BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206J01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 39,459,284 - 39,593,999
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDennd2a, Adck2, Ndufb2, Braf
Upstream gene3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601
Downstream geneFth-ps2, Mrps33, LOC665247, LOC665254, EG434008, Agk, E330009J07Rik, BC052883, Ssbp1, Tas2r137, Tas2r108, 1700016G05Rik, LOC669661, Olfr461, Olfr460, Clec5a, Tas2r138, Mgam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206J01.bB6Ng01-206J01.g
ACCGA025947GA025948
length1,196852
definitionB6Ng01-206J01.b B6Ng01-206J01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,459,284 - 39,460,472)(39,593,152 - 39,593,999)
sequence
gaattccagtccagccagagccacataatgagaccctgtctcaaaaaaaa
aaaaaaaaccccaaaaaccccaaaagtacaacacaacaaaacaaagcaaa
taaaagctgggcatgatgattcatgtttataattccaatactctgaggta
agggaactgtcaaggtctgtggcccacttagggtacaataagtttcagac
cagtctggccagtagattccgtctcaaaatgaacaacaacaacaacaaca
aaaagcataacaacaacagtaaaaagcataacaacaacaattaacaacaa
caacaacaacaacaacaacaacaacagtaaaaagcataataagaaccaac
caaaacaaaacaaaatccaaaaaccaaaaccagggtccacgaggtagctc
tgcaggcaaaggggcttaggacccacatggtagaagatgagaccctgctc
ctgcaagctgtcctgctctcatgcatcatggtacctgagcaccccactca
tacacacccacaaacaattaaatgtaatacaaaatccaaacaaaatcaga
aataagcagtcacactacaagcccttcacagccttgtgcatgccaggcaa
gagccctgtcgctttaccttaagttcctggctttgtttgtttgtttgttt
ttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggatctatctca
ctctatagaccaggctgtccttgaactcagagaaccaccttcctttgcct
tccaagtgctgggattaaagccatgtgtcaccatgtgtggctcagtccct
ggccttttgagagagggtctcactttgtagcccagactggcgattttctg
cctctaacgcaagacttaacttgtaatataagctaccacggggtttccta
atagcaattccatctctgtgttaaagctctggttttcgggtgaccaatgt
gtgaaatctagaaagcaacatcataagccaacacaaactcaggttctaca
gaaggagcaaggggagagcaccaaactggcatgatcagtttcttagaaat
gacaggaaagcagttacaatcactaccaagattctgttgatcactgtcct
ggtgttgccatcacagttgcagtgggtgcctttgcaggaactctgtccta
ttctggatctgatggaaacgagataaaacctatttgtgtcctaaat
gaattcaagtgtctaccaaatggcatccttccatatttgaaaaataactt
tcttctacttctaccttatccaaagaattggtatattggtttatttattt
attcctttatttatttatgtttgatggccaaatcagttaagacatgtaag
gaaatccagcagcactagttagagcatggtaacttgaattgttgggactt
gaagccaaaactagcctcgaatgtatagtttgtatcatgcctctgtagtt
ctccacatagttaaaaagccagtttattttaagaataacaaatgtatttc
tacacatactaaatcatttctactttgaactttttaattagtattctttt
gtgtgactgtgtgtataagtccagcatgtacatgcccagtggtgaaggag
gtcaggggagtgtaacatatctcctggaactagagtaagaatgtgagctg
ctagctgagtgctgggactcgaacctgggtcctctggaagaaaagccact
gcttctaacttctgaactatctctccagcaccaattatttctaattttaa
gtaattattccatcctcatattggctcattttaaatgtaactttatattt
tgagtcacaaatataactattacttcctcaacatggatattttatgtttt
ctttcttcttcttttttttagaagaccttgctctgttcctaacttcctgt
caggcaggtcaaatatagttagcatgaaacaaggtttttctcttttgttt
tgccttggcttgacttttgtactctatttttcgagaaaaacacttggtag
aagagattcaagttgatgactgggagattcctgatggacagattacagtg
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_39459284_39460472
seq2: B6Ng01-206J01.b_46_1241

seq1  GAATTCCAGTCCAGCCAGAGCCACATAATGAGACCCTGTCTCAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCCAGCCAGAGCCACATAATGAGACCCTGTCTCAAAAAAAA  50

seq1  AAAAAAAACCCCAAAAACCCCAAAAGTACAACACAACAAAACAAAGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACCCCAAAAACCCCAAAAGTACAACACAACAAAACAAAGCAAA  100

seq1  TAAAAGCTGGGCATGATGATTCATGTTTATAATTCCAATACTCTGAGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCTGGGCATGATGATTCATGTTTATAATTCCAATACTCTGAGGTA  150

seq1  AGGGAACTGTCAAGGTCTGTGGCCCACTTAGGGTACAATAAGTTTCAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACTGTCAAGGTCTGTGGCCCACTTAGGGTACAATAAGTTTCAGAC  200

seq1  CAGTCTGGCCAGTAGATTCCGTCTCAAAATGAACAACAACAACAACAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGGCCAGTAGATTCCGTCTCAAAATGAACAACAACAACAACAACA  250

seq1  AAAAGCATAACAACAACAGTAAAAAGCATAACAACAACAATTAACAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCATAACAACAACAGTAAAAAGCATAACAACAACAATTAACAACAA  300

seq1  CAACAACAACAACAACAACAACAACAGTAAAAAGCATAATAAGAACCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAACAACAACAACAACAGTAAAAAGCATAATAAGAACCAAC  350

seq1  CAAAACAAAACAAAATCCAAAAACCAAAACCAGGGTCCACGAGGTAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAATCCAAAAACCAAAACCAGGGTCCACGAGGTAGCTC  400

seq1  TGCAGGCAAAGGGGCTTAGGACCCACATGGTAGAAGATGAGACCCTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCAAAGGGGCTTAGGACCCACATGGTAGAAGATGAGACCCTGCTC  450

seq1  CTGCAAGCTGTCCTGCTCTCATGCATCATGGTACCTGAGCACCCCACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGCTGTCCTGCTCTCATGCATCATGGTACCTGAGCACCCCACTCA  500

seq1  TACACACCCACAAACAATTAAATGTAATACAAAATCCAAACAAAATCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCCACAAACAATTAAATGTAATACAAAATCCAAACAAAATCAGA  550

seq1  AATAAGCAGTCACACTACAAGCCCTTCACAGCCTTGTGCATGCCAGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGCAGTCACACTACAAGCCCTTCACAGCCTTGTGCATGCCAGGCAA  600

seq1  GAGCCCTGTCGCTTTACCTTAAGTTCCTGGCTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGTCGCTTTACCTTAAGTTCCTGGCTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  650

seq1  TTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGATCTATCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGATCTATCTCA  700

seq1  CTCTATAGACCAGGCTGTCCTTGAACTCAGAGAACCACCTTCCTTTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAGACCAGGCTGTCCTTGAACTCAGAGAACCACCTTCCTTTGCCT  750

seq1  TCCAAGTGCTGGGATTAAAGCCATGTGTCACCATGTGTGGCTCAGTCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTGCTGGGATTAAAGCCATGTGTCACCATGTGTGGCTCAGTCCCT  800

seq1  GGCCTTTTGAGAGAGGGTCTCACTTTGTAGCCCAGACTGGCGATTTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGAGAGAGGGTCTCACTTTGTAGCCCAGACTGGCGATTTTCTG  850

seq1  CCTCTAACGCAAGACTTAACTTGTAATATAAGCTACCACGGGGTTTCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAACGCAAGACTTAACTTGTAATATAAGCTACCACGGGGTTTCCTA  900

seq1  ATAGCAATTCCATCTCTGTGTTAAAGCTCTGGTTTTCGGGTGACCAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATTCCATCTCTGTGTTAAAGCTCTGGTTTTCGGGTGACCAATGT  950

seq1  GTGAAATCTAGAAAGCAACATCATAAGCCAACACAAACTCAGG-TCTACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGAAATCTAGAAAGCAACATCATAAGCCAACACAAACTCAGGTTCTACA  1000

seq1  G-AGGAGCAA-GGGAGAGCCACAAACTTGGCATGATCAGTTTC-TAGAAA  1046
      | |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGGAGCAAGGGGAGAGCACCAAAC-TGGCATGATCAGTTTCTTAGAAA  1049

seq1  TGACAGGAAAGCAGTTACAATCACTA-CAAGATCTGGTGGATCACTGTCC  1095
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||   || |||||||||||
seq2  TGACAGGAAAGCAGTTACAATCACTACCAAGATTCTGTTGATCACTGTCC  1099

seq1  T-GTGTTGGCATCACAGGTGCAAGTGGTGGC-TTGCAGGGACTTCTGTCC  1143
      | |||||| |||||||| ||||   |||| | ||||||| || |||||||
seq2  TGGTGTTGCCATCACAGTTGCAGTGGGTGCCTTTGCAGGAAC-TCTGTCC  1148

seq1  TCTTATTCTGAGCCCTGAT-GAAACGAGA-AAAACATATTTG----CTAA  1187
         ||||||| |  ||||| ||||||||| ||||| ||||||    ||||
seq2  ---TATTCTG-GATCTGATGGAAACGAGATAAAACCTATTTGTGTCCTAA  1194

seq1  AT  1189
      ||
seq2  AT  1196

seq1: chr6_39593152_39593999
seq2: B6Ng01-206J01.g_70_921 (reverse)

seq1  CCCACTGTAATCTGTCCATCAGGAATCTCCCAGTCATC-ACTTGAATCTC  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCACTGTAATCTGTCCATCAGGAATCTCCCAGTCATCAACTTGAATCTC  50

seq1  TTCTACCAAGTG-TTTTCTCGAAAAATAGAGTACAAAAGTCAAGCCAAGG  98
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCAAGTGTTTTTCTCGAAAAATAGAGTACAAAAGTCAAGCCAAGG  100

seq1  C-AAACAAAAGAGAAAAACCTTGTTTCATGCTAACTATA-TTGACCTGCC  146
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAAAACAAAAGAGAAAAACCTTGTTTCATGCTAACTATATTTGACCTGCC  150

seq1  TGACAGGAAGTTAGGAACAGAGCAAGGTCTTCTAAAAAAAAGAAGAAGAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGAAGTTAGGAACAGAGCAAGGTCTTCTAAAAAAAAGAAGAAGAA  200

seq1  AGAAAACATAAAATATCCATGTTGAGGAAGTAATAGTTATATTTGTGACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACATAAAATATCCATGTTGAGGAAGTAATAGTTATATTTGTGACT  250

seq1  CAAAATATAAAGTTACATTTAAAATGAGCCAATATGAGGATGGAATAATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAAAGTTACATTTAAAATGAGCCAATATGAGGATGGAATAATT  300

seq1  ACTTAAAATTAGAAATAATTGGTGCTGGAGAGATAGTTCAGAAGTTAGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAATTAGAAATAATTGGTGCTGGAGAGATAGTTCAGAAGTTAGAA  350

seq1  GCAGTGGCTTTTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCGAGTCCCAGCACTCAGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGCTTTTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCGAGTCCCAGCACTCAGCT  400

seq1  AGCAGCTCACATTCTTACTCTAGTTCCAGGAGATATGTTACACTCCCCTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTCACATTCTTACTCTAGTTCCAGGAGATATGTTACACTCCCCTG  450

seq1  ACCTCCTTCACCACTGGGCATGTACATGCTGGACTTATACACACAGTCAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTTCACCACTGGGCATGTACATGCTGGACTTATACACACAGTCAC  500

seq1  ACAAAAGAATACTAATTAAAAAGTTCAAAGTAGAAATGATTTAGTATGTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGAATACTAATTAAAAAGTTCAAAGTAGAAATGATTTAGTATGTG  550

seq1  TAGAAATACATTTGTTATTCTTAAAATAAACTGGCTTTTTAACTATGTGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATACATTTGTTATTCTTAAAATAAACTGGCTTTTTAACTATGTGG  600

seq1  AGAACTACAGAGGCATGATACAAACTATACATTCGAGGCTAGTTTTGGCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACAGAGGCATGATACAAACTATACATTCGAGGCTAGTTTTGGCT  650

seq1  TCAAGTCCCAACAATTCAAGTTACCATGCTCTAACTAGTGCTGCTGGATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCCCAACAATTCAAGTTACCATGCTCTAACTAGTGCTGCTGGATT  700

seq1  TCCTTACATGTCTTAACTGATTTGGCCATCAAACATAAATAAATAAAGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACATGTCTTAACTGATTTGGCCATCAAACATAAATAAATAAAGGA  750

seq1  ATAAATAAATAAACCAATATACCAATTCTTTGGATAAGGTAGAAGTAGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAAACCAATATACCAATTCTTTGGATAAGGTAGAAGTAGAA  800

seq1  GAAAGTTATTTTTCAAATATGGAAGGATGCCATTTGGTAGACACTTGAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTATTTTTCAAATATGGAAGGATGCCATTTGGTAGACACTTGAAT  850

seq1  TC  848
      ||
seq2  TC  852