BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223O03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 48,781,178 - 48,963,085
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1
Upstream geneZfp398, Zfp282, Zfp212, A230106D06Rik, AI894139, LOC623601, Zfp777, Zfp746, LOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3
Downstream geneGpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210, Npy
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223O03.bB6Ng01-223O03.g
ACCGA038504GA038505
length1,101444
definitionB6Ng01-223O03.b B6Ng01-223O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,781,178 - 48,782,281)(48,962,636 - 48,963,085)
sequence
gaattcctcccatgagaccatctatgtgacatctacagactgttagtttg
catgtcctctagccaaaatcctcactggaatcaacccccaacccttgcca
gctaccgagagctgccatggccttggcattcccccgaagagttgagtctt
ctccctccctggtgttgccaagagccatcccagctacccatgatgcccag
gcctaagacaatcttgagttacatgtacagccttccttttggcctggagg
ctaggtcacatggtatgacactaaatcgccacccctgaaagcctctaagt
gcatgaaactccctttgtcctatggaacagaaatgtttgtcttttccttc
cggtcctcttcatgcaattatgagataatgttataagcctcctaatggct
ggaactaaaaggagttggaggttattttccttccaactccccatcattct
atatatggcagctatctctcctaatgcccttccacttgaaggtctcacca
tggctgtctaaggctataatgctatgactctcctaatcgagatcctttga
acggtaatttgcctcaccttcctttctatgaacctacagatttcttcata
tctttaacagatgctagcatcaaaatatcctggggtataaactcacatta
caccacatctcctgcccctaacaacttcatgatttcaaagagcaaggtgt
ggtttctactaagttttttctctccctgactggagtttctccctcctctt
cctcaacatgtacagagtcaccccaggtagcacatatacaaaactgaaga
ctggggcactcttatggggctgtcctgtggtgcactagagttgcctactg
taagtggaaacagaaatgacagtgtctcaagtgggagaggcaaggtcctg
cttcagaggagagaggatgctcagtggatgggaaacccaacagtcccttc
agtgtgacagtgtcatgacagttacaaggaaaattcctctgaataggaac
atttcattctggagggtagctcattaagaccaaaacgcctaagaaggctg
gctaagaatagaaaaataaccaacctcaaagtctctcaaggagttccaga
a
ccagtgaccttttctgatgcccagatgtgacacattgagtctctcaggcc
agctccactgccttccccttgagcaaggaaggttccctagaacctaagga
gttaaatgtgcattgggcgagtgtggcagggtagggatgggagtgggaac
tttacaggggaaaagaccaaggggaacttctgtcctaggaagtggagtta
gaaagtggacttggtgccaattagcagggcacaactaggaatatgaaggc
aaaagggaaagacaaattggaaacagttcatatacccctaccccatctcc
agaacaaaacaagccttttagcagcaattaagcagagatgtgaagtatag
tcaagctttaactcccttgaaggtgttaaaagtcagaaatgggctggcct
agggagatttgtaagatgatgatgatgaggaggaggaggaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_48781178_48782281
seq2: B6Ng01-223O03.b_44_1144

seq1  GAATTCCTCCCATGAGACCATCTATGTGACATCTACAGACTGTTAGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCCATGAGACCATCTATGTGACATCTACAGACTGTTAGTTTG  50

seq1  CATGTCCTCTAGCCAAAATCCTCACTGGAATCAACCCCCAACCCTTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTCTAGCCAAAATCCTCACTGGAATCAACCCCCAACCCTTGCCA  100

seq1  GCTACCGAGAGCTGCCATGGCCTTGGCATTCCCCCGAAGAGTTGAGTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCGAGAGCTGCCATGGCCTTGGCATTCCCCCGAAGAGTTGAGTCTT  150

seq1  CTCCCTCCCTGGTGTTGCCAAGAGCCATCCCAGCTACCCATGATGCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCCTGGTGTTGCCAAGAGCCATCCCAGCTACCCATGATGCCCAG  200

seq1  GCCTAAGACAATCTTGAGTTACATGTACAGCCTTCCTTTTGGCCTGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGACAATCTTGAGTTACATGTACAGCCTTCCTTTTGGCCTGGAGG  250

seq1  CTAGGTCACATGGTATGACACTAAATCGCCACCCCTGAAAGCCTCTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCACATGGTATGACACTAAATCGCCACCCCTGAAAGCCTCTAAGT  300

seq1  GCATGAAACTCCCTTTGTCCTATGGAACAGAAATGTTTGTCTTTTCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAACTCCCTTTGTCCTATGGAACAGAAATGTTTGTCTTTTCCTTC  350

seq1  CGGTCCTCTTCATGCAATTATGAGATAATGTTATAAGCCTCCTAATGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCTCTTCATGCAATTATGAGATAATGTTATAAGCCTCCTAATGGCT  400

seq1  GGAACTAAAAGGAGTTGGAGGTTATTTTCCTTCCAACTCCCCATCATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTAAAAGGAGTTGGAGGTTATTTTCCTTCCAACTCCCCATCATTCT  450

seq1  ATATATGGCAGCTATCTCTCCTAATGCCCTTCCACTTGAAGGTCTCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGGCAGCTATCTCTCCTAATGCCCTTCCACTTGAAGGTCTCACCA  500

seq1  TGGCTGTCTAAGGCTATAATGCTATGACTCTCCTAATCGAGATCCTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTCTAAGGCTATAATGCTATGACTCTCCTAATCGAGATCCTTTGA  550

seq1  ACGGTAATTTGCCTCACCTTCCTTTCTATGAACCTACAGATTTCTTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTAATTTGCCTCACCTTCCTTTCTATGAACCTACAGATTTCTTCATA  600

seq1  TCTTTAACAGATGCTAGCATCAAAATATCCTGGGGTATAAACTCACATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACAGATGCTAGCATCAAAATATCCTGGGGTATAAACTCACATTA  650

seq1  CACCACATCTCCTGCCCCTAACAACTTCATGATTTCAAAGAGCAAGGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACATCTCCTGCCCCTAACAACTTCATGATTTCAAAGAGCAAGGTGT  700

seq1  GGTTTCTACTAAGTTTTTTCTCTCCCTGACTGGAGTTTCTCCCTCCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTACTAAGTTTTTTCTCTCCCTGACTGGAGTTTCTCCCTCCTCTT  750

seq1  CCTCAACATGTACAGAGTCACCCCAGGTAGCACATATACAAAACTGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACATGTACAGAGTCACCCCAGGTAGCACATATACAAAACTGAAGA  800

seq1  CTGGGGCACTCTTATGGGGCTGTCCTGTGGTGCACTAGAGTTGCCTACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCACTCTTATGGGGCTGTCCTGTGGTGCACTAGAGTTGCCTACTG  850

seq1  TAAGTGGAAACAGAAATGACAGTGTCTCAAGTGGGAGAGGCAAGGTCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGAAACAGAAATGACAGTGTCTCAAGTGGGAGAGGCAAGGTCCTG  900

seq1  CTTCAGAGGAGAGAGGATGCTCAGGTGGATGGGAAACCCAACAGTCCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGGAGAGAGGATGCTCA-GTGGATGGGAAACCCAACAGTCCCTT  949

seq1  CAGTGTGACAGTGTCATGACAGTTACAAAGAAAATTCCTCTGAATAGGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGACAGTGTCATGACAGTTACAAGGAAAATTCCTCTGAATAGGAA  999

seq1  CATTTCATTCTGGAGGGTAGCTCATTAAGACCAAAAACGCCCTAAAGGAA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||
seq2  CATTTCATTCTGGAGGGTAGCTCATTAAGACC-AAAACG-CCTAA--GAA  1045

seq1  GGCTTGCTAAGAATAGAAAAATAAACAACTCAAAAG--TCTCAGGGAGTT  1098
      |||| ||||||||||||||||||| ||||   ||||  ||||| ||||||
seq2  GGCTGGCTAAGAATAGAAAAATAACCAACCTCAAAGTCTCTCAAGGAGTT  1095

seq1  CCAGAA  1104
      ||||||
seq2  CCAGAA  1101

seq1: chr6_48962636_48963085
seq2: B6Ng01-223O03.g_67_516 (reverse)

seq1  TTCCTCCTCCTCCTCCTCATCATCATCATCTTACAAATCTCCCTAGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTCCTCCTCCTCATCATCATCATCTTACAAATCTCCCTAGGCCA  50

seq1  GCCCATTTCTGACTTTTAACACCTTCAAGGGAGTTAAAGCTTGACTATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTTCTGACTTTTAACACCTTCAAGGGAGTTAAAGCTTGACTATAC  100

seq1  TTCACATCTCTGCTTAATTGCTGCTAAAAGGCTTGTTTTGTTCTGGAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCTCTGCTTAATTGCTGCTAAAAGGCTTGTTTTGTTCTGGAGAT  150

seq1  GGGGTAGGGGTATATGAACTGTTTCCAATTTGTCTTTCCCTTTTGCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGGGGTATATGAACTGTTTCCAATTTGTCTTTCCCTTTTGCCTTC  200

seq1  ATATTCCTAGTTGTGCCCTGCTAATTGGCACCAAGTCCACTTTCTAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTAGTTGTGCCCTGCTAATTGGCACCAAGTCCACTTTCTAACTC  250

seq1  CACTTCCTAGGACAGAAGTTCCCCTTGGTCTTTTCCCCTGTAAAGTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTAGGACAGAAGTTCCCCTTGGTCTTTTCCCCTGTAAAGTTCCC  300

seq1  ACTCCCATCCCTACCCTGCCACACTCGCCCAATGCACATTTAACTCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCATCCCTACCCTGCCACACTCGCCCAATGCACATTTAACTCCTTA  350

seq1  GGTTCTAGGGAACCTTCCTTGCTCAAGGGGAAGGCAGTGGAGCTGGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGGGAACCTTCCTTGCTCAAGGGGAAGGCAGTGGAGCTGGCCTG  400

seq1  AGAGACTCAATGTGTCACATCTGGGCATCAGAAAAGGTCACTGGGAATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCAATGTGTCACATCTGGGCATCAGAAAAGGTCACTGGGAATTC  450