BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210N18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,686,109 - 118,790,814
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1c
Upstream geneEG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26
Downstream geneDcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14, Erc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210N18.bB6Ng01-210N18.g
ACCGA029085GA029086
length9881,072
definitionB6Ng01-210N18.b B6Ng01-210N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,789,832 - 118,790,814)(118,686,109 - 118,687,178)
sequence
gaattccaggagaatctggagactaactggagattaatttccagggactt
cgcagtgcttctaagttgatactgctgccacccagctacagaaaggatat
acatctctctctgttctgaacacccttgctctgaccaccagttcttaacc
atggtccaggaggtcgctaggtagaattccaatgtgtctctgaaatagga
tgaaaatggttagatctttgctttcagacttctagcgtgtattcatcatg
acttttctttatgattggaggcaacattagtacttctatgactttttcca
ctgctagaaatcactttaaatcgaattaaggtaggtgcaggtactcaaaa
gtttatgataggtagccacttaactccagaccaccagtaggtgagaggcg
gtttatcttagggttgggatcatacactctaaaatcagcaaccctgcatt
tgaccaagcgtaacatcatatgtactgttcagttatctttctcttcatta
aatgctgtgctctgccttttaggcatgcctgggcaaccctaagtaccaaa
tatggaactattgctgttgccccatgcagatagcctgtgtggtagttgga
aaactcaggaagaaaggggtgatgggataagatgtatcaatcagcttgct
gtagaccgaataattactggagacaatcagctaagaagtctgtttctact
ggctacagagtgtgagcacttggctctctctgttgcttctgctggtgaga
gcttgcagcagagaaggcttgttcatctcattgtggccaggagacaaaga
gacaggaaaggaacggagtcccaggattttctactgccagcaaccctaat
ccaagtttttcactgcttctcagtagccccaaaactggggacccagtgtg
cagcgcacatggacctctggagaacactgaagatgcagactgcagcagat
agtaagagagaaaatgggcaccaaagcgtgggggtggt
gaattctctggtgtcttggctcctgtgtttcttctcagttagaacctgat
tcaggacaacaggctatggaaaccgactcaacagagcttcatgcacaagt
gcagtaccgtacaggaaaggcacctttgcagggatggaaggttcatttga
gcccagtgtcgtacatgggaggctctgttaccagacaccaccggcctagt
agttgcattttgcctatggagtttggcagagctcaggatttagcactgtg
gtgaaatggggctgagacccgggaggagcccagggaatgttttaattttg
agaaccgggggctctcaagttaatgagtcttcttcaactatctccttaac
ggtgctttggtttggattgaattttcttctcaaatctgattgaatccaat
tataatcggattgaacttgctattttgtgggcttgctgccagccagtggg
tacttttatttcctttccaggaagttggatgccagggaagaagccctgga
ttgacagatcacagtgaaggtaggaactggcttggcttttcttatctgct
ttcgttaccggggtggacatgggaagatgccagcccccgtttgccttgcc
tccttaccttccatatggtggagcctcccccactgtgaccttacactcta
gagacagtagattcacagtgcacctctctccctatgcaaataaactccat
aaaatgtacctggaggaacgtctcgtctcctgcaagctttctgcctacac
ccacacgctttcttgcccctttcctctggagtgggtttgagtgagcttca
aaggcataaagttgctaagagagttccttttagctcttctggataatttc
tcagagttcaagctctgggttattaagacacccacagcttcttaccagat
ctgggagaacaggctggactgggctgcagttaggtgggggaagctgactg
ttcattgtcttgcagatgcatgggacaccttcacaggaataaggggaagg
gacacctccaggcttctatgggactttctgcttctgctctgtaaggatga
cttgctgtgggggaaggtctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118789832_118790814
seq2: B6Ng01-210N18.b_51_1038 (reverse)

seq1  ACCA-CCCCACGCTTTGGT-CCCATTTCTCCTCTTACTATCTGCTGCAGT  48
      |||| |||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCCCACGCTTTGGTGCCCATTTTCTCTCTTACTATCTGCTGCAGT  50

seq1  CTGCATCTTCAGTGTTCTCCAGAGGTCCATGTGCGCTGCACACTGGGTCC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCTTCAGTGTTCTCCAGAGGTCCATGTGCGCTGCACACTGGGTCC  100

seq1  CCAGTTTTGGGGCTACTGAGAAGCAGTG-AAAACTTGGATTA-GGTTGCT  146
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGTTTTGGGGCTACTGAGAAGCAGTGAAAAACTTGGATTAGGGTTGCT  150

seq1  GGCAGTAG-AAATCCTGGGACTCCGTTCCTTTCCTGTCTCTTTGTCTCCT  195
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAGAAAATCCTGGGACTCCGTTCCTTTCCTGTCTCTTTGTCTCCT  200

seq1  GGCCACAATGAGATGAACAAGCCTTCTCTGCTGCAAGCTCTCACCAGCAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAATGAGATGAACAAGCCTTCTCTGCTGCAAGCTCTCACCAGCAG  250

seq1  AAGCAACAGAGAGAGCCAAGTGCTCACACTCTGTAGCCAGTAGAAACAGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACAGAGAGAGCCAAGTGCTCACACTCTGTAGCCAGTAGAAACAGA  300

seq1  CTTCTTAGCTGATTGTCTCCAGTAATTATTCGGTCTACAGCAAGCTGATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGCTGATTGTCTCCAGTAATTATTCGGTCTACAGCAAGCTGATT  350

seq1  GATACATCTTATCCCATCACCCCTTTCTTCCTGAGTTTTCCAACTACCAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATCTTATCCCATCACCCCTTTCTTCCTGAGTTTTCCAACTACCAC  400

seq1  ACAGGCTATCTGCATGGGGCAACAGCAATAGTTCCATATTTGGTACTTAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTATCTGCATGGGGCAACAGCAATAGTTCCATATTTGGTACTTAG  450

seq1  GGTTGCCCAGGCATGCCTAAAAGGCAGAGCACAGCATTTAATGAAGAGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCCAGGCATGCCTAAAAGGCAGAGCACAGCATTTAATGAAGAGAA  500

seq1  AGATAACTGAACAGTACATATGATGTTACGCTTGGTCAAATGCAGGGTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACTGAACAGTACATATGATGTTACGCTTGGTCAAATGCAGGGTTG  550

seq1  CTGATTTTAGAGTGTATGATCCCAACCCTAAGATAAACCGCCTCTCACCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTTAGAGTGTATGATCCCAACCCTAAGATAAACCGCCTCTCACCT  600

seq1  ACTGGTGGTCTGGAGTTAAGTGGCTACCTATCATAAACTTTTGAGTACCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGGTCTGGAGTTAAGTGGCTACCTATCATAAACTTTTGAGTACCT  650

seq1  GCACCTACCTTAATTCGATTTAAAGTGATTTCTAGCAGTGGAAAAAGTCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTACCTTAATTCGATTTAAAGTGATTTCTAGCAGTGGAAAAAGTCA  700

seq1  TAGAAGTACTAATGTTGCCTCCAATCATAAAGAAAAGTCATGATGAATAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTACTAATGTTGCCTCCAATCATAAAGAAAAGTCATGATGAATAC  750

seq1  ACGCTAGAAGTCTGAAAGCAAAGATCTAACCATTTTCATCCTATTTCAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTAGAAGTCTGAAAGCAAAGATCTAACCATTTTCATCCTATTTCAGA  800

seq1  GACACATTGGAATTCTACCTAGCGACCTCCTGGACCATGGTTAAGAACTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTGGAATTCTACCTAGCGACCTCCTGGACCATGGTTAAGAACTG  850

seq1  GTGGTCAGAGCAAGGGTGTTCAGAACAGAGAGAGATGTATATCCTTTCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAGAGCAAGGGTGTTCAGAACAGAGAGAGATGTATATCCTTTCTG  900

seq1  TAGCTGGGTGGCAGCAGTATCAACTTAGAAGCACTGCGAAGTCCCTGGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGTGGCAGCAGTATCAACTTAGAAGCACTGCGAAGTCCCTGGAA  950

seq1  ATTAATCTCCAGTTAGTCTCCAGATTCTCCTGGAATTC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCTCCAGTTAGTCTCCAGATTCTCCTGGAATTC  988

seq1: chr6_118686109_118687178
seq2: B6Ng01-210N18.g_67_1138

seq1  GAATTCTCTGGTGTCTTGGCTCCTGTGTTTCTTCTCAGTTAGAACCTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGTGTCTTGGCTCCTGTGTTTCTTCTCAGTTAGAACCTGAT  50

seq1  TCAGGACAACAGGCTATGGAAACCGACTCAACAGAGCTTCATGCACAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACAACAGGCTATGGAAACCGACTCAACAGAGCTTCATGCACAAGT  100

seq1  GCAGTACCGTACAGGAAAGGCACCTTTGCAGGGATGGAAGGTTCATTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTACCGTACAGGAAAGGCACCTTTGCAGGGATGGAAGGTTCATTTGA  150

seq1  GCCCAGTGTCGTACATGGGAGGCTCTGTTACCAGACACCACCGGCCTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGTGTCGTACATGGGAGGCTCTGTTACCAGACACCACCGGCCTAGT  200

seq1  AGTTGCATTTTGCCTATGGAGTTTGGCAGAGCTCAGGATTTAGCACTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATTTTGCCTATGGAGTTTGGCAGAGCTCAGGATTTAGCACTGTG  250

seq1  GTGAAATGGGGCTGAGACCCGGGAGGAGCCCAGGGAATGTTTTAATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATGGGGCTGAGACCCGGGAGGAGCCCAGGGAATGTTTTAATTTTG  300

seq1  AGAACCGGGGGCTCTCAAGTTAATGAGTCTTCTTCAACTATCTCCTTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCGGGGGCTCTCAAGTTAATGAGTCTTCTTCAACTATCTCCTTAAC  350

seq1  GGTGCTTTGGTTTGGATTGAATTTTCTTCTCAAATCTGATTGAATCCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTGGTTTGGATTGAATTTTCTTCTCAAATCTGATTGAATCCAAT  400

seq1  TATAATCGGATTGAACTTGCTATTTTGTGGGCTTGCTGCCAGCCAGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCGGATTGAACTTGCTATTTTGTGGGCTTGCTGCCAGCCAGTGGG  450

seq1  TACTTTTATTTCCTTTCCAGGAAGTTGGATGCCAGGGAAGAAGCCCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTATTTCCTTTCCAGGAAGTTGGATGCCAGGGAAGAAGCCCTGGA  500

seq1  TTGACAGATCACAGTGAAGGTAGGAACTGGCTTGGCTTTTCTTATCTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGATCACAGTGAAGGTAGGAACTGGCTTGGCTTTTCTTATCTGCT  550

seq1  TTCGTTACCGGGGTGGACATGGGAAGATGCCAGCCCCCGTTTGCCTTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTACCGGGGTGGACATGGGAAGATGCCAGCCCCCGTTTGCCTTGCC  600

seq1  TCCTTACCTTCCATATGGTGGAGCCTCCCCCACTGTGACCTTACACTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACCTTCCATATGGTGGAGCCTCCCCCACTGTGACCTTACACTCTA  650

seq1  GAGACAGTAGATTCACAGTGCACCTCTCTCCCTATGCAAATAAACTCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGTAGATTCACAGTGCACCTCTCTCCCTATGCAAATAAACTCCAT  700

seq1  AAAATGTACCTGGAGGAACGTCTCGTCTCCTGCAAGCTTTCTGCCTACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTACCTGGAGGAACGTCTCGTCTCCTGCAAGCTTTCTGCCTACAC  750

seq1  CCACACGCTTTCTTGCCCCTTTCCTCTGGAGTGGGTTTGAGTGAGCTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGCTTTCTTGCCCCTTTCCTCTGGAGTGGGTTTGAGTGAGCTTCA  800

seq1  AAGGCATAAAGTTGCTAAGAGAGT--CCTTTAGCTCTTCTGGATAATTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATAAAGTTGCTAAGAGAGTTCCTTTTAGCTCTTCTGGATAATTTC  850

seq1  TCAGAGTTCAAGCTCT-GGTTA-TAAGACACCCACAGCTTCTTA-CAGAT  895
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCAGAGTTCAAGCTCTGGGTTATTAAGACACCCACAGCTTCTTACCAGAT  900

seq1  CTGGAAGAACAGGCTGGACTGGGCTGCAGTTAGGT-GGGGAAGCTGACTG  944
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGGGAGAACAGGCTGGACTGGGCTGCAGTTAGGTGGGGGAAGCTGACTG  950

seq1  TTCA-TGTC-TGCAGATGCATGGGACACCTCAACAGGAATAAAGGGGAAG  992
      |||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||
seq2  TTCATTGTCTTGCAGATGCATGGGACACCTTCACAGGAAT-AAGGGGAAG  999

seq1  GGACACCTCCAGGCTTCTATGGGACTTTCCTGCTTCTGCTCCTGTAGAGG  1042
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  GGACACCTCCAGGCTTCTATGGGACTTT-CTGCTTCTGCT-CTGTA-AGG  1046

seq1  AAGGACATGCTGTGGGGGGAAGGGCTGA  1070
       | ||| |||||| ||||||||| ||||
seq2  -ATGACTTGCTGT-GGGGGAAGGTCTGA  1072