BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214B01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 100,581,155 - 100,799,693
singlet/doubletdoublet
Overlap geneShq1, BC049816, Ppp4r2
Upstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp, LOC625221
Downstream geneEG545870, LOC100043321, Pdzrn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214B01.bB6Ng01-214B01.g
ACCGA031416GA031417
length1,1741,074
definitionB6Ng01-214B01.b B6Ng01-214B01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,798,500 - 100,799,693)(100,581,155 - 100,582,240)
sequence
gaattcaaggtcagcaggggctacataagataacccacccctccctcttc
attttaacaacctacaacaaggttgagagcagttaaaaggtcccaaagtg
gtgtcacagatcactggaacccagttccagattagcatatctcaacataa
aatttcctgaagaaatcaaagaggaagatccacaattagcaaaattaatt
tatttcaaaagactttagatgttaaatagaaactcgacaacagagatttt
agtgctaatgcatagaagccacaaaaagatcacgtgatttagaactatgg
cacaaagccatcaggaaagagtcctaactataggctggcccttaaaaaga
tgagtatagaaaaaaaaaaatcgaaaaggtcaaagacttaagtaaagcca
gtacaagaagaaaaaaaagtaaataaagggaatttctcatactcagtaat
gttggaatctatgtcatggcaagctgccttaagagttttagttttctgca
gcatggccaaacacttgtgccaggaacacctcagaagtaacaactatgcc
tctagacactgctaaatgaactgccgccagttaggaaccagtgcaatcct
taatccctctgctgaggactacagcgaaaaatcaaactaggaaacccaga
accgccaaatgaaatctcagagacataaaataacatataggtgaaaagac
aaattctaaagtgtaaatggttcatttaaaataaatgctctagcactgtg
acctttaaaacatccaccttcgtcttcctgtggtgctcttgcatcacaag
gggttactatgacactaaatcccttcccctttaagttgcttttatgaaga
tattttatcacagcacagaggtcaccaagacaagcagcacatgaaaggta
tgtgcaggttgaacataataaacattaaggaacttgagtatccagaattt
gttatcaacagggctcctatacaaaaccttgaagccggacgtgtgccgca
cgcctttaatctctacacttgggagcagagacagtggatttctgagtcta
tgtcagctgtctacaagtgagttcagaccagcatggcttaccagagaaac
ttgtctcgactcccctccccccaaaactctagcaccagctaagaccttga
aggctatgatgacgaccagctttc

gaattcttcacactgcatcaacaaatcacaaaggtgactgaaaacccaca
agtgtagaaggatcacttagagtcgtaaggggacaggcgtgcctatggac
tcagacttggatctgatgagggagggtgaggacaggcttcctggctttat
aagcagctctgagctgaggtgctgacaaggctgctggtccactcttaatc
ttgggagaataagactctcctatggtacctgtctcagtgctggaccgaac
cttacctcctcacagaaggaagtaatgaatttcgcactcactactttaca
acttaaaatatgcatcatctgaactgacggtacaactttgatagtgaaca
atctgttccgaactcagaaacttaagatactattctttaggaaaatagat
acaaaaccaattatcactccactgcagatggtcagcaggagcagtggcat
ggctccatggattaaggtacttgcactaatgatgtaaacctgagtttaat
ccctgacacctataaaggtgaaaggcaagaaccgattccacaaaattgtt
cacatacatgacatgataagagccctgcaaaataatgataataatgacac
taaattttgttgttttttccaaaaaaaaaaaaaaagttaatagctctaac
cataaaatgatagaatgcaagacaatttatttaaggtgcatgatctaagt
tttttcaactgtaaattcagcaatactcactttattgaatgacttaactg
aggaacaaaataaataacagctataaaccagtattaccatctaggtctgt
tttccactttgaaactctgagcctcagctcattaacacagctgcagctcc
caccccacgtttccccaacatcccagaattctcagtgctcctccacattt
cataaaattcttaaaatgcttacctgatttcgctatccccagcaagtgta
ttttttaaaaagtataaaaagttcccaattttaaaatagtaagaaaacat
taaacaacaaaaacgtacttaaggatagagacagaaaatacctttctgga
ctacttcaagtagaagctcaaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_100798500_100799693
seq2: B6Ng01-214B01.b_46_1219 (reverse)

seq1  GAAAACTGGTCGTCATCCTTTGCCTTCAAGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTT  50
      |||| ||||||||||| | | ||||||||||  | || | | |  || | 
seq2  GAAAGCTGGTCGTCAT-CATAGCCTTCAAGG--TCTTAGCTGG--TGCTA  45

seq1  GGGTTTTTTTGGGGGGAGGGGAGTTCGAGACAAGGTTTCTCTGTGTAGCC  100
      | |   ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||  |
seq2  GAG---TTTTGGGGGGAGGGGAG-TCGAGACAA-GTTTCTCTG-GTAAGC  89

seq1  CTGGCTGTTCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGA  150
      |  |||| ||| |||||||| ||||||||   |||| | | | |||||||
seq2  CATGCTGGTCT-GAACTCAC-TTGTAGAC--AGCTGACATAG-ACTCAGA  134

seq1  AATCCACCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGTAGAGATTAAAGGCGTGCGCCAC  200
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  AATCCA-CTGTCTCTG-CTCCCAAGTGTAGAGATTAAAGGCGTGCGGCA-  181

seq1  CACGTCCGGCTTCAAGGTTTTGTTATAGGAGCCCTGTTGATAACAAATTC  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCCGGCTTCAAGGTTTTG-TATAGGAGCCCTGTTGATAACAAATTC  230

seq1  TGGATACTCAAGTTCCTTAATGTTTATTATGTTCAACCTGCACATACCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACTCAAGTTCCTTAATGTTTATTATGTTCAACCTGCACATACCTT  280

seq1  TCATGTGCTGCTTGTCTTGGTGACCTCTGTGCTGTGATAAAATATCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGCTGCTTGTCTTGGTGACCTCTGTGCTGTGATAAAATATCTTCA  330

seq1  TAAAAGCAACTTAAAGGGGAAGGGATTTAGTGTCATAGTAACCCCTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAACTTAAAGGGGAAGGGATTTAGTGTCATAGTAACCCCTTGTG  380

seq1  ATGCAAGAGCACCACAGGAAGACGAAGGTGGATGTTTTAAAGGTCACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAGCACCACAGGAAGACGAAGGTGGATGTTTTAAAGGTCACAGT  430

seq1  GCTAGAGCATTTATTTTAAATGAACCATTTACACTTTAGAATTTGTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGCATTTATTTTAAATGAACCATTTACACTTTAGAATTTGTCTTT  480

seq1  TCACCTATATGTTATTTTATGTCTCTGAGATTTCATTTGGCGGTTCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTATATGTTATTTTATGTCTCTGAGATTTCATTTGGCGGTTCTGGG  530

seq1  TTTCCTAGTTTGATTTTTCGCTGTAGTCCTCAGCAGAGGGATTAAGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAGTTTGATTTTTCGCTGTAGTCCTCAGCAGAGGGATTAAGGATT  580

seq1  GCACTGGTTCCTAACTGGCGGCAGTTCATTTAGCAGTGTCTAGAGGCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTTCCTAACTGGCGGCAGTTCATTTAGCAGTGTCTAGAGGCATA  630

seq1  GTTGTTACTTCTGAGGTGTTCCTGGCACAAGTGTTTGGCCATGCTGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTACTTCTGAGGTGTTCCTGGCACAAGTGTTTGGCCATGCTGCAGA  680

seq1  AAACTAAAACTCTTAAGGCAGCTTGCCATGACATAGATTCCAACATTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAACTCTTAAGGCAGCTTGCCATGACATAGATTCCAACATTACT  730

seq1  GAGTATGAGAAATTCCCTTTATTTACTTTTTTTTCTTCTTGTACTGGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGAGAAATTCCCTTTATTTACTTTTTTTTCTTCTTGTACTGGCTT  780

seq1  TACTTAAGTCTTTGACCTTTTCGATTTTTTTTTTTCTATACTCATCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAAGTCTTTGACCTTTTCGATTTTTTTTTTTCTATACTCATCTTTT  830

seq1  TAAGGGCCAGCCTATAGTTAGGACTCTTTCCTGATGGCTTTGTGCCATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCCAGCCTATAGTTAGGACTCTTTCCTGATGGCTTTGTGCCATAG  880

seq1  TTCTAAATCACGTGATCTTTTTGTGGCTTCTATGCATTAGCACTAAAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATCACGTGATCTTTTTGTGGCTTCTATGCATTAGCACTAAAATC  930

seq1  TCTGTTGTCGAGTTTCTATTTAACATCTAAAGTCTTTTGAAATAAATTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGTCGAGTTTCTATTTAACATCTAAAGTCTTTTGAAATAAATTAA  980

seq1  TTTTGCTAATTGTGGATCTTCCTCTTTGATTTCTTCAGGAAATTTTATGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTAATTGTGGATCTTCCTCTTTGATTTCTTCAGGAAATTTTATGT  1030

seq1  TGAGATATGCTAATCTGGAACTGGGTTCCAGTGATCTGTGACACCACTTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATGCTAATCTGGAACTGGGTTCCAGTGATCTGTGACACCACTTT  1080

seq1  GGGACCTTTTAACTGCTCTCAACCTTGTTGTAGGTTGTTAAAATGAAGAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTTTTAACTGCTCTCAACCTTGTTGTAGGTTGTTAAAATGAAGAG  1130

seq1  GGAGGGGTGGGTTATCTTATGTAGCCCCTGCTGACCTTGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTGGGTTATCTTATGTAGCCCCTGCTGACCTTGAATTC  1174


seq1: chr6_100581155_100582240
seq2: B6Ng01-214B01.g_69_1142

seq1  GAATTCTTCACACTGCATCAACAAATCACAAAGGTGACTGAAAACCCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACACTGCATCAACAAATCACAAAGGTGACTGAAAACCCACA  50

seq1  AGTGTAGAAGGATCACTTAGAGTCGTAAGGGGACAGGCGTGCCTATGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGAAGGATCACTTAGAGTCGTAAGGGGACAGGCGTGCCTATGGAC  100

seq1  TCAGACTTGGATCTGATGAGGGAGGGTGAGGACAGGCTTCCTGGCTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTTGGATCTGATGAGGGAGGGTGAGGACAGGCTTCCTGGCTTTAT  150

seq1  AAGCAGCTCTGAGCTGAGGTGCTGACAAGGCTGCTGGTCCACTCTTAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTCTGAGCTGAGGTGCTGACAAGGCTGCTGGTCCACTCTTAATC  200

seq1  TTGGGAGAATAAGACTCTCCTATGGTACCTGTCTCAGTGCTGGACCGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGAATAAGACTCTCCTATGGTACCTGTCTCAGTGCTGGACCGAAC  250

seq1  CTTACCTCCTCACAGAAGGAAGTAATGAATTTCGCACTCACTACTTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTCCTCACAGAAGGAAGTAATGAATTTCGCACTCACTACTTTACA  300

seq1  ACTTAAAATATGCATCATCTGAACTGACGGTACAACTTTGATAGTGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAATATGCATCATCTGAACTGACGGTACAACTTTGATAGTGAACA  350

seq1  ATCTGTTCCGAACTCAGAAACTTAAGATACTATTCTTTAGGAAAATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTCCGAACTCAGAAACTTAAGATACTATTCTTTAGGAAAATAGAT  400

seq1  ACAAAACCAATTATCACTCCACTGCAGATGGTCAGCAGGAGCAGTGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCAATTATCACTCCACTGCAGATGGTCAGCAGGAGCAGTGGCAT  450

seq1  GGCTCCATGGATTAAGGTACTTGCACTAATGATGTAAACCTGAGTTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCATGGATTAAGGTACTTGCACTAATGATGTAAACCTGAGTTTAAT  500

seq1  CCCTGACACCTATAAAGGTGAAAGGCAAGAACCGATTCCACAAAATTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACACCTATAAAGGTGAAAGGCAAGAACCGATTCCACAAAATTGTT  550

seq1  CACATACATGACATGATAAGAGCCCTGCAAAATAATGATAATAATGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATGACATGATAAGAGCCCTGCAAAATAATGATAATAATGACAC  600

seq1  TAAATTTTGTTGTTTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAGTTAATAGCTCTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTGTTGTTTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAGTTAATAGCTCTAAC  650

seq1  CATAAAATGATAGAATGCAAGACAATTTATTTAAGGTGCATGATCTAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATGATAGAATGCAAGACAATTTATTTAAGGTGCATGATCTAAGT  700

seq1  TTTTTCAACTGTAAATTCAGCAATACTCACTTTATTGAATGACTTAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAACTGTAAATTCAGCAATACTCACTTTATTGAATGACTTAACTG  750

seq1  AGGAACAAAATAAATAACAGCTATAAACCAGTATTACCATCTAGGTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAAAATAAATAACAGCTATAAACCAGTATTACCATCTAGGTCTGT  800

seq1  TTTCCACTTTG-AACTCTGAGCCTCAGCTCATTAACACAGCTGCAGCTCC  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACTTTGAAACTCTGAGCCTCAGCTCATTAACACAGCTGCAGCTCC  850

seq1  --ACCCACGTTTCCCCAAACATCCCAGAATTCTCAGTGCTCCTCCACAAT  897
         ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACCCCACGTTTCCCC-AACATCCCAGAATTCTCAGTGCTCCTCCACATT  899

seq1  TCAT-AAATTCTTAAAATGCTTACCTGATTTCGCTATCCCCAGCAAGTGT  946
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAATTCTTAAAATGCTTACCTGATTTCGCTATCCCCAGCAAGTGT  949

seq1  ATTTTTTAAAAAGTATAAAAAAGTTCCCAATTTAAAAATAGTAAGAAAAA  996
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATTTTTTAAAAAGTAT-AAAAAGTTCCCAATTTTAAAATAGTAAG-AAAA  997

seq1  CATTTAAACAACAAAAAAACGTACTTAAAAGAAAGAAGAACAGAAAAATA  1046
      || |||||||||  |||||||||||| || || |||   |||| ||||||
seq2  CA-TTAAACAAC--AAAAACGTACTT-AAGGATAGA--GACAG-AAAATA  1040

seq1  ACTTTCTGAACTACTTCAAGTAGAAGTCATACCTCAAACC  1086
       ||||||| |||||||||||||||||      ||||||||
seq2  CCTTTCTGGACTACTTCAAGTAGAAG------CTCAAACC  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |