BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221D24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 119,565,275 - 119,742,112
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc1
Upstream geneCacna1c, Dcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14
Downstream geneLOC666887, Rad52, Wnk1, EG406236, Ninj2, B4galnt3, Ccdc77, Jarid1a, Il17ra, Cecr6, Cecr5, 1700072O05Rik, Cecr2, Slc25a18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221D24.bB6Ng01-221D24.g
ACCGA036591GA036592
length978980
definitionB6Ng01-221D24.b B6Ng01-221D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,565,275 - 119,566,248)(119,741,136 - 119,742,112)
sequence
gaattcctgccctcactgctttggatgatggtgtttgttatatgtaactg
tgaaagaataatgcccccccccaagttacttttgctcatcatgtttcatt
acagcaatataaccctaagacagtgtccaacaggtaagggaacagtgtgg
acaccccactagaacagaaccaaagcaatgtctaaagtacttgttttaag
ctaatttagacagaaaaatctgtctttgctagggattctggtgctgtgat
gaaacaccttgaccaaaagcaagtcaaagagtagaggggttatttggctt
acacttacatatcattctttatcattgagagaagtcagaacatgaactaa
aacagggcaggaacccggaggcaggagctgatacagagaccatgcagtta
gtagtggttctacttactggcttgttccatctgctttcatagaactgaga
ccaccaacataagggtggcccctgcaccccactgaccaccactgaagagg
gtgccttacaactccatcttatgtaggcattttctaagttgaggttccct
tttctctgatggccctagcttgtgttgagttgacagaaaactgcctgtct
tcgttttggtgctctcaccggggtggccaaggtggtcagatttgtactac
tgtttggagtcctatgttggcaaacatgtcattgctactgatggaaagta
ttcttttacagaaaatgccactgactatgtatctattagaggaaattctt
taacaaaatttaaagtgtcttcttttaactattattactgtgcatgtgga
tgcatgcacgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtggttcacacataccatggtt
ccacatatggattgtcagtaaacaatgtttgtggagttaggtttctccct
ctgacacatgtggggttagagaccgaatttaggtttccatgcttggttaa
caagtattcttacccactgagcaatcct
gaattccattacattctatttggctgttttgtttgtttgtttgttttgtt
tcctatgacattttaatctgaatcttgttagtacagcttttcatgtgtta
gggtttatgtgtttgaggttaaaagtactaatatttgtatagattctagc
ctatgaattctgaattttggctagtatattagagaagtatctgagttttc
ttgacagtgagaagttataagagtaaaaaagcaagagatatatagagaaa
tagatagtggactagggatatatcttagatgatttaatctcaacactgca
taaaccagtgggaagcgtaggcagaaggatcaggaattaaaaggtcagtt
gcgtctacatagggaattcaataccagcctggtttatatgagatcctgtc
tcaaagaggaaaatagcagatagtgaatagaaggaattggaataaaaaag
aattccagtattagtatgtttggcattttgtagtgattttggaaagtgag
gaccattaattatgttgtttattcagatattttctcctgctctgttttta
gtatgtcattttcttatttccattttgtcaagaagatagtttcctcatta
cagtgtagctgctacagatggcaaagggctatagaaccacactgttcatc
attggatgagagaaggtaccaaacaagtagtgaggagcctttttatcccc
ccgcttcatttccatctcttctgtgaatgcagtactctattctagaactt
atatggaggattgactttgtcagggacttcacaaaacatttgacctaaga
gcaagcagggctcaaacttaacatttgaaaaaagagaaatttcagacttt
tttttttttaattgaatttttttattactttatcccctttacattccata
ttagcaccccccttccagtacctcttcaaacagatcttctccccattccc
ccaccccccttcttctctgagaaggggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_119565275_119566248
seq2: B6Ng01-221D24.b_48_1025

seq1  GAATTCCTGCCCTCACTGCTTTGGATGATGGTGTTTGTTATATGTAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCCTCACTGCTTTGGATGATGGTGTTTGTTATATGTAACTG  50

seq1  TGAAAGAATAATGCCCCCCCCCAAGTTACTTTTGCTCATCATGTTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAATAATGCCCCCCCCCAAGTTACTTTTGCTCATCATGTTTCATT  100

seq1  ACAGCAATATAACCCTAAGACAGTGTCCAACAGGTAAGGGAACAGTGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATATAACCCTAAGACAGTGTCCAACAGGTAAGGGAACAGTGTGG  150

seq1  ACACCCCACTAGAACAGAACCAAAGCAATGTCTAAAGTACTTGTTTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCACTAGAACAGAACCAAAGCAATGTCTAAAGTACTTGTTTTAAG  200

seq1  CTAATTTAGACAGAAAAATCTGTCTTTGCTAGGGATTCTGGTGCTGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTAGACAGAAAAATCTGTCTTTGCTAGGGATTCTGGTGCTGTGAT  250

seq1  GAAACACCTTGACCAAAAGCAAGTCAAAGAGTAGAGGGGTTATTTGGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACCTTGACCAAAAGCAAGTCAAAGAGTAGAGGGGTTATTTGGCTT  300

seq1  ACACTTACATATCATTCTTTATCATTGAGAGAAGTCAGAACATGAACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTACATATCATTCTTTATCATTGAGAGAAGTCAGAACATGAACTAA  350

seq1  AACAGGGCAGGAACCCGGAGGCAGGAGCTGATACAGAGACCATGCAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGCAGGAACCCGGAGGCAGGAGCTGATACAGAGACCATGCAGTTA  400

seq1  GTAGTGGTTCTACTTACTGGCTTGTTCCATCTGCTTTCATAGAACTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTTCTACTTACTGGCTTGTTCCATCTGCTTTCATAGAACTGAGA  450

seq1  CCACCAACATAAGGGTGGCCCCTGCACCCCACTGACCACCACTGAAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACATAAGGGTGGCCCCTGCACCCCACTGACCACCACTGAAGAGG  500

seq1  GTGCCTTACAACTCCATCTTATGTAGGCATTTTCTAAGTTGAGGTTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTACAACTCCATCTTATGTAGGCATTTTCTAAGTTGAGGTTCCCT  550

seq1  TTTCTCTGATGGCCCTAGCTTGTGTTGAGTTGACAGAAAACTGCCTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTGATGGCCCTAGCTTGTGTTGAGTTGACAGAAAACTGCCTGTCT  600

seq1  TCGTTTTGGTGCTCTCACCGGGGTGGCCAAGGTGGTCAGATTTGTACTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTGGTGCTCTCACCGGGGTGGCCAAGGTGGTCAGATTTGTACTAC  650

seq1  TGTTTGGAGTCCTATGTTGGCAAACATGTCATTGCTACTGATGGAAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGAGTCCTATGTTGGCAAACATGTCATTGCTACTGATGGAAAGTA  700

seq1  TTCTTTTACAGAAAATGCCACTGACTATGTATCTATTAGAGGAAATTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTACAGAAAATGCCACTGACTATGTATCTATTAGAGGAAATTCTT  750

seq1  TAACAAAATTTAAAGTGTCTTCTTTTAACTATTATTACTGTGCATGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAATTTAAAGTGTCTTCTTTTAACTATTATTACTGTGCATGTGGA  800

seq1  TGCATGCACGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGGTTCACACATACCATGG-T  848
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGCATGCACGTGTGTGTGTGTGTGTTGTGTGGTTCACACATACCATGGTT  850

seq1  CCACATATGGA-TGTCAGTAGACAA-GTTTGTGGAGTTAGTTTTCTCCCT  896
      ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CCACATATGGATTGTCAGTAAACAATGTTTGTGGAGTTAGGTTTCTCCCT  900

seq1  CTGACACATGTGGGGTTAGAGACAGAATTTAGGTTGTCATGCTTGTTTAG  946
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||| 
seq2  CTGACACATGTGGGGTTAGAGACCGAATTTAGGTTTCCATGCTTGGTTAA  950

seq1  CAAGTATCTTTACCCACTGAGCAATCTT  974
      |||||||  ||||||||||||||||| |
seq2  CAAGTATTCTTACCCACTGAGCAATCCT  978

seq1: chr6_119741136_119742112
seq2: B6Ng01-221D24.g_67_1046 (reverse)

seq1  CTCCCCCTTCTCAGAGAAGAA-GGGGGTGGGGG-ATGGGGAGAAGATCTG  48
      || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCTTCTCAGAGAAGAAGGGGGGTGGGGGAATGGGGAGAAGATCTG  50

seq1  TTTGAGGAGGTACTGGGA-GGGGGTGCTAATATTGGAATGTAAAGGGAAT  97
      ||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TTTGAAGAGGTACTGGAAGGGGGGTGCTAATA-TGGAATGTAAAGGGGAT  99

seq1  AAAGTAATAAAAAAATTTCAATT--AAAAAAAAAAGTCTGAAATTTCTCT  145
      ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATAAAAAAA-TTCAATTAAAAAAAAAAAAGTCTGAAATTTCTCT  148

seq1  TTTTTCAAATGTTAAGTTTGAGCCCTGCTTGCTCTTAGGTCAAATG-TTT  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTTCAAATGTTAAGTTTGAGCCCTGCTTGCTCTTAGGTCAAATGTTTT  198

seq1  GTGAAGTCCCCTGACAAAGTCAATCCTCCATATAAGTTCTAGAATAGAGT  244
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGT-CCCTGACAAAGTCAATCCTCCATATAAGTTCTAGAATAGAGT  247

seq1  ACTGCATTCACAGAAGAGATGGAAATGAAGCGGGGGGATAAAAAGGCTCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATTCACAGAAGAGATGGAAATGAAGCGGGGGGATAAAAAGGCTCC  297

seq1  TCACTACTTGTTTGGTACCTTCTCTCATCCAATGATGAACAGTGTGGTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACTTGTTTGGTACCTTCTCTCATCCAATGATGAACAGTGTGGTTC  347

seq1  TATAGCCCTTTGCCATCTGTAGCAGCTACACTGTAATGAGGAAACTATCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCCTTTGCCATCTGTAGCAGCTACACTGTAATGAGGAAACTATCT  397

seq1  TCTTGACAAAATGGAAATAAGAAAATGACATACTAAAAACAGAGCAGGAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACAAAATGGAAATAAGAAAATGACATACTAAAAACAGAGCAGGAG  447

seq1  AAAATATCTGAATAAACAACATAATTAATGGTCCTCACTTTCCAAAATCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCTGAATAAACAACATAATTAATGGTCCTCACTTTCCAAAATCA  497

seq1  CTACAAAATGCCAAACATACTAATACTGGAATTCTTTTTTATTCCAATTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAATGCCAAACATACTAATACTGGAATTCTTTTTTATTCCAATTC  547

seq1  CTTCTATTCACTATCTGCTATTTTCCTCTTTGAGACAGGATCTCATATAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTCACTATCTGCTATTTTCCTCTTTGAGACAGGATCTCATATAA  597

seq1  ACCAGGCTGGTATTGAATTCCCTATGTAGACGCAACTGACCTTTTAATTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTGGTATTGAATTCCCTATGTAGACGCAACTGACCTTTTAATTC  647

seq1  CTGATCCTTCTGCCTACGCTTCCCACTGGTTTATGCAGTGTTGAGATTAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCTTCTGCCTACGCTTCCCACTGGTTTATGCAGTGTTGAGATTAA  697

seq1  ATCATCTAAGATATATCCCTAGTCCACTATCTATTTCTCTATATATCTCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTAAGATATATCCCTAGTCCACTATCTATTTCTCTATATATCTCT  747

seq1  TGCTTTTTTACTCTTATAACTTCTCACTGTCAAGAAAACTCAGATACTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTTACTCTTATAACTTCTCACTGTCAAGAAAACTCAGATACTTC  797

seq1  TCTAATATACTAGCCAAAATTCAGAATTCATAGGCTAGAATCTATACAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATATACTAGCCAAAATTCAGAATTCATAGGCTAGAATCTATACAAA  847

seq1  TATTAGTACTTTTAACCTCAAACACATAAACCCTAACACATGAAAAGCTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTACTTTTAACCTCAAACACATAAACCCTAACACATGAAAAGCTG  897

seq1  TACTAACAAGATTCAGATTAAAATGTCATAGGAAACAAAACAAACAAACA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACAAGATTCAGATTAAAATGTCATAGGAAACAAAACAAACAAACA  947

seq1  AACAAAACAGCCAAATAGAATGTAATGGAATTC  977
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAGCCAAATAGAATGTAATGGAATTC  980