BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227L15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 72,288,011 - 72,472,252
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6
Upstream geneLOC100042853, Cd8a, Rmnd5a, LOC100042863, Rnf103, Vps24, Jmjd1a, Ppia-ps6_731.1, LOC668029, LOC668034, Reep1, Mrpl35, Immt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb
Downstream geneCapg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3, Kcmf1, Tmsb10, Dnahc6, Suclg1, Olfr210-ps1, 4931417E11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227L15.bB6Ng01-227L15.g
ACCGA041321GA041322
length1,1681,119
definitionB6Ng01-227L15.b B6Ng01-227L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,288,011 - 72,289,170)(72,471,140 - 72,472,252)
sequence
gaattccaggtctgtcttcagccctataccttggtcaactccatgaccaa
tgactgttagaaaccacaggatcctaaggactacgagtccgagtttccag
tgaggtgtcatatgtatctagctcaaaaatgggagcacctccttctccgt
tggcaccaggattccaaggccccccacacacacctggactgtgtgggcag
gaatggaatcttcctggtcacagaattaccatcaagaacttactttgaaa
tcttgaatttatttcacctttttgctctcactctaaatactccctcttgt
agggagggcactttccagggatccttgggatagctcacaaagcaacgtgg
ccctcacagcaacctgggacacgtaccgtgatatcctccagcgaggaatc
aatgatttcatagttgtcaggaaggcagtaaaacttgagagtgtggaggt
tgaggaagacatggtggctgaactggacactgtggatgtaggcatgagac
tttaagccccggcctgtggggacagggaaaaggctatgagagaaaggcct
agaaaagcacaaatcaggtttaccatgttaaaagtagaaaccaagtctta
tgcctcccatgaaattaatcatcacacaaacttctctcacaaagagagcc
agaaagaacattaagatataagttaggggaatcagtttcaatataaagca
tacacataaaccaacttttcacatgtatcaaaaactaggaacagccaaaa
gtacattatttgataagtaaatatacaaatacatgctgggcagggtgaca
cacacctgctttaggaaggtgacaggaggatcaagacttggtctacacac
acacacacacacacacacacacacacacaggaggatcaagacctggtcta
tcacacacacacgttacttactttacttacttgatggcaaaaaagttcag
taagggcaccttgacactaagcctaatgacctgagtttgacccctggacc
cacatggtagaaaaagtaagaaaaaagaactaactcccacatactgtccc
gacatctacacagcaccacaaagccacccacaatataccacatacatatt
ataggaaataaccaacctttaaatgtagtaagtccttaagtaacctgaac
ttgtaacagacattggtg
gaattcagtatgtggtctcatcgtctcactcaaagcctgcctcaaactca
cagagatctacctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtg
ccaccatgcccattttgataaatagatgttttataaacgcctccattaaa
gaataaactggtcacatggaatctgagagcctctgaattttcccctcacc
tttaactttttggatctgtgatcaccacccactagcaagtggtagaagga
gtaaagggttgggatgggtgacagcaaggtggcatctgtccatcaatgtc
acccaatacggttctgaaaaggtgatgccagagagccacacctggtccgg
cttaggtcttctagcttggatgaagaactagagaccacagctatagagga
gagcggggccctgggagtgccctggataaagtccattttgggtgggagac
cacaggcagaggcgggcaccttccaatacttagaatatgtaaataatggg
aacaatggagcccttatcccccaggacatttgtggcagctcctgggctct
agagaggcaaaggggctccgctcacctaccttgccatggtgagacttggt
tctagaggatccttgggcccatatacctgctgagactcctagagatccag
gactgtgggcagggagagtcccagctgtactaaccactctgcccctgctc
tttctaggacaggttcagtggcagcaaggcccggtgagtgcccctctttc
tcctgctcgcccctttgtcttcacctacctccccctcactggagcagctg
tctatctctatccacccgtgtgcttccactctgccagccctgtgcccagc
atccctagggtatcatcttatccagctgtgcaccaaaggccactaattct
gcctgccccctgagcccacccccagtcttctctttcattgctctgatctc
aggtccaggctgtcacactgggcttcttcagagagcattcctagtcataa
gtgtgagtggtctaaagtgcaatgtcaccctgacagcacttcaggtctct
ttgggcagaagctgagtagagtcgcttaacagtttggggccaactacact
cttcctgccagaagggtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_72288011_72289170
seq2: B6Ng01-227L15.b_47_1214

seq1  GAATTCCAGGTCTGTCTTCAGCCCTATACCTTGGTCAACTCCATGACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTCTGTCTTCAGCCCTATACCTTGGTCAACTCCATGACCAA  50

seq1  TGACTGTTAGAAACCACAGGATCCTAAGGACTACGAGTCCGAGTTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTTAGAAACCACAGGATCCTAAGGACTACGAGTCCGAGTTTCCAG  100

seq1  TGAGGTGTCATATGTATCTAGCTCAAAAATGGGAGCACCTCCTTCTCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGTCATATGTATCTAGCTCAAAAATGGGAGCACCTCCTTCTCCGT  150

seq1  TGGCACCAGGATTCCAAGGCCCCCCACACACACCTGGACTGTGTGGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCAGGATTCCAAGGCCCCCCACACACACCTGGACTGTGTGGGCAG  200

seq1  GAATGGAATCTTCCTGGTCACAGAATTACCATCAAGAACTTACTTTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAATCTTCCTGGTCACAGAATTACCATCAAGAACTTACTTTGAAA  250

seq1  TCTTGAATTTATTTCACCTTTTTGCTCTCACTCTAAATACTCCCTCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAATTTATTTCACCTTTTTGCTCTCACTCTAAATACTCCCTCTTGT  300

seq1  AGGGAGGGCACTTTCCAGGGATCCTTGGGATAGCTCACAAAGCAACGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGGCACTTTCCAGGGATCCTTGGGATAGCTCACAAAGCAACGTGG  350

seq1  CCCTCACAGCAACCTGGGACACGTACCGTGATATCCTCCAGCGAGGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACAGCAACCTGGGACACGTACCGTGATATCCTCCAGCGAGGAATC  400

seq1  AATGATTTCATAGTTGTCAGGAAGGCAGTAAAACTTGAGAGTGTGGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTCATAGTTGTCAGGAAGGCAGTAAAACTTGAGAGTGTGGAGGT  450

seq1  TGAGGAAGACATGGTGGCTGAACTGGACACTGTGGATGTAGGCATGAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGACATGGTGGCTGAACTGGACACTGTGGATGTAGGCATGAGAC  500

seq1  TTTAAGCCCCGGCCTGTGGGGACAGGGAAAAGGCTATGAGAGAAAGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCCCCGGCCTGTGGGGACAGGGAAAAGGCTATGAGAGAAAGGCCT  550

seq1  AGAAAAGCACAAATCAGGTTTACCATGTTAAAAGTAGAAACCAAGTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCACAAATCAGGTTTACCATGTTAAAAGTAGAAACCAAGTCTTA  600

seq1  TGCCTCCCATGAAATTAATCATCACACAAACTTCTCTCACAAAGAGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCATGAAATTAATCATCACACAAACTTCTCTCACAAAGAGAGCC  650

seq1  AGAAAGAACATTAAGATATAAGTTAGGGGAATCAGTTTCAATATAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAACATTAAGATATAAGTTAGGGGAATCAGTTTCAATATAAAGCA  700

seq1  TACACATAAACCAACTTTTCACATGTATCAAAAACTAGGAACAGCCAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATAAACCAACTTTTCACATGTATCAAAAACTAGGAACAGCCAAAA  750

seq1  GTACATTATTTGATAAGTAAATATACAAATACATGCTGGGCAGGGTGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTATTTGATAAGTAAATATACAAATACATGCTGGGCAGGGTGACA  800

seq1  CACACCTGCTTTAGGAAGGTGACAGGAGGATCAAGACTTGGTCTACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTGCTTTAGGAAGGTGACAGGAGGATCAAGACTTGGTCTACACAC  850

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAGGAGGATCAAGACCTGGTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACAGGAGGATCAAGACCTGGTCTA  900

seq1  TCACACACACACGTTACTTAC-TTACTTACTTGATGGCAAAAAAGTTCAG  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACACACGTTACTTACTTTACTTACTTGATGGCAAAAAAGTTCAG  950

seq1  TAAGGGCA-CTTGACACTAAGCCTAATGACCTGAGTTTGACCCCTGGACC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGCACCTTGACACTAAGCCTAATGACCTGAGTTTGACCCCTGGACC  1000

seq1  CACATGGTTAGAAAAGGTA--GAAAAAGAACTAACTCCCACATACTGTCC  1046
      ||||||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGG-TAGAAAAAGTAAGAAAAAAGAACTAACTCCCACATACTGTCC  1049

seq1  CGACATCTACACAAGCA-CACAAAGGCACCCACAAATATA-CACATACAT  1094
      |||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||
seq2  CGACATCTACAC-AGCACCACAAAGCCACCCAC-AATATACCACATACAT  1097

seq1  A-TATA-GAAATAA-CAACATTTAAATGTAGTAAATCCTT-AGTAA-CTG  1139
      | |||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  ATTATAGGAAATAACCAACCTTTAAATGTAGTAAGTCCTTAAGTAACCTG  1147

seq1  ACTTTGGAAACAGACA-TGGTG  1160
      |  || | |||||||| |||||
seq2  AACTT-GTAACAGACATTGGTG  1168

seq1: chr6_72471140_72472252
seq2: B6Ng01-227L15.g_66_1184 (reverse)

seq1  GCACC--TCTGGCAGGAAG-GAGT-GGTGGCCCCAACCTG-TAAGCAGAC  45
      |||||  |||||||||||| | || | ||||||||| ||| ||||| |||
seq2  GCACCCTTCTGGCAGGAAGAGTGTAGTTGGCCCCAAACTGTTAAGC-GAC  49

seq1  TCTACTCAGC-TCTGCCCAAAGAGACCCTGAGTGCTGTCAGGGTGACATT  94
      |||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCAGCTTCTGCCCAAAGAGACCTGAAGTGCTGTCAGGGTGACATT  99

seq1  GCACTTTAGACCACTCACACTTATGACTAGGAATGCTCTCTGAAGAAG-C  143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCACTTTAGACCACTCACACTTATGACTAGGAATGCTCTCTGAAGAAGCC  149

seq1  CAGTGTGACAGCCTGGACCTGAGATCAGAGCAATGGAAGGAGAAGACT-G  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
seq2  CAGTGTGACAGCCTGGACCTGAGATCAGAGCAAT-GAAAGAGAAGACTGG  198

seq1  GGGTGGGCTCAGGGGGCAGGCAGAATTAGTGGCCTTTGGTGCACAGCTGG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGCTCAGGGGGCAGGCAGAATTAGTGGCCTTTGGTGCACAGCTGG  248

seq1  ATAAGATGATACCCTAGGGATGCTGGGCACAGGGCTGGCAGAGTGGAAGC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATGATACCCTAGGGATGCTGGGCACAGGGCTGGCAGAGTGGAAGC  298

seq1  ACACGGGTGGATAGAGATAGACAGCTGCTCCAGTGAGGGGGAGGTAGGTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGGTGGATAGAGATAGACAGCTGCTCCAGTGAGGGGGAGGTAGGTG  348

seq1  AAGACAAAGGGGCGAGCAGGAGAAAGAGGGGCACTCACCGGGCCTTGCTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAGGGGCGAGCAGGAGAAAGAGGGGCACTCACCGGGCCTTGCTG  398

seq1  CCACTGAACCTGTCCTAGAAAGAGCAGGGGCAGAGTGGTTAGTACAGCTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAACCTGTCCTAGAAAGAGCAGGGGCAGAGTGGTTAGTACAGCTG  448

seq1  GGACTCTCCCTGCCCACAGTCCTGGATCTCTAGGAGTCTCAGCAGGTATA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTCCCTGCCCACAGTCCTGGATCTCTAGGAGTCTCAGCAGGTATA  498

seq1  TGGGCCCAAGGATCCTCTAGAACCAAGTCTCACCATGGCAAGGTAGGTGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCAAGGATCCTCTAGAACCAAGTCTCACCATGGCAAGGTAGGTGA  548

seq1  GCGGAGCCCCTTTGCCTCTCTAGAGCCCAGGAGCTGCCACAAATGTCCTG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGAGCCCCTTTGCCTCTCTAGAGCCCAGGAGCTGCCACAAATGTCCTG  598

seq1  GGGGATAAGGGCTCCATTGTTCCCATTATTTACATATTCTAAGTATTGGA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAAGGGCTCCATTGTTCCCATTATTTACATATTCTAAGTATTGGA  648

seq1  AGGTGCCCGCCTCTGCCTGTGGTCTCCCACCCAAAATGGACTTTATCCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCCGCCTCTGCCTGTGGTCTCCCACCCAAAATGGACTTTATCCAG  698

seq1  GGCACTCCCAGGGCCCCGCTCTCCTCTATAGCTGTGGTCTCTAGTTCTTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCCCAGGGCCCCGCTCTCCTCTATAGCTGTGGTCTCTAGTTCTTC  748

seq1  ATCCAAGCTAGAAGACCTAAGCCGGACCAGGTGTGGCTCTCTGGCATCAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGCTAGAAGACCTAAGCCGGACCAGGTGTGGCTCTCTGGCATCAC  798

seq1  CTTTTCAGAACCGTATTGGGTGACATTGATGGACAGATGCCACCTTGCTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAACCGTATTGGGTGACATTGATGGACAGATGCCACCTTGCTG  848

seq1  TCACCCATCCCAACCCTTTACTCCTTCTACCACTTGCTAGTGGGTGGTGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCATCCCAACCCTTTACTCCTTCTACCACTTGCTAGTGGGTGGTGA  898

seq1  TCACAGATCCAAAAAGTTAAAGGTGAGGGGAAAATTCAGAGGCTCTCAGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATCCAAAAAGTTAAAGGTGAGGGGAAAATTCAGAGGCTCTCAGA  948

seq1  TTCCATGTGACCAGTTTATTCTTTAATGGAGGCGTTTATAAAACATCTAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGACCAGTTTATTCTTTAATGGAGGCGTTTATAAAACATCTAT  998

seq1  TTATCAAAATGGGCATGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAAATGGGCATGGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAG  1048

seq1  GCAGAGGCAGGTAGATCTCTGTGAGTTTGAGGCAGGCTTTGAGTGAGACG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGTAGATCTCTGTGAGTTTGAGGCAGGCTTTGAGTGAGACG  1098

seq1  ATGAGACCACATACTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACCACATACTGAATTC  1119