BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220O23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,275,761 - 118,382,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBms1, Zfp248
Upstream geneEG640142, LOC100043777, LOC621462, EG640370, EG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik
Downstream geneZfp9, Ankrd26, Cacna1c, Dcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220O23.bB6Ng01-220O23.g
ACCGA036369GA036370
length1,1651,125
definitionB6Ng01-220O23.b B6Ng01-220O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,381,683 - 118,382,864)(118,275,761 - 118,276,891)
sequence
gaattcactagcaagggaagtaatctgtgtcactgggtaagataggtcac
tgtcttagcgttctattactataaagagacaccatgaccacagctactct
taattgggtctggcttacagttccgaggtttagtccattatcatcatggt
tggtagcatgctggcacacaggcagacatggtgctggagaggtagctgag
agttctacacctggatcagcagacagcaggagtagaggagctactggctt
gagcttctaaaaccttagagcccacctccagtgacacacttactccaacc
aggccacatctcttcatccctctcaagtactgccactccttggtgatcaa
gcgctcaactctataaggctttaggggccattcctattcaaaccacaaca
gttgcctttggaatatctttcagaaattcctgtttttacatcagactttt
ggaaatacccaagagcagcatcccacagcttatctcagtggcttctccat
ctgtctctaatccagaggcacctttccttttgtcttgacatttggagtaa
tttatttttacctataaatctgaagtcagttggctttgttttagagactt
tttcttggcttgtcttcctttatctttaagaattatgcaccttctctctg
tcttctttgagcaactttcattagctagcatatcctcatgtacttctgta
attccacttaccaggtgtataatggtgaacatctactctgatacacttta
attgttgttctctggaatagtggagtgctatagaatttttaattaagcat
atgattattaacattcttgcattgagcaccagtagttaagaatagccaat
gttttatgataaagtatattgaaaggctcagtaacagatacagaatatga
cacttagggggctcatacttgaatagaagatacagttacatgttaaagca
gaaaacctatgtgtaaaggaaaaaacctagaaataaagacagacttaaat
acctagtataggaaaatatgtaccctggaggcttaggagtgaccaggaat
agcaaagggtgcatagaaaggcagacttataagaacagctgaggttaaaa
caagcctgagggtaagaacagcttgggtagaacagcctgggtaaaacact
ggttaagacagctgg
gaattcttagaactctttaggattggtggggagtttcacatctgtgatct
agttcagcatagtgcacagcacaaggaatgtgaaggagcctagtactggg
taggatcatagaccgaggcagctgttctgccccagcacagacagcttctt
gactctgtcccagagacaactgtgcagggacatagcctggtttctttaag
ccatggaaccaggcttaaatgtgcaatccatgttttagtgctaaggagtg
gggttcagtgaagtctactctagactccacaaacagatccacagcctcca
tacagcatatcctacagaggactccaggactttatgtcccaacaaggcca
ctgtcacagtgaagggagccggaagaaccagtggagttggcagtggagcg
gaccaagaaaccagagaggtcattaacctctgggaataagacagatcttt
cagaaacttactgcataattgtttaaattgcataatttggaaacttaaaa
actttgggtcattcgggatacttcttaatgatatagtaggtgggctgagt
atctcttatgctgaatacctggacaagatacagaattaattttctaaagt
gcattaaagatttaggaaagaggaagagactattgaaactttgaaatgca
agccaagatctgttagctcgagggagcttgccagaagaggtgaacttgga
tcgttgagttttgtgacttcctgatatacagtggacagaagtcctggccc
atgaatgacccagatttctgcaggaaacctgcttgtgccaaacttgacat
aaaaggtacacttgaaataaatctgcctcccccaacagcaccaaggaaaa
ttgcctgccctggacctctcagttcagaggagacaggcagtgaacaccat
gattagatagatgcctcctagtctccatacaggatgctagccttagccca
caagatcaggggggacatgcagtgaactcaaatggtctccatgtagatcc
tagcttaactcataagatgtggggtggctgaaaccgcagcctggcagttt
atttcagtgaatgccacttgacacttggaaaatggaagacatccattccc
tgttgctggggatcgcacagctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118381683_118382864
seq2: B6Ng01-220O23.b_47_1211 (reverse)

seq1  CCAGCTGTCTTACCCAGCTGTCGTACCCAGCTGTCTTACCCAGCTGTCTT  50
                                |||||||||||| |||| ||| ||
seq2  --------------------------CCAGCTGTCTTAACCAG-TGTTTT  23

seq1  ACCCA-GCTGTCTTACCC-AGCTG-TCTTACCCTCAG--CTGTCTTACCC  95
      ||||| |||||  ||||| ||||| ||||||||||||   ||| ||| ||
seq2  ACCCAGGCTGTTCTACCCAAGCTGTTCTTACCCTCAGGCTTGTTTTAACC  73

seq1  TCAGCTG-TCTTAT-AGTCTG-CTTTCTATGCA-CCTTTGCTA-TCCTGG  140
      ||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TCAGCTGTTCTTATAAGTCTGCCTTTCTATGCACCCTTTGCTATTCCTGG  123

seq1  TCACTCCTAAGCCCTCAGGGTACATATTTTCCTATACTAGGTATTTAAGT  190
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCTAAGCCTCCAGGGTACATATTTTCCTATACTAGGTATTTAAGT  173

seq1  CTGTCTTTATTTCTAGGTTTTTTCCTTTACACATAGGTTTTCTGCTTTAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTATTTCTAGGTTTTTTCCTTTACACATAGGTTTTCTGCTTTAA  223

seq1  CATGTAACTGTATCTTCTATTCAAGTATGGGCCCCCTAAGTGTCATATTC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAACTGTATCTTCTATTCAAGTATGAGCCCCCTAAGTGTCATATTC  273

seq1  TGTATCTGTTACTGAGCCTTTCAATATACTTTATCATAAAACATTGGCTA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGTTACTGAGCCTTTCAATATACTTTATCATAAAACATTGGCTA  323

seq1  TTCTTAACTACTGGTGCTCAATGCAAGAATGTTAATAATCATATGCTTAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACTACTGGTGCTCAATGCAAGAATGTTAATAATCATATGCTTAA  373

seq1  TTAAAAATTCTATAGCACTCCACTATTCCAGAGAACAACAATTAAAGTGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTCTATAGCACTCCACTATTCCAGAGAACAACAATTAAAGTGT  423

seq1  ATCAGAGTAGATGTTCACCATTATACACCTGGTAAGTGGAATTACAGAAG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGTAGATGTTCACCATTATACACCTGGTAAGTGGAATTACAGAAG  473

seq1  TACATGAGGATATGCTAGCTAATGAAAGTTGCTCAAAGAAGACAGAGAGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAGGATATGCTAGCTAATGAAAGTTGCTCAAAGAAGACAGAGAGA  523

seq1  AGGTGCATAATTCTTAAAGATAAAGGAAGACAAGCCAAGAAAAAGTCTCT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCATAATTCTTAAAGATAAAGGAAGACAAGCCAAGAAAAAGTCTCT  573

seq1  AAAACAAAGCCAACTGACTTCAGATTTATAGGTAAAAATAAATTACTCCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGCCAACTGACTTCAGATTTATAGGTAAAAATAAATTACTCCA  623

seq1  AATGTCAAGACAAAAGGAAAGGTGCCTCTGGATTAGAGACAGATGGAGAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAAGACAAAAGGAAAGGTGCCTCTGGATTAGAGACAGATGGAGAA  673

seq1  GCCACTGAGATAAGCTGTGGGATGCTGCTCTTGGGTATTTCCAAAAGTCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGAGATAAGCTGTGGGATGCTGCTCTTGGGTATTTCCAAAAGTCT  723

seq1  GATGTAAAAACAGGAATTTCTGAAAGATATTCCAAAGGCAACTGTTGTGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAAAACAGGAATTTCTGAAAGATATTCCAAAGGCAACTGTTGTGG  773

seq1  TTTGAATAGGAATGGCCCCTAAAGCCTTATAGAGTTGAGCGCTTGATCAC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAGGAATGGCCCCTAAAGCCTTATAGAGTTGAGCGCTTGATCAC  823

seq1  CAAGGAGTGGCAGTACTTGAGAGGGATGAAGAGATGTGGCCTGGTTGGAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGTGGCAGTACTTGAGAGGGATGAAGAGATGTGGCCTGGTTGGAG  873

seq1  TAAGTGTGTCACTGGAGGTGGGCTCTAAGGTTTTAGAAGCTCAAGCCAGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTGTCACTGGAGGTGGGCTCTAAGGTTTTAGAAGCTCAAGCCAGT  923

seq1  AGCTCCTCTACTCCTGCTGTCTGCTGATCCAGGTGTAGAACTCTCAGCTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCTACTCCTGCTGTCTGCTGATCCAGGTGTAGAACTCTCAGCTA  973

seq1  CCTCTCCAGCACCATGTCTGCCTGTGTGCCAGCATGCTACCAACCATGAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCAGCACCATGTCTGCCTGTGTGCCAGCATGCTACCAACCATGAT  1023

seq1  GATAATGGACTAAACCTCGGAACTGTAAGCCAGACCCAATTAAGAGTAGC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGGACTAAACCTCGGAACTGTAAGCCAGACCCAATTAAGAGTAGC  1073

seq1  TGTGGTCATGGTGTCTCTTTATAGTAATAGAACGCTAAGACAGTGACCTA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCATGGTGTCTCTTTATAGTAATAGAACGCTAAGACAGTGACCTA  1123

seq1  TCTTACCCAGTGACACAGATTACTTCCCTTGCTAGTGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACCCAGTGACACAGATTACTTCCCTTGCTAGTGAATTC  1165

seq1: chr6_118275761_118276891
seq2: B6Ng01-220O23.g_66_1190

seq1  GAATTCTTAGAACTCTTTAGGATTGGTGGGGAGTTTCACATCTGTGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGAACTCTTTAGGATTGGTGGGGAGTTTCACATCTGTGATCT  50

seq1  AGTTCAGCATAGTGCACAGCACAAGGAATGTGAAGGAGCCTAGTACTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCATAGTGCACAGCACAAGGAATGTGAAGGAGCCTAGTACTGGG  100

seq1  TAGGATCATAGACCGAGGCAGCTGTTCTGCCCCAGCACAGACAGCTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCATAGACCGAGGCAGCTGTTCTGCCCCAGCACAGACAGCTTCTT  150

seq1  GACTCTGTCCCAGAGACAACTGTGCAGGGACATAGCCTGGTTTCTTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTCCCAGAGACAACTGTGCAGGGACATAGCCTGGTTTCTTTAAG  200

seq1  CCATGGAACCAGGCTTAAATGTGCAATCCATGTTTTAGTGCTAAGGAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAACCAGGCTTAAATGTGCAATCCATGTTTTAGTGCTAAGGAGTG  250

seq1  GGGTTCAGTGAAGTCTACTCTAGACTCCACAAACAGATCCACAGCCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGTGAAGTCTACTCTAGACTCCACAAACAGATCCACAGCCTCCA  300

seq1  TACAGCATATCCTACAGAGGACTCCAGGACTTTATGTCCCAACAAGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCATATCCTACAGAGGACTCCAGGACTTTATGTCCCAACAAGGCCA  350

seq1  CTGTCACAGTGAAGGGAGCCGGAAGAACCAGTGGAGTTGGCAGTGGAGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACAGTGAAGGGAGCCGGAAGAACCAGTGGAGTTGGCAGTGGAGCG  400

seq1  GACCAAGAAACCAGAGAGGTCATTAACCTCTGGGAATAAGACAGATCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGAAACCAGAGAGGTCATTAACCTCTGGGAATAAGACAGATCTTT  450

seq1  CAGAAACTTACTGCATAATTGTTTAAATTGCATAATTTGGAAACTTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTTACTGCATAATTGTTTAAATTGCATAATTTGGAAACTTAAAA  500

seq1  ACTTTGGGTCATTCGGGATACTTCTTAATGATATAGTAGGTGGGCTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGGTCATTCGGGATACTTCTTAATGATATAGTAGGTGGGCTGAGT  550

seq1  ATCTCTTATGCTGAATACCTGGACAAGATACAGAATTAATTTTCTAAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTATGCTGAATACCTGGACAAGATACAGAATTAATTTTCTAAAGT  600

seq1  GCATTAAAGATTTAGGAAAGAGGAAGAGACTATTGAAACTTTGAAATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAAAGATTTAGGAAAGAGGAAGAGACTATTGAAACTTTGAAATGCA  650

seq1  AGCCAAGATCTGTTAGCTCGAGGGAGCTTGCCAGAAGAGGTGAACTTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGATCTGTTAGCTCGAGGGAGCTTGCCAGAAGAGGTGAACTTGGA  700

seq1  TCGTTGAGTTTTGTGACTTCCTGATATACAGTGGACAGAAGTCCTGGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGAGTTTTGTGACTTCCTGATATACAGTGGACAGAAGTCCTGGCCC  750

seq1  ATGAATGACCCAGATTTCTGCAGGAAACCTGCTTGTGCCAAACTTGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGACCCAGATTTCTGCAGGAAACCTGCTTGTGCCAAACTTGACAT  800

seq1  AAAAGGTACACTTGAAATAAATCTGCCTCCCCCAACAGCACCAAGGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTACACTTGAAATAAATCTGCCTCCCCCAACAGCACCAAGGAAAA  850

seq1  TTGCCTGCCCTGGACCTCTCAGTTCAGAGGAGACAGGCAGTGAACACCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCCCTGGACCTCTCAGTTCAGAGGAGACAGGCAGTGAACACCAT  900

seq1  GATTAGATAGATGCCTCCTAGTCTCCATACAGGATGCTAGCCTTAGCCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGATAGATGCCTCCTAGTCTCCATACAGGATGCTAGCCTTAGCCCA  950

seq1  CAAGATCAGGGGGGACATGCAGTGAACTCAAATGGGTCTCCATGTAGGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CAAGATCAGGGGGGACATGCAGTGAACTCAAAT-GGTCTCCATGTA-GAT  998

seq1  CCTAGCTTTAACTCATAAGATGTGGGTGGCCTGAAAACCGCAAGCTGGCA  1050
      |||||| |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||  ||||||
seq2  CCTAGC-TTAACTCATAAGATGTGGGGTGGCTG-AAACCGCAGCCTGGCA  1046

seq1  GTTTAATTTTCAGTG-ATGCCACTGGACACTTGGAAAATGAAAGACAATC  1099
      |||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GTTTA--TTTCAGTGAATGCCACTTGACACTTGGAAAATGGAAGAC-ATC  1093

seq1  CCTTCCCTG-TGCTGGGGATCGCACCAGCTCTG  1131
      | ||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  CATTCCCTGTTGCTGGGGATCGCA-CAGCTCTG  1125