BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227L07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 6,583,325 - 6,740,823
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545826
Upstream geneDync1i1, Slc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096, Shfm1
Downstream geneDlx6as, Dlx5, Acn9, EG667500, Tac1, LOC667511, Asns
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227L07.bB6Ng01-227L07.g
ACCGA041307GA041308
length1,0501,168
definitionB6Ng01-227L07.b B6Ng01-227L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,583,325 - 6,584,374)(6,739,660 - 6,740,823)
sequence
gaattcatgacagatggcaatacaaacaagtaaagctattgtggagacca
gtgtggtcatttctccaacaggcaaaaaccaggactcctgcacaacacag
ctataccactcttggatctatactgaactggctccatatcctaccacaga
gacgcacgcacctccatgtttgttgccattcttttccaatggtgaggaaa
tggaagcatcccaggtggtgttaagaggtgattagatgatgaaatgtgaa
gcttgtaccaatggaatttcattcagctgtaaagaaaaatgggataatga
acaaattcagaaatatggatgcatctggaaatgataatattaactgaggt
cagccaaatttggaaaggcaaaaattctattttctctctcatatgttgat
catagcctgtactgtatatatgtatgaattttgtaaagttagttaaaaaa
taaaaaacagaaaaaagactaagaaagggcataaggagttctgagaaatg
tgaggtggggtaaggcaagagtgtttacatggcttgaaaggaaatgggct
gttccaaaggagaagacaaaaaaagattagagcaaatctataaaaacacc
ctaccacaatgatcttatatttatatcttagcttaaaaggtggggtggta
tagaatttcctctctgtttttgcataatgctgagccctgggcctataaag
taaaattttctgagcccaaaaagatgtcaacatacctacaagctaaactg
cccagaatatgcacaaggattgtttctatgcaagcttctatcagcaaaat
tggaggtttgtgattggttaatcaggtcatttagcagagagtgcagaatt
atcatgtttatttcaacaaagctacattggtcttaaggtaatggctatgc
tatgggcactctaaaaatccctcaaatcgtgtctcttgaagatcaaagtg
aggggctagtctatcagagccaacccatttatctttgaaagagacacaaa
atccaggcagtaggcaatattaccacccacaacatggtaagcaaaacaaa


cgcggaattctctctctctctttttttaatgactatttcctagatctatt
tcatccctttcttctaacatatcttctgaaggcaaagagatctcttgtat
gtacctagagattctgctttgagtataaccaaaagccaaaagggggcttt
gacagaatgccggtcagttaggtaagtgcatcgtgaggaaaggatggacc
agtttcagctgtaaatggccacaactaacatataattaacatctagtact
tgctagctgtgatgcttaatgttatctatcaattttcctgaaccctgcta
agattaagacattattgttggatgtttctaacgctcttcctaaatgaggt
tagcatgagggtctcagtaagatgggctgacctcctcagtgcaggcagac
accatcccacatactgaacagaaccaagagtgaagtggaaggaatttacc
tctgtttttctgccttgcttcctgagctgggacagcttgtacctgggctt
tcaatcaataactagatacctgaggtttcaagcattcaggtcttgactga
attaattatgagctcctgctttcctgggtgtccagctcctgcagacagcc
aagccttcataatcccaggaggtaagtcttcattaataaatatattttct
ttctcatgtatatccatgtacttaccatccacattttattagcttaatat
acacatccatatgcacatagatgtgtatatctataatatctatgcctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatttttgcagagaccatcaac
taaatgcatgaatcctcagcaacacacaaaataaattaactaagagatga
gttttctctagtcatccttccacttaatacttgagatcacctctggagga
cagtgtacattattgctgatttaagcatgatgaaactcagagagggcttc
aggaacaatcctatagggcaccagtaatacctggcagtgattgttagcgg
gtgatgtttgtgtgacttcagtcttggtgcttgttaccacttaagtgtcc
ctgccttggagaaacttccacaagttccatttgcatgtgtcatccacaca
taacaacggaccaatcactaccatacccatcaaaccaaaccgtcatctcc
acttaggtactcttggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_6583325_6584374
seq2: B6Ng01-227L07.b_48_1097

seq1  GAATTCATGACAGATGGCAATACAAACAAGTAAAGCTATTGTGGAGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGACAGATGGCAATACAAACAAGTAAAGCTATTGTGGAGACCA  50

seq1  GTGTGGTCATTTCTCCAACAGGCAAAAACCAGGACTCCTGCACAACACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTCATTTCTCCAACAGGCAAAAACCAGGACTCCTGCACAACACAG  100

seq1  CTATACCACTCTTGGATCTATACTGAACTGGCTCCATATCCTACCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCACTCTTGGATCTATACTGAACTGGCTCCATATCCTACCACAGA  150

seq1  GACGCACGCACCTCCATGTTTGTTGCCATTCTTTTCCAATGGTGAGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCACGCACCTCCATGTTTGTTGCCATTCTTTTCCAATGGTGAGGAAA  200

seq1  TGGAAGCATCCCAGGTGGTGTTAAGAGGTGATTAGATGATGAAATGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCATCCCAGGTGGTGTTAAGAGGTGATTAGATGATGAAATGTGAA  250

seq1  GCTTGTACCAATGGAATTTCATTCAGCTGTAAAGAAAAATGGGATAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTACCAATGGAATTTCATTCAGCTGTAAAGAAAAATGGGATAATGA  300

seq1  ACAAATTCAGAAATATGGATGCATCTGGAAATGATAATATTAACTGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCAGAAATATGGATGCATCTGGAAATGATAATATTAACTGAGGT  350

seq1  CAGCCAAATTTGGAAAGGCAAAAATTCTATTTTCTCTCTCATATGTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAATTTGGAAAGGCAAAAATTCTATTTTCTCTCTCATATGTTGAT  400

seq1  CATAGCCTGTACTGTATATATGTATGAATTTTGTAAAGTTAGTTAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCTGTACTGTATATATGTATGAATTTTGTAAAGTTAGTTAAAAAA  450

seq1  TAAAAAACAGAAAAAAGACTAAGAAAGGGCATAAGGAGTTCTGAGAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAACAGAAAAAAGACTAAGAAAGGGCATAAGGAGTTCTGAGAAATG  500

seq1  TGAGGTGGGGTAAGGCAAGAGTGTTTACATGGCTTGAAAGGAAATGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGGGTAAGGCAAGAGTGTTTACATGGCTTGAAAGGAAATGGGCT  550

seq1  GTTCCAAAGGAGAAGACAAAAAAAGATTAGAGCAAATCTATAAAAACACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAAAGGAGAAGACAAAAAAAGATTAGAGCAAATCTATAAAAACACC  600

seq1  CTACCACAATGATCTTATATTTATATCTTAGCTTAAAAGGTGGGGTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACAATGATCTTATATTTATATCTTAGCTTAAAAGGTGGGGTGGTA  650

seq1  TAGAATTTCCTCTCTGTTTTTGCATAATGCTGAGCCCTGGGCCTATAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTCCTCTCTGTTTTTGCATAATGCTGAGCCCTGGGCCTATAAAG  700

seq1  TAAAATTTTCTGAGCCCAAAAAGATGTCAACATACCTACAAGCTAAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTTCTGAGCCCAAAAAGATGTCAACATACCTACAAGCTAAACTG  750

seq1  CCCAGAATATGCACAAGGATTGTTTCTATGCAAGCTTCTATCAGCAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAATATGCACAAGGATTGTTTCTATGCAAGCTTCTATCAGCAAAAT  800

seq1  TGGAGGTTTGTGATTGGTTAATCAGGTCATTTAGCAGAGAGTGCAGAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTTTGTGATTGGTTAATCAGGTCATTTAGCAGAGAGTGCAGAATT  850

seq1  ATCATGTTTATTTCAACAAAGCTACATTGGTCTTAAGGTAATGGCTATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTTTATTTCAACAAAGCTACATTGGTCTTAAGGTAATGGCTATGC  900

seq1  TATGGGCACTCTAAAAATCCCTCAAATCGTGTCTCTTGAAGATCAAAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCACTCTAAAAATCCCTCAAATCGTGTCTCTTGAAGATCAAAGTG  950

seq1  AGGGGCTAGTCTATCAGAGCCAACCCA-TTATCTTTGAAAGGAGACAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||
seq2  AGGGGCTAGTCTATCAGAGCCAACCCATTTATCTTTGAAA-GAGAC-ACA  998

seq1  AAATCCA-GCAGTAAGCAATATTA-CACCCACAACAATGGGTAAGC-AAA  1046
      ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||   ||||||| |||
seq2  AAATCCAGGCAGTAGGCAATATTACCACCCACAACA--TGGTAAGCAAAA  1046

seq1  CAAA  1050
      ||||
seq2  CAAA  1050


seq1: chr6_6739660_6740823
seq2: B6Ng01-227L07.g_68_1231 (reverse)

seq1  TTCCAAGAGTAC--TAGTGGAAGATGGAGGGGTTTTGGTTTGTTGTGTTG  48
      ||||||||||||   ||||| |||||  ||   ||||||||| || ||  
seq2  TTCCAAGAGTACCTAAGTGG-AGATGACGG---TTTGGTTTGATGGGTAT  46

seq1  TGTTGTG-TTTGTCTGTTTGTTAATGTGTGGATGACACATGGAAAATGGG  97
       || ||| || ||| | ||||| |||||||||||||||||| |||   ||
seq2  GGTAGTGATTGGTCCG-TTGTT-ATGTGTGGATGACACATGCAAA--TGG  92

seq1  AACTTTGTGGATG-TTCTCCAAGGCA-GGACACTTAAGTGGTAACAAGCA  145
      ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAC-TTGTGGAAGTTTCTCCAAGGCAGGGACACTTAAGTGGTAACAAGCA  141

seq1  C--AGACCTGGAGTCACACAAACATCACCCGCTAAC-ATCACTGCCAGGT  192
      |  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCAAGA-CTGAAGTCACACAAACATCACCCGCTAACAATCACTGCCAGGT  190

seq1  ATTACTGGTGCCCTATAGGATTGTTCCTG-AGCCCTCTCTGAGTTTCATC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGGTGCCCTATAGGATTGTTCCTGAAGCCCTCTCTGAGTTTCATC  240

seq1  ATGCTTAAATCAGCAATAATGTACACTGTCCTCCAGAGGTGATCTCAAGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAAATCAGCAATAATGTACACTGTCCTCCAGAGGTGATCTCAAGT  290

seq1  ATTAAGTGGAAGGATGACTAGAGAAAACTCATCTCTTAGTTAATTTATTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTGGAAGGATGACTAGAGAAAACTCATCTCTTAGTTAATTTATTT  340

seq1  TGTGTGTTGCTGAGGATTCATGCA-TTAGTTGATGGTCTCTGCAAAAATA  390
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTGCTGAGGATTCATGCATTTAGTTGATGGTCTCTGCAAAAATA  390

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCATAGATATTATAGAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCATAGATATTATAGAT  440

seq1  ATACACATCTATGTGCATATGGATGTGTATATTAAGCTAATAAAATGTGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACATCTATGTGCATATGGATGTGTATATTAAGCTAATAAAATGTGG  490

seq1  ATGGTAAGTACATGGATATACATGAGAAAGAAAATATATTTATTAATGAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAGTACATGGATATACATGAGAAAGAAAATATATTTATTAATGAA  540

seq1  GACTTACCTCCTGGGATTATGAAGGCTTGGCTGTCTGCAGGAGCTGGACA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACCTCCTGGGATTATGAAGGCTTGGCTGTCTGCAGGAGCTGGACA  590

seq1  CCCAGGAAAGCAGGAGCTCATAATTAATTCAGTCAAGACCTGAATGCTTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAAAGCAGGAGCTCATAATTAATTCAGTCAAGACCTGAATGCTTG  640

seq1  AAACCTCAGGTATCTAGTTATTGATTGAAAGCCCAGGTACAAGCTGTCCC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCAGGTATCTAGTTATTGATTGAAAGCCCAGGTACAAGCTGTCCC  690

seq1  AGCTCAGGAAGCAAGGCAGAAAAACAGAGGTAAATTCCTTCCACTTCACT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGAAGCAAGGCAGAAAAACAGAGGTAAATTCCTTCCACTTCACT  740

seq1  CTTGGTTCTGTTCAGTATGTGGGATGGTGTCTGCCTGCACTGAGGAGGTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCTGTTCAGTATGTGGGATGGTGTCTGCCTGCACTGAGGAGGTC  790

seq1  AGCCCATCTTACTGAGACCCTCATGCTAACCTCATTTAGGAAGAGCGTTA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATCTTACTGAGACCCTCATGCTAACCTCATTTAGGAAGAGCGTTA  840

seq1  GAAACATCCAACAATAATGTCTTAATCTTAGCAGGGTTCAGGAAAATTGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATCCAACAATAATGTCTTAATCTTAGCAGGGTTCAGGAAAATTGA  890

seq1  TAGATAACATTAAGCATCACAGCTAGCAAGTACTAGATGTTAATTATATG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAACATTAAGCATCACAGCTAGCAAGTACTAGATGTTAATTATATG  940

seq1  TTAGTTGTGGCCATTTACAGCTGAAACTGGTCCATCCTTTCCTCACGATG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGTGGCCATTTACAGCTGAAACTGGTCCATCCTTTCCTCACGATG  990

seq1  CACTTACCTAACTGACCGGCATTCTGTCAAAGCCCCCTTTTGGCTTTTGG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACCTAACTGACCGGCATTCTGTCAAAGCCCCCTTTTGGCTTTTGG  1040

seq1  TTATACTCAAAGCAGAATCTCTAGGTACATACAAGAGATCTCTTTGCCTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTCAAAGCAGAATCTCTAGGTACATACAAGAGATCTCTTTGCCTT  1090

seq1  CAGAAGATATGTTAGAAGAAAGGGATGAAATAGATCTAGGAAATAGTCAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATATGTTAGAAGAAAGGGATGAAATAGATCTAGGAAATAGTCAT  1140

seq1  TAAAAAAAGAGAGAGAGAGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAGAGAGAGAGAGAATTC  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |