BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209M22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,271,810 - 83,412,242
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMobk1b, Bola3, D230004J03Rik
Upstream geneTacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2, EG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2
Downstream geneDguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209M22.bB6Ng01-209M22.g
ACCGA028327GA028328
length1,1561,095
definitionB6Ng01-209M22.b B6Ng01-209M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,411,093 - 83,412,242)(83,271,810 - 83,272,916)
sequence
gaattcaccttgctgttattctccttgcaatgaacacagtctattctagt
caagtcaaattcaaaccttagtcacaaaacttgctataaaacacaaaggc
tggggctggaaggatggctcagtggttaagagcactggctgctcttgcac
aggacctgggtttggtttccagcactcacggtgtaacccacagcttcctg
gaactcgaagctctagggcatctgatgtcctcctctaacctttcaagcac
caggcatatacgtgcctagaggcattcacacacatgcataaaataataat
aggtaaaatctttttaaatgatttgttttgtaaaataaattcacaaagga
aaagcattgtctagaacttcacacacacccatgatccaaaaccccaccag
tgaacctcacacacttcccgtgatgtcataaaccccaccagtgaacctca
cacacatcccatgaccccataaaacccaccagtgaatctcacccataccc
catgatgtcataacctccaccagtgaattcacctttcttcaatagcccta
ttgacgtcggagtcagcttatagagcaggtcctgctactctgtaatcaaa
tgactttggacccattactcctctaagccccagaaactttctctctaaaa
caataaaaagtaccatgctgtaccagaaggaaagtaccattttcacaatt
tctgtgggggaatccatctacacacaacaatgtgtgtgggagtggtctgt
gtagtggggaagctctgtgcaaataccaaatgctgattagagggttttaa
caaatacacgagtaagggctggaaagatggctcagtagttaagacacttg
ctgctcttagagaggaccaagggtttgatttctcagcaccctacaaaggt
ggctcacattgtctgtaactcccactctaaaggcatgcacagagtgcaca
tatttacatgcaaggccaaatactcataagataaataacatctttaaaaa
ggaagccaaaagtaaaccaaatacaacaccacctaaagcttatactgact
aaacacaccccttagaattgaattacatgaacaggaaccaacacctaaga
cgaaatacattgaccaggtccatccaaggccaaatacatgacagaagtaa
catcca
gaattcaggttctatttagcacccacatgagcagctcacaactgcccgga
ggaagggacttcagctcaaggggcatccaacccctagagcctctgcaggc
acctaactcctgcacgtacataatttaaaataataagataaaatcacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagcattaggct
tcaaaaagcactttggtatttgccttcctataaggaggccaggtttttgg
atggctggtttcattttccttcactttccccctggcttattccagcctca
tcaggctggcctttttctttttttcagttctcctttcagtagcaacatag
aaaacccctgcttgcttcaaagctgttgcatgtgggcttggctctgagca
gtgcccatcacccacatcctgcactggactatctcaacttctgagggctt
agcttcattgacacttacattttccagtttttgttctgctttgtttgttt
gtttgtatgattgttcgtttttaagatagggccttaataatgtagctctt
gctgtgcctgcttcttcaatactggggtaaaagttgtgtgtgttatcatg
cctagcctggttctggttttatatgtacacacacacacacatgcacacac
gcacacacacatatatatatgtacatatatatatatatatatgtatatac
atacacacacacatatatatatatatttgggtatgtcatcacgtgtatct
ggaagtcagaggatagcttgtaggagtcatttctctccttccacttgggt
cctggagatcaattgcaggctgttaagcttgggcagtaaatgtcagaaat
ttgccctgtcactctcttttgttttgttttgtttttgagacagggtttct
ctatgtagcctggctatcctggactcactctatagaccaggatggcctca
actcagaatccacctgctctgcctcccaagtgctgggataaaggcatgtg
caaccactgctcgctgcatgccactctttacacagccagactaaatctct
gtatgtcattctagtgtatgtgctgccaagtgagcattcagtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_83411093_83412242
seq2: B6Ng01-209M22.b_49_1204 (reverse)

seq1  TGGATGTTACTTCTTTTCATGTATTTGGCCTTGGGGATGTGACTGGTC-A  49
      ||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||   |||||| |
seq2  TGGATGTTACTTC-TGTCATGTATTTGGCCTT--GGATGGACCTGGTCAA  47

seq1  TGTATTTTGTTTTTAGGTGT--GTGTCTGGTCATGTATTTC-ATTCT-AG  95
      ||||||| | | ||||||||  ||  ||| ||||||| ||| ||||| ||
seq2  TGTATTTCG-TCTTAGGTGTTGGTTCCTGTTCATGTAATTCAATTCTAAG  96

seq1  GGGTGTGTTTAGTCATGTATTAGGTTTTGGTGGTG-TGTTTTTTGTTTTC  144
      ||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||| ||| |||| |
seq2  GGGTGTGTTTAGTCA-GTATAAGCTTTAGGTGGTGTTGTATTTGGTTTAC  145

seq1  TTTTTGCTTTCTTTTTAAAGATG-TATTTATCTTTATGAGTATTTTGCC-  192
      |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| 
seq2  TTTTGGCTTCCTTTTTAAAGATGTTATTTATC-TTATGAGTATTTGGCCT  194

seq1  TGCATGTAATTATGTGCACTCTGTGCATGCC-TTAGAGTTGGAGTTACAG  241
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TGCATGTAAATATGTGCACTCTGTGCATGCCTTTAGAGTGGGAGTTACAG  244

seq1  ACAATTGTGAGCCACC-TTGTA-GGTGCTGAG-AATCAAACCC-TGGTCC  287
      |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  ACAA-TGTGAGCCACCTTTGTAGGGTGCTGAGAAATCAAACCCTTGGTCC  293

seq1  TCTCTAAGAGCAGCAAGTGTCTTAACTACTGAGCCATCTTTCCAGCCCTT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGAGCAGCAAGTGTCTTAACTACTGAGCCATCTTTCCAGCCCTT  343

seq1  ACTCGTGTATTTGTTAAAACCCTCTAATCAGCATTTGGTATTTGCACAGA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGTATTTGTTAAAACCCTCTAATCAGCATTTGGTATTTGCACAGA  393

seq1  GCTTCCCCACTACACAGACCACTCCCACACACATTGTTGTGTGTAGATGG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCCACTACACAGACCACTCCCACACACATTGTTGTGTGTAGATGG  443

seq1  ATTCCCCCACAGAAATTGTGAAAATGGTACTTTCCTTCTGGTACAGCATG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCCACAGAAATTGTGAAAATGGTACTTTCCTTCTGGTACAGCATG  493

seq1  GTACTTTTTATTGTTTTAGAGAGAAAGTTTCTGGGGCTTAGAGGAGTAAT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTTTATTGTTTTAGAGAGAAAGTTTCTGGGGCTTAGAGGAGTAAT  543

seq1  GGGTCCAAAGTCATTTGATTACAGAGTAGCAGGACCTGCTCTATAAGCTG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAAAGTCATTTGATTACAGAGTAGCAGGACCTGCTCTATAAGCTG  593

seq1  ACTCCGACGTCAATAGGGCTATTGAAGAAAGGTGAATTCACTGGTGGAGG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGACGTCAATAGGGCTATTGAAGAAAGGTGAATTCACTGGTGGAGG  643

seq1  TTATGACATCATGGGGTATGGGTGAGATTCACTGGTGGGTTTTATGGGGT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACATCATGGGGTATGGGTGAGATTCACTGGTGGGTTTTATGGGGT  693

seq1  CATGGGATGTGTGTGAGGTTCACTGGTGGGGTTTATGACATCACGGGAAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGATGTGTGTGAGGTTCACTGGTGGGGTTTATGACATCACGGGAAG  743

seq1  TGTGTGAGGTTCACTGGTGGGGTTTTGGATCATGGGTGTGTGTGAAGTTC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGGTTCACTGGTGGGGTTTTGGATCATGGGTGTGTGTGAAGTTC  793

seq1  TAGACAATGCTTTTCCTTTGTGAATTTATTTTACAAAACAAATCATTTAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAATGCTTTTCCTTTGTGAATTTATTTTACAAAACAAATCATTTAA  843

seq1  AAAGATTTTACCTATTATTATTTTATGCATGTGTGTGAATGCCTCTAGGC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTTACCTATTATTATTTTATGCATGTGTGTGAATGCCTCTAGGC  893

seq1  ACGTATATGCCTGGTGCTTGAAAGGTTAGAGGAGGACATCAGATGCCCTA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATATGCCTGGTGCTTGAAAGGTTAGAGGAGGACATCAGATGCCCTA  943

seq1  GAGCTTCGAGTTCCAGGAAGCTGTGGGTTACACCGTGAGTGCTGGAAACC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCGAGTTCCAGGAAGCTGTGGGTTACACCGTGAGTGCTGGAAACC  993

seq1  AAACCCAGGTCCTGTGCAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCAT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGGTCCTGTGCAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCAT  1043

seq1  CCTTCCAGCCCCAGCCTTTGTGTTTTATAGCAAGTTTTGTGACTAAGGTT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGCCCCAGCCTTTGTGTTTTATAGCAAGTTTTGTGACTAAGGTT  1093

seq1  TGAATTTGACTTGACTAGAATAGACTGTGTTCATTGCAAGGAGAATAACA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGACTTGACTAGAATAGACTGTGTTCATTGCAAGGAGAATAACA  1143

seq1  GCAAGGTGAATTC  1150
      |||||||||||||
seq2  GCAAGGTGAATTC  1156

seq1: chr6_83271810_83272916
seq2: B6Ng01-209M22.g_65_1159

seq1  GAATTCAGGTTCTATTTAGCACCCACATGAGCAGCTCACAACTGCCCGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTTCTATTTAGCACCCACATGAGCAGCTCACAACTGCCCGGA  50

seq1  GGAAGGGACTTCAGCTCAAGGGGCATCCAACCCCTAGAGCCTCTGCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGACTTCAGCTCAAGGGGCATCCAACCCCTAGAGCCTCTGCAGGC  100

seq1  ACCTAACTCCTGCACGTACATAATTTAAAATAATAAGATAAAATCACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACTCCTGCACGTACATAATTTAAAATAATAAGATAAAATCACACA  150

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCATTAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCATTAGGCT  200

seq1  TCAAAAAGCACTTTGGTATTTGCCTTCCTATAAGGAGGCCAGGTTTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAGCACTTTGGTATTTGCCTTCCTATAAGGAGGCCAGGTTTTTGG  250

seq1  ATGGCTGGTTTCATTTTCCTTCACTTTCCCCCTGGCTTATTCCAGCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGGTTTCATTTTCCTTCACTTTCCCCCTGGCTTATTCCAGCCTCA  300

seq1  TCAGGCTGGCCTTTTTCTTTTTTTCAGTTCTCCTTTCAGTAGCAACATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGGCCTTTTTCTTTTTTTCAGTTCTCCTTTCAGTAGCAACATAG  350

seq1  AAAACCCCTGCTTGCTTCAAAGCTGTTGCATGTGGGCTTGGCTCTGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCCTGCTTGCTTCAAAGCTGTTGCATGTGGGCTTGGCTCTGAGCA  400

seq1  GTGCCCATCACCCACATCCTGCACTGGACTATCTCAACTTCTGAGGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCATCACCCACATCCTGCACTGGACTATCTCAACTTCTGAGGGCTT  450

seq1  AGCTTCATTGACACTTACATTTTCCAGTTTTTGTTCTGCTTTGTTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATTGACACTTACATTTTCCAGTTTTTGTTCTGCTTTGTTTGTTT  500

seq1  GTTTGTATGATTGTTCGTTTTTAAGATAGGGCCTTAATAATGTAGCTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTATGATTGTTCGTTTTTAAGATAGGGCCTTAATAATGTAGCTCTT  550

seq1  GCTGTGCCTGCTTCTTCAATACTGGGGTAAAAGTTGTGTGTGTTATCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCCTGCTTCTTCAATACTGGGGTAAAAGTTGTGTGTGTTATCATG  600

seq1  CCTAGCCTGGTTCTGGTTTTATATGTACACACACACACACATGCACACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCTGGTTCTGGTTTTATATGTACACACACACACACATGCACACAC  650

seq1  GCACACACACATATATATATGTACATATATATATATATATATGTATATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACATATATATATGTACATATATATATATATATATGTATATAC  700

seq1  ATACACACACACATATATATATATATTTGGGTATGTCATCACGTGTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACACACATATATATATATATTTGGGTATGTCATCACGTGTATCT  750

seq1  GGAAGTCAGAGGATAGCTTGTAGGAGTCATTTCTCTCCTTCCACTTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCAGAGGATAGCTTGTAGGAGTCATTTCTCTCCTTCCACTTGGGT  800

seq1  CCTGGAGATCAATTGCAGGCTGTTAAGCTT-GGCAGTAAATGTCAGAAAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGATCAATTGCAGGCTGTTAAGCTTGGGCAGTAAATGTCAGAAAT  850

seq1  TTG-CCTGTCACTCTCTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCT  898
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGTCACTCTCTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCT  900

seq1  CTATGTAGCCCTGGCTATCCTGGAACTCACTCTATAGACCAGGATGGCCT  948
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAG-CCTGGCTATCCTGG-ACTCACTCTATAGACCAGGATGGCCT  948

seq1  CAAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGG  998
      | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  C-AACTCAG-AATCCACCTG-CTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGA-TAAAGG  994

seq1  CATGTGCCACCACTGCTCGGCTGCATGCCACTC-TTACACAAGGCCCAGA  1047
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||    |||||
seq2  CATGTGCAACCACTGCTC-GCTGCATGCCACTCTTTACACA---GCCAGA  1040

seq1  CTAAATCTCTGTAATGTTCCAATTCTAGTGTATGTGCTGCCAAAGTGAGT  1097
      |||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CTAAATCTCTGT-ATGT---CATTCTAGTGTATGTGCTGCC-AAGTGAGC  1085

seq1  ATTCAGTCTA  1107
      ||||||||||
seq2  ATTCAGTCTA  1095