BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201G12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 18,242,130 - 18,437,575
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCftr, Cttnbp2
Upstream geneCav1, Met, Capza2, St7, Wnt2, Asz1, LOC386426, LOC636450, LOC100040751
Downstream geneEG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180, Eif3s6-ps4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201G12.bB6Ng01-201G12.g
ACCGA022191GA022192
length9801,090
definitionB6Ng01-201G12.b B6Ng01-201G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,242,130 - 18,243,108)(18,436,496 - 18,437,575)
sequence
gaattcagtattttcctctaagcatctatattttgaaatattctaacttc
tccaaagcattctgtcagtcagcttcattttctgtatgtaacatgaatac
ttaggtaagcatcattgacagcacaaaacatggtttgctagtggtccttc
catttactagtaactataccctgtaggctaagcatgagtagaaatatggc
cactatgtcatattcctccactccatctgcttatatattgtattcaccaa
ctaatgctatgcaagaggcctggtttggtctgtggtacatacaccagtga
cactccattgaaaggattgatttttctctttcccagcaaatatcaattgc
aaatagtttattagttaagggtgagacatgtccaattcccctttcccttc
tcagccctgagagttttgtctgctttgaacatgtggcaaccttgtgaatg
ctatcactgtctctgtgagttcacttgtgtacaatcctgttgtatctgga
tgacactatttccttgaaatcatctaccaccacttgctatctccccttcc
tataaatctctcagttttgagaggagtggttctctcattctctgcacatt
gtccagtcatggattgttttgttcattagtttctgctgtaaggaaaggct
tctctgatggtggctgagtgaggcactaatctatgggtacaacattaggt
cattaagagacatgttcctgttatattctttaggctgaataatagaagta
ggctttcccctacagcccatgacctacctaataaggtttttgcccacttt
agatgtgtcaagtatcctatctcatggaataggtcttaactccaattatc
taattgttggttagtctataatacttgtgcctctattgcacttctattat
agtttctggatttgtagctagatgatattaatgattttgtaattacttta
tgtgtgtggggggtttgcctgcatctgatc
gaattcttaatgagtttaaattccaagcagttgacagttgagattctcag
taggctctggggtaggaaaaaggatatgataaaaatagtgtttaagggag
attacgatggcctcttttggaaacagattgacagagaagaggagaaaact
gatctgagtcagcaattacaatggacgtttgtgaagatgatgactctaag
tggaggagacacattgtgtgtatgtgttcgtagggattaatgggacttgc
ataagacctagggttgctagtcaaactcattactccagtgtatgtgtgca
gtggctcctaatttctaagagaaaatagttgttcacaaagcaatttgata
tcagagccgaaggttttgcttttgtttttccttaagaactttttatttgt
gtcttggggtggggggagtcacatgcctgctcttattcttccaaacatgt
tttcagcaattgccattcaacatttaactaataaagattccttgggcttt
gctgccatctcaggggctatgctgggtggtaggaaactggcaccaacttg
gcaatccttattgtttgggaattactactgaggaaaggtcacagagcata
attaacaagttccaccctggtaagtgcaagatacttttccaaaatcctat
ccagtcagcctgttttgtagaccctggaccacagctgaggcttttatctg
agggcttcagtccacctgactaaggtaacacttttctcaggttaaaagga
attctttcttgggaaattgtatgtttactcacacaaggagaaccccaagc
aggcttttccctctagaagtgtctgaacccttggatgaaccctctgtggg
gttctggacttgtagacttgtttctgctgaggacaaaaaagatgaagagg
tataaccagatttcttgtttttgtctttccattattatgtgataaataat
gcacacttaggacctcatgattttaaatagtgagccatttcctctgcttt
ggaatgtagattttggctagggttgggtgaggtaccactccacccctcta
ccatatatgttcaaagcacctatgtttggaatcatctgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_18242130_18243108
seq2: B6Ng01-201G12.b_49_1028

seq1  GAATTCAGTATTTTCCTCTAAGCATCTATATTTTGAAATATTCTAACTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATTTTCCTCTAAGCATCTATATTTTGAAATATTCTAACTTC  50

seq1  TCCAAAGCATTCTGTCAGTCAGCTTCATTTTCTGTATGTAACATGAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGCATTCTGTCAGTCAGCTTCATTTTCTGTATGTAACATGAATAC  100

seq1  TTAGGTAAGCATCATTGACAGCACAAAACATGGTTTGCTAGTGGTCCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAAGCATCATTGACAGCACAAAACATGGTTTGCTAGTGGTCCTTC  150

seq1  CATTTACTAGTAACTATACCCTGTAGGCTAAGCATGAGTAGAAATATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTAGTAACTATACCCTGTAGGCTAAGCATGAGTAGAAATATGGC  200

seq1  CACTATGTCATATTCCTCCACTCCATCTGCTTATATATTGTATTCACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTCATATTCCTCCACTCCATCTGCTTATATATTGTATTCACCAA  250

seq1  CTAATGCTATGCAAGAGGCCTGGTTTGGTCTGTGGTACATACACCAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTATGCAAGAGGCCTGGTTTGGTCTGTGGTACATACACCAGTGA  300

seq1  CACTCCATTGAAAGGATTGATTTTTCTCTTTCCCAGCAAATATCAATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCATTGAAAGGATTGATTTTTCTCTTTCCCAGCAAATATCAATTGC  350

seq1  AAATAGTTTATTAGTTAAGGGTGAGACATGTCCAATTCCCCTTTCCCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTTTATTAGTTAAGGGTGAGACATGTCCAATTCCCCTTTCCCTTC  400

seq1  TCAGCCCTGAGAGTTTTGTCTGCTTTGAACATGTGGCAACCTTGTGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTGAGAGTTTTGTCTGCTTTGAACATGTGGCAACCTTGTGAATG  450

seq1  CTATCACTGTCTCTGTGAGTTCACTTGTGTACAATCCTGTTGTATCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACTGTCTCTGTGAGTTCACTTGTGTACAATCCTGTTGTATCTGGA  500

seq1  TGACACTATTTCCTTGAAATCATCTACCACCACTTGCTATCTCCCCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTATTTCCTTGAAATCATCTACCACCACTTGCTATCTCCCCTTCC  550

seq1  TATAAATCTCTCAGTTTTGAGAGGAGTGGTTCTCTCATTCTCTGCACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCTCTCAGTTTTGAGAGGAGTGGTTCTCTCATTCTCTGCACATT  600

seq1  GTCCAGTCATGGATTGTTTTGTTCATTAGTTTCTGCTGTAAGGAAAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGTCATGGATTGTTTTGTTCATTAGTTTCTGCTGTAAGGAAAGGCT  650

seq1  TCTCTGATGGTGGCTGAGTGAGGCACTAATCTATGGGTACAACATTAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATGGTGGCTGAGTGAGGCACTAATCTATGGGTACAACATTAGGT  700

seq1  CATTAAGAGACATGTTCCTGTTATATTCTTTAGGCTGAATAATAGAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGAGACATGTTCCTGTTATATTCTTTAGGCTGAATAATAGAAGTA  750

seq1  GGCTTTCCCCTACAGCCCATGACCTACCTAATAAGGTTTTTGCCCACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCCCTACAGCCCATGACCTACCTAATAAGGTTTTTGCCCACTTT  800

seq1  AGATGTGTCAAGTATCCTATCTCATGGAATAGGTCTTAACTCCAATTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTCAAGTATCCTATCTCATGGAATAGGTCTTAACTCCAATTATC  850

seq1  TAATTGTTGGTTAGTCTATAATACTTGTGCCTCTATTGCACTTCTATTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTGGTTAGTCTATAATACTTGTGCCTCTATTGCACTTCTATTAT  900

seq1  AGTTTCTGGATTTGTAGCTAGATGATATTAATGA-TTTGTAATTACTTTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTTTCTGGATTTGTAGCTAGATGATATTAATGATTTTGTAATTACTTTA  950

seq1  TGTGTGTGGGGGGTTTGCCTGCATCTGATC  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGGGGTTTGCCTGCATCTGATC  980

seq1: chr6_18436496_18437575
seq2: B6Ng01-201G12.g_66_1155 (reverse)

seq1  TGCAGATGA-TCCAAA-ATAGGTGCTTTG-ACATATAAGGTAGAGGGGGT  47
      ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  
seq2  TGCAGATGATTCCAAACATAGGTGCTTTGAACATATATGGTAGAGGGGTG  50

seq1  GAGTGGT-CCTCACCCAA-CCTAGCCAAAATCTTACATTTCAAAGCAGAG  95
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GAGTGGTACCTCACCCAACCCTAGCCAAAATC-TACATTCCAAAGCAGAG  99

seq1  GAAATGGCTCACTATTTAAAATCATGAGGTCCT-AGTGTGCATTATTTAT  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAATGGCTCACTATTTAAAATCATGAGGTCCTAAGTGTGCATTATTTAT  149

seq1  CACATAATAATGG-AAGAC-AAAACAAG-AATCTGGTTATACCTCTTCAT  191
      ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CACATAATAATGGAAAGACAAAAACAAGAAATCTGGTTATACCTCTTCAT  199

seq1  CTTTTTTGTCCTCAGCAG-AACAAGTCTACAAGT-CAGAACCCCACAGAG  239
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGTCCTCAGCAGAAACAAGTCTACAAGTCCAGAACCCCACAGAG  249

seq1  GGTTCATCCAAGGGTTCAGACACTTCTAGAGGGAAAAGCCTGCTTGGGGT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATCCAAGGGTTCAGACACTTCTAGAGGGAAAAGCCTGCTTGGGGT  299

seq1  TCTCCTTGTGTGAGTAAACATACAATTTCCCAAGAAAGAATTCCTTTTAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTGTGAGTAAACATACAATTTCCCAAGAAAGAATTCCTTTTAA  349

seq1  CCTGAGAAAAGTGTTACCTTAGTCAGGTGGACTGAAGCCCTCAGATAAAA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAAAAGTGTTACCTTAGTCAGGTGGACTGAAGCCCTCAGATAAAA  399

seq1  GCCTCAGCTGTGGTCCAGGGTCTACAAAACAGGCTGACTGGATAGGATTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCTGTGGTCCAGGGTCTACAAAACAGGCTGACTGGATAGGATTT  449

seq1  TGGAAAAGTATCTTGCACTTACCAGGGTGGAACTTGTTAATTATGCTCTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGTATCTTGCACTTACCAGGGTGGAACTTGTTAATTATGCTCTG  499

seq1  TGACCTTTCCTCAGTAGTAATTCCCAAACAATAAGGATTGCCAAGTTGGT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTTCCTCAGTAGTAATTCCCAAACAATAAGGATTGCCAAGTTGGT  549

seq1  GCCAGTTTCCTACCACCCAGCATAGCCCCTGAGATGGCAGCAAAGCCCAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTTCCTACCACCCAGCATAGCCCCTGAGATGGCAGCAAAGCCCAA  599

seq1  GGAATCTTTATTAGTTAAATGTTGAATGGCAATTGCTGAAAACATGTTTG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTTTATTAGTTAAATGTTGAATGGCAATTGCTGAAAACATGTTTG  649

seq1  GAAGAATAAGAGCAGGCATGTGACTCCCCCCACCCCAAGACACAAATAAA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATAAGAGCAGGCATGTGACTCCCCCCACCCCAAGACACAAATAAA  699

seq1  AAGTTCTTAAGGAAAAACAAAAGCAAAACCTTCGGCTCTGATATCAAATT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTAAGGAAAAACAAAAGCAAAACCTTCGGCTCTGATATCAAATT  749

seq1  GCTTTGTGAACAACTATTTTCTCTTAGAAATTAGGAGCCACTGCACACAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTGAACAACTATTTTCTCTTAGAAATTAGGAGCCACTGCACACAT  799

seq1  ACACTGGAGTAATGAGTTTGACTAGCAACCCTAGGTCTTATGCAAGTCCC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGAGTAATGAGTTTGACTAGCAACCCTAGGTCTTATGCAAGTCCC  849

seq1  ATTAATCCCTACGAACACATACACACAATGTGTCTCCTCCACTTAGAGTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCCTACGAACACATACACACAATGTGTCTCCTCCACTTAGAGTC  899

seq1  ATCATCTTCACAAACGTCCATTGTAATTGCTGACTCAGATCAGTTTTCTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTCACAAACGTCCATTGTAATTGCTGACTCAGATCAGTTTTCTC  949

seq1  CTCTTCTCTGTCAATCTGTTTCCAAAAGAGGCCATCGTAATCTCCCTTAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCTGTCAATCTGTTTCCAAAAGAGGCCATCGTAATCTCCCTTAA  999

seq1  ACACTATTTTTATCATATCCTTTTTCCTACCCCAGAGCCTACTGAGAATC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATTTTTATCATATCCTTTTTCCTACCCCAGAGCCTACTGAGAATC  1049

seq1  TCAACTGTCAACTGCTTGGAATTTAAACTCATTAAGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGTCAACTGCTTGGAATTTAAACTCATTAAGAATTC  1090