BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-216D05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 145,028,251 - 145,181,710
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrmp, Casc1, Lyrm5, Kras
Upstream geneSox5, 4933425H06Rik, EG665149, Bcat1
Downstream geneLOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1, LOC100042879, Tuba3b, Rassf8, Bhlhb3, Sspn, Itpr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-216D05.bB6Ng01-216D05.g
ACCGA032951GA032952
length1,1781,127
definitionB6Ng01-216D05.b B6Ng01-216D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,028,251 - 145,029,349)(145,180,592 - 145,181,710)
sequence
gaattctaggcctttaggcccaggcttgggaatgtggcctttgtaaaggt
atgctaatcataaaacaaatagcgacattcctccatccacccgcttcctg
ggttcaaagagtgctcattcaaagaaagtcacccagaacctgcaatgcaa
atgtgctatagttaggggctcttagaagctgtcttgagagttaattacca
ggtattccttgtgactcttgtaactttacacttccttgtgactcttaact
ggtatctttggtatcttccaataacgccctccccacttccttgagttgtg
gtttcttcctttaaatacccccttacccagctactcggggcgacacggtc
ctctacccctgcgtggtgtatgaccatgggcccgagagcgctcttgaata
aaaatcctcttgcaatttgcagcaagacccgtttcttgtgggtgattttg
gggtgtcgcctctcctgagtcagaacgtgggggagtcctcacattgtggg
tctttcaaaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccaggg
ctacacagagaaaccctggctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaacctgc
catttgcccgaaccatgctaccaagcaagtaagtgggaccataggacact
gccactgaaactgtaggctcttgggaattgttacaatacattccgacatg
gtgaaaagacacaagtgtatccacctatgtttctggcatatctcactcat
gacaatgtgtagttataactcaataaatgttactcttaaaagtcaggtat
gacttagtttttaaaaagctgaacagatagactgcatacctgcctcccac
ttgtatttatgataatatgtattcagattgagacaagctgagctcagcta
ctcaatcactctgagtctattgattctggtgtatgtaattggctaaattc
ttgtacctttgatacattcagtttcacaaagcgagttcctggtgtggctc
aagttttgatgtttcatcctttgtatgttgggccactttttttttcctaa
cctatgtcccatttttccctcatgcatttattctgctattatgtcctcta
aattgaaaccatcatcaccttatattgtttccagtcacatggaatgacct
tacattttttgaatgaatatgacacaaa
gaattcaatacttttggcctgcactggcacctgaattcacatgcatgtac
ctatacacagacacacatatgcgtggttaaacatggaaactgaaatcagt
ctttcatgattgtctttgtgtctgagtaatgcaggagcccttacccatag
ctttgttgtctgatgtttcactcatgtgcacttcacctaagtatgaaaat
atgaaatgggaatttcaaaaaatgaaggatttctaagttttgaatagttt
ttactatatattgttatgtttttttgttttattttcctactatattgtta
attaaactgaattattgacatgtactggaggagaagatagtatatgaaga
gtttggtaccatccctagtttcaggcactcatgcaagattctcagaatgt
ttacccacagatggcagggagagtcctgaaatgtcagttatgttgatgct
gttaactcatgtttggtaaaaacacacacattttttcttgagataggatt
ttactatgtggctttggcttgcctggaactcactttgtagaccagactgt
cctgaattcacagaggtcctactgcctctgcttccttaatgctgagattg
aaggcatgagtcaccatatctgttggataaaaatattttcaattgtatac
atacacatttacatatatgtatcatatttctaagataattttaaaccaaa
atgtttgaaacttttgtatatttcttatttttatatatgtaagtgaacag
atatgtaagattttttttttttttgtcttagagggaaaataagagaagtg
aagacaatttggtagggtagaaactaggattcatatgaagaaaccactca
gtcaagctttgtgagatgaagttgagggcaaggtttgaagtatttttgtg
ttacttatgcttctgcttcactttgtttcttccccagaagaacaaattaa
aaagagtaaaggactctggaagaattgtgcctatggtcctggtaggaata
agtgttgatttgcttctagaacagtagacacgaatcaggctcaaggagtt
agcaagaagttacggattccgttcattgagaacctcaccaagacaagaca
tggtggaagttacactgaacagacgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_145028251_145029349
seq2: B6Ng01-216D05.b_128_1221

seq1  ATCCACCCGCTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAAAGAAAGTCACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCCGCTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAAAGAAAGTCACCC  50

seq1  AGAACCTGCAATGCAAATGTGCTATAGTTAGGGGCTCTTAGAAGCTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGCAATGCAAATGTGCTATAGTTAGGGGCTCTTAGAAGCTGTCT  100

seq1  TGAGAGTTAATTACCAGGTATTCCTTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTTAATTACCAGGTATTCCTTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTC  150

seq1  CTTGTGACTCTTAACTGGTATCTTTGGTATCTTCCAATAACGCCCTCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGACTCTTAACTGGTATCTTTGGTATCTTCCAATAACGCCCTCCCC  200

seq1  ACTTCCTTGAGTTGTGGTTTCTTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTTGAGTTGTGGTTTCTTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTAC  250

seq1  TCGGGGCGACACGGTCCTCTACCCCTGCGTGGTGTATGACCATGGGCCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGCGACACGGTCCTCTACCCCTGCGTGGTGTATGACCATGGGCCCG  300

seq1  AGAGCGCTCTTGAATAAAAATCCTCTTGCAATTTGCAGCAAGACCCGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGCTCTTGAATAAAAATCCTCTTGCAATTTGCAGCAAGACCCGTTT  350

seq1  CTTGTGGGTGATTTTGGGGTGTCGCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGTGATTTTGGGGTGTCGCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGA  400

seq1  GTCCTCACATTGTGGGTCTTTCAAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCACATTGTGGGTCTTTCAAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT  450

seq1  TCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGGCTCAAAAAAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGGCTCAAAAAAAAAAAA  500

seq1  AAAAAAAAGAACCTGCCATTTGCCCGAACCATGCTACCAAGCAAGTAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGAACCTGCCATTTGCCCGAACCATGCTACCAAGCAAGTAAGT  550

seq1  GGGACCATAGGACACTGCCACTGAAACTGTAGGCTCTTGGGAATTGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCATAGGACACTGCCACTGAAACTGTAGGCTCTTGGGAATTGTTAC  600

seq1  AATACATTCCGACATGGTGAAAAGACACAAGTGTATCCACCTATGTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTCCGACATGGTGAAAAGACACAAGTGTATCCACCTATGTTTCT  650

seq1  GGCATATCTCACTCATGACAATGTGTAGTTATAACTCAATAAAATGTTAC  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCATATCTCACTCATGACAATGTGTAGTTATAACTCAAT-AAATGTTAC  699

seq1  TCTTAAAAGTCAGGTATGACTTAGTTTTTAAAAAGCTGAACAGATAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAGTCAGGTATGACTTAGTTTTTAAAAAGCTGAACAGATAGACT  749

seq1  GCATACCTGCCTCCCACTTGTATTTATGAT-ATATGTATTCAGATTGAGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCATACCTGCCTCCCACTTGTATTTATGATAATATGTATTCAGATTGAGA  799

seq1  CAAGCTGAGCTCAGCTACTCAATCACTCTGAGTCTATTGATTCT-GTGTA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAAGCTGAGCTCAGCTACTCAATCACTCTGAGTCTATTGATTCTGGTGTA  849

seq1  TGTAATTGGCTAAATTCTTGTAACCTTTGATACATTCAGTTTCAACAAAG  898
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTAATTGGCTAAATTCTTGT-ACCTTTGATACATTCAGTTTC-ACAAAG  897

seq1  CGAGTTCCT-GTGTGGCTCAAGTTTTTGATGTTTCATCCTTTGTATGTTG  947
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTCCTGGTGTGGCTCAAG-TTTTGATGTTTCATCCTTTGTATGTTG  946

seq1  GGCCACTTTTTTTTTCCTAACCTATGTCCATTTTTTCCCTCATGCATTTT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| 
seq2  GGCCACTTTTTTTTTCCTAACCTATGTCCCATTTTTCCCTCATGCATTTA  996

seq1  ATCTGCTTATTATGT-CTCTAAATTGTAACTATCATCAACCTTATTATGT  1046
       ||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||| |||  
seq2  TTCTGC-TATTATGTCCTCTAAATTGAAACCATCATC-ACCTTA-TATTG  1043

seq1  TTTCAAGTTACATGGAATGACACTTTAACATTTTTTG-ATGAATATGAAA  1095
      |||| ||| |||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| |
seq2  TTTCCAGTCACATGGAATGAC-CTT--ACATTTTTTGAATGAATATGACA  1090

seq1  CAAA  1099
      ||||
seq2  CAAA  1094

seq1: chr6_145180592_145181710
seq2: B6Ng01-216D05.g_66_1192 (reverse)

seq1  CACGTCTGTCCAGTTGTACT--CACC-TGTCTTGTCTTTGCTGAGG-TCT  46
      ||||||||| ||||   |||  |||| ||||||||| ||| ||||| |||
seq2  CACGTCTGTTCAGTGTAACTTCCACCATGTCTTGTC-TTGGTGAGGTTCT  49

seq1  CAATGAACGGAATCCCGTAACTCCTTGCTAACTCC-TGAGCCTGTTTCGT  95
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||
seq2  CAATGAACGGAAT-CCGTAACTTCTTGCTAACTCCTTGAGCCTGATTCGT  98

seq1  GTCTACTGTTCTAGAAGGCAAATC-ACACTTATTCCCTACCAGGACCATA  144
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCTACTGTTCTAGAA-GCAAATCAACACTTATT-CCTACCAGGACCATA  146

seq1  GGCACA--TCTT-CAGAGTCCTTTACTC-TTTTAATTTGTTC-TCTGGGG  189
      ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GGCACAATTCTTCCAGAGTCCTTTACTCTTTTTAATTTGTTCTTCTGGGG  196

seq1  AAGAAACAAAGTGAAGCAGAAGCATAAGTAACACAAAAATACTTCAAACC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAAAGTGAAGCAGAAGCATAAGTAACACAAAAATACTTCAAACC  246

seq1  TTGCCCTCAACTTCATCTCACAAAGCTTGACTGAGTGGTTTCTTCATATG  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTCAACTTCATCTCACAAAGCTTGACTGAGTGGTTTCTTCATATG  296

seq1  AATCCTAGTTTCTACCCTACCAAATTGTCTTCACTTCTCTTATTTTCCCT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTAGTTTCTACCCTACCAAATTGTCTTCACTTCTCTTATTTTCCCT  346

seq1  CTAAGAC-AAAAAAAAAAAAATCTTACATATCTGTTCACTTACATATATA  388
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACAAAAAAAAAAAAAATCTTACATATCTGTTCACTTACATATATA  396

seq1  AAAATAAGAAATATACAAAAGTTTCAAACATTTTGGTTTAAAATTATCTT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGAAATATACAAAAGTTTCAAACATTTTGGTTTAAAATTATCTT  446

seq1  AGAAATATGATACATATATGTAAATGTGTATGTATACAATTGAAAATATT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATGATACATATATGTAAATGTGTATGTATACAATTGAAAATATT  496

seq1  TTTATCCAACAGATATGGTGACTCATGCCTTCAATCTCAGCATTAAGGAA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCAACAGATATGGTGACTCATGCCTTCAATCTCAGCATTAAGGAA  546

seq1  GCAGAGGCAGTAGGACCTCTGTGAATTCAGGACAGTCTGGTCTACAAAGT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGTAGGACCTCTGTGAATTCAGGACAGTCTGGTCTACAAAGT  596

seq1  GAGTTCCAGGCAAGCCAAAGCCACATAGTAAAATCCTATCTCAAGAAAAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAGGCAAGCCAAAGCCACATAGTAAAATCCTATCTCAAGAAAAA  646

seq1  ATGTGTGTGTTTTTACCAAACATGAGTTAACAGCATCAACATAACTGACA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTTTTTACCAAACATGAGTTAACAGCATCAACATAACTGACA  696

seq1  TTTCAGGACTCTCCCTGCCATCTGTGGGTAAACATTCTGAGAATCTTGCA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGACTCTCCCTGCCATCTGTGGGTAAACATTCTGAGAATCTTGCA  746

seq1  TGAGTGCCTGAAACTAGGGATGGTACCAAACTCTTCATATACTATCTTCT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCCTGAAACTAGGGATGGTACCAAACTCTTCATATACTATCTTCT  796

seq1  CCTCCAGTACATGTCAATAATTCAGTTTAATTAACAATATAGTAGGAAAA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGTACATGTCAATAATTCAGTTTAATTAACAATATAGTAGGAAAA  846

seq1  TAAAACAAAAAAACATAACAATATATAGTAAAAACTATTCAAAACTTAGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAAAAAACATAACAATATATAGTAAAAACTATTCAAAACTTAGA  896

seq1  AATCCTTCATTTTTTGAAATTCCCATTTCATATTTTCATACTTAGGTGAA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTCATTTTTTGAAATTCCCATTTCATATTTTCATACTTAGGTGAA  946

seq1  GTGCACATGAGTGAAACATCAGACAACAAAGCTATGGGTAAGGGCTCCTG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACATGAGTGAAACATCAGACAACAAAGCTATGGGTAAGGGCTCCTG  996

seq1  CATTACTCAGACACAAAGACAATCATGAAAGACTGATTTCAGTTTCCATG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTCAGACACAAAGACAATCATGAAAGACTGATTTCAGTTTCCATG  1046

seq1  TTTAACCACGCATATGTGTGTCTGTGTATAGGTACATGCATGTGAATTCA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCACGCATATGTGTGTCTGTGTATAGGTACATGCATGTGAATTCA  1096

seq1  GGTGCCAGTGCAGGCCAAAAGTATTGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAGTGCAGGCCAAAAGTATTGAATTC  1127