BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213F08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 84,808,312 - 84,921,264
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc6b
Upstream geneLOC380687, LOC665098, LOC676366, Zfml, Dysf, LOC665114, 4930504D19Rik, Cyp26b1, LOC665129
Downstream geneNpm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213F08.bB6Ng01-213F08.g
ACCGA030890GA030891
length9541,153
definitionB6Ng01-213F08.b B6Ng01-213F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,920,419 - 84,921,264)(84,808,312 - 84,809,476)
sequence
gaattctttgtagaattacattttttgctaacatattctatactgcctac
tagtctttcatggggtcttttaataaataaattcattggactccaatttt
actttcaggttctgtgtctcctgaaacttaagagtgtcaacagcagtgaa
aagtttgacatacttagtctctgtacatacttggcaatagaagtgagttt
tttagtggagccaagacagtattcttacgttaccttgtattgttacgttc
ctgcccacagaagttactaccccatcctctcccttacccaaagggtttgc
atagttggccatctcttgggtgaagtctcctttgtcagtgatttttcttg
acttttaggaactagtcaaattattccaggaaaaaaaaacgtgtggattt
tttttttttttttgcttgcctccagcatcttaaggattctaagtgggaga
aaagatgaagaatttatttcatcattcatgtaacctattgttttggatcc
tcactttcagaattgcactccttgcctcagttataccagacagcctgcat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct
atctatgaatctatctgtccatccatccatccatccatccatccatccat
ctatcttccttctctgaagccttttgcagtggtaaaagaggagcagttgc
ttggctgggagcagttggcagggttctagggcttcctcagcagaccatca
gcttagctcttccaggctcctgtttctatctctcagagttcttactgctc
ccagtggaatgctggttcagttgcctcttgactttctctgttacttgctt
tttctttttctttttttttcttttttagttttttaaaaatatttttatta
ggtattttccctcatttacatttccaatgctatcccaaaaagtcccccat
accc
gaattcagtgcaacaccagacagtatgcagatagtcagctgtaagtaagc
acttggggcatcccacataccgagtgggtacgcaatgctgcgatggtctt
tgaaagggccatttcccacagttcatcaatgtaggctctattcactaagc
cctgggttgtatgcaaaatgtgatcttcaaccacaaaaaagctgagattg
aaaagaaaagaaaacagagatgtcagagatcacagttgctatcatgacca
ctaagctttgacattaacagctagcatctaactcaaatggaatgttactt
tttctgtgaggaaagctattcattatcataaatgaaattacttcagagat
tgaaaacatgtctcaaatcatattaataccttcataggtacattaccaag
actgaagtttcacttttaatgtcaaccacataatccaacaattgaaaaga
aattatataaagctaatagagtatattttaaacatattttaaaatacaat
acatctcaagaaactaacaaatctgacacatataataaacactaaaatta
tagattttaaaaaatttaatcaaaacaagattccctttattaaggaattt
ttaaattatcaaaaaaaaaatcaaacacaacaagatctcatgtcttatga
agctcaggctggccataaactgcctatgtagcctaaggtaatcttaaact
attgatcctctagttccctcattcccggcgctgggattatatgtgtacta
ccatacctggttttatgcagtgatgaatatcaaacccatgcatgctaggt
gagcattctagcagtagctaaatccttcaacactcagtgatatgcataat
agaggttattctttacatcaaagcaatattaatctgaagaagaaagcaag
ggaggagaagagcggggaatctagagaggaagtgaaggaagaagaaaagg
agtggatgtgtgcaggcaaggtgtattgaacaaccaaatctattgccatt
tttttaaccatagtgtcatcatatagtggaacagctgctgtaatgaagca
gcttgtattgaggtctctatagttaccttacctcacactctactatgtct
actcctaagtgagacacggcatgcattgctgttgattagtctgcagcacc
tgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_84920419_84921264
seq2: B6Ng01-213F08.b_44_893 (reverse)

seq1  AAGCAAGTAACAGAGAAAGTCAAGAGGCAACTGGACCAGCATTCCACTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTAACAGAGAAAGTCAAGAGGCAACTGAACCAGCATTCCACTGG  50

seq1  GAGCAGTAAGAACTCTGAGAGATAGAAACAGGAGCCTGGAAGAGCTAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTAAGAACTCTGAGAGATAGAAACAGGAGCCTGGAAGAGCTAAGC  100

seq1  TGATGGTCTGCTGAGGAAGCCCTAGAACCCTGCCAACTGCTCCCAGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTCTGCTGAGGAAGCCCTAGAACCCTGCCAACTGCTCCCAGCCAA  150

seq1  GCAACTGCTCCTCTTTTACCACTGCAAAAGGCTTCAGAGAAGGAAGATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGCTCCTCTTTTACCACTGCAAAAGGCTTCAGAGAAGGAAGATAG  200

seq1  ATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGACAGATAGATTC----AT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||
seq2  ATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGACAGATAGATTCATAGAT  250

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  300

seq1  ATGCAGGCTGTCTGGTATAACTGAGGCAAGGAGTGCAATTCTGAAAGTGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGCTGTCTGGTATAACTGAGGCAAGGAGTGCAATTCTGAAAGTGA  350

seq1  GGATCCAAAACAATAGGTTACATGAATGATGAAATAAATTCTTCATCTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCAAAACAATAGGTTACATGAATGATGAAATAAATTCTTCATCTTT  400

seq1  TCTCCCACTTAGAATCCTTAAGATGCTGGAGGCAAGCAAAAAAAAAAAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTTAGAATCCTTAAGATGCTGGAGGCAAGCAAAAAAAAAAAAA  450

seq1  AAATCCACACGTTTTTTTTTCCTGGAATAATTTGACTAGTTCCTAAAAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCACACGTTTTTTTTTCCTGGAATAATTTGACTAGTTCCTAAAAGT  500

seq1  CAAGAAAAATCACTGACAAAGGAGACTTCACCCAAGAGATGGCCAACTAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAAATCACTGACAAAGGAGACTTCACCCAAGAGATGGCCAACTAT  550

seq1  GCAAACCCTTTGGGTAAGGGAGAGGATGGGGTAGTAACTTCTGTGGGCAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCCTTTGGGTAAGGGAGAGGATGGGGTAGTAACTTCTGTGGGCAG  600

seq1  GAACGTAACAATACAAGGTAACGTAAGAATACTGTCTTGGCTCCACTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGTAACAATACAAGGTAACGTAAGAATACTGTCTTGGCTCCACTAAA  650

seq1  AAACTCACTTCTATTGCCAAGTATGTACAGAGACTAAGTATGTCAAACTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCACTTCTATTGCCAAGTATGTACAGAGACTAAGTATGTCAAACTT  700

seq1  TTCACTGCTGTTGACACTCTTAAGTTTCAGGAGACACAGAACCTGAAAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCTGTTGACACTCTTAAGTTTCAGGAGACACAGAACCTGAAAGT  750

seq1  AAAATTGGAGTCCAATGAATTTATTTATTAAAAGACCCCATGAAAGACTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGGAGTCCAATGAATTTATTTATTAAAAGACCCCATGAAAGACTA  800

seq1  GTAGGCAGTATAGAATATGTTAGCAAAAAATGTAATTCTACAAAGAATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAGTATAGAATATGTTAGCAAAAAATGTAATTCTACAAAGAATTC  850

seq1: chr6_84808312_84809476
seq2: B6Ng01-213F08.g_66_1218

seq1  GAATTCAGTGCAACACCAGACAGTATGCAGATAGTCAGCTGTAAGTAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCAACACCAGACAGTATGCAGATAGTCAGCTGTAAGTAAGC  50

seq1  ACTTGGGGCATCCCACATACCGAGTGGGTACGCAATGCTGCGATGGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGCATCCCACATACCGAGTGGGTACGCAATGCTGCGATGGTCTT  100

seq1  TGAAAGGGCCATTTCCCACAGTTCATCAATGTAGGCTCTATTCACTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGGCCATTTCCCACAGTTCATCAATGTAGGCTCTATTCACTAAGC  150

seq1  CCTGGGTTGTATGCAAAATGTGATCTTCAACCACAAAAAAGCTGAGATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTGTATGCAAAATGTGATCTTCAACCACAAAAAAGCTGAGATTG  200

seq1  AAAAGAAAAGAAAACAGAGATGTCAGAGATCACAGTTGCTATCATGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAGAAAACAGAGATGTCAGAGATCACAGTTGCTATCATGACCA  250

seq1  CTAAGCTTTGACATTAACAGCTAGCATCTAACTCAAATGGAATGTTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTTTGACATTAACAGCTAGCATCTAACTCAAATGGAATGTTACTT  300

seq1  TTTCTGTGAGGAAAGCTATTCATTATCATAAATGAAATTACTTCAGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTGAGGAAAGCTATTCATTATCATAAATGAAATTACTTCAGAGAT  350

seq1  TGAAAACATGTCTCAAATCATATTAATACCTTCATAGGTACATTACCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACATGTCTCAAATCATATTAATACCTTCATAGGTACATTACCAAG  400

seq1  ACTGAAGTTTCACTTTTAATGTCAACCACATAATCCAACAATTGAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGTTTCACTTTTAATGTCAACCACATAATCCAACAATTGAAAAGA  450

seq1  AATTATATAAAGCTAATAGAGTATATTTTAAACATATTTTAAAATACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATAAAGCTAATAGAGTATATTTTAAACATATTTTAAAATACAAT  500

seq1  ACATCTCAAGAAACTAACAAATCTGACACATATAATAAACACTAAAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCAAGAAACTAACAAATCTGACACATATAATAAACACTAAAATTA  550

seq1  TAGATTTTAAAAAATTTAATCAAAACAAGATTCCCTTTATTAAGGAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTAAAAAATTTAATCAAAACAAGATTCCCTTTATTAAGGAATTT  600

seq1  TTAAATTATCAAAAAAAAAATCAAACACAACAAGATCTCATGTCTTATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATCAAAAAAAAAATCAAACACAACAAGATCTCATGTCTTATGA  650

seq1  AGCTCAGGCTGGCCATAAACTGCCTATGTAGCCTAAGGTAATCTTAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGCTGGCCATAAACTGCCTATGTAGCCTAAGGTAATCTTAAACT  700

seq1  ATTGATCCTCTAGTTCCCTCATTCCCGGCGCTGGGATTATATGTGTACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCCTCTAGTTCCCTCATTCCCGGCGCTGGGATTATATGTGTACTA  750

seq1  CCATACCTGGTTTTATGCAGTGATGAATATCAAACCCATGCATGCTAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCTGGTTTTATGCAGTGATGAATATCAAACCCATGCATGCTAGGT  800

seq1  GAGCATTCTAGCAGTAGCTAAATCCTTCAACACTCAGTGATATGCATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCTAGCAGTAGCTAAATCCTTCAACACTCAGTGATATGCATAAT  850

seq1  AGAGGTTATTCTTTACATCAAAGCAATATAAATCTGAAGAAAGAAAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  AGAGGTTATTCTTTACATCAAAGCAATATTAATCTGAAG-AAGAAAGCAA  899

seq1  GGGAGGAGAAGAGCGGGGAATCTAGAGAGGAAGTGAAGGAAGAAGAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAGAAGAGCGGGGAATCTAGAGAGGAAGTGAAGGAAGAAGAAAAG  949

seq1  GAGGTGGATGTGTGCAGGCAAGGTGTATTGAACAACCAAATTCTATTGCC  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GA-GTGGATGTGTGCAGGCAAGGTGTATTGAACAACCAAA-TCTATTGCC  997

seq1  ATTTTTTTTAACCATAGTTGTCATCATATAGTTGGAACAAGCTGCTTGTA  1050
      | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||
seq2  A-TTTTTTTAACCATAG-TGTCATCATATAG-TGGAAC-AGCTGC-TGTA  1042

seq1  TATGAAGCAGCTTGTATATGAAGGTCTTTATTAAGTAACCTAACTTCACA  1100
       |||||||||||||||| || |||||| |||  ||| |||| || |||||
seq2  -ATGAAGCAGCTTGTAT-TG-AGGTCTCTAT--AGTTACCTTACCTCACA  1087

seq1  --CTACTATGTCTACT-CTAAGTGAGAACAGCCATGCA-TGCTGTTGAAT  1146
        |||||||||||||| ||||||||||   | |||||| |||||||| ||
seq2  CTCTACTATGTCTACTCCTAAGTGAGACACGGCATGCATTGCTGTTG-AT  1136

seq1  TAGTCTGGCAGCAACCTGT  1165
      |||||| ||||| ||||||
seq2  TAGTCT-GCAGC-ACCTGT  1153