BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218H03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 27,631,890 - 27,776,609
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrm8
Upstream geneLOC100041247
Downstream gene6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350, Snd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218H03.bB6Ng01-218H03.g
ACCGA034572GA034573
length1,177812
definitionB6Ng01-218H03.b B6Ng01-218H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,775,426 - 27,776,609)(27,631,890 - 27,632,701)
sequence
gaattcttacagtgtaatttagggactctcaatttattcacaggctcttc
ttctgtctctctcttgcttagagacactttctgtctctctgaaaaaaatc
taagcattggttatgaatctgtttgcacttgaaataaatgtagctcactg
caaacagtaatgatgaaacagttataagaaaacacacatttattgactac
atcctatttaccagaaactgtgttacatgttatctgggtcctttgataga
tttctcaaccttatgaagaaatcagtgatgtcattaggaaatggagagtg
gatgggtttgaaaaattactcaaatgctacatactataaataatagggtc
tgttaaaaagaagctggattaggaagttaaattgcaacatacttatacat
ttgtgagaggagggaggggactggccagataaaatataggacacccactt
gaacttgaatctcacataaaatgaaccagattgttcatttgtcacatgta
ttatataggatatagaatataccgtacactcttaactctggacatccttg
gaatgcttagttatttgcagaatcaagtttgacccagaaagttctctaga
agctgtctggtttcaatgcaagagaggaaaggctcagatatcttggatat
gagcatttccataactgacaacctagcaaggaacagggtctagctgtgtg
gctttccttaactacccactggtttttcatttgcctacgaagtgagtttc
ccttttctatttccaagattgttcatctgctgcctattttcaacatagct
gactagagagcaagcactgcccatgatgcattctactgtgaaggcagagt
aaacagaagcaacaagtgaaagatcctggctgctgtcacatgttggcaat
gaccgggactctttccatatggtatctcatttggtggagcaagagccata
agggtaaatggtgtatatttatgtctacttgcccagtcagtttcttctag
actgtagctgggagggccatctcaatgacgaatagtgttatcagaaaatg
aataaccagggatgcaattttataaagtagcccatcgttagaagaatgta
aataaaatgttgtatatctggctgggagttcaataactggtcattattca
aggcagagagaagtatcattagtctgt

gaattcatagacaatgaaatacagcttgcctggaagccccttccaatttt
tctggtcaaaattctgtcttctgaaaaagagaacaaccagcaatagtatc
taatggatcaaacaatcatatacccattacatatgaataaataatgtatt
aaatattgaactaacaaaaataagaagaggaattacaagaaattcaatta
atcgcaattccaaagagtgacataagcaatacctgatctaagctgggcca
tgtcattcctgtccctcttgtgctatactagattagtaataaataaaaat
ggaatgtaatttcactatgccttacagtggggagagggaacttgtagagt
ccacctccagtagaaagacaggacatcaaatggagggatggggttgccat
ctcacagtcaaaaactctgacccagagctgcagggtcagaaatggagaag
agcctgaggataaggaggtccagtgctaggcccaaattgagatccatctc
agggggaggccctaaggcctgaaactattactgaggctatggagtgctca
cagaaggggcctatcttaactgccctcaaaaagacccaacaagcaactga
aagagtcatatgcagatatttacacccatccaatggacagaagctggtga
cccctgtggttgaattagggaaaagctgcaagaagctgaggagggaggtg
accctgtaggaaggccagcagtctcaactaacctggacctccaagatctc
tcagacacagagcatccaaccaggcagcatacaccagctgatatgaggcc
cccgatacatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_27775426_27776609
seq2: B6Ng01-218H03.b_43_1219 (reverse)

seq1  ACAGACTAATTAATACTTCTCTCTTCCTTGAATAAAATGACCCAGTATTG  50
      ||||||||| | |||||||||||| ||||||||  |||||||   |||||
seq2  ACAGACTAA-TGATACTTCTCTCTGCCTTGAAT--AATGACCAGTTATTG  47

seq1  AACT-CCAG-CAGATTATACAACATTTTAATTTACTATCTTCTAAAAGGA  98
      |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||  || ||
seq2  AACTCCCAGCCAGA-TATACAACATTTT-ATTTACATTCTTCT--AACGA  93

seq1  T-GGCTACTTTATAAAA-TGCATTCCTGGTTATTCATTTTCTGATAACAC  146
      | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTACTTTATAAAATTGCATCCCTGGTTATTCATTTTCTGATAACAC  143

seq1  TATTCGTCATTGAGATTGGCCCTCCCAGCTACAGTCTAGAAGAAACTTGA  196
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATTCGTCATTGAGA-TGGCCCTCCCAGCTACAGTCTAGAAGAAAC-TGA  191

seq1  CTGGGGCAAGTAGACATTAAATATACACCATTTACCCTTATGGCTCTTGC  246
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-GGGCAAGTAGACA-TAAATATACACCATTTACCCTTATGGCTCTTGC  239

seq1  TCCACCAAATGAGATACCATATGGAAAGAGTCCCGGTCATTGCCAACATG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAAATGAGATACCATATGGAAAGAGTCCCGGTCATTGCCAACATG  289

seq1  TGACAGCAGCCAGGATCTTTCACTTGTTGCTTCTGTTTACTCTGCCTTCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCAGCCAGGATCTTTCACTTGTTGCTTCTGTTTACTCTGCCTTCA  339

seq1  CAGTAGAATGCATCATGGGCAGTGCTTGCTCTCTAGTCAGCTATGTTGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAATGCATCATGGGCAGTGCTTGCTCTCTAGTCAGCTATGTTGAA  389

seq1  AATAGGCAGCAGATGAACAATCTTGGAAATAGAAAAGGGAAACTCACTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCAGCAGATGAACAATCTTGGAAATAGAAAAGGGAAACTCACTTC  439

seq1  GTAGGCAAATGAAAAACCAGTGGGTAGTTAAGGAAAGCCACACAGCTAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAAATGAAAAACCAGTGGGTAGTTAAGGAAAGCCACACAGCTAGA  489

seq1  CCCTGTTCCTTGCTAGGTTGTCAGTTATGGAAATGCTCATATCCAAGATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTCCTTGCTAGGTTGTCAGTTATGGAAATGCTCATATCCAAGATA  539

seq1  TCTGAGCCTTTCCTCTCTTGCATTGAAACCAGACAGCTTCTAGAGAACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCTTTCCTCTCTTGCATTGAAACCAGACAGCTTCTAGAGAACTT  589

seq1  TCTGGGTCAAACTTGATTCTGCAAATAACTAAGCATTCCAAGGATGTCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTCAAACTTGATTCTGCAAATAACTAAGCATTCCAAGGATGTCCA  639

seq1  GAGTTAAGAGTGTACGGTATATTCTATATCCTATATAATACATGTGACAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAGAGTGTACGGTATATTCTATATCCTATATAATACATGTGACAA  689

seq1  ATGAACAATCTGGTTCATTTTATGTGAGATTCAAGTTCAAGTGGGTGTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAATCTGGTTCATTTTATGTGAGATTCAAGTTCAAGTGGGTGTCC  739

seq1  TATATTTTATCTGGCCAGTCCCCTCCCTCCTCTCACAAATGTATAAGTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTATCTGGCCAGTCCCCTCCCTCCTCTCACAAATGTATAAGTAT  789

seq1  GTTGCAATTTAACTTCCTAATCCAGCTTCTTTTTAACAGACCCTATTATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAATTTAACTTCCTAATCCAGCTTCTTTTTAACAGACCCTATTATT  839

seq1  TATAGTATGTAGCATTTGAGTAATTTTTCAAACCCATCCACTCTCCATTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTATGTAGCATTTGAGTAATTTTTCAAACCCATCCACTCTCCATTT  889

seq1  CCTAATGACATCACTGATTTCTTCATAAGGTTGAGAAATCTATCAAAGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGACATCACTGATTTCTTCATAAGGTTGAGAAATCTATCAAAGGA  939

seq1  CCCAGATAACATGTAACACAGTTTCTGGTAAATAGGATGTAGTCAATAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATAACATGTAACACAGTTTCTGGTAAATAGGATGTAGTCAATAAA  989

seq1  TGTGTGTTTTCTTATAACTGTTTCATCATTACTGTTTGCAGTGAGCTACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTTCTTATAACTGTTTCATCATTACTGTTTGCAGTGAGCTACA  1039

seq1  TTTATTTCAAGTGCAAACAGATTCATAACCAATGCTTAGATTTTTTTCAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCAAGTGCAAACAGATTCATAACCAATGCTTAGATTTTTTTCAG  1089

seq1  AGAGACAGAAAGTGTCTCTAAGCAAGAGAGAGACAGAAGAAGAGCCTGTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAAAGTGTCTCTAAGCAAGAGAGAGACAGAAGAAGAGCCTGTG  1139

seq1  AATAAATTGAGAGTCCCTAAATTACACTGTAAGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGAGAGTCCCTAAATTACACTGTAAGAATTC  1177


seq1: chr6_27631890_27632701
seq2: B6Ng01-218H03.g_63_874

seq1  GAATTCATAGACAATGAAATACAGCTTGCCTGGAAGCCCCTTCCAATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGACAATGAAATACAGCTTGCCTGGAAGCCCCTTCCAATTTT  50

seq1  TCTGGTCAAAATTCTGTCTTCTGAAAAAGAGAACAACCAGCAATAGTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCAAAATTCTGTCTTCTGAAAAAGAGAACAACCAGCAATAGTATC  100

seq1  TAATGGATCAAACAATCATATACCCATTACATATGAATAAATAATGTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGATCAAACAATCATATACCCATTACATATGAATAAATAATGTATT  150

seq1  AAATATTGAACTAACAAAAATAAGAAGAGGAATTACAAGAAATTCAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGAACTAACAAAAATAAGAAGAGGAATTACAAGAAATTCAATTA  200

seq1  ATCGCAATTCCAAAGAGTGACATAAGCAATACCTGATCTAAGCTGGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAATTCCAAAGAGTGACATAAGCAATACCTGATCTAAGCTGGGCCA  250

seq1  TGTCATTCCTGTCCCTCTTGTGCTATACTAGATTAGTAATAAATAAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCCTGTCCCTCTTGTGCTATACTAGATTAGTAATAAATAAAAAT  300

seq1  GGAATGTAATTTCACTATGCCTTACAGTGGGGAGAGGGAACTTGTAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTAATTTCACTATGCCTTACAGTGGGGAGAGGGAACTTGTAGAGT  350

seq1  CCACCTCCAGTAGAAAGACAGGACATCAAATGGAGGGATGGGGTTGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCAGTAGAAAGACAGGACATCAAATGGAGGGATGGGGTTGCCAT  400

seq1  CTCACAGTCAAAAACTCTGACCCAGAGCTGCAGGGTCAGAAATGGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTCAAAAACTCTGACCCAGAGCTGCAGGGTCAGAAATGGAGAAG  450

seq1  AGCCTGAGGATAAGGAGGTCCAGTGCTAGGCCCAAATTGAGATCCATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAGGATAAGGAGGTCCAGTGCTAGGCCCAAATTGAGATCCATCTC  500

seq1  AGGGGGAGGCCCTAAGGCCTGAAACTATTACTGAGGCTATGGAGTGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAGGCCCTAAGGCCTGAAACTATTACTGAGGCTATGGAGTGCTCA  550

seq1  CAGAAGGGGCCTATCTTAACTGCCCTCAAAAAGACCCAACAAGCAACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGGCCTATCTTAACTGCCCTCAAAAAGACCCAACAAGCAACTGA  600

seq1  AAGAGTCATATGCAGATATTTACACCCATCCAATGGACAGAAGCTGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCATATGCAGATATTTACACCCATCCAATGGACAGAAGCTGGTGA  650

seq1  CCCCTGTGGTTGAATTAGGGAAAAGCTGCAAGAAGCTGAGGAGGGAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTGGTTGAATTAGGGAAAAGCTGCAAGAAGCTGAGGAGGGAGGTG  700

seq1  ACCCTGTAGGAAGGCCAGCAGTCTCAACTAACCTGGACCTCCAAGATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTAGGAAGGCCAGCAGTCTCAACTAACCTGGACCTCCAAGATCTC  750

seq1  TCAGACACAGAGCATCCAACCAGGCAGCATACACCAGCTGATATGAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACAGAGCATCCAACCAGGCAGCATACACCAGCTGATATGAGGCC  800

seq1  CCCGATACATAT  812
      ||||||||||||
seq2  CCCGATACATAT  812


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |