BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-204P21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 81,150,499 - 81,313,925
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042991
Upstream geneLOC100043390
Downstream geneLOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19, Tmem166, EG622198
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-204P21.bB6Ng01-204P21.g
ACCGA024790GA024791
length6151,071
definitionB6Ng01-204P21.b B6Ng01-204P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,150,499 - 81,151,107)(81,312,872 - 81,313,925)
sequence
gaattcagcctttgcccagtgttttcttggagttgtcccaaatctttcat
aatacaggtagttactattctaagcttttcaaatcagtttctcagtaata
agcaatggtccaatgaaacactgaatctgaaagcaattaaactctgactt
tgacgttttcctcctttcattaagatgtattttgatttcacacattttca
ctttgctgtctttggaaagtcctcactgagtatgtacatatacatataca
tatacatatacatatacatatacatatacatatacatatacatatacata
tacacacacacacacacacatacacatacacatacacatacacatacaca
tacacatacacatacatatacatatatatacatatcatatacatgtacat
atataacactatatgtatatatattatgtatatatctacattgtgtatat
atgtagatagatagataggtagatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagacagacagatagatatagagacagacacagagacatat
ataactagaaagagacacagaggcaattagatggatctacataatcccat
cctaagtgaaataac

gaattcaagttttgatacagtctctagactggcttcttggagtcccattc
agccttcaagtctatgtggaaatagtcagtgcagagcaggctgtcaggcc
ttgattatccatggctgttggaaacagagaccgtagagagaatccagcca
gatgcagagaggcaccactgggcagaaaattggggatatggctgtttctc
acatagcagtaatgcttagttcctgtaaaattccattttataagtgagat
gcaatgttttaatgcatgtatacaaatgcacgtgtgcgaatgcatgtgaa
tacttgtgaatacctcaggtccaaactcaggaacaacacccactgccttt
taaacagaatctctcactggcttggactcatgacttaggcttggctgact
gaccagtgagctccagggcttctccagtctctgccaccccagcactgaga
ttactacgctgatggctccaggcttttaaatgtggattccggagactgaa
ctcgagtcctaggcttacaaggtgttttgtgtttttttttttttaagctg
ccagaaccatctccctagtccccaagttgcaattttaagaggtataacat
attttaactgctaaaaggactaaattatagctgttattattttaaaaaat
taatggttcaaaatttagaatattattgaaatgaacattgaaaggtagtg
ctagtgaatttctatacacataagtacagtcaggcttgggacctacattc
tgcctctgtatgtgacattttatacccctgatacaaaatttagcatgtct
atcaatttataaatttgagataaacagtggagagcttcttggataggtgt
aggtcccatgggtttactcacactaaggcaagcttgtcccacttttatct
aagatttaaagaaagaatttccctgtttgggttttgttttattttttcta
gtggtagcaagcagtctagttggttatacaaatgataattttattctccc
attgagactgggatattggccagtaatggaggaacgaacactctcagaaa
cacttttttttttttaaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_81150499_81151107
seq2: B6Ng01-204P21.b_44_658

seq1  GAATTCAGCCTTTGCCCAGTGTTTTCTTGGAGTTGTCCCAAATCTTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTTTGCCCAGTGTTTTCTTGGAGTTGTCCCAAATCTTTCAT  50

seq1  AATACAGGTAGTTACTATTCTAAGCTTTTCAAATCAGTTTCTCAGTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGGTAGTTACTATTCTAAGCTTTTCAAATCAGTTTCTCAGTAATA  100

seq1  AGCAATGGTCCAATGAAACACTGAATCTGAAAGCAATTAAACTCTGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGGTCCAATGAAACACTGAATCTGAAAGCAATTAAACTCTGACTT  150

seq1  TGACGTTTTCCTCCTTTCATTAAGATGTATTTTGATTTCACACATTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTTTTCCTCCTTTCATTAAGATGTATTTTGATTTCACACATTTTCA  200

seq1  CTTTGCTGTCTTTGGAAAGTCCTCACTGAGTATG------TACATATACA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||
seq2  CTTTGCTGTCTTTGGAAAGTCCTCACTGAGTATGTACATATACATATACA  250

seq1  TATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATATACATA  300

seq1  TACACACACACACACACACATACACATACACATACACATACACATACACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACACACACACATACACATACACATACACATACACATACACA  350

seq1  TACACATACACATACATATACATATATATACATATCATATACATGTACAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATACACATACATATACATATATATACATATCATATACATGTACAT  400

seq1  ATATAACACTATATGTATATATATTATGTATATATCTACATTGTGTATAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACACTATATGTATATATATTATGTATATATCTACATTGTGTATAT  450

seq1  ATGTAGATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  500

seq1  ATAGATAGATAGACAGACAGATAGATATAGAGACAGACACAGAGACATAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGACAGACAGATAGATATAGAGACAGACACAGAGACATAT  550

seq1  ATAACTAGAAAGAGACACAGTGGCAATTAGATGGAACTACAAAATCCCAT  594
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATAACTAGAAAGAGACACAGAGGCAATTAGATGGATCTACATAATCCCAT  600

seq1  CCTAAGTGAAGTAAC  609
      |||||||||| ||||
seq2  CCTAAGTGAAATAAC  615


seq1: chr6_81312872_81313925
seq2: B6Ng01-204P21.g_63_1133 (reverse)

seq1  TAATTT-AAAAAAAAAAAGTG-TTCT--GAGTGTTCTGTCCTC--ATACT  44
      |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||  |||||   ||||
seq2  TAATTTAAAAAAAAAAAAGTGTTTCTGAGAGTGTTCGTTCCTCCATTACT  50

seq1  GG-CAATAT-CCAGTCTTCAAATGGGAG-ATAAAA-TATCATTTGTATAA  90
      || |||||| |||||||   |||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GGCCAATATCCCAGTCT--CAATGGGAGAATAAAATTATCATTTGTATAA  98

seq1  -CAACTAGACTGCTTGCTACCACTAAGAAAAAATAAAACAAAA-CCAAAC  138
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAACTAGACTGCTTGCTACCACT-AGAAAAAATAAAACAAAACCCAAAC  147

seq1  AGG--AATTC-TTCTTTAAATCTTAGAT-ATAGT-GGAC-AGCTTG-CTT  181
      |||  ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||| |||||| |||
seq2  AGGGAAATTCTTTCTTTAAATCTTAGATAAAAGTGGGACAAGCTTGCCTT  197

seq1  AGTGTGAGTAAACCCATGGGACCTACACCTAT-CAAGAAGCTCTCCACTG  230
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGTAAACCCATGGGACCTACACCTATCCAAGAAGCTCTCCACTG  247

seq1  TTTATCTCAAATTTATAAATTGATAGACATGCTAAATTTTGTATCAGGGG  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTCAAATTTATAAATTGATAGACATGCTAAATTTTGTATCAGGGG  297

seq1  TATAAAATGTCACATACAGAGGCAGAATGTAGGTCCCAAGCCTGACTGTA  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATGTCACATACAGAGGCAGAATGTAGGTCCCAAGCCTGACTGTA  347

seq1  CTTATGTGTATAGAAATTCACTAGCACTACCTTTCAATGTTCATTTCAAT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTGTATAGAAATTCACTAGCACTACCTTTCAATGTTCATTTCAAT  397

seq1  AATATTCTAAATTTTGAACCATTAATTTTTTAAAATAATAACAGCTATAA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTAAATTTTGAACCATTAATTTTTTAAAATAATAACAGCTATAA  447

seq1  TTTAGTCCTTTTAGCAGTTAAAATATGTTATACCTCTTAAAATTGCAACT  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCCTTTTAGCAGTTAAAATATGTTATACCTCTTAAAATTGCAACT  497

seq1  TGGGGACTAGGGAGATGGTTCTGGCAGCTTAAAAAAAAAAAAACACAAAA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTAGGGAGATGGTTCTGGCAGCTTAAAAAAAAAAAAACACAAAA  547

seq1  CACCTTGTAAGCCTAGGACTCGAGTTCAGTCTCCGGAATCCACATTTAAA  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGTAAGCCTAGGACTCGAGTTCAGTCTCCGGAATCCACATTTAAA  597

seq1  AGCCTGGAGCCATCAGCGTAGTAATCTCAGTGCTGGGGTGGCAGAGACTG  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAGCCATCAGCGTAGTAATCTCAGTGCTGGGGTGGCAGAGACTG  647

seq1  GAGAAGCCCTGGAGCTCACTGGTCAGTCAGCCAAGCCTAAGTCATGAGTC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCCTGGAGCTCACTGGTCAGTCAGCCAAGCCTAAGTCATGAGTC  697

seq1  CAAGCCAGTGAGAGATTCTGTTTAAAAGGCAGTGGGTGTTGTTCCTGAGT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGTGAGAGATTCTGTTTAAAAGGCAGTGGGTGTTGTTCCTGAGT  747

seq1  TTGGACCTGAGGTATTCACAAGTATTCACATGCATTCGCACACGTGCATT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCTGAGGTATTCACAAGTATTCACATGCATTCGCACACGTGCATT  797

seq1  TGTATACATGCATTAAAACATTGCATCTCACTTATAAAATGGAATTTTAC  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATGCATTAAAACATTGCATCTCACTTATAAAATGGAATTTTAC  847

seq1  AGGAACTAAGCATTACTGCTATGTGAGAAACAGCCATATCCCCAATTTTC  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTAAGCATTACTGCTATGTGAGAAACAGCCATATCCCCAATTTTC  897

seq1  TGCCCAGTGGTGCCTCTCTGCATCTGGCTGGATTCTCTCTACGGTCTCTG  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGTGGTGCCTCTCTGCATCTGGCTGGATTCTCTCTACGGTCTCTG  947

seq1  TTTCCAACAGCCATGGATAATCAAGGCCTGACAGCCTGCTCTGCACTGAC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACAGCCATGGATAATCAAGGCCTGACAGCCTGCTCTGCACTGAC  997

seq1  TATTTCCACATAGACTTGAAGGCTGAATGGGACTCCAAGAAGCCAGTCTA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCACATAGACTTGAAGGCTGAATGGGACTCCAAGAAGCCAGTCTA  1047

seq1  GAGACTGTATCAAAACTTGAATTC  1054
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGTATCAAAACTTGAATTC  1071


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |