BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209H04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,589,269 - 143,733,838
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAbcc9, Cmas, Gm766, EG665037, St8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream geneSox5, 4933425H06Rik, EG665149
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209H04.bB6Ng01-209H04.g
ACCGA028062GA028063
length1,0571,120
definitionB6Ng01-209H04.b B6Ng01-209H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,589,269 - 143,590,319)(143,732,727 - 143,733,838)
sequence
gaattctcacccagcagtgagtcacagcagcagaggctctggaaaccaag
atgttgctcaacaaagaaatgaataagcgtgttcccgaggtcaaacaaac
tcaggccaagaatctgtaaggtcagactgagtcagaagcaccatggggcg
agaagtccaaagccagcctcacgtccaagcaggcaatatttgttcaccag
tgtccacagcccaggaggaagccaggagcaggccagagtggcccaaactg
gccctagtggcagggaagtagtagaggtagattcctggtgagtttcccaa
tcagaacccacagctgttaatctcaggaataaaatatgtacctgttgatt
tattgagactggttctatccgttcctctaaaaatctggcccaggagaaag
gactgctgcaaacacaggtcatcaaacagaagaatctatccgtactttcc
ttcaggtataaaagtttgacttctcctgtgagttaactataacgaagggg
ttacgttgttgaggaacttgatctgaactgaatgcatccatgtgaagcgg
tggaattcttcaggaagagtctcatctccagatgtgcctgatgatctgta
ttcacttgcactgacagctggtcttgactgaattagaagttatttgaata
taaacgtgaacttgatagagttcatgaggctttaagaaaaagcctcagaa
ttacgtctagaaccgttgtgtctgcggatatgtctgagatgatgacaaag
acaaccagggtgggtggaggcatggttggtgtgatggaccacttccgtgc
atgtgcgttgaagaagcaggatggatgaggagtgtgcagcatcttctgag
gatgacttttactaatgtggtgtgacccgtatcacttgtggcttcaagca
aacataagaccagttgcaggttgtggcttatcccaaatggtgggtggcag
gggacgggaagacagtgctcttcagtctagcacagggatgaagggcccga
ggcagggggaggtgcaatctgaaagtcttaagagattcttatgaagttca
tatgttt
gaattcaaggttttcatgtgagaacccatcacctcaatcccctaaggact
tgcctgtcaccaccttgaggcacaagcatccaccacaatgtacccttgca
accatcaaaactgtctccagcggcatactgcctcagaaaataagactcca
tggggaagacgataccaggagaggataaaggacccagggctgcacatctt
ggtgcattcctggatttccgtgggagtgactaaaaaaacagcctcagagc
gaagaccacacagtgatgagtatatttgcaagaaggaattcgattataaa
gagaacagtgagaagggctggaattgagagtttagccctcaattgcttgg
gaaggccaagaggcaggcaagaggagtagaaggagccagcaaggagtgca
cgaggaaggtgagtctgctctaaacatcctaagaatcctactcgagcctc
caagaatatatgcagagcaggccactcatcgcgtctctttaggggcagga
tttggagtctgtgagcacagagatgctttttacagcaatgaagtaggacc
agagagtgagggagaggctgtgaaagagagactaaaacctggaaagatac
catgaatgatcatagcaagttaggaagctccacacagcagagtttccctc
ctggaccaatgatgcagtggaagaaggttagaatgacactcagcatccat
accacaggatgatgagggctgatgtggaccattggacacagcggtgtggt
ggatcacatcatgccctaagatccaggcatgctcatgttaactacccatc
ctcaaaaatctcgcttcatgccccactcaacaaaaaagagcaggaataga
aaggcttctagtcccctaactcgcatgtacttgtaagccatacccaggac
cccaggctttctctcaattgccctgagcacagtgatatttttcttcaatt
aaaatagtaccagtactgaagagatggtgcggtggttatgagaatgtacc
ggggaccagagtttctgttgccagcagcccagggtaggaggatccacagc
tgtgggtaaagactttactctaggatttcaaggccttattctggctctcc
atggtcacttcactcatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143589269_143590319
seq2: B6Ng01-209H04.b_44_1100

seq1  GAATTCTCACCCAGCAGTGAGTCACAGCAGCAGAGGCTCTGGAAACCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCAGCAGTGAGTCACAGCAGCAGAGGCTCTGGAAACCAAG  50

seq1  ATGTTGCTCAACAAAGAAATGAATAAGCGTGTTCCCGAGGTCAAACAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCTCAACAAAGAAATGAATAAGCGTGTTCCCGAGGTCAAACAAAC  100

seq1  TCAGGCCAAGAATCTGTAAGGTCAGACTGAGTCAGAAGCACCATGGGGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCAAGAATCTGTAAGGTCAGACTGAGTCAGAAGCACCATGGGGCG  150

seq1  AGAAGTCCAAAGCCAGCCTCACGTCCAAGCAGGCAATATTTGTTCACCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCCAAAGCCAGCCTCACGTCCAAGCAGGCAATATTTGTTCACCAG  200

seq1  TGTCCACAGCCCAGGAGGAAGCCAGGAGCAGGCCAGAGTGGCCCAAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCACAGCCCAGGAGGAAGCCAGGAGCAGGCCAGAGTGGCCCAAACTG  250

seq1  GCCCTAGTGGCAGGGAAGTAGTAGAGGTAGATTCCTGGTGAGTTTCCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGTGGCAGGGAAGTAGTAGAGGTAGATTCCTGGTGAGTTTCCCAA  300

seq1  TCAGAACCCACAGCTGTTAATCTCAGGAATAAAATATGTACCTGTTGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACCCACAGCTGTTAATCTCAGGAATAAAATATGTACCTGTTGATT  350

seq1  TATTGAGACTGGTTCTATCCGTTCCTCTAAAAATCTGGCCCAGGAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGACTGGTTCTATCCGTTCCTCTAAAAATCTGGCCCAGGAGAAAG  400

seq1  GACTGCTGCAAACACAGGTCATCAAACAGAAGAATCTATCCGTACTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTGCAAACACAGGTCATCAAACAGAAGAATCTATCCGTACTTTCC  450

seq1  TTCAGGTATAAAAGTTTGACTTCTCCTGTGAGTTAACTATAACGAAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTATAAAAGTTTGACTTCTCCTGTGAGTTAACTATAACGAAGGGG  500

seq1  TTACGTTGTTGAGGAACTTGATCTGAACTGAATGCATCCATGTGAAGCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTTGTTGAGGAACTTGATCTGAACTGAATGCATCCATGTGAAGCGG  550

seq1  TGGAATTCTTCAGGAAGAGTCTCATCTCCAGATGTGCCTGATGATCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTCTTCAGGAAGAGTCTCATCTCCAGATGTGCCTGATGATCTGTA  600

seq1  TTCACTTGCACTGACAGCTGGTCTTGACTGAATTAGAAGTTATTTGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGCACTGACAGCTGGTCTTGACTGAATTAGAAGTTATTTGAATA  650

seq1  TAAACGTGAACTTGATAGAGTTCATGAGGCTTTAAGAAAAAGCCTCAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGTGAACTTGATAGAGTTCATGAGGCTTTAAGAAAAAGCCTCAGAA  700

seq1  TTACGTCTAGAACCGTTGTGTCTGCGGATATGTCTGAGATGATGACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTCTAGAACCGTTGTGTCTGCGGATATGTCTGAGATGATGACAAAG  750

seq1  ACAACCAGGGTGGGTGGAGGCATGGTTGGTGTGATGGACCACTTCCGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAGGGTGGGTGGAGGCATGGTTGGTGTGATGGACCACTTCCGTGC  800

seq1  ATGTGCGTTGAAGAAGCAGGATGGATGAGGAGTGTGCAGCATCTTCTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCGTTGAAGAAGCAGGATGGATGAGGAGTGTGCAGCATCTTCTGAG  850

seq1  GATGAC-TTTACTAATGTGGTGTGACCCGTATCACTTGTGGC-TCAAGCA  898
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GATGACTTTTACTAATGTGGTGTGACCCGTATCACTTGTGGCTTCAAGCA  900

seq1  AACATAAGACCAGTTGCAGGTTGTGGCTTATCCCAAATGGTGGGTGGCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAGACCAGTTGCAGGTTGTGGCTTATCCCAAATGGTGGGTGGCAG  950

seq1  GGGACGGGAAGACAGTGC-CTTCAGTCTAGCACAGGGA-GAAGGGGCCGA  996
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GGGACGGGAAGACAGTGCTCTTCAGTCTAGCACAGGGATGAAGGGCCCGA  1000

seq1  GGCAGGGGGAGGTGC-ATCTGAAAGTCTT-AGAGATCCTATGGAAGTCCA  1044
      ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||   ||||| ||
seq2  GGCAGGGGGAGGTGCAATCTGAAAGTCTTAAGAGATTCTTATGAAGTTCA  1050

seq1  TATGTTT  1051
      |||||||
seq2  TATGTTT  1057

seq1: chr6_143732727_143733838
seq2: B6Ng01-209H04.g_67_1186 (reverse)

seq1  CTCATGAGTGAAAGTGCCCATGGAG-GCCAGAAT-AGGCCTTGAATTCCC  48
      |||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||
seq2  CTCATGAGTG-AAGTGACCATGGAGAGCCAGAATAAGGCCTTGAAAT-CC  48

seq1  TAGAGT-AAGTCTTTA-CCACAGCTGTGGAT-CTCCTAACCT-GGCTGCT  94
      |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||
seq2  TAGAGTAAAGTCTTTACCCACAGCTGTGGATCCTCCTACCCTGGGCTGCT  98

seq1  GGCAACAG-AACTCTGGTCCCCGGTAACATCTCATAACCACCGCACCATC  143
      |||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGAAACTCTGGTCCCCGGTACATTCTCATAACCACCGCACCATC  148

seq1  TCTTCAGTACTGGTACTATTTTATTTGAAGAAAAATATCACTGTGCTCAG  193
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGTACTGGTACTATTTTAATTGAAGAAAAATATCACTGTGCTCAG  198

seq1  GGCAA-TGAGAGAAAGCCTGGGGTCCT-GGTATGGCTTACAAGTACATGC  241
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTGAGAGAAAGCCTGGGGTCCTGGGTATGGCTTACAAGTACATGC  248

seq1  GAGTTA-GGGACTAGAAGCCTTTCTATTCCTGCTCTTTTTTGTTGAGTGG  290
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGGGGACTAGAAGCCTTTCTATTCCTGCTCTTTTTTGTTGAGTGG  298

seq1  GGCATGAAGCGAGATTTTTGAGGATGGGTAGTTAACATGAGCATGCCTGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGAAGCGAGATTTTTGAGGATGGGTAGTTAACATGAGCATGCCTGG  348

seq1  ATCTTAGGGCATGATGTGATCCACCACACCGCTGTGTCCAATGGTCCACA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGGGCATGATGTGATCCACCACACCGCTGTGTCCAATGGTCCACA  398

seq1  TCAGCCCTCATCATCCTGTGGTATGGATGCTGAGTGTCATTCTAACCTTC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTCATCATCCTGTGGTATGGATGCTGAGTGTCATTCTAACCTTC  448

seq1  TTCCACTGCATCATTGGTCCAGGAGGGAAACTCTGCTGTGTGGAGCTTCC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGCATCATTGGTCCAGGAGGGAAACTCTGCTGTGTGGAGCTTCC  498

seq1  TAACTTGCTATGATCATTCATGGTATCTTTCCAGGTTTTAGTCTCTCTTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGCTATGATCATTCATGGTATCTTTCCAGGTTTTAGTCTCTCTTT  548

seq1  CACAGCCTCTCCCTCACTCTCTGGTCCTACTTCATTGCTGTAAAAAGCAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCTCTCCCTCACTCTCTGGTCCTACTTCATTGCTGTAAAAAGCAT  598

seq1  CTCTGTGCTCACAGACTCCAAATCCTGCCCCTAAAGAGACGCGATGAGTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCTCACAGACTCCAAATCCTGCCCCTAAAGAGACGCGATGAGTG  648

seq1  GCCTGCTCTGCATATATTCTTGGAGGCTCGAGTAGGATTCTTAGGATGTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTCTGCATATATTCTTGGAGGCTCGAGTAGGATTCTTAGGATGTT  698

seq1  TAGAGCAGACTCACCTTCCTCGTGCACTCCTTGCTGGCTCCTTCTACTCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGACTCACCTTCCTCGTGCACTCCTTGCTGGCTCCTTCTACTCC  748

seq1  TCTTGCCTGCCTCTTGGCCTTCCCAAGCAATTGAGGGCTAAACTCTCAAT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTGCCTCTTGGCCTTCCCAAGCAATTGAGGGCTAAACTCTCAAT  798

seq1  TCCAGCCCTTCTCACTGTTCTCTTTATAATCGAATTCCTTCTTGCAAATA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCCTTCTCACTGTTCTCTTTATAATCGAATTCCTTCTTGCAAATA  848

seq1  TACTCATCACTGTGTGGTCTTCGCTCTGAGGCTGTTTTTTTAGTCACTCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATCACTGTGTGGTCTTCGCTCTGAGGCTGTTTTTTTAGTCACTCC  898

seq1  CACGGAAATCCAGGAATGCACCAAGATGTGCAGCCCTGGGTCCTTTATCC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGAAATCCAGGAATGCACCAAGATGTGCAGCCCTGGGTCCTTTATCC  948

seq1  TCTCCTGGTATCGTCTTCCCCATGGAGTCTTATTTTCTGAGGCAGTATGC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGTATCGTCTTCCCCATGGAGTCTTATTTTCTGAGGCAGTATGC  998

seq1  CGCTGGAGACAGTTTTGATGGTTGCAAGGGTACATTGTGGTGGATGCTTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGAGACAGTTTTGATGGTTGCAAGGGTACATTGTGGTGGATGCTTG  1048

seq1  TGCCTCAAGGTGGTGACAGGCAAGTCCTTAGGGGATTGAGGTGATGGGTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAAGGTGGTGACAGGCAAGTCCTTAGGGGATTGAGGTGATGGGTT  1098

seq1  CTCACATGAAAACCTTGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGAAAACCTTGAATTC  1120