACATATGCAGTTCCAGAAGAGACCTTTCTATT  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |
seq2  TTTCCATCACACTA-GAGACATATGCAG-TCCCGAAGAGA-CTTTCTA-T  1042

seq1  GGCTGATTTTCTGTCTCCATCACAATCACCCATTTACTGCTTGTAGTCAC  1099
      | ||||  ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||| |
seq2  GACTGA--TTCTGTCTCCAT--CAATC-CCCATTTACTGCTTG-AGTC-C  1085

seq1  ACAGACAGACCCTGGAGAATAGAATACACTGGGCATT-GTGTGCATACCC  1148
      |||||||||||  | ||||| ||||  |||||||||| |||||| || ||
seq2  ACAGACAGACCTGGAAGAATTGAAT-TACTGGGCATTGGTGTGC-TATCC  1133

seq1  TGAAAAGATA  1158
      || |||||||
seq2  TG-AAAGATA  1142


seq1: chr6_101634151_101635008
seq2: B6Ng01-201A03.g_65_923 (reverse)

seq1  CCCA-CCCCCAAAAACCCCACACAGGTGAATAAGGTGAAGATCAGATTGT  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCCAAAAACCCCACACAGGTGAATAAGGTGAAGATCAGATTGT  50

seq1  GCATGCTTTTTGACATCACTAGAATGCCAAGCTCCCCTTGCAAAACCAAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTTTTGACATCACTAGAATGCCAAGCTCCCCTTGCAAAACCAAC  100

seq1  CATCATTTTATTATTATATGTTTCTAAGCCATATACTATAATATCCAGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTTATTATTATATGTTTCTAAGCCATATACTATAATATCCAGTG  150

seq1  ATTCACAATAAAGCATCTTTATAAATAAATTACTAAGGTTACTTTTTTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAATAAAGCATCTTTATAAATAAATTACTAAGGTTACTTTTTTAA  200

seq1  ATTGTTTAATTCTCTAGATTATAAAAGTTGCTTTTTAAAAAATAAACAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTAATTCTCTAGATTATAAAAGTTGCTTTTTAAAAAATAAACAGA  250

seq1  AGACTATCATGAACAATTTTAGCAGAAAAACTCATTAATAATAATATGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATCATGAACAATTTTAGCAGAAAAACTCATTAATAATAATATGGA  300

seq1  ACTTAGAAACGTATAGGTAGCTTGTTTAAAATGTTTTTTAGATTTTTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAAACGTATAGGTAGCTTGTTTAAAATGTTTTTTAGATTTTTTTT  350

seq1  TATGAGTATGTAAGTATACTTCCTTGCATTTAAGTATACCATAAATGTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTATGTAAGTATACTTCCTTGCATTTAAGTATACCATAAATGTGC  400

seq1  AGTACCCTCAGAGTCCAGCAGAGGGTGCCAGATACCCCAGAACTGGCCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCTCAGAGTCCAGCAGAGGGTGCCAGATACCCCAGAACTGGCCTC  450

seq1  ATGGGTGGTTGTGAGCTTCTATGTAGCACTGGGAACTATAGCATAGCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGGTTGTGAGCTTCTATGTAGCACTGGGAACTATAGCATAGCACT  500

seq1  CAGCTATCTCTCCAGCCCGCACATTGGCTAGTTTATTAAGAAGAGAACAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATCTCTCCAGCCCGCACATTGGCTAGTTTATTAAGAAGAGAACAG  550

seq1  AATCTGTATGTATAAGCTAAGAGGAGGAGCTCTTGGGACCAAGTTTAGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTATGTATAAGCTAAGAGGAGGAGCTCTTGGGACCAAGTTTAGAG  600

seq1  ATGACCAGAAAAATGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAGAAAAATGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTTTTT  650

seq1  GGCTTTTACAAATAAGTTTCTGCTTTTGTATGTCTTTATTTAATTTTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTACAAATAAGTTTCTGCTTTTGTATGTCTTTATTTAATTTTTTT  700

seq1  TCATAACTCTACCAGTCTTTTTTTTTAACATTCATTTATGAGATCAGTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACTCTACCAGTCTTTTTTTTTAACATTCATTTATGAGATCAGTGT  750

seq1  GACATCTCAGGTTGTAAGATGGCTTTTGGGGGTATCTAAATTATTCATTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTCAGGTTGTAAGATGGCTTTTGGGGGTATCTAAATTATTCATTC  800

seq1  AGGATTAATAAGCCTTTTAAATGAACATGATCTTGGATATTCATGGGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAATAAGCCTTTTAAATGAACATGATCTTGGATATTCATGGGTTT  850

seq1  CATGAATTC  858
      |||||||||
seq2  CATGAATTC  859


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |