BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224H12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 112,556,606 - 112,696,902
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG434077, Rad18, Srgap3
Upstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076
Downstream geneEG666387, EG620161, LOC666397, Thumpd3, EG434078, Setd5, Lhfpl4, Mtmr14, Cpne9, Brpf1, Ogg1, Camk1, Tada3l, Arpc4, Ttll3, Rpusd3, Cidec, Jagn1, Il17re, Il17rc, Creld1, Prrt3, Tmem111, Fancd2, 4931417G12Rik, 6720456B07Rik, Vhlh, Irak2, Tatdn2, Ghrl, Sec13, Atp2b2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224H12.bB6Ng01-224H12.g
ACCGA038919GA038920
length1,1301,150
definitionB6Ng01-224H12.b B6Ng01-224H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,695,791 - 112,696,902)(112,556,606 - 112,557,758)
sequence
gaattcctttgagagaggtgagtgcagactgactatctcaagcttgtggg
caggagaagccaaagttaacataggtctcaaagccaatagtgcacagagg
cactgggtctgcagcagctttctggagatgtctgctcactctcttactaa
ctcttcattccaagacatcctgatggtagctggaagtcagctatgttggg
ggtgtttacaccacagaaatagcaaacctcaagatctttctatcagatct
tagacttccccactcttctccctttatctttcatcacaggctaaatgttc
ctaatcccaactctcaaacccagacatttgagcatttggaagttccacat
ttacctccatgtgacacacacagccaagctgcagctacacaactgacacc
ttgccaagtcaccctcagcttgtgtgtgcaactcggatggtcttttaagt
agatacttgatctcagctccaaggcaacaaaattctaaaatcccaaactt
cctggctccacccactttagtgtttaaggtttttatgttttgttatttat
ttagagatagtgtcttgggtagccttaaaatcttcctaatactcctgcct
ctgcttcccaactgctgaggttacaggtgtgagctattatgcctgacttt
ccacatactgggtgtgtttttcatacttgtgtgggtatacatgtatgtac
atgtgcacatgtgactgtgtgcatagtgtgcacatatgtgtgtatgtata
tatgcatgtatgtatgcatatatgtatgtatgtatgaatgtatgtgcaaa
gctcctatgcttgcagtggtctcagaaggcttttgtaagcataggaggac
cccagcaaaggaagaaccaactgtgtcatatgaagctcacttctcaatgt
ctgcctttgcccacacagtacttagcttcctgccatagtagaactatgaa
actggaaatccaggaaaaagcattcggatagtgtgattccctagttgtag
agcccaggcccactgctgtccatctccacatttctcagtccaggaacaag
gagaaagaacatgggggtgcaaggcagcccaaacttgaacttccccactt
tccagtttccacaccattttggaaagacac
gaattccctcctatgagtgctcactggacaccggaagcgttggctgcgtt
tgatctcaccaagagacccaaggatgacagtgtcaaacccaaaccggaag
aggacgtgaaacctgtaaaggaaccagatatcagacctcagaaggacact
gggtgctcggtctcataagaatgtctgtcactcactgcaatctctgctgg
tccacaagagaaactgtggggcttcagttcgccgtttctgatttctctga
agcccacaggataattgttagcttcagagcaacttggcctttcatttatt
tattcttgatttttaacatagaggcatttcatgattttgcttctgggctc
tgctttttaaatcaggacaacatttggaagggttgttttttatgcctcta
atgagtatatgtgggggattggaccttttctgaactctagatagtaagtt
tcatgttcatgtttttctactttcacagaaatgtttgttcttcttgtttg
ataccagaagaatgttttgaaaagagatgggttcatctttcatcaccaca
ttgtcagatccgagtctagcttaatcttctggtggggaaacagaatcgca
gttaaaatcagaaaacctcagaccaagctctttccctgtacataaccaga
gtccatgatgactaggaaatcgtgtcttcaggaatatggaagttacgtgg
aattcagcagtctgggtctgtgcccctcggcctggctcagcggcgggagg
gccgtgctctctccacccgcactacccacacagtgggtggttttcttaca
agtaccttttctaatgaacttttttacttaaggggtaaagctttgtacta
gcattagtgcttctgtgtagagaagaggaagagattgccagtgtgttttt
gaagagtaaaatgttgcatgttgtaaaagaagcctttgtaaactcaacaa
gaataggttgtcctgattcacactgggtaattctttgtagaagagtttag
aaaatgcctttgttccctgattttggtggacacctgtgtttttaccatgg
ttttctcagaattctaatcgatgcttggctttaggcttagtgacagtagt
tagggatatagacacatcacctagtgtttaaggatttggcctttacccac

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_112695791_112696902
seq2: B6Ng01-224H12.b_50_1179 (reverse)

seq1  GTGTCTTTCCAAAATGGTGT-GAAACT-GAAAGTGGG--AATTC-AGTTT  45
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  | ||| |||||
seq2  GTGTCTTTCCAAAATGGTGTGGAAACTGGAAAGTGGGGAAGTTCAAGTTT  50

seq1  GGGCTGCC-TGCA-CCCCATGT--CTTCTCCTTGTCCCTGGACTGAG-AA  90
      |||||||| |||| ||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GGGCTGCCTTGCACCCCCATGTTCTTTCTCCTTGTTCCTGGACTGAGAAA  100

seq1  TGT-GAGATGGACAGCAGTGGG-CTTGGCTCTACAACTAGGG-ATCACAC  137
      ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGGAGATGGACAGCAGTGGGCCTGGGCTCTACAACTAGGGAATCACAC  150

seq1  TATCCGAATGCTTTTTCCTGGATTTCCAG-TTCATAGTTCTACTATGGCA  186
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGAATGCTTTTTCCTGGATTTCCAGTTTCATAGTTCTACTATGGCA  200

seq1  GGAAGCTAAGTACTGTGT-GGCAAAGGCAGACATTGAGAAGTGAGCTTCA  235
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTAAGTACTGTGTGGGCAAAGGCAGACATTGAGAAGTGAGCTTCA  250

seq1  TATGACACAGTTGGTTCTTCCTTTGCT-GGGTCCTCCTATGCTTACAAA-  283
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGACACAGTTGGTTCTTCCTTTGCTGGGGTCCTCCTATGCTTACAAAA  300

seq1  -GCTTCTGAGACCACTGCAAGCATAGGAGCTTTGCACATACATTCATACA  332
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTGAGACCACTGCAAGCATAGGAGCTTTGCACATACATTCATACA  350

seq1  TACATACATATATGCATACATACATGCATATATACATACACACATATGTG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATATATGCATACATACATGCATATATACATACACACATATGTG  400

seq1  CACACTATGCACACAGTCACATGTGCACATGTACATACATGTATACCCAC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTATGCACACAGTCACATGTGCACATGTACATACATGTATACCCAC  450

seq1  ACAAGTATGAAAAACACACCCAGTATGTGGAAAGTCAGGCATAATAGCTC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTATGAAAAACACACCCAGTATGTGGAAAGTCAGGCATAATAGCTC  500

seq1  ACACCTGTAACCTCAGCAGTTGGGAAGCAGAGGCAGGAGTATTAGGAAGA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGTAACCTCAGCAGTTGGGAAGCAGAGGCAGGAGTATTAGGAAGA  550

seq1  TTTTAAGGCTACCCAAGACACTATCTCTAAATAAATAACAAAACATAAAA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGCTACCCAAGACACTATCTCTAAATAAATAACAAAACATAAAA  600

seq1  ACCTTAAACACTAAAGTGGGTGGAGCCAGGAAGTTTGGGATTTTAGAATT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAAACACTAAAGTGGGTGGAGCCAGGAAGTTTGGGATTTTAGAATT  650

seq1  TTGTTGCCTTGGAGCTGAGATCAAGTATCTACTTAAAAGACCATCCGAGT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCCTTGGAGCTGAGATCAAGTATCTACTTAAAAGACCATCCGAGT  700

seq1  TGCACACACAAGCTGAGGGTGACTTGGCAAGGTGTCAGTTGTGTAGCTGC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAAGCTGAGGGTGACTTGGCAAGGTGTCAGTTGTGTAGCTGC  750

seq1  AGCTTGGCTGTGTGTGTCACATGGAGGTAAATGTGGAACTTCCAAATGCT  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGCTGTGTGTGTCACATGGAGGTAAATGTGGAACTTCCAAATGCT  800

seq1  CAAATGTCTGGGTTTGAGAGTTGGGATTAGGAACATTTAGCCTGTGATGA  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCTGGGTTTGAGAGTTGGGATTAGGAACATTTAGCCTGTGATGA  850

seq1  AAGATAAAGGGAGAAGAGTGGGGAAGTCTAAGATCTGATAGAAAGATCTT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAAGGGAGAAGAGTGGGGAAGTCTAAGATCTGATAGAAAGATCTT  900

seq1  GAGGTTTGCTATTTCTGTGGTGTAAACACCCCCAACATAGCTGACTTCCA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTGCTATTTCTGTGGTGTAAACACCCCCAACATAGCTGACTTCCA  950

seq1  GCTACCATCAGGATGTCTTGGAATGAAGAGTTAGTAAGAGAGTGAGCAGA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCATCAGGATGTCTTGGAATGAAGAGTTAGTAAGAGAGTGAGCAGA  1000

seq1  CATCTCCAGAAAGCTGCTGCAGACCCAGTGCCTCTGTGCACTATTGGCTT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCAGAAAGCTGCTGCAGACCCAGTGCCTCTGTGCACTATTGGCTT  1050

seq1  TGAGACCTATGTTAACTTTGGCTTCTCCTGCCCACAAGCTTGAGATAGTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCTATGTTAACTTTGGCTTCTCCTGCCCACAAGCTTGAGATAGTC  1100

seq1  AGTCTGCACTCACCTCTCTCAAAGGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCACTCACCTCTCTCAAAGGAATTC  1130

seq1: chr6_112556606_112557758
seq2: B6Ng01-224H12.g_66_1215

seq1  GAATTCCCTCCTATGAGTGCTCACTGGACACCGGAAGCGTTGGCTGCGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCTATGAGTGCTCACTGGACACCGGAAGCGTTGGCTGCGTT  50

seq1  TGATCTCACCAAGAGACCCAAGGATGACAGTGTCAAACCCAAACCGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCACCAAGAGACCCAAGGATGACAGTGTCAAACCCAAACCGGAAG  100

seq1  AGGACGTGAAACCTGTAAAGGAACCAGATATCAGACCTCAGAAGGACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGTGAAACCTGTAAAGGAACCAGATATCAGACCTCAGAAGGACACT  150

seq1  GGGTGCTCGGTCTCATAAGAATGTCTGTCACTCACTGCAATCTCTGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTCGGTCTCATAAGAATGTCTGTCACTCACTGCAATCTCTGCTGG  200

seq1  TCCACAAGAGAAACTGTGGGGCTTCAGTTCGCCGTTTCTGATTTCTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAGAGAAACTGTGGGGCTTCAGTTCGCCGTTTCTGATTTCTCTGA  250

seq1  AGCCCACAGGATAATTGTTAGCTTCAGAGCAACTTGGCCTTTCATTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAGGATAATTGTTAGCTTCAGAGCAACTTGGCCTTTCATTTATT  300

seq1  TATTCTTGATTTTTAACATAGAGGCATTTCATGATTTTGCTTCTGGGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTGATTTTTAACATAGAGGCATTTCATGATTTTGCTTCTGGGCTC  350

seq1  TGCTTTTTAAATCAGGACAACATTTGGAAGGGTTGTTTTTTATGCCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTAAATCAGGACAACATTTGGAAGGGTTGTTTTTTATGCCTCTA  400

seq1  ATGAGTATATGTGGGGGATTGGACCTTTTCTGAACTCTAGATAGTAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTATATGTGGGGGATTGGACCTTTTCTGAACTCTAGATAGTAAGTT  450

seq1  TCATGTTCATGTTTTTCTACTTTCACAGAAATGTTTGTTCTTCTTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCATGTTTTTCTACTTTCACAGAAATGTTTGTTCTTCTTGTTTG  500

seq1  ATACCAGAAGAATGTTTTGAAAAGAGATGGGTTCATCTTTCATCACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGAAGAATGTTTTGAAAAGAGATGGGTTCATCTTTCATCACCACA  550

seq1  TTGTCAGATCCGAGTCTAGCTTAATCTTCTGGTGGGGAAACAGAATCGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGATCCGAGTCTAGCTTAATCTTCTGGTGGGGAAACAGAATCGCA  600

seq1  GTTAAAATCAGAAAACCTCAGACCAAGCTCTTTCCCTGTACATAACCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATCAGAAAACCTCAGACCAAGCTCTTTCCCTGTACATAACCAGA  650

seq1  GTCCATGATGACTAGGAAATCGTGTCTTCAGGAATATGGAAGTTACGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGATGACTAGGAAATCGTGTCTTCAGGAATATGGAAGTTACGTGG  700

seq1  AATTCAGCAGTCTGGGTCTGTGCCCCTCGGCCTGGCTCAGCGGC-GGAGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATTCAGCAGTCTGGGTCTGTGCCCCTCGGCCTGGCTCAGCGGCGGGAGG  750

seq1  GCCGTGCTCTCTCCACCCGCACTACCCACACAGT-GGTGGTTTTCTTACA  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCCGTGCTCTCTCCACCCGCACTACCCACACAGTGGGTGGTTTTCTTACA  800

seq1  AGTACCTTTTCTAATGAAC-TTTTTACTTAAGGGGTAAAGCTTTGTACTA  847
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTTTTCTAATGAACTTTTTTACTTAAGGGGTAAAGCTTTGTACTA  850

seq1  GCATTTAGTGCTTCTGTGTAGAG-AGAGGAAGAGAATGGCAGTGTG-TTT  895
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||
seq2  GCA-TTAGTGCTTCTGTGTAGAGAAGAGGAAGAGATTGCCAGTGTGTTTT  899

seq1  TGAAGAAGTAAAATGTTGCATGTTGTAAAGAAAGCCTTTGTAAACTCAAC  945
      ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  TGAAG-AGTAAAATGTTGCATGTTGTAAAAGAAGCCTTTGTAAACTCAAC  948

seq1  CAAGATAGGTTGTCCTGATTCACACT-GGTAATTCCTTTGTTAGAAGAGT  994
       |  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||
seq2  AAGAATAGGTTGTCCTGATTCACACTGGGTAATT-CTTTG-TAGAAGAGT  996

seq1  TTTAAGAAAATGCCTTTGTTCCCTGATTTTGGTGGACA-CTGTGTTTTTA  1043
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TT--AGAAAATGCCTTTGTTCCCTGATTTTGGTGGACACCTGTGTTTTTA  1044

seq1  ACATGGTTTTCTTCAGTATCCT-ATCGGAATGGCTTGGCGTTAGGCCATA  1092
       |||||||||| |||| || || ||||  || ||||||| ||||| | ||
seq2  CCATGGTTTTC-TCAGAATTCTAATCG--AT-GCTTGGCTTTAGG-CTTA  1089

seq1  GTGACAGAGGTTA-GGATATAGACACACAAACTATGTGTTTAAAGGATTT  1141
      |||||||  |||| |||||||||||||  | ||| |||||| ||||||||
seq2  GTGACAGTAGTTAGGGATATAGACACATCACCTA-GTGTTT-AAGGATTT  1137

seq1  -GCTTATACCCAC  1153
       || | |||||||
seq2  GGCCTTTACCCAC  1150