BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212F19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 12,199,241 - 12,360,309
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThsd7a
Upstream geneNdufa4, Phf14, LOC100040844, EG625347, LOC435879
Downstream geneLOC667735, LOC384350, Tmem106b, Gm467, Gm725
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212F19.bB6Ng01-212F19.g
ACCGA030178GA030179
length1,1801,107
definitionB6Ng01-212F19.b B6Ng01-212F19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,359,120 - 12,360,309)(12,199,241 - 12,200,361)
sequence
gaattctgtcaatcacaatggacaacttttttatttgttgtatgtatggg
ctggggcaggtggtttacatttgagggctgtcctaaagcactagaccccc
tggagctggagttataggcaggtgtgagcctcttgatataggaactgaga
accaaatttggatctcaacatatgctcttaatggctgaactatctctcca
gatcctaggatatatctttataaaatgcttacgttaggtataagatggct
aagagggtaaggcacttgcccccaagtctgatgacctgagttcaatctgg
gccccatatggtgaaaaagacgactgacttccatgatgtcgcctttgacc
ttgctatggcatgtgcatgtcccttcccaataccctcaaacatgcaaact
cacaaataaatataataattttaattaaaattatctgctattgccaattc
ctttggtgtcacaaatgatgatactataaagaatacagattttaatgtga
atgaattcaaactgactcaaggaatcttaaacttctctattccctgaata
gagaactttaaaactatcctttattgtacaatttgcaaaagtataataca
aaacagagatggatttaagtcatagaaagctgtttaaataattatgcaaa
attagccttaagcagaaagtattgtttgttagtttaattttaaaccattt
ctttttcttcggaatatataaagtgaaggtgaactgaactgccaatgaca
tcataattttgaacaaatattactaccttatcattttttattaatactcc
agaagactctaagctcttacccacctttaacagactcacttgctaccacc
cttagcactaatacattcaagcaagcactacttaaaactttggattaaga
ctttcagtttagaaaatgattcttgcaaactcattcagacattcttatcc
atggcttgaagttgtctgttgcttgtggttaacatactatggtttcctag
cacctgatgttggatttctctcaagaaatttctcctaaatgtcctggaat
ttttttccactatctatatatattcctgtatgcttgcatttatgctagag
cttgcaagaagttattggacttggagtaggtgcctggtccatgccatggt
ccactgatggtaatcgtccttgttatagcc

gaattcacttagggaactgactagctggttagaaagagtgatggggaaaa
gggatgtgtcacagttaagtacacacctggatttgtgctgcagttccaca
gtcattgggatacgtttctttaggtaggctgcctaacctcagttttcttc
actgatgataatttgcaccatttaaaactcttataaagattcaaatacat
agtgtatatggaataggcctgcagaaacccctgaccccatgacgcaagta
ccactgagaccttggaaccccgaatgtaggtaacaacacttaccaaaacg
agaacaaagacttaatccacagaaacctacagttcttggaaagtccctaa
atgtactacccatgctctggtttctgaagctctcattttgtctgttcttg
attactgaggcatgtaaacctgggatgggttttgtacttaaaatcccacc
ctgatgttagcttccaactgcatatggcttcccaacactcagtgtagttg
cctgatggtgaagaaagagtttctgttggcttaaagtcatgtctgagtgg
tcttctttggtagatatctcactacatctacatgcgtttatttttatatg
tatgggtgaatatatctcgatctattgctatcttgagagatattcagaat
gagaaatctaaatcagcacccaattaaggatgtcattaagtaccatatct
gaatagtgtaaagaagttagtgctgaggctgtgctgggcaatcaaagtca
cagtgaccccatggcaccgggcaggtcagctggttctctcttttaccatg
ccctgtgtgggatggatagaaaattcacgttgaggcagcactttactcca
gtgtgaactggaacatacttacacacacacatacctgactgtgtgtacaa
attgttcagttttggggaaagggaataggcttagttatggcataaacaag
ggtcatttcaaggaaaccagacaggataaccacaggagctctgctgctgc
cctgacttcagtagcctgaatgaatctcccagctggagacaacagaagca
tgttccgacactgcagcaggtctgaagctcaatctttatctctcagatgc
tgccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_12359120_12360309
seq2: B6Ng01-212F19.b_46_1225 (reverse)

seq1  GGCTGATAACAATGACGATTACCACTCAGTAGGCCCATAGCATGGAACCA  50
      |||| ||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||||||| |  
seq2  GGCT-ATAACAAGGACGATTACCA-TCAGT-GGACCATGGCATGGACCAG  47

seq1  GCACACTACTTCAAAAGGTCAAATTACTCTTTTGCAGGCTCTAGCATAAA  100
      |||| ||||| |||   ||| ||| ||| | ||||| |||||||||| ||
seq2  GCAC-CTACTCCAA---GTCCAATAACT-TCTTGCAAGCTCTAGCAT-AA  91

seq1  ATACAAAGCATACA-GAATATATATTAGATAGTG--AAAAAAATCCAGGA  147
      || | ||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||
seq2  ATGC-AAGCATACAGGAATATATA-TAGATAGTGGAAAAAAATTCCAGGA  139

seq1  CATTAAGGAGAAATTTCTTGAGAGAAATCCAACATCAGGTGCTAGGAAAC  197
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATTTAGGAGAAATTTCTTGAGAGAAATCCAACATCAGGTGCTAGGAAA-  188

seq1  CCATAGTATTGTTAACCACAAGCAACAGACAACTTCAAGCCATGGATAAG  247
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTA-TGTTAACCACAAGCAACAGACAACTTCAAGCCATGGATAAG  237

seq1  AATGTCTGAATGAGTTTGCAAGAATCATTTTCTAAACTGAAAGTCTTAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGAATGAGTTTGCAAGAATCATTTTCTAAACTGAAAGTCTTAAT  287

seq1  CCAAAGTTTTAAGTAGTGCTTGCTTGAATGTATTAGTGCTAAGGGTGGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTTTTAAGTAGTGCTTGCTTGAATGTATTAGTGCTAAGGGTGGTA  337

seq1  GCAAGTGAGTCTGTTAAAGGTGGGTAAGAGCTTAGAGTCTTCTGGAGTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGAGTCTGTTAAAGGTGGGTAAGAGCTTAGAGTCTTCTGGAGTAT  387

seq1  TAATAAAAAATGATAAGGTAGTAATATTTGTTCAAAATTATGATGTCATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAATGATAAGGTAGTAATATTTGTTCAAAATTATGATGTCATT  437

seq1  GGCAGTTCAGTTCACCTTCACTTTATATATTCCGAAGAAAAAGAAATGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTCAGTTCACCTTCACTTTATATATTCCGAAGAAAAAGAAATGGT  487

seq1  TTAAAATTAAACTAACAAACAATACTTTCTGCTTAAGGCTAATTTTGCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTAAACTAACAAACAATACTTTCTGCTTAAGGCTAATTTTGCAT  537

seq1  AATTATTTAAACAGCTTTCTATGACTTAAATCCATCTCTGTTTTGTATTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTAAACAGCTTTCTATGACTTAAATCCATCTCTGTTTTGTATTA  587

seq1  TACTTTTGCAAATTGTACAATAAAGGATAGTTTTAAAGTTCTCTATTCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTGCAAATTGTACAATAAAGGATAGTTTTAAAGTTCTCTATTCAG  637

seq1  GGAATAGAGAAGTTTAAGATTCCTTGAGTCAGTTTGAATTCATTCACATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGAGAAGTTTAAGATTCCTTGAGTCAGTTTGAATTCATTCACATT  687

seq1  AAAATCTGTATTCTTTATAGTATCATCATTTGTGACACCAAAGGAATTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTGTATTCTTTATAGTATCATCATTTGTGACACCAAAGGAATTGG  737

seq1  CAATAGCAGATAATTTTAATTAAAATTATTATATTTATTTGTGAGTTTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCAGATAATTTTAATTAAAATTATTATATTTATTTGTGAGTTTGC  787

seq1  ATGTTTGAGGGTATTGGGAAGGGACATGCACATGCCATAGCAAGGTCAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGAGGGTATTGGGAAGGGACATGCACATGCCATAGCAAGGTCAAA  837

seq1  GGCGACATCATGGAAGTCAGTCGTCTTTTTCACCATATGGGGCCCAGATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGACATCATGGAAGTCAGTCGTCTTTTTCACCATATGGGGCCCAGATT  887

seq1  GAACTCAGGTCATCAGACTTGGGGGCAAGTGCCTTACCCTCTTAGCCATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGTCATCAGACTTGGGGGCAAGTGCCTTACCCTCTTAGCCATC  937

seq1  TTATACCTAACGTAAGCATTTTATAAAGATATATCCTAGGATCTGGAGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCTAACGTAAGCATTTTATAAAGATATATCCTAGGATCTGGAGAG  987

seq1  ATAGTTCAGCCATTAAGAGCATATGTTGAGATCCAAATTTGGTTCTCAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCAGCCATTAAGAGCATATGTTGAGATCCAAATTTGGTTCTCAGT  1037

seq1  TCCTATATCAAGAGGCTCACACCTGCCTATAACTCCAGCTCCAGGGGGTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATCAAGAGGCTCACACCTGCCTATAACTCCAGCTCCAGGGGGTC  1087

seq1  TAGTGCTTTAGGACAGCCCTCAAATGTAAACCACCTGCCCCAGCCCATAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTTTAGGACAGCCCTCAAATGTAAACCACCTGCCCCAGCCCATAC  1137

seq1  ATACAACAAATAAAAAAGTTGTCCATTGTGATTGACAGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACAAATAAAAAAGTTGTCCATTGTGATTGACAGAATTC  1180


seq1: chr6_12199241_12200361
seq2: B6Ng01-212F19.g_68_1174

seq1  GAATTCACTTAGGGAACTGACTAGCTGGTTAGAAAGAGTGATGGGGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTAGGGAACTGACTAGCTGGTTAGAAAGAGTGATGGGGAAAA  50

seq1  GGGATGTGTCACAGTTAAGTACACACCTGGATTTGTGCTGCAGTTCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTGTCACAGTTAAGTACACACCTGGATTTGTGCTGCAGTTCCACA  100

seq1  GTCATTGGGATACGTTTCTTTAGGTAGGCTGCCTAACCTCAGTTTTCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGGGATACGTTTCTTTAGGTAGGCTGCCTAACCTCAGTTTTCTTC  150

seq1  ACTGATGATAATTTGCACCATTTAAAACTCTTATAAAGATTCAAATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGATAATTTGCACCATTTAAAACTCTTATAAAGATTCAAATACAT  200

seq1  AGTGTATATGGAATAGGCCTGCAGAAACCCCTGACCCCATGACGCAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATATGGAATAGGCCTGCAGAAACCCCTGACCCCATGACGCAAGTA  250

seq1  CCACTGAGACCTTGGAACCCCGAATGTAGGTAACAACACTTACCAAAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGACCTTGGAACCCCGAATGTAGGTAACAACACTTACCAAAACG  300

seq1  AGAACAAAGACTTAATCCACAGAAACCTACAGTTCTTGGAAAGTCCCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAGACTTAATCCACAGAAACCTACAGTTCTTGGAAAGTCCCTAA  350

seq1  ATGTACTACCCATGCTCTGGTTTCTGAAGCTCTCATTTTGTCTGTTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTACCCATGCTCTGGTTTCTGAAGCTCTCATTTTGTCTGTTCTTG  400

seq1  ATTACTGAGGCATGTAAACCTGGGATGGGTTTTGTACTTAAAATCCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAGGCATGTAAACCTGGGATGGGTTTTGTACTTAAAATCCCACC  450

seq1  CTGATGTTAGCTTCCAACTGCATATGGCTTCCCAACACTCAGTGTAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTTAGCTTCCAACTGCATATGGCTTCCCAACACTCAGTGTAGTTG  500

seq1  CCTGATGGTGAAGAAAGAGTTTCTGTTGGCTTAAAGTCATGTCTGAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGGTGAAGAAAGAGTTTCTGTTGGCTTAAAGTCATGTCTGAGTGG  550

seq1  TCTTCTTTGGTAGATATCTCACTACATCTACATGCGTTTATTTTTATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGGTAGATATCTCACTACATCTACATGCGTTTATTTTTATATG  600

seq1  TATGGGTGAATATATCTCGATCTATTGCTATCTTGAGAGATATTCAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGAATATATCTCGATCTATTGCTATCTTGAGAGATATTCAGAAT  650

seq1  GAGAAATCTAAATCAGCACCCAATTAAGGATGTCATTAAGTACCATATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATCTAAATCAGCACCCAATTAAGGATGTCATTAAGTACCATATCT  700

seq1  GAATAGTGTAAAGAAGTTAGTGCTGAGGCTGTGCTGGGCAATCAAAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTGTAAAGAAGTTAGTGCTGAGGCTGTGCTGGGCAATCAAAGTCA  750

seq1  CAGTGACCCCATGGCACCGGGCAGGTCAGCTGGTTCTCTCTTTTACCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACCCCATGGCACCGGGCAGGTCAGCTGGTTCTCTCTTTTACCATG  800

seq1  CCCTGTGTGGGATGGATAGAAAATTCACGTTGAGGCAGCAC-TTACTCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCTGTGTGGGATGGATAGAAAATTCACGTTGAGGCAGCACTTTACTCCA  850

seq1  GTGTGAACTGGAACATACTTACACACACACATACCTGACTGTGTGTACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAACTGGAACATACTTACACACACACATACCTGACTGTGTGTACAA  900

seq1  ATTGTTCAGTTTTTGGGGAAAGGGAATAGGCTTAGTTATGGCATAAACAA  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCAG-TTTTGGGGAAAGGGAATAGGCTTAGTTATGGCATAAACAA  949

seq1  GGGTTCATTTCAAGGAAAACCAGGACAGGATTAACCACAGGAAGCTCTGC  999
      ||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GGG-TCATTTCAAGG-AAACCA-GACAGGA-TAACCACAGG-AGCTCTGC  994

seq1  TGCTGCCCTGACCTTCAGTAGCCTGGAATGATTCTCCCAGCTGTGAGGAC  1049
      ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||
seq2  TGCTGCCCTGA-CTTCAGTAGCCT-GAATGAATCTCCCAGCTG-GA-GAC  1040

seq1  AACAGAAGCATG-TCCGACCACTGCAGCAGGTCTGAAAGCTCATCTTTTT  1098
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||  | |||
seq2  AACAGAAGCATGTTCCGA-CACTGCAGCAGGTCTG-AAGCTCA-ATCTTT  1087

seq1  ATCTCTCAGGGAATGCTGCCTTC  1121
      |||||||||   |||||||||||
seq2  ATCTCTCAG---ATGCTGCCTTC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |