BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220H14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 33,956,275 - 34,129,266
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrguk, Slc35b4
Upstream geneChchd3, Gm1401, Exoc4
Downstream geneAkr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4, Nup205
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220H14.bB6Ng01-220H14.g
ACCGA036022GA036023
length1,1171,100
definitionB6Ng01-220H14.b B6Ng01-220H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,128,167 - 34,129,266)(33,956,275 - 33,957,362)
sequence
gaattcacagatagttttgttggcctgaattctctgaaccagtgagggca
ggaatagagcagtttctagagtgagttaatgaatagtcttctactcacta
gagtgtggcccacagaccaggagacctggcacgaactcaaagcttgttag
aaatgtttaacctgtgtttagtttgtagaagaacccagagtcagcatttg
aacaagagcccaggtcatcgatatgtatagtaaatatattcttactaaaa
actgggataggttaagacagaaatacggaggaagatccagagcatatgca
gacactcagactccttcttcgttcatttacttaagtctgttttgattttt
atctgagactcaggaagagatgattagaacgcccttcaagtacttccaag
tttggtgtgtgcatgggagcggtagatgagaagtgaagctttgtgtgccg
tgaaataatctccagtccaatcagagctaaggctcagcttttctctagcc
agaagcatctacagatgtcaccgcttagacatcaaacttaggtgtcttcc
ttatttggttggcagtggctctgatatttttgggcttagtttcgtggttc
agcaaattgttaaagtctctcatgtggctctatcatgtagccaggcttga
gaactgaactaagtcaaagtgaggcttcccagccttggagtttcaatgac
agatgatcctgggttccattccctatggatttcagtttaatcaggctgag
gtgacactttaaagatgacctactgatgtcactgactccgtccctctaag
tacttccccttcctcaacagctctcagcttcagctacagaaatcacccgg
ggaaactctgagaatgccaacgttcaagcactcccagtcaaaactgggcc
atacctgggatgggagagatgcttttgtggttgagagcactgggctgctc
tggcagagaacccaaggttcaacttgggagcactcagggaatggcttacc
acctcctgaaactccagctctctagatcggatgcctttgtctggctctct
tgagcgcacctgaaagaacatatgctgccgcaccatacaatgctcacggt
caggcaatttaagtgtt
gaattcagttcatggttcctagacccatggagaagcagaaggtcatggtg
gcaggaggtacttatcctaaggtggacggggagggacttagattgattat
tgtattttatttttagattgattattattaattattatttagtaagtaga
aaatagagatagttcctttgttttattttgtttttattcttgtttgtttt
gttcttcttcttgttgttgttgttattgagatagagtctcattcactata
taactttgagttacctggaaaacactatgtagaagagactagccttgaag
ttatagagatccacctgcctctgtcttctgagtgcttggattactacaac
aatcaagatttacttatttatctatagatttatttatatgcatgggcttt
ttgcttacatgtatgactgtgcacctcatgtacacatggtgcctgtagaa
gccaggaaataatattgactccactgagattggagttacatatgactgga
agccaccatgggggtgctaggaattaaagccagatcttctggaagagcag
tcagcactcttaaccactgagccatctttccagcccctagatattcagat
agataaaatgtaatagacaagatacagccaccaagcatatgttcccagtg
acaaagtttctctagctaggcttctaaagattcttcaacttcccagaatc
gcaccactatctgttgaccaaaccttcaatggatgaaccttctagaggac
gtgttcatattgaaaaccatttttccacaaatactgcaggagagaggctt
gagaaacccagatgagcaaatgagagtctcccaaaaggaaacactggcgt
attctttctcaccccaggggttccctaaatccactgggctaagattatga
gaactgttgggttcaaaagctaccatcctagctagacatgggcccactct
gcattctgtagctcctcccccagcatccagcacattgcctgggcctcacc
tggtgaccttcacagaagcatctagactctagtctagtcctctctgctag
acatcggttatcttaagtcacctcttccttaatttgatttttgttctccc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34128167_34129266
seq2: B6Ng01-220H14.b_48_1164 (reverse)

seq1  AACACTTAAAT--GCTGA-CGTGAGCATTGTAT-GTGC-GCAGCATATG-  44
      |||||||||||   |||| |||||||||||||| |||| |||||||||| 
seq2  AACACTTAAATTGCCTGACCGTGAGCATTGTATGGTGCGGCAGCATATGT  50

seq1  TCTTTCAGGTGCGCTC-AGAG-GCCAGACAAAGGCATCCGATCT--AGAG  90
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TCTTTCAGGTGCGCTCAAGAGAGCCAGACAAAGGCATCCGATCTAGAGAG  100

seq1  CTGGAGTTTCA-GAGGTTGTAAGCCATTCCCTGAGTGCT-CCAAGTTGAA  138
      ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGGAGTTTCAGGAGGTGGTAAGCCATTCCCTGAGTGCTCCCAAGTTGAA  150

seq1  CC-TGGGTTCTCTGCCAGAGCAG-CCAGTGCTCTCAACCACAAAAGCATC  186
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTTCTCTGCCAGAGCAGCCCAGTGCTCTCAACCACAAAAGCATC  200

seq1  TCTCCCAT-CCAGGTATGG-CCAGTTTTGACT-GGAGTGCTTGAACGTTG  233
      |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTCCCATCCCAGGTATGGCCCAGTTTTGACTGGGAGTGCTTGAACGTTG  250

seq1  GCATTCTCAGAGTTTCCCCGGGTGATTTCTGTAGCTGAAGCTGAGAGCTG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTCAGAGTTTCCCCGGGTGATTTCTGTAGCTGAAGCTGAGAGCTG  300

seq1  TTGAGGAAGGGGAAGTACTTAGAGGGACGGAGTCAGTGACATCAGTAGGT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAGGGGAAGTACTTAGAGGGACGGAGTCAGTGACATCAGTAGGT  350

seq1  CATCTTTAAAGTGTCACCTCAGCCTGATTAAACTGAAATCCATAGGGAAT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTAAAGTGTCACCTCAGCCTGATTAAACTGAAATCCATAGGGAAT  400

seq1  GGAACCCAGGATCATCTGTCATTGAAACTCCAAGGCTGGGAAGCCTCACT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCAGGATCATCTGTCATTGAAACTCCAAGGCTGGGAAGCCTCACT  450

seq1  TTGACTTAGTTCAGTTCTCAAGCCTGGCTACATGATAGAGCCACATGAGA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTAGTTCAGTTCTCAAGCCTGGCTACATGATAGAGCCACATGAGA  500

seq1  GACTTTAACAATTTGCTGAACCACGAAACTAAGCCCAAAAATATCAGAGC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAACAATTTGCTGAACCACGAAACTAAGCCCAAAAATATCAGAGC  550

seq1  CACTGCCAACCAAATAAGGAAGACACCTAAGTTTGATGTCTAAGCGGTGA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCAACCAAATAAGGAAGACACCTAAGTTTGATGTCTAAGCGGTGA  600

seq1  CATCTGTAGATGCTTCTGGCTAGAGAAAAGCTGAGCCTTAGCTCTGATTG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTAGATGCTTCTGGCTAGAGAAAAGCTGAGCCTTAGCTCTGATTG  650

seq1  GACTGGAGATTATTTCACGGCACACAAAGCTTCACTTCTCATCTACCGCT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGATTATTTCACGGCACACAAAGCTTCACTTCTCATCTACCGCT  700

seq1  CCCATGCACACACCAAACTTGGAAGTACTTGAAGGGCGTTCTAATCATCT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCACACACCAAACTTGGAAGTACTTGAAGGGCGTTCTAATCATCT  750

seq1  CTTCCTGAGTCTCAGATAAAAATCAAAACAGACTTAAGTAAATGAACGAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAGTCTCAGATAAAAATCAAAACAGACTTAAGTAAATGAACGAA  800

seq1  GAAGGAGTCTGAGTGTCTGCATATGCTCTGGATCTTCCTCCGTATTTCTG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGTCTGAGTGTCTGCATATGCTCTGGATCTTCCTCCGTATTTCTG  850

seq1  TCTTAACCTATCCCAGTTTTTAGTAAGAATATATTTACTATACATATCGA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCTATCCCAGTTTTTAGTAAGAATATATTTACTATACATATCGA  900

seq1  TGACCTGGGCTCTTGTTCAAATGCTGACTCTGGGTTCTTCTACAAACTAA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGGGCTCTTGTTCAAATGCTGACTCTGGGTTCTTCTACAAACTAA  950

seq1  ACACAGGTTAAACATTTCTAACAAGCTTTGAGTTCGTGCCAGGTCTCCTG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGTTAAACATTTCTAACAAGCTTTGAGTTCGTGCCAGGTCTCCTG  1000

seq1  GTCTGTGGGCCACACTCTAGTGAGTAGAAGACTATTCATTAACTCACTCT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGGGCCACACTCTAGTGAGTAGAAGACTATTCATTAACTCACTCT  1050

seq1  AGAAACTGCTCTATTCCTGCCCTCACTGGTTCAGAGAATTCAGGCCAACA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGCTCTATTCCTGCCCTCACTGGTTCAGAGAATTCAGGCCAACA  1100

seq1  AAACTATCTGTGAATTC  1100
      |||||||||||||||||
seq2  AAACTATCTGTGAATTC  1117

seq1: chr6_33956275_33957362
seq2: B6Ng01-220H14.g_65_1164

seq1  GAATTCAGTTCATGGTTCCTAGACCCATGGAGAAGCAGAAGGTCATGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCATGGTTCCTAGACCCATGGAGAAGCAGAAGGTCATGGTG  50

seq1  GCAGGAGGTACTTATCCTAAGGTGGACGGGGAGGGACTTAGATTGATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGGTACTTATCCTAAGGTGGACGGGGAGGGACTTAGATTGATTAT  100

seq1  TGTATTTTATTTTTAGATTGATTATTATTAATTATTATTTAGTAAGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTATTTTTAGATTGATTATTATTAATTATTATTTAGTAAGTAGA  150

seq1  AAATAGAGATAGTTCCTTTGTTTTATTTTGTTTTTATTCTTGTTTGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAGATAGTTCCTTTGTTTTATTTTGTTTTTATTCTTGTTTGTTTT  200

seq1  GTTCTTCTTCTTGTTGTTGTTGTTATTGAGATAGAGTCTCATTCACTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCTTCTTGTTGTTGTTGTTATTGAGATAGAGTCTCATTCACTATA  250

seq1  TAACTTTGAGTTACCTGGAAAACACTATGTAGAAGAGACTAGCCTTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTGAGTTACCTGGAAAACACTATGTAGAAGAGACTAGCCTTGAAG  300

seq1  TTATAGAGATCCACCTGCCTCTGTCTTCTGAGTGCTTGGATTACTACAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGATCCACCTGCCTCTGTCTTCTGAGTGCTTGGATTACTACAAC  350

seq1  AATCAAGATTTACTTATTTATCTATAGATTTATTTATATGCATGGGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGATTTACTTATTTATCTATAGATTTATTTATATGCATGGGCTTT  400

seq1  TTGCTTACATGTATGACTGTGCACCTCATGTACACATGGTGCCTGTAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTACATGTATGACTGTGCACCTCATGTACACATGGTGCCTGTAGAA  450

seq1  GCCAGGAAATAATATTGACTCCACTGAGATTGGAGTTACATATGACTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAAATAATATTGACTCCACTGAGATTGGAGTTACATATGACTGGA  500

seq1  AGCCACCATGGGGGTGCTAGGAATTAAAGCCAGATCTTCTGGAAGAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCATGGGGGTGCTAGGAATTAAAGCCAGATCTTCTGGAAGAGCAG  550

seq1  TCAGCACTCTTAACCACTGAGCCATCTTTCCAGCCCCTAGATATTCAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTCTTAACCACTGAGCCATCTTTCCAGCCCCTAGATATTCAGAT  600

seq1  AGATAAAATGTAATAGACAAGATACAGCCACCAAGCATATGTTCCCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAATGTAATAGACAAGATACAGCCACCAAGCATATGTTCCCAGTG  650

seq1  ACAAAGTTTCTCTAGCTAGGCTTCTAAAGATTCTTCAACTTCCCAGAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTCTCTAGCTAGGCTTCTAAAGATTCTTCAACTTCCCAGAATC  700

seq1  GCACCACTATCTGTTGACCAAACCTTCAATGGATGAACCTTCTAGAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACTATCTGTTGACCAAACCTTCAATGGATGAACCTTCTAGAGGAC  750

seq1  GTGTTCATATTGAAAACCATTTTTCCACAAATACTGCAGGAGAGAGGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCATATTGAAAACCATTTTTCCACAAATACTGCAGGAGAGAGGCTT  800

seq1  GAGAAA-CCAGATGAGCAAATGAGAGTCTCCCAAAAGGAAACACTGGCGT  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCCAGATGAGCAAATGAGAGTCTCCCAAAAGGAAACACTGGCGT  850

seq1  ATTCTTTCTCACCCCAGGGGTTCCCTAAATCCACTGGGCTAAGA-TATGA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTCTTTCTCACCCCAGGGGTTCCCTAAATCCACTGGGCTAAGATTATGA  900

seq1  GAACTGTTGGGTTCAAAAGCTACCAT-CTAGCTAGACAT-GGCCCACTCT  946
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  GAACTGTTGGGTTCAAAAGCTACCATCCTAGCTAGACATGGGCCCACTCT  950

seq1  GCATTCTGTAGCTCCTCCCCCAGCATCCAGCACATTGCCT-GGCCTCACC  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCATTCTGTAGCTCCTCCCCCAGCATCCAGCACATTGCCTGGGCCTCACC  1000

seq1  T-GTGACCTCTACAG-AGCATCTAGACTC-AGTCTAGTCC-CTCTGCTAG  1041
      | |||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TGGTGACCTTCACAGAAGCATCTAGACTCTAGTCTAGTCCTCTCTGCTAG  1050

seq1  ACCATCGGTTATCCTAAAGCACCTC-TCCTTA--TTGATTTTTG-TCTCC  1087
      | ||||||||||| |||  |||||| ||||||  |||||||||| |||||
seq2  A-CATCGGTTATCTTAAGTCACCTCTTCCTTAATTTGATTTTTGTTCTCC  1099

seq1  C  1088
      |
seq2  C  1100