BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216A13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 94,581,801 - 94,686,176
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrig1, LOC625941
Upstream geneLOC665831, Magi1, LOC100043262, LOC665856, Slc25a26
Downstream geneEG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912, Suclg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216A13.bB6Ng01-216A13.g
ACCGA032829GA032830
length1,1681,141
definitionB6Ng01-216A13.b B6Ng01-216A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,581,801 - 94,582,975)(94,685,028 - 94,686,176)
sequence
gaattctaggcccccattctggttagatgccgctgttaagaagacaagac
atttttacacagtgggaaaagttccccactgaacagagcagcagccatgg
agatgaagagactgtgggcgtgaggtatgagctccgtccgctatgggcaa
aacagggtataagtcttcaggaaaggcctaaagagaggactgaggcagga
agagccaggtggggagatcaggcgctgggtcagacttaagagctggcccg
tcaggctgaaccaaaccaggaggcactcagtgggccaagagaaaggggta
gccaccaaaaaagggggacaggagccaggcaccgcatcaagagaaacgtc
tactggtcagcaaagacagccacgtgagcaatgccacctgtagtcagctc
ccaagccagcagctgaaggaaccaatggggtcacatgtgaggcaggggga
gacacccacaaatcaagcatcagagtaagggcgaagcaaagtcaacttag
atcctgtgggtcccacgcctgctgatttaaacaaatgcattcacaagata
ctcaggaggaaaaaaggcgtctcacctgtactgcacacacgcagtcttct
caccattcccaaagcaatatcgtatgagtaagacaactatttactaagta
tttgaacggcactgggtattaaatgtaatccagacacttcgagtactgta
gacaggacatacaaatcctgcattagtttgcatatagaacttaagcattc
tgggtttaggtattgataaggaaccactacaattcaacaacaaaacatcg
attaaaatatcagcaaagagggctggagagagagctcagtttccatcatg
aatgtcagggtgctcacaagggcctgcaacagcagctcaagggagatacc
atctacagccacctcagacatggcatgcagtcgcataaacatgcatatac
ataaagaacacaaaaatgtttgtaatcagcagaggacttaaatagacatt
tcctgaagaagaaacacaaatgcccagtaggcatcagtgttcctgaggga
aaaataaatccaggtatggtagctgctatcaaggcaccaaagagatgtgg
agaaatgatggcagcagcagtggtggaggtgagatctgcagcaacggtat
gctgaagagttacctcaa
gaattcatacagcgcatgtttgcgggcccgagtaaacatgtttgtctcta
tgaacacatgcaggactatcaacttgtcccaaaaagtgagaatcaggcaa
taaataaataaataaataaataaatgtggagaacaattgagggagacacc
cagtacagacctttgaccttcatacacaagcacacatagagggacatacc
tatgcatgtgcacacacacatacacacatgcacacacacatgcacacaca
catacacacatacacacatatacacacacacatacacacatgcacacaca
tacacacatatatatacacacatgcacatacacacactacacatacacac
atacacacacatacacacatacacacacacacacacacatacacacatac
acacacacatacacatatacacacacacatacacacacgcacacacacac
acacacagatttttctaaattcccctccattttccttagaagtccacaga
cttactcataaattccattctttcttgttctcaaatccaccgacccttat
tctgtctcccttcaatctctgccgttcgggtaagttcctgagttcaatgt
ttgcctcatgtcatagtttttcctttcttatttctaaagatagctctgag
ctggtggcccccctcaggccccgcatgtgctgcactcctaaatgctcctc
acggagccctcagctgtcagagattctagctctttccactaactcagtat
ttagagacaaatagttttgtctatcctgtgatctttctcttatatgtctg
tttactatatttccacttttattgcacggtattcagcatgtttgagctgc
attttatcatttggggaagtacttttctccagtgtagtcagtttgataga
cattaatgtatgcccacgggggaggatgtagttcctcgatagtaatagac
ttattgaatttcttaattttattattgaaattctcttccgtattcattag
agtgtctggcataggatcctaactgtgtagtccagctgatcttgaactct
tgatctctgcctccaaggtactaggaatgccagggtgctctactggtgta
atttgctgatgccttttcctaatgagtgtgtctgttgcata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_94581801_94582975
seq2: B6Ng01-216A13.b_44_1211

seq1  GAATTCTAGGCCCCCATTCTGGTTAGATGCCGCTGTTAAGAAGACAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCCCCCATTCTGGTTAGATGCCGCTGTTAAGAAGACAAGAC  50

seq1  ATTTTTACACAGTGGGAAAAGTTCCCCACTGAACAGAGCAGCAGCCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTACACAGTGGGAAAAGTTCCCCACTGAACAGAGCAGCAGCCATGG  100

seq1  AGATGAAGAGACTGTGGGCGTGAGGTATGAGCTCCGTCCGCTATGGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGAGACTGTGGGCGTGAGGTATGAGCTCCGTCCGCTATGGGCAA  150

seq1  AACAGGGTATAAGTCTTCAGGAAAGGCCTAAAGAGAGGACTGAGGCAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGTATAAGTCTTCAGGAAAGGCCTAAAGAGAGGACTGAGGCAGGA  200

seq1  AGAGCCAGGTGGGGAGATCAGGCGCTGGGTCAGACTTAAGAGCTGGCCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAGGTGGGGAGATCAGGCGCTGGGTCAGACTTAAGAGCTGGCCCG  250

seq1  TCAGGCTGAACCAAACCAGGAGGCACTCAGTGGGCCAAGAGAAAGGGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGAACCAAACCAGGAGGCACTCAGTGGGCCAAGAGAAAGGGGTA  300

seq1  GCCACCAAAAAAGGGGGACAGGAGCCAGGCACCGCATCAAGAGAAACGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAAAAAAGGGGGACAGGAGCCAGGCACCGCATCAAGAGAAACGTC  350

seq1  TACTGGTCAGCAAAGACAGCCACGTGAGCAATGCCACCTGTAGTCAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTCAGCAAAGACAGCCACGTGAGCAATGCCACCTGTAGTCAGCTC  400

seq1  CCAAGCCAGCAGCTGAAGGAACCAATGGGGTCACATGTGAGGCAGGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCAGCAGCTGAAGGAACCAATGGGGTCACATGTGAGGCAGGGGGA  450

seq1  GACACCCACAAATCAAGCATCAGAGTAAGGGCGAAGCAAAGTCAACTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCACAAATCAAGCATCAGAGTAAGGGCGAAGCAAAGTCAACTTAG  500

seq1  ATCCTGTGGGTCCCACGCCTGCTGATTTAAACAAATGCATTCACAAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGGGTCCCACGCCTGCTGATTTAAACAAATGCATTCACAAGATA  550

seq1  CTCAGGAGGAAAAAAGGCGTCTCACCTGTACTGCACACACGCAGTCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAGGAAAAAAGGCGTCTCACCTGTACTGCACACACGCAGTCTTCT  600

seq1  CACCATTCCCAAAGCAATATCGTATGAGTAAGACAACTATTTACTAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTCCCAAAGCAATATCGTATGAGTAAGACAACTATTTACTAAGTA  650

seq1  TTTGAACGGCACTGGGTATTAAATGTAATCCAGACACTTCGAGTACTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACGGCACTGGGTATTAAATGTAATCCAGACACTTCGAGTACTGTA  700

seq1  GACAGGACATACAAATCCTGCATTAGTTTGCATATAGAACTTAAGCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGACATACAAATCCTGCATTAGTTTGCATATAGAACTTAAGCATTC  750

seq1  TGGGTTTAGGTATTGATAAGGAACCACTACAATTCAACAACAAAACATCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTAGGTATTGATAAGGAACCACTACAATTCAACAACAAAACATCG  800

seq1  ATTAAAATATCAGCAAAGAGGGCTGGAGAGAGAGCTCAGTTTCCATCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATATCAGCAAAGAGGGCTGGAGAGAGAGCTCAGTTTCCATCATG  850

seq1  AATGTCAGGGTGCTCACAAGGGCCTGCAACAGCAGCTCAAGGGAGATACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAGGGTGCTCACAAGGGCCTGCAACAGCAGCTCAAGGGAGATACC  900

seq1  ATCTACAGCCACCTCAGACATGGCATGCAGTCGCATAAACATGCATATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAGCCACCTCAGACATGGCATGCAGTCGCATAAACATGCATATAC  950

seq1  ATAAAGAACACAAAAATGTTTGTAATCAGCAGAGGACTTAAATAGACATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAACACAAAAATGTTTGTAATCAGCAGAGGACTTAAATAGACATT  1000

seq1  TCCTGAAGAAGATACACAAATGCCCAGTAGGCATCAGTGTTCCTGAGGGA  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGAAGAAACACAAATGCCCAGTAGGCATCAGTGTTCCTGAGGGA  1050

seq1  AACATAAATCCAAGTTATGGTAGCTGCTATCAAAGGCACACAAGAGAATG  1100
      || |||||||| || |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||
seq2  AAAATAAATCC-AGGTATGGTAGCTGCTATC-AAGGCACCAAAGAG-ATG  1097

seq1  TGGAGAAAATGGATGGCAGCAAGCAGT-GTGGAGTGAAGATCTGCAGCAA  1149
      ||||||||   ||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||| |
seq2  TGGAGAAA--TGATGGCAGC-AGCAGTGGTGGAGGTGAGATCTGCAGC-A  1143

seq1  ACAGTATGGCTGAAGAGTTACCTCAA  1175
      || |||| ||||||||||||||||||
seq2  ACGGTAT-GCTGAAGAGTTACCTCAA  1168

seq1: chr6_94685028_94686176
seq2: B6Ng01-216A13.g_65_1205 (reverse)

seq1  TATGCAACAGACACACACAATAAGGAAAAGAGCAAACAAGCAAATTAACA  50
      |||||||||||||||| | || |||||||| ||  |  |||||||||   
seq2  TATGCAACAGACACACTC-ATTAGGAAAAG-GC--ATCAGCAAATTACAC  46

seq1  CAGTAGAGCACACCTGCAATCCTAGTACTTGGGAGGCAGAGGATCAAGAG  100
      ||||||||||| |  ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||
seq2  CAGTAGAGCACCCTGGCATTCCTAGTACCTTGGAGGCAGA-GATCAAGAG  95

seq1  TTCAAGATCAGCCTGGACTACACAGTTAAGATCCTATGCCAGACACTCTT  150
      ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  TTCAAGATCAG-CTGGACTACACAGTTAGGATCCTATGCCAGACACTC-T  143

seq1  AATGAATTACGGAAGAGAATTTCAATAATAAAATTAAGAAAATTCAATAA  200
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATGAA-TACGGAAGAGAATTTCAATAATAAAATTAAG-AAATTCAATAA  191

seq1  GTCTATTACTATCGAGGAACTACATCCT-CCCCGTGGGCATACATTAATG  249
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTACTATCGAGGAACTACATCCTCCCCCGTGGGCATACATTAATG  241

seq1  TCTATCAAAACTGACTACACTGGAGAAAAGTACTTCCCCAAATGATAAAA  299
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATC-AAACTGACTACACTGGAGAAAAGTACTTCCCCAAATGATAAAA  290

seq1  TGCAGCTCAAACATGCTGAATACCGTGCAATAAAAGTGGAAATATAGT-A  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCAGCTCAAACATGCTGAATACCGTGCAATAAAAGTGGAAATATAGTAA  340

seq1  ACAGACATATAAGAGAAAGATCACAGGATAGACAAAACTATTTGTCTCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATATAAGAGAAAGATCACAGGATAGACAAAACTATTTGTCTCTA  390

seq1  AATACTGAGTTAGTGGAAAGAGCTAGAATCTCTGACAGCTGAGGGCTCCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGAGTTAGTGGAAAGAGCTAGAATCTCTGACAGCTGAGGGCTCCG  440

seq1  TGAGGAGCATTTAGGAGTGCAGCACATGCGGGGCCTGAGGGGGGCCACCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGCATTTAGGAGTGCAGCACATGCGGGGCCTGAGGGGGGCCACCA  490

seq1  GCTCAGAGCTATCTTTAGAAATAAGAAAGGAAAAACTATGACATGAGGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGCTATCTTTAGAAATAAGAAAGGAAAAACTATGACATGAGGCA  540

seq1  AACATTGAACTCAGGAACTTACCCGAACGGCAGAGATTGAAGGGAGACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGAACTCAGGAACTTACCCGAACGGCAGAGATTGAAGGGAGACAG  590

seq1  AATAAGGGTCGGTGGATTTGAGAACAAGAAAGAATGGAATTTATGAGTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGGTCGGTGGATTTGAGAACAAGAAAGAATGGAATTTATGAGTAA  640

seq1  GTCTGTGGACTTCTAAGGAAAATGGAGGGGAATTTAGAAAAATCTGTGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGGACTTCTAAGGAAAATGGAGGGGAATTTAGAAAAATCTGTGTG  690

seq1  TGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATGTGTATGTGTGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATATGTGTATGTGTGTG  740

seq1  TGTATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTA  790

seq1  TGTGTGTATGTGTAGTGTGTGTATGTGCATGTGTGTATATATATGTGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTAGTGTGTGTATGTGCATGTGTGTATATATATGTGTGT  840

seq1  ATGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGTATATGTGTGTATGTGTGTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGTATATGTGTGTATGTGTGTAT  890

seq1  GTGTGTGTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGCACATGCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGCATGTGTGTGTGCATGTGTGTATGTGTGTGTGCACATGCAT  940

seq1  AGGTATGTCCCTCTATGTGTGCTTGTGTATGAAGGTCAAAGGTCTGTACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTCCCTCTATGTGTGCTTGTGTATGAAGGTCAAAGGTCTGTACT  990

seq1  GGGTGTCTCCCTCAATTGTTCTCCACATTTATTTATTTATTTATTTATTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCTCCCTCAATTGTTCTCCACATTTATTTATTTATTTATTTATTT  1040

seq1  ATTGCCTGATTCTCACTTTTTGGGACAAGTTGATAGTCCTGCATGTGTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTGATTCTCACTTTTTGGGACAAGTTGATAGTCCTGCATGTGTTC  1090

seq1  ATAGAGACAAACATGTTTACTCGGGCCCGCAAACATGCGCTGTATGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGACAAACATGTTTACTCGGGCCCGCAAACATGCGCTGTATGAATT  1140

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1141