BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210L12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 107,530,285 - 107,678,160
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1, Lrrn1
Downstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205, Bhlhb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210L12.bB6Ng01-210L12.g
ACCGA028984GA028985
length1,1311,144
definitionB6Ng01-210L12.b B6Ng01-210L12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,677,021 - 107,678,160)(107,530,285 - 107,531,431)
sequence
gaattctttttctccatcctcattctcatgccatggtcaaatttctgctt
ctacaagtaagtagtgtttactgtttatatgacagacactaggactggtg
ctctatcaaatgtacatttgatcctcacaacctatacagtgcagacacta
gtaatcttccaaccatcatgtgaagagattatgaggtatagaataagcat
cgtgtccatgttttcactacagctgcttcgtttcagtccatctgtctgac
tgtagaataggatcttatccacttggtccagaatccactatttttgcata
ttcatgagtttgcattagccagtgatctctacgaggttaagctctttgag
agttgggcatcttgtgtttgactgtagtgtgttcccaccctgttcagggc
acttagttcatttaatacttagaaaattgccaggtttgggtcagctgatc
actctgtctgtgacactgagagagaagatgcctccatttgcatcctacct
taagcatcttctgcctcttcacttttgcctcggggtttttaagcccctgg
agctcttagtgtaccttttacacagcacagaactaggagggagtaaatac
cctgggggcaatcctcaactaatggcaagtaggataaatgcctaggctcc
ctggtcttcagaagtaattcttaggtggacttctcctgggcccttgagaa
ttagcgtcagctgcactgagctccagttgaccacagtgctttccagtgtt
tcatttcctccttgtttttgcacttgctgcgtaaacgggaggtcagaata
aactccttgcactaaagtcccttcctctgtttattaaatagttttggaga
gtaaacagacaaatgggtcacagccttgttttcttacacttcataccaga
ggccaagtcttaaaaaatatgaatgggtcatgtggctggattaactagat
aaatttatctcaagatggatacagccttggaggttcaagatagatatggt
aaggttaattagaggtatggcttaatcagcattgctttgtttgctcctta
tagttccacacatatgacatatactggctaaaaatataatgctaaaagtt
acctgaattgaagttaggttgacttgctgag

gaattccccaaaactagctcaaagttttgagtcataaaatatatgtgaca
tgcaattaatcttccccagctccaaagctcacaggattttggagtctcat
ttctacatatgaaacagaactttctggtgaagtcccatttagaatgaagc
cagattctcagactgcaatgctacatgttgcagccacccacttattgaac
acctactgtgtgtagcacatgaccacagagtggatctgtactggtcagca
tgagtggcagggaaaagaagctgacagacattacttcatcatagaggttc
atagaaaaagaagaaacatacggcaggatgtcagccacctatgcgggagt
ccggaagagtattctccattcatatggctgtcacattgacctcagaaaag
gctttaaggaaatatagaaaaaaatcagtcagaactgtgaagagcagaaa
gagggtgtttatttttagttttgtgaaaacaaccatagaggaggcaatac
tgcagtagggatgcaaaaatgaggaagatgaccttcagaaagtggagaca
gagtaacagacagtataaggcaacaaaagtttgaaggagaaggaaaagta
tggagaactctgccgtgtttataccaggaactcagtttctgggcctggag
acatgtggcaaagataaatattacgagccttgtcaacattctgtgcacaa
ggatgggtgcttcatatgcagaattttcattttatcttcaaagtaatccc
aggggatggacttcattcataccctgccaccttttatacaggagaaaatg
gaggcttagcaagttaagccattttctcaaggttacccaaaatgcagggc
atttgtttaaccctgcatcccatgcttctaaccactatagtatttagtaa
ttcaatggtgaagaagactaaagggccacaatgaagtcctgggcttcatt
ctgtattgtacaaaagctacaaaaggttttgaacaatgttattcttcagt
aagcagagccaggatcttttaaaaaataaaaactgatgcattttatgcaa
taaaacaaacgcaacctacctgacaacaagacttcatttcaaactaagac
tactttctctaatagggtgccagacccctccagctctcttgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_107677021_107678160
seq2: B6Ng01-210L12.b_44_1174 (reverse)

seq1  CTCAGCAAGTCAACCTA--CTCATTTCA-GTAACTTTTTAGGCATTATAA  47
      |||||||||||||||||   ||| |||| |||||||||   |||||||| 
seq2  CTCAGCAAGTCAACCTAACTTCAATTCAGGTAACTTTT--AGCATTATA-  47

seq1  TTTTTTAG-CAGTATAATTGGTCATATGTTGTGAACTATTAAAGGAGCAA  96
       ||||||| |||||||    |||||||||   |||||||  |||||||||
seq2  -TTTTTAGCCAGTATA---TGTCATATGTGTGGAACTAT--AAGGAGCAA  91

seq1  AACAAAAGCAATGCTGAATTAAGCCATACCTCT-ATTAACCTTAACCATA  145
      |   |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  A--CAAAGCAATGCTG-ATTAAGCCATACCTCTAATTAACCTT-ACCATA  137

seq1  TCTATCTTGAACCTCCAAGGCTGTATCCATCCTGAGATAAATTTATCTAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTTGAACCTCCAAGGCTGTATCCATCTTGAGATAAATTTATCTAG  187

seq1  TTAATCCAGCCACATGACCCATTCATATTTTTTTAAGACTTGGCCTCTGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCAGCCACATGACCCATTCATA-TTTTTTAAGACTTGGCCTCTGG  236

seq1  TATGAAGTGTAAGAAAACAAGGCTGTGACCCATTTGTCTGTTTACTCTCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTGTAAGAAAACAAGGCTGTGACCCATTTGTCTGTTTACTCTCC  286

seq1  AAAACTATTTAATAAACAGAGGAAGGGACTTTAGTGCAAGGAGTTTATTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATTTAATAAACAGAGGAAGGGACTTTAGTGCAAGGAGTTTATTC  336

seq1  TGACCTCCCGTTTACGCAGCAAGTGCAAAAACAAGGAGGAAATGAAACAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCCCGTTTACGCAGCAAGTGCAAAAACAAGGAGGAAATGAAACAC  386

seq1  TGGAAAGCACTGTGGTCAACTGGAGCTCAGTGCAGCTGACGCTAATTCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCACTGTGGTCAACTGGAGCTCAGTGCAGCTGACGCTAATTCTC  436

seq1  AAGGGCCCAGGAGAAGTCCACCTAAGAATTACTTCTGAAGACCAGGGAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCCAGGAGAAGTCCACCTAAGAATTACTTCTGAAGACCAGGGAGC  486

seq1  CTAGGCATTTATCCTACTTGCCATTAGTTGAGGATTGCCCCCAGGGTATT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCATTTATCCTACTTGCCATTAGTTGAGGATTGCCCCCAGGGTATT  536

seq1  TACTCCCTCCTAGTTCTGTGCTGTGTAAAAGGTACACTAAGAGCTCCAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCCTCCTAGTTCTGTGCTGTGTAAAAGGTACACTAAGAGCTCCAGG  586

seq1  GGCTTAAAAACCCCGAGGCAAAAGTGAAGAGGCAGAAGATGCTTAAGGTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAAAACCCCGAGGCAAAAGTGAAGAGGCAGAAGATGCTTAAGGTA  636

seq1  GGATGCAAATGGAGGCATCTTCTCTCTCAGTGTCACAGACAGAGTGATCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAAATGGAGGCATCTTCTCTCTCAGTGTCACAGACAGAGTGATCA  686

seq1  GCTGACCCAAACCTGGCAATTTTCTAAGTATTAAATGAACTAAGTGCCCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCCAAACCTGGCAATTTTCTAAGTATTAAATGAACTAAGTGCCCT  736

seq1  GAACAGGGTGGGAACACACTACAGTCAAACACAAGATGCCCAACTCTCAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGGTGGGAACACACTACAGTCAAACACAAGATGCCCAACTCTCAA  786

seq1  AGAGCTTAACCTCGTAGAGATCACTGGCTAATGCAAACTCATGAATATGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTAACCTCGTAGAGATCACTGGCTAATGCAAACTCATGAATATGC  836

seq1  AAAAATAGTGGATTCTGGACCAAGTGGATAAGATCCTATTCTACAGTCAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGTGGATTCTGGACCAAGTGGATAAGATCCTATTCTACAGTCAG  886

seq1  ACAGATGGACTGAAACGAAGCAGCTGTAGTGAAAACATGGACACGATGCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGACTGAAACGAAGCAGCTGTAGTGAAAACATGGACACGATGCT  936

seq1  TATTCTATACCTCATAATCTCTTCACATGATGGTTGGAAGATTACTAGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATACCTCATAATCTCTTCACATGATGGTTGGAAGATTACTAGTG  986

seq1  TCTGCACTGTATAGGTTGTGAGGATCAAATGTACATTTGATAGAGCACCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACTGTATAGGTTGTGAGGATCAAATGTACATTTGATAGAGCACCA  1036

seq1  GTCCTAGTGTCTGTCATATAAACAGTAAACACTACTTACTTGTAGAAGCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGTGTCTGTCATATAAACAGTAAACACTACTTACTTGTAGAAGCA  1086

seq1  GAAATTTGACCATGGCATGAGAATGAGGATGGAGAAAAAGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGACCATGGCATGAGAATGAGGATGGAGAAAAAGAATTC  1131


seq1: chr6_107530285_107531431
seq2: B6Ng01-210L12.g_63_1206

seq1  GAATTCCCCAAAACTAGCTCAAAGTTTTGAGTCATAAAATATATGTGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAAAACTAGCTCAAAGTTTTGAGTCATAAAATATATGTGACA  50

seq1  TGCAATTAATCTTCCCCAGCTCCAAAGCTCACAGGATTTTGGAGTCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTAATCTTCCCCAGCTCCAAAGCTCACAGGATTTTGGAGTCTCAT  100

seq1  TTCTACATATGAAACAGAACTTTCTGGTGAAGTCCCATTTAGAATGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACATATGAAACAGAACTTTCTGGTGAAGTCCCATTTAGAATGAAGC  150

seq1  CAGATTCTCAGACTGCAATGCTACATGTTGCAGCCACCCACTTATTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCTCAGACTGCAATGCTACATGTTGCAGCCACCCACTTATTGAAC  200

seq1  ACCTACTGTGTGTAGCACATGACCACAGAGTGGATCTGTACTGGTCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTGTGTGTAGCACATGACCACAGAGTGGATCTGTACTGGTCAGCA  250

seq1  TGAGTGGCAGGGAAAAGAAGCTGACAGACATTACTTCATCATAGAGGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGCAGGGAAAAGAAGCTGACAGACATTACTTCATCATAGAGGTTC  300

seq1  ATAGAAAAAGAAGAAACATACGGCAGGATGTCAGCCACCTATGCGGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAAGAAGAAACATACGGCAGGATGTCAGCCACCTATGCGGGAGT  350

seq1  CCGGAAGAGTATTCTCCATTCATATGGCTGTCACATTGACCTCAGAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAAGAGTATTCTCCATTCATATGGCTGTCACATTGACCTCAGAAAAG  400

seq1  GCTTTAAGGAAATATAGAAAAAAATCAGTCAGAACTGTGAAGAGCAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAGGAAATATAGAAAAAAATCAGTCAGAACTGTGAAGAGCAGAAA  450

seq1  GAGGGTGTTTATTTTTAGTTTTGTGAAAACAACCATAGAGGAGGCAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGTTTATTTTTAGTTTTGTGAAAACAACCATAGAGGAGGCAATAC  500

seq1  TGCAGTAGGGATGCAAAAATGAGGAAGATGACCTTCAGAAAGTGGAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTAGGGATGCAAAAATGAGGAAGATGACCTTCAGAAAGTGGAGACA  550

seq1  GAGTAACAGACAGTATAAGGCAACAAAAGTTTGAAGGAGAAGGAAAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACAGACAGTATAAGGCAACAAAAGTTTGAAGGAGAAGGAAAAGTA  600

seq1  TGGAGAACTCTGCCGTGTTTATACCAGGAACTCAGTTTCTGGGCCTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAACTCTGCCGTGTTTATACCAGGAACTCAGTTTCTGGGCCTGGAG  650

seq1  ACATGTGGCAAAGATAAATATTACGAGCCTTGTCAACATTCTGTGCACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGGCAAAGATAAATATTACGAGCCTTGTCAACATTCTGTGCACAA  700

seq1  GGATGGGTGCTTCATATGCAGAATTTTCATTTTATCTTCAAAGTAATCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGTGCTTCATATGCAGAATTTTCATTTTATCTTCAAAGTAATCCC  750

seq1  AGGGGATGGACTTCATTCATACCCTGCCACCTTTTATACAGGAGAAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATGGACTTCATTCATACCCTGCCACCTTTTATACAGGAGAAAATG  800

seq1  GAGGCTTAGCAAGTTAAGCCATTTTCTCAAGGTTACCCAAAATGCAGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTAGCAAGTTAAGCCATTTTCTCAAGGTTACCCAAAATGCAGGGC  850

seq1  ATTTGTTTAACCCTGCATCCCATGCTTCTAACCACTATAGTATTTAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTAACCCTGCATCCCATGCTTCTAACCACTATAGTATTTAGTAA  900

seq1  TTCAATGGTGAAGAAGACT-AAGGGCCACAATGAAGTCCTGGGCTTCATT  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGGTGAAGAAGACTAAAGGGCCACAATGAAGTCCTGGGCTTCATT  950

seq1  CTGTATTGTACAAAAGCTACAAAAGGGTTTTGAACAATGTTATTCTTCAG  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTGTACAAAAGCTACAAAA-GGTTTTGAACAATGTTATTCTTCAG  999

seq1  TAAAGCAGGAGCCCAGGATCTTTTAAAAA--TAAAACTGATGCATTTTAT  1047
      | ||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  T-AAGCA-GAG-CCAGGATCTTTTAAAAAATAAAAACTGATGCATTTTAT  1046

seq1  GCAATAACA-AAACGCAACCTAACCTGACAAACAGACTCCATTTCAAACA  1096
      ||||||| | ||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||| 
seq2  GCAATAAAACAAACGCAACCT-ACCTGACAACAAGACTTCATTTCAAAC-  1094

seq1  TAAGAATTAACTTTCTCCTATAGGGTGGCAGACCCCTTCAGCTC-CTTGG  1145
      ||||| |  ||||||||  |||||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  TAAGACT--ACTTTCTCTAATAGGGTGCCAGACCCCTCCAGCTCTCTTGG  1142

seq1  GT  1147
      ||
seq2  GT  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |