BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211C14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,299,119 - 111,397,829
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm7
Upstream genenone
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211C14.bB6Ng01-211C14.g
ACCGA029313GA029314
length1,189994
definitionB6Ng01-211C14.b B6Ng01-211C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,396,647 - 111,397,829)(111,299,119 - 111,300,116)
sequence
gaattcatgttaaccacaaacatctctcctggctacaggagcaccacctc
cacacacacacacacacacacacacttcgctctccctctctttttcaagc
caggattaaaaataggtttgtgtggaaagtgatgtaagtcacattatatt
gagtcagatgataagcagtccgattttgtcactgtactttcccacctaac
tgtcaatcttctccaaagacaaactgagtctaatcgcatgtactggtatg
aaacacaccccttcattcctgaaaacaaggagtgtgtttgtgatatgcat
gtgtacatgcatgcttggttcttgtatgcacaaccaagaaggctggagat
atacatttaaaatgtgtcagcaagatggtttatgtttctatcttagtcta
atataccacagagctaactgcaagaactcttaatatcatcccaggcagat
cttttccttataagtgagctttcagttatagagccaaatggaatggccta
aggattaagagcataatttcttgctttggcttgatccattagcagaagtg
gttgtttctattgactaaattatagacatactggcctgaagaaaaagaga
tattccctggctgaatccacttgttcaagggaacaacacaaactatatcc
caaactctaggttttgccacatcctaacacatctatttttttcagcacct
tggaagacaatatgccttctgaaaggcttggtttagaaatagtacaccct
ctgaaaaaagctaggtctagctgaatctaaagaccttttgatatctacac
aaaagtagacttttctgccccagactgagggaactgacctttttttataa
tccagagcctccctctgtctagctttgtcttgacgattgaggagctttct
cccatttcccacctaaatatttctatgccctctgtctaaatgttgctaat
gatataaagacagagccacaagagaagaaggaaatgcaggctttcttttt
cttttatcctttgttgagtgtctgaaacatactcaatggagaacaaggac
cagcatgacttctagaagtttccagaatatgtatgtcccaggttttattt
tctagctggctatgaagccattattatgacctgactgactgtggagacta
gtgtgggcctattatttcttgccttgtgaagtatttctt

gaattcaagagctgtaggtcattgtgtgtttgtatataagacactgtggg
cagggaactttgtggatctgaggtaatatcaagaggaggaagccacctta
tgggtgtcctgacaaatcgtgcatggctattcagaatgattgaaagccac
gaaaaggcacagaagggattaaaaataggatcccctgatgtgggaacagt
cttcctgcggtgcaagtaaagggcttaggaagtggcactgggaacaagca
tggaagaaatgtaagacagtttagcgaaagatattacaatggcaaaggtg
agaaaagttggtgtcatccattctcctaggcttgggcatcttctgttttg
atttgtcttttcttttgtttggttttatttttggtttgtttgtttgtctg
tttttatgttattgttgtaccagtttagtttctggcaaataaaacagggt
ccaaaactcagtaatgcagcaaatcctcaatatatatgttaaatgtaata
gtaatgaagagctgaactagtctgcttaagaaaggaagttgatatataac
acagaatacactttgagtgtaagtcatattaggaagaagggcctagagac
caagatcaggccttgagaaggtaggacgaactttagactgaacatggtac
aatggaaataagagccagacatgtcttaaaggcctttaacattcaggcag
aaacatcattgagagtaaaataaactatatatatatatatatatatatat
atatatatatacatacatacatacatatatatatatatacatacatacat
atatatatagagagagagagagagagacagagacagagacagagagacag
agacgagacagagagagacagacagacagagacgggaagagagacagaga
gacagagacagagaaatataggtatatagccacttaatcagtcatggttc
tctaaagaaaacacactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111396647_111397829
seq2: B6Ng01-211C14.b_47_1235 (reverse)

seq1  AAGAAATACTTCAACAAGAGCAGAATTATTAG---CCCACTAGTCTTCAC  47
      |||||||||||| |||||   |||| || |||   | ||||||||| |||
seq2  AAGAAATACTTC-ACAAGGCAAGAAATAATAGGCCCACACTAGTCTCCAC  49

seq1  AGTCAGTCAGTTCATAATAATGGCTTCATAGCCAAGCTAG-AAATAAA--  94
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  
seq2  AGTCAGTCAGGTCATAATAATGGCTTCATAGCC-AGCTAGAAAATAAAAC  98

seq1  CTGGAACATTACATATTCCTGGAAACTTCTAG-AGTCATGCTTGTCTTTG  143
      |||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||
seq2  CTGGGACA-TACATATT-CTGGAAACTTCTAGAAGTCATGCTGGTCCTTG  146

seq1  -TCTCCATTGAGTATGTTTCAGACACTC-ACAAAGGATAAAAG-AAAAGA  190
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TTCTCCATTGAGTATGTTTCAGACACTCAACAAAGGATAAAAGAAAAAGA  196

seq1  AAGCCTGCATTTCCTTCTCTTCTTGTGGCTCTGTCTTTATATCATTAGCA  240
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGCATTTCCTTCTTCTCTTGTGGCTCTGTCTTTATATCATTAGCA  246

seq1  ACATTTAGACAGAGGGCATAGAAATATTTAGGTGGGAAATGGGAGAAAGC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGACAGAGGGCATAGAAATATTTAGGTGGGAAATGGGAGAAAGC  296

seq1  TCCTCAATCGTCAAGACAAAGCTAGACAGAGGGAGGCTCTGGATTATAAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAATCGTCAAGACAAAGCTAGACAGAGGGAGGCTCTGGATTATAAA  346

seq1  AAAAGGTCAGTTCCCTCAGTCTGGGGCAGAAAAGTCTACTTTTGTGTAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTCAGTTCCCTCAGTCTGGGGCAGAAAAGTCTACTTTTGTGTAGA  396

seq1  TATCAAAAGGTCTTTAGATTCAGCTAGACCTAGCTTTTTTCAGAGGGTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAAGGTCTTTAGATTCAGCTAGACCTAGCTTTTTTCAGAGGGTGT  446

seq1  ACTATTTCTAAACCAAGCCTTTCAGAAGGCATATTGTCTTCCAAGGTGCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTCTAAACCAAGCCTTTCAGAAGGCATATTGTCTTCCAAGGTGCT  496

seq1  GAAAAAAATAGATGTGTTAGGATGTGGCAAAACCTAGAGTTTGGGATATA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAATAGATGTGTTAGGATGTGGCAAAACCTAGAGTTTGGGATATA  546

seq1  GTTTGTGTTGTTCCCTTGAACAAGTGGATTCAGCCAGGGAATATCTCTTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTTGTTCCCTTGAACAAGTGGATTCAGCCAGGGAATATCTCTTT  596

seq1  TTCTTCAGGCCAGTATGTCTATAATTTAGTCAATAGAAACAACCACTTCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGGCCAGTATGTCTATAATTTAGTCAATAGAAACAACCACTTCT  646

seq1  GCTAATGGATCAAGCCAAAGCAAGAAATTATGCTCTTAATCCTTAGGCCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATGGATCAAGCCAAAGCAAGAAATTATGCTCTTAATCCTTAGGCCA  696

seq1  TTCCATTTGGCTCTATAACTGAAAGCTCACTTATAAGGAAAAGATCTGCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTGGCTCTATAACTGAAAGCTCACTTATAAGGAAAAGATCTGCC  746

seq1  TGGGATGATATTAAGAGTTCTTGCAGTTAGCTCTGTGGTATATTAGACTA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGATATTAAGAGTTCTTGCAGTTAGCTCTGTGGTATATTAGACTA  796

seq1  AGATAGAAACATAAACCATCTTGCTGACACATTTTAAATGTATATCTCCA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAAACATAAACCATCTTGCTGACACATTTTAAATGTATATCTCCA  846

seq1  GCCTTCTTGGTTGTGCATACAAGAACCAAGCATGCATGTACACATGCATA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTGGTTGTGCATACAAGAACCAAGCATGCATGTACACATGCATA  896

seq1  TCACAAACACACTCCTTGTTTTCAGGAATGAAGGGGTGTGTTTCATACCA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACACACTCCTTGTTTTCAGGAATGAAGGGGTGTGTTTCATACCA  946

seq1  GTACATGCGATTAGACTCAGTTTGTCTTTGGAGAAGATTGACAGTTAGGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGCGATTAGACTCAGTTTGTCTTTGGAGAAGATTGACAGTTAGGT  996

seq1  GGGAAAGTACAGTGACAAAATCGGACTGCTTATCATCTGACTCAATATAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTACAGTGACAAAATCGGACTGCTTATCATCTGACTCAATATAA  1046

seq1  TGTGACTTACATCACTTTCCACACAAACCTATTTTTAATCCTGGCTTGAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTACATCACTTTCCACACAAACCTATTTTTAATCCTGGCTTGAA  1096

seq1  AAAGAGAGGGAGAGCGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGGTGG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGGGAGAGCGAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGGTGG  1146

seq1  TGCTCCTGTAGCCAGGAGAGATGTTTGTGGTTAACATGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTGTAGCCAGGAGAGATGTTTGTGGTTAACATGAATTC  1189


seq1: chr6_111299119_111300116
seq2: B6Ng01-211C14.g_67_1060

seq1  GAATTCAAGAGCTGTAGGTCATTGTGTGTTTGTATATAAGACACTGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGCTGTAGGTCATTGTGTGTTTGTATATAAGACACTGTGGG  50

seq1  CAGGGAACTTTGTGGATCTGAGGTAATATCAAGAGGAGGAAGCCACCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAACTTTGTGGATCTGAGGTAATATCAAGAGGAGGAAGCCACCTTA  100

seq1  TGGGTGTCCTGACAAATCGTGCATGGCTATTCAGAATGATTGAAAGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTCCTGACAAATCGTGCATGGCTATTCAGAATGATTGAAAGCCAC  150

seq1  GAAAAGGCACAGAAGGGATTAAAAATAGGATCCCCTGATGTGGGAACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCACAGAAGGGATTAAAAATAGGATCCCCTGATGTGGGAACAGT  200

seq1  CTTCCTGCGGTGCAAGTAAAGGGCTTAGGAAGTGGCACTGGGAACAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCGGTGCAAGTAAAGGGCTTAGGAAGTGGCACTGGGAACAAGCA  250

seq1  TGGAAGAAATGTAAGACAGTTTAGCGAAAGATATTACAATGGCAAAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAAATGTAAGACAGTTTAGCGAAAGATATTACAATGGCAAAGGTG  300

seq1  AGAAAAGTTGGTGTCATCCATTCTCCTAGGCTTGGGCATCTTCTGTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTTGGTGTCATCCATTCTCCTAGGCTTGGGCATCTTCTGTTTTG  350

seq1  ATTTGTCTTTTCTTTTGTTTGGTTTTATTTTTGGTTTGTTTGTTTGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCTTTTCTTTTGTTTGGTTTTATTTTTGGTTTGTTTGTTTGTCTG  400

seq1  TTTTTATGTTATTGTTGTACCAGTTTAGTTTCTGGCAAATAAAACAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTTATTGTTGTACCAGTTTAGTTTCTGGCAAATAAAACAGGGT  450

seq1  CCAAAACTCAGTAATGCAGCAAATCCTCAATATATATGTTAAATGTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTCAGTAATGCAGCAAATCCTCAATATATATGTTAAATGTAATA  500

seq1  GTAATGAAGAGCTGAACTAGTCTGCTTAAGAAAGGAAGTTGATATATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAAGAGCTGAACTAGTCTGCTTAAGAAAGGAAGTTGATATATAAC  550

seq1  ACAGAATACACTTTGAGTGTAAGTCATATTAGGAAGAAGGGCCTAGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATACACTTTGAGTGTAAGTCATATTAGGAAGAAGGGCCTAGAGAC  600

seq1  CAAGATCAGGCCTTGAGAAGGTAGGACGAACTTTAGACTGAACATGGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCAGGCCTTGAGAAGGTAGGACGAACTTTAGACTGAACATGGTAC  650

seq1  AATGGAAATAAGAGCCAGACATGTCTTAAAGGCCTTTAACATTCAGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAATAAGAGCCAGACATGTCTTAAAGGCCTTTAACATTCAGGCAG  700

seq1  AAACATCATTGAGAGTAAAATAAACTATATATATATATATATATATATAT  750
      |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCATTGAGAGTAAAATAAAC----TATATATATATATATATATAT  746

seq1  ATATATATATATATACATACATACATACATATATATATATATACATACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATACATACATACATACATATATATATATATACATACAT  796

seq1  ACATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAG  846

seq1  ACAGAGACGAGACAGAGAGAGACAGACAGACAGAGACAGGGAGAGAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  ACAGAGACGAGACAGAGAGAGACAGACAGACAGAGACGGGAAGAGAGACA  896

seq1  GAGAGACAGAGACAGAGAAATATAGGTATATAGCCACTTAATCAGTCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGAGACAGAGAAATATAGGTATATAGCCACTTAATCAGTCATG  946

seq1  GTTCTCTAAAG-AAACACACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  998
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTCTCTAAAGAAAACACACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT-TGTGT  994


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |