BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205F14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,261,112 - 107,441,064
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1
Downstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205F14.bB6Ng01-205F14.g
ACCGA025055GA025056
length9981,086
definitionB6Ng01-205F14.b B6Ng01-205F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,440,071 - 107,441,064)(107,261,112 - 107,262,191)
sequence
gaattcttcactctgaaaggctttccccagccagggttatcattctgtaa
gcttctgcttcctcttgctttgtctctcccctcctacagtgaagttttgt
gtacagtttcttttgaaagatccaaattcccactgactctttttacttga
aagtgtttacggtacagcaagtgatcaatgttgagttaaacagggaaaaa
atcatctgtatagctacatttctttaaatctctcagcacatgttcgccta
ttttaaatactaacatggcaagctatgttggataagcattctggggtgcc
catgtgttccttattttgcaacattaaaaaaagcaatataggagaaccat
ttgtgttcttgctggatcaagttaatactgttaaagttggctaatgaata
ttgataatttttctttgaggacatgtgtgtgtatgtgttcatatgtattt
aatatgtagctacttgctacttagtttgacttcttcagcaaaggactagc
tgatgcttatagtcaaggttaagagtgtctcaaatcaagaagggtaagct
tagactttattttaactttagttttgcagcttggtaagttcttactttct
gtgtgcccttttcttgcttccttctctacaaatgaggatattcatagcac
caattttaaaattattttaatatgaggtataaatgcttgatcagtgtaaa
aacactgaccaaaaaggtgagaatgtgatgactccacagtttatgttttg
atattaattcacttggaaaataaacgtgatgaagctggccagagcttgga
aaacgatggtgacctgtgagctctaattattgccatgtctccatggaaac
agcttagaaacttagggtaggcaacctctggtaggatgcttttacagcat
tctatattatttttctttttcatatgcaccaatactttaaataaataaat
tgttggattatccatttttggctgtgatagtgatggggggggggggga

gaattcaaaagatacaaggtcaataaatgcagactttttccattaataaa
cagttgtaaaaataaagcattaatttttccatgcaacacagaccaatgta
gatcaaagctatgaaaccttttctgcctggtgttttgtaaatattattta
cctaactctatccccaggccattaatatttaaaaaattaaatccatctat
ttgtgcatatgaaatatgattaaaataaggaggaggaaagcagagaaagg
gaagatgaacagtaaagaacgctggctaaagcaatcaaaatctgaaagct
ggactagacttccggtcctgttccttagaacagcgtgccaatattgtctc
tccagagaatccatgtgggatgtcttcagctgccctctggcatatcagag
tctcctcataaatatgtgcacttggcccatattccaccaaaactatgttg
gttcaatagaaacacaccagctactattctacaagacaatggttgaccag
ttgaaccagacatccttttctgtcttccccaatagaaaacacaacccaga
tgactccccacagatcttcatacaaaggtgtggttgttcagccaatgata
aaagaaaggtccagacaatctgctacagaggaagaaattgatgagaagat
agggcagacccagccctgcatttctccaggacaactagagccaagtgcta
ttctagatgggccaggcataaggtctgttgtgcctcagtttttacactca
tcaaaacttcctgccttgttcagaagcatttgtttggtagtctctattat
gtctttaccccttaaattctatttcgagaaacatttgtgcacacctgagt
gtacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagcactgctccttgaacagcag
aataaaaacctgggtcttttgattccactttcctcacctaacaagcacta
agactggaggtatttgtcataagctgggtttggaattttagtagctctct
acaaaactgccagaaagggtagcataagccttagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107440071_107441064
seq2: B6Ng01-205F14.b_44_1041 (reverse)

seq1  --TCCCCCCCCCCCATCACTATCACAGCCAAAAATGGATAATCCAACAAT  48
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCCCCATCACTATCACAGCCAAAAATGGATAATCCAACAAT  50

seq1  TAATTTATTTAAAGTATT-GTGCATATGAAAAAG-AAAATAATATAGAAT  96
      | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTAAAGTATTGGTGCATATGAAAAAGAAAAATAATATAGAAT  100

seq1  GCTGTAAAAGCATCCTACCAGAGGTTGCCTACCCTAAGTTTCTAAGCTGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAAAAGCATCCTACCAGAGGTTGCCTACCCTAAGTTTCTAAGCTGT  150

seq1  TTCCATGGAGACATGGCAATAATTAGAGCTCACAGGTCACCATCGTTTTC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGGAGACATGGCAATAATTAGAGCTCACAGGTCACCATCGTTTTC  200

seq1  CAAGCTCTGGCCAGCTTCATCACGTTTATTTTCCAAGTGAATTAATATCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTGGCCAGCTTCATCACGTTTATTTTCCAAGTGAATTAATATCA  250

seq1  AAACATAAACTGTGGAGTCATCACATTCTCACCTTTTTGGTCAGTGTTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAAACTGTGGAGTCATCACATTCTCACCTTTTTGGTCAGTGTTTT  300

seq1  TACACTGATCAAGCATTTATACCTCATATTAAAATAATTTTAAAATTGGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGATCAAGCATTTATACCTCATATTAAAATAATTTTAAAATTGGT  350

seq1  GCTATGAATATCCTCATTTGTAGAGAAGGAAGCAAGAAAAGGGCACACAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAATATCCTCATTTGTAGAGAAGGAAGCAAGAAAAGGGCACACAG  400

seq1  AAAGTAAGAACTTACCAAGCTGCAAAACTAAAGTTAAAATAAAGTCTAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAGAACTTACCAAGCTGCAAAACTAAAGTTAAAATAAAGTCTAAG  450

seq1  CTTACCCTTCTTGATTTGAGACACTCTTAACCTTGACTATAAGCATCAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCCTTCTTGATTTGAGACACTCTTAACCTTGACTATAAGCATCAGC  500

seq1  TAGTCCTTTGCTGAAGAAGTCAAACTAAGTAGCAAGTAGCTACATATTAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTTTGCTGAAGAAGTCAAACTAAGTAGCAAGTAGCTACATATTAA  550

seq1  ATACATATGAACACATACACACACATGTCCTCAAAGAAAAATTATCAATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGAACACATACACACACATGTCCTCAAAGAAAAATTATCAATA  600

seq1  TTCATTAGCCAACTTTAACAGTATTAACTTGATCCAGCAAGAACACAAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGCCAACTTTAACAGTATTAACTTGATCCAGCAAGAACACAAAT  650

seq1  GGTTCTCCTATATTGCTTTTTTTAATGTTGCAAAATAAGGAACACATGGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCTATATTGCTTTTTTTAATGTTGCAAAATAAGGAACACATGGG  700

seq1  CACCCCAGAATGCTTATCCAACATAGCTTGCCATGTTAGTATTTAAAATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCAGAATGCTTATCCAACATAGCTTGCCATGTTAGTATTTAAAATA  750

seq1  GGCGAACATGTGCTGAGAGATTTAAAGAAATGTAGCTATACAGATGATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAACATGTGCTGAGAGATTTAAAGAAATGTAGCTATACAGATGATTT  800

seq1  TTTCCCTGTTTAACTCAACATTGATCACTTGCTGTACCGTAAACACTTTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGTTTAACTCAACATTGATCACTTGCTGTACCGTAAACACTTTC  850

seq1  AAGTAAAAAGAGTCAGTGGGAATTTGGATCTTTCAAAAGAAACTGTACAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAAGAGTCAGTGGGAATTTGGATCTTTCAAAAGAAACTGTACAC  900

seq1  AAAACTTCACTGTAGGAGGGGAGAGACAAAGCAAGAGGAAGCAGAAGCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCACTGTAGGAGGGGAGAGACAAAGCAAGAGGAAGCAGAAGCTT  950

seq1  ACAGAATGATAACCCTGGCTGGGGAAAGCCTTTCAGAGTGAAGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGATAACCCTGGCTGGGGAAAGCCTTTCAGAGTGAAGAATTC  998


seq1: chr6_107261112_107262191
seq2: B6Ng01-205F14.g_65_1150

seq1  GAATTCAAAAGATACAAGGTCAATAAATGCAGACTTTTTCCATTAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGATACAAGGTCAATAAATGCAGACTTTTTCCATTAATAAA  50

seq1  CAGTTGTAAAAATAAAGCATTAATTTTTCCATGCAACACAGACCAATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTAAAAATAAAGCATTAATTTTTCCATGCAACACAGACCAATGTA  100

seq1  GATCAAAGCTATGAAACCTTTTCTGCCTGGTGTTTTGTAAATATTATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAGCTATGAAACCTTTTCTGCCTGGTGTTTTGTAAATATTATTTA  150

seq1  CCTAACTCTATCCCCAGGCCATTAATATTTAAAAAATTAAATCCATCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACTCTATCCCCAGGCCATTAATATTTAAAAAATTAAATCCATCTAT  200

seq1  TTGTGCATATGAAATATGATTAAAATAAGGAGGAGGAAAGCAGAGAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCATATGAAATATGATTAAAATAAGGAGGAGGAAAGCAGAGAAAGG  250

seq1  GAAGATGAACAGTAAAGAACGCTGGCTAAAGCAATCAAAATCTGAAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGAACAGTAAAGAACGCTGGCTAAAGCAATCAAAATCTGAAAGCT  300

seq1  GGACTAGACTTCCGGTCCTGTTCCTTAGAACAGCGTGCCAATATTGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAGACTTCCGGTCCTGTTCCTTAGAACAGCGTGCCAATATTGTCTC  350

seq1  TCCAGAGAATCCATGTGGGATGTCTTCAGCTGCCCTCTGGCATATCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGAATCCATGTGGGATGTCTTCAGCTGCCCTCTGGCATATCAGAG  400

seq1  TCTCCTCATAAATATGTGCACTTGGCCCATATTCCACCAAAACTATGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCATAAATATGTGCACTTGGCCCATATTCCACCAAAACTATGTTG  450

seq1  GTTCAATAGAAACACACCAGCTACTATTCTACAAGACAATGGTTGACCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATAGAAACACACCAGCTACTATTCTACAAGACAATGGTTGACCAG  500

seq1  TTGAACCAGACATCCTTTTCTGTCTTCCCCAATAGAAAACACAACCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCAGACATCCTTTTCTGTCTTCCCCAATAGAAAACACAACCCAGA  550

seq1  TGACTCCCCACAGATCTTCATACAAAGGTGTGGTTGTTCAGCCAATGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCCCACAGATCTTCATACAAAGGTGTGGTTGTTCAGCCAATGATA  600

seq1  AAAGAAAGGTCCAGACAATCTGCTACAGAGGAAGAAATTGATGAGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGTCCAGACAATCTGCTACAGAGGAAGAAATTGATGAGAAGAT  650

seq1  AGGGCAGACCCAGCCCTGCATTTCTCCAGGACAACTAGAGCCAAGTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGACCCAGCCCTGCATTTCTCCAGGACAACTAGAGCCAAGTGCTA  700

seq1  TTCTAGATGGGCCAGGCATAAGGTCTGTTGTGCCTCAGTTTTTACACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATGGGCCAGGCATAAGGTCTGTTGTGCCTCAGTTTTTACACTCA  750

seq1  TCAAAACTTCCTGCCTTGTTCAGAAGCATTTGTTTGGTAGTCTCTATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTTCCTGCCTTGTTCAGAAGCATTTGTTTGGTAGTCTCTATTAT  800

seq1  GTCTTTACCCCTTAAATTCTATTTCGAGAAACATTTGTGCACACCTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACCCCTTAAATTCTATTTCGAGAAACATTTGTGCACACCTGAGT  850

seq1  GTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GTACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC--AGAGAGAG  898

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACTGCTCC-TGAACAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCACTGCTCCTTGAACAGC  948

seq1  AG-ATAAAAACCTGGGTCTTTTGATTCCACTTCCTCCACCTAACAAGCAC  998
      || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||
seq2  AGAATAAAAACCTGGGTCTTTTGATTCCACTTTCCTCACCTAACAAGCAC  998

seq1  TAAGACTGTAGGTATTTGTCAT-AGCTGGGTTTGG-ATTTTAGTAGCTCT  1046
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TAAGACTGGAGGTATTTGTCATAAGCTGGGTTTGGAATTTTAGTAGCTC-  1047

seq1  TCTAC-AAACTG-CAGAAA-GGTAGCAT-AGCC-TAGCT  1080
      ||||| |||||| |||||| |||||||| |||| |||||
seq2  TCTACAAAACTGCCAGAAAGGGTAGCATAAGCCTTAGCT  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |