BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219C02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 49,663,460 - 49,664,627
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneGimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210
Downstream geneNpy, LOC100041653, LOC624524, Mpp6, Dfna5h, LOC100041681, Osbpl3, Cycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219C02.bB6Ng01-219C02.g
ACCGA035065GA035066
length1,157612
definitionB6Ng01-219C02.b B6Ng01-219C02.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcttgcttgtcacacccccaagcctcccttgaccttaacaaagcca
cttcataaactgtagtcatttgcatattttctcccgctctgtgaacacac
aagattccagtctagagtcaaaggacttgtcctcgatagcctaataactt
tccattcctaaacccagtggaccttcctaagatgtgagctattgaaaatc
tcttcttcaattaaaaaggtttccctagaatgaacaaaatctgtgggcat
ttctggtaacgtcagtcactggaaacatgagaaatgcacctgtggacctt
ttgcttttgcccacggtgggctgggctccgactgttcctgcatgttagct
gcagactgtaagctgggcaatgttgcatttgtctaaaacaactgtggagt
gcacatggagcctgatgggattccttgataaggatacaggaaagagctca
gctgcatagcaggcatgaagaagtaataattttatgtcttatctccttaa
gcctcctctgctacagcatgtcaagggaactttggtgtgcaatatgcttt
atagtctgtgaaatctttgagtctctcaatgattgctgtggtttgaatga
gaatggtgctccccataggtacacatacatacgtaggtaggtgcgtgcat
gtgtgcatgtgtatctgaatgctgaattaggatggtcctagtttgtagaa
ctgtttgggaagaattaggagatatagacttgttggaagaggtgtgtcac
tggagatgacgtttgagatttcaaaagaccatggtatcccccccccccct
ctctccacgtcctttgtgcttgtggatcagatgtggcctctcagctactg
ttccagcaccatgcctacctgctaccatgttccctgaattgatggaagat
ggtcatagacttatcctctgaaactgtaagcaagccccagttaaatgctt
ttattatataagtggccttagttatgatctcttcacggcaacagaaaagt
agcctagcaatggtacagttattttaagggttatatgagggtacatcttt
tttgaaggaaatcaaactttataggagataaaaatattgtagtttgagct
acactcaaatgagatgagtctcaagattaggtatgatgctggcaattctg
actcgct
gaattcaggcacagaggttggagcagagactgagggaatagccaaccaat
aaccagcccaacttgagactcatcctatgtgcaagcatcaatctctgaca
ctattaatggtactctgttatgcttgcagacaggagtctagcatggctgt
cttatgagaggcttcacctagcagctgacacacacagatgcaaataccca
cagccaaacagtgggtgaagcttggggactcttatggaagaagaggagga
aggatatgtgggtcctgaagggggtaggaactccacgagaacaacagagt
taacatattggacccttggagctctcagagtctgaactaccaaccaaaga
acatacatggggtggaccaaggccttcctgtacatatgtagcagatgtgc
cgctaagtcttcatgtgagtcccgaataactgtaatgggggctatcccaa
aagctgttgcctatctgtgagatatgtaattctagctgggctgccttatc
tggcctcagtgagagaggatgcacctacctcctcagagacttaatgttcc
agggtagagagatagccagaggcgccctaccaactcagaggagaagggga
gggggagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_49663460_49664627
seq2: B6Ng01-219C02.b_44_1200

seq1  GAATTCTTGCTTGTCACACCCCCAAGCCTCCCTTGACCTTAACAAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTTGTCACACCCCCAAGCCTCCCTTGACCTTAACAAAGCCA  50

seq1  CTTCATAAACTGTAGTCATTTGCATATTTTCTCCCGCTCTGTGAACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAAACTGTAGTCATTTGCATATTTTCTCCCGCTCTGTGAACACAC  100

seq1  AAGATTCCAGTCTAGAGTCAAAGGACTTGTCCTCGATAGCCTAATAACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCCAGTCTAGAGTCAAAGGACTTGTCCTCGATAGCCTAATAACTT  150

seq1  TCCATTCCTAAACCCAGTGGACCTTCCTAAGATGTGAGCTATTGAAAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCCTAAACCCAGTGGACCTTCCTAAGATGTGAGCTATTGAAAATC  200

seq1  TCTTCTTCAATTAAAAAGGTTTCCCTAGAATGAACAAAATCTGTGGGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCAATTAAAAAGGTTTCCCTAGAATGAACAAAATCTGTGGGCAT  250

seq1  TTCTGGTAACGTCAGTCACTGGAAACATGAGAAATGCACCTGTGGACCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTAACGTCAGTCACTGGAAACATGAGAAATGCACCTGTGGACCTT  300

seq1  TTGCTTTTGCCCACGGTGGGCTGGGCTCCGACTGTTCCTGCATGTTAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTGCCCACGGTGGGCTGGGCTCCGACTGTTCCTGCATGTTAGCT  350

seq1  GCAGACTGTAAGCTGGGCAATGTTGCATTTGTCTAAAACAACTGTGGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGTAAGCTGGGCAATGTTGCATTTGTCTAAAACAACTGTGGAGT  400

seq1  GCACATGGAGCCTGATGGGATTCCTTGATAAGGATACAGGAAAGAGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGAGCCTGATGGGATTCCTTGATAAGGATACAGGAAAGAGCTCA  450

seq1  GCTGCATAGCAGGCATGAAGAAGTAATAATTTTATGTCTTATCTCCTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATAGCAGGCATGAAGAAGTAATAATTTTATGTCTTATCTCCTTAA  500

seq1  GCCTCCTCTGCTACAGCATGTCAAGGGAACTTTGGTGTGCAATATGCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCTGCTACAGCATGTCAAGGGAACTTTGGTGTGCAATATGCTTT  550

seq1  ATAGTCTGTGAAATCTTTGAGTCTCTCAATGATTGCTGTGGTTTGAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTGTGAAATCTTTGAGTCTCTCAATGATTGCTGTGGTTTGAATGA  600

seq1  GAATGGTGCTCCCCATAGGTACACATACATACGTAGGTAGGTGCGTGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTGCTCCCCATAGGTACACATACATACGTAGGTAGGTGCGTGCAT  650

seq1  GTGTGCATGTGTATCTGAATGCTGAATTAGGATGGTCCTAGTTTGTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATGTGTATCTGAATGCTGAATTAGGATGGTCCTAGTTTGTAGAA  700

seq1  CTGTTTGGGAAGAATTAGGAGATATAGACTTGTTGGAAGAGGTGTGTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGGAAGAATTAGGAGATATAGACTTGTTGGAAGAGGTGTGTCAC  750

seq1  TGGAGATGACGTTTGAGATTTCAAAAGACCATGGTAT-CCCCCCCCCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGAGATGACGTTTGAGATTTCAAAAGACCATGGTATCCCCCCCCCCCCT  800

seq1  CTCTCCACGTCCTTTGTGCTTGTGGATCAGATGTGGCCTCTCAGCTACTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACGTCCTTTGTGCTTGTGGATCAGATGTGGCCTCTCAGCTACTG  850

seq1  TTCCAGCACCATGCCTACCTGCTACCATGTTCCCTGAATTGATGGAAGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCACCATGCCTACCTGCTACCATGTTCCCTGAATTGATGGAAGAT  900

seq1  GGTCATAGACTTATCCTCTGAAACTGTAAGCAAGCCCCAGTTAAATGC-T  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGTCATAGACTTATCCTCTGAAACTGTAAGCAAGCCCCAGTTAAATGCTT  950

seq1  TTATTATATAAGTGGCCTTAGTTATGATCTCTTCACGGCAACAGAAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATAAGTGGCCTTAGTTATGATCTCTTCACGGCAACAGAAAAGT  1000

seq1  AGCCTAGGCAATGGTACAG-TATTTTAAGGGTTTATAATGAGGGTTACAT  1047
      |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||
seq2  AGCCTA-GCAATGGTACAGTTATTTTAAGGG-TTAT-ATGAGGG-TACAT  1046

seq1  C-TTTTTGAAGGAAAATCAAACTTTTATAGGAAGAATAAAAATATTGTAG  1096
      | |||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGAAGG-AAATCAAAC-TTTATAGGA--GATAAAAATATTGTAG  1092

seq1  TTTGAGCTACAACTCAAATGAAGAATGAGTCCTCAAGGAGTAAGTATGAA  1146
      |||||||||| ||||||||||   |||||| ||||| || || ||||| |
seq2  TTTGAGCTAC-ACTCAAATGA--GATGAGT-CTCAA-GATTAGGTATG-A  1136

seq1  TGCTGGCAATTCTGACCTCGCT  1168
      ||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTGGCAATTCTGA-CTCGCT  1157