BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223C18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 17,651,502 - 17,816,577
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt7
Upstream geneTcfec, EG435881, Tes, EG232599, Cav2, Cav1, Met, Capza2
Downstream geneWnt2, Asz1, LOC386426, LOC636450, LOC100040751, Cftr, Cttnbp2, EG545829, Lsm8, Ankrd7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223C18.bB6Ng01-223C18.g
ACCGA037989GA037990
length1,0841,117
definitionB6Ng01-223C18.b B6Ng01-223C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,815,485 - 17,816,577)(17,651,502 - 17,652,637)
sequence
gaattctagaattcagcttcatggtttctttacttcaaaaaagccagagt
tactacagggtatgaaaggtcatgtcactagttaaggtaaaaatgagcag
ttgcttctcactataactattcaaactacagttcaactttctcttgagcc
tgcctcacttagttttgtgccttggctgatagaattcctttcctgataag
gcaaatccttataaccatcctgacttctgtttttcccatactgcacatct
ggttgattagcaacttctcttggttatggtttgaaatacacagactcgtc
attttgactctcctcggctaacatgaactcacatctctctgcaacattaa
tataagactcttttggctgctctccctgctcttcccacaccaagcagcag
tctataaaaattgacttatcataccacacctctactcaagtccttagaaa
tccccaattcacttatggtaaaagtggaatttaccaccatctgtacccct
ccatggcctctcaggccctcttttctcccctgcacctactctggactatt
catttagaactactttgttactattggtacatcggaggtactctcctatc
tcaaggctcttttatatcatttacatcatttttatatcattaatatccac
ttctttgtggatatcagtctttgcctaaatgtcactttccaaatcatgca
tacctaaccatgggtttcatattggcttcccaaaactcatagacaagccc
atcatctatctgtccctgggcttcttcagcctagatctgtccacatagct
ttcccatagcttttgtcattctaatacactatgaaaatatacctaagttt
atgagttttcatcttctcctccctcctagaatataagctggttaagagca
aggcctttgatttgtttactgattacagaaaccacaaagacaaaagttga
catagagatgactgtctacatatttttgttgaataaatttataaatgatg
gtgatagtttaggcaaagtgggtatagctagaccaaatcatgctacagat
aaaagagaaaaagagggtggagaatcgtgtgggg
gaattctaattctgagttgggacgtcagaggcgtggaccttcctcacaga
agacataaacatgaaagtgcaggatggatttaaagaaccatgaaatcatg
tagaatttaatacaataaaacaaaaggactttgatgagcaattataattt
taaaacagatcctcttgtttcattggtagctttccacatagaaataatta
taagattcctttcaaggcacagcccagtttctttttattattcttaactt
tctccatcctagctggctcctcatggcactaaagttctgggtacagtttc
cagaattccacagggttctgatgataaatacagaccttgcagagaatatc
tcacagaggcaacaaaactctggtaattgaaaatgaatttgaaaattgac
agggaagaaaatgaacgtagaattaatcccgattagcgtcgatgcttaac
tctgaagttaatggagaaactttacatgattttgtgagtttctgaaaata
ggatgaacttttagcaagattataaaaattatccaaagacctattattag
ttggttttccagtgaattaattttccagaaaattagaaaatttatttcca
attagagtattcatataggtattattttgaaaaacaataggtttgtaaaa
aaaagaaataaaagtcacttactttatagtgtgctatgcagagcaatttc
tcatctaccatatgctgtgtggttttgggcactgcactttaaacaccttg
cacagtatacctgtaaggcaatatgcacctttgccattatttgtattaat
gagctaaagtaattttccaacttaatgttgaaaaatgcaaatttaataga
gctttgaatcctattttattctgtttggaaaatacaagtgtaatgcaaag
cctatgctaagcttccagttacttaaattataaattattttgcattatga
taatgcctacagttataaaactcatagtttttgaatcatattagttacta
ccagttatgatttctgtaagtggagatgtgctcaaattgattgaatatcc
cagattctttttttaattttataggaattcctcatttcatttccaatgca
tcgaaggtccccatacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_17815485_17816577
seq2: B6Ng01-223C18.b_44_1127 (reverse)

seq1  CCCCACACCCGATTCTCCACCCTCTTTTTCTCTTTTATCCTGTAGCATGA  50
      |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCCACA--CGATTCTCCACCCTCTTTTTCTCTTTTAT-CTGTAGCATGA  47

seq1  TTTTGGTCTAGCTATACCCACTTTGCCCTAAACTATTCACCATTCATTTA  100
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||
seq2  -TTTGGTCTAGCTATACCCACTTTG-CCTAAACTA-TCACCA-TCATTTA  93

seq1  TAAATTTATTCAACAAAAATATGTAGACAGTCCATCTCTATGTCAACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATTCAACAAAAATATGTAGACAGT-CATCTCTATGTCAACTTT  142

seq1  TGTTCTTTGTGGTTTCTGTAATCAGTAAACAAATCAAAGGCCTTGCTCTT  200
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TCTTTGTGGTTTCTGTAATCAGTAAACAAATCAAAGGCCTTGCTCTT  191

seq1  AACCAGCTTATATTCTAGGAGGGAGGAGAAGATGAAAACTCATAAACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCTTATATTCTAGGAGGGAGGAGAAGATGAAAACTCATAAACTTA  241

seq1  GGTATATTTTCATAGTGTATTAGAATGACAAAAGCTATGGGAAAGCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATTTTCATAGTGTATTAGAATGACAAAAGCTATGGGAAAGCTATG  291

seq1  TGGACAGATCTAGGCTGAAGAAGCCCAGGGACAGATAGATGATGGGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGATCTAGGCTGAAGAAGCCCAGGGACAGATAGATGATGGGCTTG  341

seq1  TCTATGAGTTTTGGGAAGCCAATATGAAACCCATGGTTAGGTATGCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGTTTTGGGAAGCCAATATGAAACCCATGGTTAGGTATGCATGA  391

seq1  TTTGGAAAGTGACATTTAGGCAAAGACTGATATCCACAAAGAAGTGGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAAGTGACATTTAGGCAAAGACTGATATCCACAAAGAAGTGGATA  441

seq1  TTAATGATATAAAAATGATGTAAATGATATAAAAGAGCCTTGAGATAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGATATAAAAATGATGTAAATGATATAAAAGAGCCTTGAGATAGGA  491

seq1  GAGTACCTCCGATGTACCAATAGTAACAAAGTAGTTCTAAATGAATAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACCTCCGATGTACCAATAGTAACAAAGTAGTTCTAAATGAATAGTC  541

seq1  CAGAGTAGGTGCAGGGGAGAAAAGAGGGCCTGAGAGGCCATGGAGGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAGGTGCAGGGGAGAAAAGAGGGCCTGAGAGGCCATGGAGGGGTA  591

seq1  CAGATGGTGGTAAATTCCACTTTTACCATAAGTGAATTGGGGATTTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTGGTAAATTCCACTTTTACCATAAGTGAATTGGGGATTTCTAA  641

seq1  GGACTTGAGTAGAGGTGTGGTATGATAAGTCAATTTTTATAGACTGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGAGTAGAGGTGTGGTATGATAAGTCAATTTTTATAGACTGCTGC  691

seq1  TTGGTGTGGGAAGAGCAGGGAGAGCAGCCAAAAGAGTCTTATATTAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGGGAAGAGCAGGGAGAGCAGCCAAAAGAGTCTTATATTAATGT  741

seq1  TGCAGAGAGATGTGAGTTCATGTTAGCCGAGGAGAGTCAAAATGACGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGAGATGTGAGTTCATGTTAGCCGAGGAGAGTCAAAATGACGAGT  791

seq1  CTGTGTATTTCAAACCATAACCAAGAGAAGTTGCTAATCAACCAGATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATTTCAAACCATAACCAAGAGAAGTTGCTAATCAACCAGATGTG  841

seq1  CAGTATGGGAAAAACAGAAGTCAGGATGGTTATAAGGATTTGCCTTATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGGGAAAAACAGAAGTCAGGATGGTTATAAGGATTTGCCTTATCA  891

seq1  GGAAAGGAATTCTATCAGCCAAGGCACAAAACTAAGTGAGGCAGGCTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAATTCTATCAGCCAAGGCACAAAACTAAGTGAGGCAGGCTCAA  941

seq1  GAGAAAGTTGAACTGTAGTTTGAATAGTTATAGTGAGAAGCAACTGCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTTGAACTGTAGTTTGAATAGTTATAGTGAGAAGCAACTGCTCA  991

seq1  TTTTTACCTTAACTAGTGACATGACCTTTCATACCCTGTAGTAACTCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACCTTAACTAGTGACATGACCTTTCATACCCTGTAGTAACTCTGG  1041

seq1  CTTTTTTGAAGTAAAGAAACCATGAAGCTGAATTCTAGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGAAGTAAAGAAACCATGAAGCTGAATTCTAGAATTC  1084

seq1: chr6_17651502_17652637
seq2: B6Ng01-223C18.g_69_1185

seq1  GAATTCTAATTCTGAGTTGGGACGTCAGAGGCGTGGACCTTCCTCACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTCTGAGTTGGGACGTCAGAGGCGTGGACCTTCCTCACAGA  50

seq1  AGACATAAACATGAAAGTGCAGGATGGATTTAAAGAACCATGAAATCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAAACATGAAAGTGCAGGATGGATTTAAAGAACCATGAAATCATG  100

seq1  TAGAATTTAATACAATAAAACAAAAGGACTTTGATGAGCAATTATAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTAATACAATAAAACAAAAGGACTTTGATGAGCAATTATAATTT  150

seq1  TAAAACAGATCCTCTTGTTTCATTGGTAGCTTTCCACATAGAAATAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAGATCCTCTTGTTTCATTGGTAGCTTTCCACATAGAAATAATTA  200

seq1  TAAGATTCCTTTCAAGGCACAGCCCAGTTTCTTTTTATTATTCTTAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTCCTTTCAAGGCACAGCCCAGTTTCTTTTTATTATTCTTAACTT  250

seq1  TCTCCATCCTAGCTGGCTCCTCATGGCACTAAAGTTCTGGGTACAGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCCTAGCTGGCTCCTCATGGCACTAAAGTTCTGGGTACAGTTTC  300

seq1  CAGAATTCCACAGGGTTCTGATGATAAATACAGACCTTGCAGAGAATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCCACAGGGTTCTGATGATAAATACAGACCTTGCAGAGAATATC  350

seq1  TCACAGAGGCAACAAAACTCTGGTAATTGAAAATGAATTTGAAAATTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGGCAACAAAACTCTGGTAATTGAAAATGAATTTGAAAATTGAC  400

seq1  AGGGAAGAAAATGAACGTAGAATTAATCCCGATTAGCGTCGATGCTTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAAAATGAACGTAGAATTAATCCCGATTAGCGTCGATGCTTAAC  450

seq1  TCTGAAGTTAATGGAGAAACTTTACATGATTTTGTGAGTTTCTGAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTTAATGGAGAAACTTTACATGATTTTGTGAGTTTCTGAAAATA  500

seq1  GGATGAACTTTTAGCAAGATTATAAAAATTATCCAAAGACCTATTATTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAACTTTTAGCAAGATTATAAAAATTATCCAAAGACCTATTATTAG  550

seq1  TTGGTTTTCCAGTGAATTAATTTTCCAGAAAATTAGAAAATTTATTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTCCAGTGAATTAATTTTCCAGAAAATTAGAAAATTTATTTCCA  600

seq1  ATTAGAGTATTCATATAGGTATTATTTTGAAAAACAATAGGTTTGTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGTATTCATATAGGTATTATTTTGAAAAACAATAGGTTTGTAAAA  650

seq1  AAAAGAAATAAAAGTCACTTACTTTATAGTGTGCTATGCAGAGCAATTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAATAAAAGTCACTTACTTTATAGTGTGCTATGCAGAGCAATTTC  700

seq1  TCATCTACCATATGCTGTGTGGTTTTGGGCACTGCACTTTAAACACCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTACCATATGCTGTGTGGTTTTGGGCACTGCACTTTAAACACCTTG  750

seq1  CACAGTATACCTGTAAGGCAATATGCACCTTTGCCATTATTTGTATTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTATACCTGTAAGGCAATATGCACCTTTGCCATTATTTGTATTAAT  800

seq1  GAGCTAAAGTAATTTTCCAACTTAATGTTGAAAAATGCAAATTTAATAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAAGTAATTTTCCAACTTAATGTTGAAAAATGCAAATTTAATAGA  850

seq1  GCTTTGAAATCCTATTTTATTCTGTTTGGAAAATACAAGTGTAATGCAAA  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTTTG-AATCCTATTTTATTCTGTTTGGAAAATACAAGTGTAATGC-AA  898

seq1  AGCCTATGCTAAGCTTCCAGTTACTTAAATTATAAATTATTTTGCATTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATGCTAAGCTTCCAGTTACTTAAATTATAAATTATTTTGCATTAT  948

seq1  GATAATGCCTACAGTTATAAAACTCATAGTTTTTGAATCATATTAGTTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGCCTACAGTTATAAAACTCATAGTTTTTGAATCATATTAGTTAC  998

seq1  TACCCAGTTATGATTTTCTGTAAGTTGGAGATGGTTGCTCCAAAATTGAT  1050
      || |||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||
seq2  TA-CCAGTTATGA-TTTCTGTAAG-TGGAGATG--TGCTC--AAATTGAT  1041

seq1  TG-ATATCCCAGATTTCTTTTTTTATATTTTTTATTAGTATTTTCCTCAT  1099
      || |||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |     ||||||| 
seq2  TGAATATCCCAGA-TTCTTTTTTTA-ATTTTATAGGA----ATTCCTCA-  1084

seq1  TTTCATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACC  1136
      ||||||||||||||| |||    |||  |||||||||
seq2  TTTCATTTCCAATGC-ATC---GAAGGTCCCCATACC  1117